在《三国演义》中，诸葛亮与周瑜斗智，可以说是最精彩的情节。这两个人都是当时之人杰，偏偏诸葛亮技高一筹，所以周瑜屡屡失算。事实上，这并不是历史上的真实故事。据《三国志》记载，周瑜活到了五十多岁，是病死的，并没有在三十多岁就被诸葛亮气死。但“三气周瑜”的故事广为人知，反映了人们对诸葛亮智慧的神化。
公元209年到221年，即赤壁大战后的十一年间，在诸葛亮的全力协助筹谋下，刘备的势力得到迅速发展。
赤壁大战后，曹操北归，留曹仁镇守南郡。曹仁被周瑜用计引出城去，大战而败，逃往襄阳去了。吴军追了一程，周瑜即回到南郡城下，忽见城上旌旗布满，敌楼上一将叫道：“都督得罪了！我奉军师将令，已取城了。——我乃常山赵子龙也。”周瑜大怒，便命攻城，城上乱箭射下。
周瑜退兵与众将商议，欲派甘宁取荆州，凌统取襄阳，正分拨人马时，忽然探马来报：“诸葛亮已派张飞袭了荆州，关羽夺了襄阳。”原来，诸葛亮得南郡后，遂用曹仁兵符，派人前往两处，诈称曹仁求救，诱敌兵出城，轻得两城。周瑜闻知，大叫一声，金疮迸裂，气昏过去。
周瑜被众将救醒，便令起兵攻打南郡，鲁肃忙劝说，言可与之论理，并愿到荆州见刘备、诸葛亮，讨还荆州。等鲁肃到了荆州，诸葛亮对鲁肃说：“子敬言之差矣，常言道：‘物归原主’。荆襄九郡是刘表之地，刘表虽亡，其子刘琦尚在，理应归于刘琦。我主刘备乃刘表之弟，以叔辅侄，理所当然。”于是，请出刘琦，鲁肃根本想不到刘琦已被诸葛亮请到荆州，先是吃了一惊，默然许久才说：“公子不在便如何？那时须将城池还我东吴。”诸葛亮答道：“公子在一日，守一日；若不在，别有商议。”遂设宴款待鲁肃。
公元209年，诸葛亮协助刘备乘胜占领了荆州所属的江南四郡——武陵、长沙、桂阳、零陵（都在今湖南境内）。诸葛亮被刘备拜为军师中郎将，总督零陵、桂阳、长沙三郡。“调其赋税，以充军实”。为确保前线军需，诸葛亮没有住在郡城，而是以水陆交通便利的临烝（今湖南衡阳市）为驻地，招降刘表旧部，发展生产，广纳贤才，勤勉治事，荆州很快被治理得井井有条，初具繁荣景象。
公子刘琦病亡后，为防东吴乘机取事，诸葛亮即调关羽接防刘琦生前驻守的襄阳。当鲁肃来索要荆州时，诸葛亮巧妙地以取益州后再还荆州与之周旋，双方立下文书，签字画押。周瑜知道后大呼上当，后来听说刘备甘夫人去世，即设计以招亲为名，赚刘备到东吴软禁之。
当东吴使者言说以孙权之妹许配刘备，请刘备前往东吴招亲时，刘备心存疑虑，不知如何是好。诸葛亮成竹在胸地说：“这是周瑜讨还荆州之计。我已定下三条计策，请赵子龙随主公一同前往就可以了。”遂交给赵云三只锦囊，并暗授机宜。
刘备与赵云领着五百士卒，到了东吴的南徐州。赵云打开第一只锦囊看过，便吩咐五百军兵购物张扬。刘备一行披红挂彩，带着重礼前去拜访乔国老（孙权岳丈）、吴国太。这样一来，东吴上下都知道了刘备招亲这件事，孙权与周瑜知道弄巧成拙，只得假戏真做。
不久，刘备与孙尚香成婚，皆大欢喜，仍住在东吴。孙权于是同周瑜商议，又生出一计：命人整饰了刘备的住所，并布置得富丽堂皇，刘备果然被声色所迷，完全不想回荆州去。到了年底，赵云猛然想起军师的临行吩咐，于是打开第二个锦囊看过，进见刘备，报说曹操兴兵来犯荆州。于是刘备与孙夫人并赵云众人，以到江边祭祖为名，离开南徐州望荆州而去。孙权知道后，先令陈武、潘璋二将前去追回，后命蒋钦、周泰二将追杀刘备等人。
刘备一行赶到柴桑附近时，望见后面尘土大起，知道追兵将到。正在这时，前面山脚徐盛、丁奉二将领着三千人拦住去路，原来周瑜料刘备回去走旱路必过此处，已预先在这要冲处扎营等候。
刘备大惊失色，慌忙勒马，问赵云怎么办？赵云镇静地打开第三只锦囊，呈给刘备看过。刘备急忙来到孙夫人车前哭诉，并把招亲这事及当下处境具言相告。孙夫人听后大怒，命从人推车上前，喝退二将，使刘备一行安然通过。
不久，陈武、潘璋二将追到，与徐盛、丁奉合兵追来，孙夫人让刘备先行，自己与赵云断后，把追兵大骂一通，四将无奈孙权之妹何，又不见刘备，却见赵云怒目相向，只得诺诺连声退后，并飞报周瑜。过了半天，蒋钦、周泰二将赶到，传孙权将令，于是众将又率兵沿江追赶。刘备一行人马来到刘郎浦，准备寻船渡江，一眼望去，江水弥漫，并没有渡船。正在这时，忽报后面尘土冲天而起，刘备登高瞭望，看见追兵盖地而来，长叹道：“死无葬身之地矣！”正慌急间，忽见江岸边一字儿抛着二十多条拖篷船，赵云急忙护着刘备及孙夫人上船，只见船舱中一人纶巾道服，大笑而出；“恭喜主公！诸葛亮在此等候多时了。”刘备大喜过望，急命赵云开船，这时追兵赶到，只得呆呆地在岸上看着刘备一行远去。
刘备一行正在乘船行进间，忽然江声大震，只见江上战船无数而来，知是周瑜亲率惯战水军急追来了，看看快要追上，诸葛亮命船靠北岸，上岸与众军士向北赶去。
到了黄州地界，眼看吴兵就要追上，忽一阵鼓响，山角一队人马杀出，为首大将关羽。周瑜知道中伏，举止失措，急忙拨转马头回撤，左边黄忠，右边魏延，两军杀出，吴兵大败。周瑜急忙离岸上船，只听岸上军士大叫：“周郎妙计安天下，赔了夫人又折兵！”
周瑜大叫一声，金疮进裂，昏倒船上，不省人事，众将边救边开船离去。
三国乱世，鼎立三方各自为政，曹、孙、刘三家都处在为谋求统一而政治风云又瞬息万变的境况中，任何一家头脑简单了，就有可能被另外一家或两家联合起来吞掉的危险。周瑜败回柴桑，即请起兵攻取荆州，孙权虽很愤怒，但与张昭商议后，认为强曹在北，不能与刘备闹翻，于是派人到许都，反而表奏刘备为荆州牧，使曹操不敢南下，收曹、刘相攻之利。
曹操在许昌听到孙权“表奏刘备为荆州牧，汉上九郡大半已属备矣”时，手脚慌乱，正写字的笔也惊得掉到了地上，众人问及，曹操说：“刘备是人中之龙，以前没有得水。今天得到荆州，犹如困龙入了大海啊。我怎能安心呢？”于是，曹操听从谋士程昱的计策，表奏周瑜为南郡太守，程普为江夏太守，留东吴使者华歆在许昌授以重任，以坐收渔利。
周瑜既领了南郡，便想着报仇，讨还荆州。即命鲁肃去交涉，被诸葛亮用计，以刘备大哭劝回。
周瑜一计不成，又生一计，派人对刘备说：“孙、刘既然结亲，便是一家，愿替刘备去取西川。”诸葛亮在旁欣然答应，后对刘备说：“这就是周瑜‘假途灭虢’的计策，名义去取西川，实际上来夺荆州。等主公你出城劳军，乘势拿下，杀入城来。‘出其不意，攻其不备’。”于是叫来赵云做了一番布置。
周瑜听说刘备、诸葛亮欣然答应，还要出城劳军，大笑道：“今天诸葛亮也中了我的计！”于是起兵五万望荆州而出。离荆州十余里，见江面上静悄悄的。周瑜心疑，亲自上岸乘马，带领众将及三千精兵，来到荆州城下，命军士叫门，言未毕，忽一声梆子响，城上守军一齐都竖起刀枪，敌楼上赵云大声说：“我家军师早已知都督‘假途灭虢’之计，故留赵云在此。我家主公说过：他与刘璋同为汉室宗亲，怎么能忍心去攻取西川？如果东吴要取西川，他就要披发入山（出家），不会失信义于天下的。”
周瑜听了，勒马便回，忽一小校来报：“探得四路军马，一齐杀到：关羽从江陵杀来，张飞从秭归杀来，黄忠从公安杀来，魏延从孱陵小路杀来，四路正不知多少军马喊声远近震动百余里，都说要捉周瑜。”
周瑜在马上大叫一声，箭疮复裂，坠于马下，左右急救回船。周瑜被众将救醒，怒气填胸，不能支持，自知不久于人世，于是叫人取来纸笔写下遗嘱，叮咛众将要尽忠报国，努力帮助孙权完成大业。说着说着又昏了过去。
过了一会儿，慢慢又苏醒过来，仰天长叹道：“既生瑜，何生亮！”连着叫了几声，便悲愤而死，时年36岁。
周瑜死后，孙权即根据周瑜生前的举荐，任命鲁肃为都督，总统军马。消息传到荆州，诸葛亮对刘备说：“周郎为我数气而亡，东吴上下必怀怨恨，不利于孙刘联盟。我应当往江东去吊周瑜，以释吴人之疑恨，巩固联盟；也可就地寻找贤士辅助主公。”
刘备很担心“吴中将士加害先生”，诸葛亮说：“周瑜在时，我都不惧怕，何况今天周瑜已死，我有什么担心呢？”
于是同赵云领着五百军士，带着祭礼，前去吊丧。
诸葛亮一行到了柴桑，鲁肃以礼迎接，周瑜部将都想杀诸葛亮报仇，但见赵云带剑相随，不敢下手。诸葛亮教设祭物于灵前，亲自奠酒，跪在地下，哭读祭文，极言周瑜生前之功绩，叹自己失此知音，泪如涌泉，伏地大哭，哀恸不已。东吴众将相互说：“世人都知道周公瑾与孔明不能和睦相处，今天看他祭奠之情，原来世人都说错了。”鲁肃也心中暗想：“孔明很是多情，只是周瑜气量太窄，自己害了自己。”
诸葛亮祭完周瑜，正欲上船回去时，只见江边一人道袍竹冠，皂绦素履，一手揪住他大笑说：“你气死周郎，却又来吊孝，明明是欺东吴无人啊！”
诸葛亮急忙回头看时，原来是人称凤雏先生的庞统庞士元。诸葛亮也大笑，两人携手下了船，各自诉说心中之事。临别，诸葛亮给庞统留下一封信，要他到荆州与自己共扶刘备，庞统欣然答应。两位故友依依惜别，诸葛亮自回荆州去了。
后来庞统不被孙权重用，就到荆州来投刘备，终被拜为副军师中郎将，与诸葛亮共谋方略，教练军士，听候征伐。
曹操在许昌听说刘备拜诸葛亮、庞统为军师，招兵买马，积草屯粮，连结东吴，知道早晚必要兴兵北伐。于是召集众谋士商议南征之事，谋士荀攸进言：“可先取孙权，次攻刘备。”曹操很赞同，并听从荀攸的计谋，把西凉马腾骗到许昌杀掉，以绝南进后顾之忧。即起大军三十万，径下江南。
早有细作报到东吴，孙权与众将谋士商议后，急差人命鲁肃向荆州刘备求救。诸葛亮回信给鲁肃称：“可以高枕无忧。如果有北兵侵犯，刘皇叔自有退兵之策。”并对大惑不解的刘备解释说：“曹操平日所担忧的是西凉的兵马，现在曹操杀了马腾，而马腾的儿子马超统率着西凉的军马，必定对曹操怀着切齿之恨。主公可信告马超，进兵关中（今陕西关中地区），那样曹操又怎么能南下呢？”刘备听后非常高兴，随即写了信，派一名心腹送到西凉去了。
果然不出诸葛亮所料，马超尽起西凉之兵，联合西凉太守韩遂，起兵二十万，杀入关内，直奔长安，找曹操报仇雪恨。马超军势很盛，势不可挡，很快攻破长安城，并攻占潼关，又加马超勇武无敌，直杀得曹操弃袍割须于潼关，夺船避箭于渭水，曹军多次被马超打败。
后来曹操用谋士贾诩反间计，离间了马超与韩遂，才大败西凉军。经过这一折腾，曹操再也无力南征了。