鲁迅回到国内，工作一直并不顺畅，周作人在日本写信给他说，想要学习法语，需要钱，要他想想办法。可是，他刚到了绍兴老家的一所中学任校长，工作并不舒服。1911年3月14日，鲁迅致信许寿裳：“三四月中，决去此校，拟杜门数日，为协和译书，至完，乃走日本速启孟偕返，此事了后，当在夏杪，比秋恐又家食，今年下半年，尚希随时为仆留意也。”
这段文字信息很是丰富，说了辞职后，要译书，而后去日本将周作人接回来，又让许寿裳替他留意工作。
照理说，鲁迅能教生物课又能教化学课，能译又能写，除了没有那条辫子之外，怎么说也是中国第一批“海归”。然而，事实上并非如此，一份关于中国留学生的材料显示：1896年首批赴日本留学的学生只有13人，到了1901年便增加至274人，1903年则一下增加至1300人，1905年又猛增一次，变为8000人，1906年和1907年均过万。然而，让鲁迅和许多留日同僚泄气的是，1906年，清政府让归国留学人员做了一个考试，结果，考得较好的全是留学欧美的学员，所以，留日的学生名声一下子便臭名远扬。等到鲁迅回国的那年，国内出国留学的学生只有3000人不到选择留学日本，多数都去了欧美。
不知道这些信息会不会影响鲁迅找工作，但是，周作人的学费和家食（家里的负担）的确让他很是头痛。
现在想来，还是要感谢那个时代的宽容，许寿裳到了教育部工作以后，第一件事情就是向教育总长蔡元培推荐鲁迅。想一想，当时的鲁迅也正像女作家虹影写的一篇文章标题一样：在东京拜访一事无成的周树人。当时的鲁迅在日本留学没有选个像样的大学学完任何一个专业，他手里的证书有两个，一张是日本弘文学院日语学习证书，另一张是在仙台医专学习两年的经历证明。
世事的巧合让人感动，蔡元培有一个堂弟叫做蔡谷青，在日本留学，和周氏兄弟相处甚洽，他和蔡元培通信的时候说起过鲁迅，大抵是赞美的。所以，当许寿裳向他推荐鲁迅时，蔡元培说：“我久慕其名，正拟驰函延请，现在就托先生代函敦劝，早日来京。”
先是到了南京临时政府，大抵工作了一个月，又去北京就职。
1912年5月5日抵北京，第二天便搬入他在作品里写道过的“S会馆”，然而晚上睡觉的时候才发现，房间因为久未住人，早已经灰尘遍地，且床上某处木板大约生了虫子，有三四十只之多。鲁迅只好将铺盖卷起来，将写字用的桌子两个拼在一起，和衣睡了一夜。
一开始仿佛没有什么事情可以做，日记中记录得清冷：“枯坐终日，极无聊赖。”
彼时，教育部的机构设置如下：参事室、承政厅和普通、专门、社会三个教育司。鲁迅被分配在社会教育司二科用事。第一科负责宗教礼俗，三科负责通俗教育，只有二科所负责的事务重要且范围颇广：主管博物馆图书馆事项、动物园植物园等学术事项、美术馆及美术展览事项、文艺音乐演剧等事项、调查及搜集古物事项等。这些管辖的范围倒是鲁迅所喜欢的。
后来，鲁迅《自传》中解释过他此时的职务：“由此进北京，做到社会教育司二科科长。”
过了不久，因为社会教育司一科所涉及的内容和总统府的内务部有所重复，老是受到内务部的指责和牵制，于是，一科整个机构被撤并，并到了内务部。而这样，鲁迅所在的二科，其实已经变成了一科。
果然，1912年8月26日，就在鲁迅的佥事一职任命书下来后不久，他又收到一纸任命书：社会教育司第一科科长。当然，虽然名称是科长，却和我们现行的科级不一样，因为直属于社会教育司，推算便可知，鲁迅先生是一个正处级的公务员。做了公务员，对于家里的经济状况，果然会有不小的帮助，《鲁迅日记》1912年8月30日如下：“阴。下午收本月俸百二十五圆，半俸也。夜半雨。”大约是因为当时的财政有赤字，所以，即使是刚刚成立的政府，官俸也不能足额发放。
但即使是半俸，在当时的民国初年，也已经是很富裕的了。然而，鲁迅却并不是一个适合做官的人，蔡元培离职以后，他更是觉得少了气味相投的人，工作并不积极。
他的不积极体现在以下几个方面，比如：衣着随意。他不喜欢像其他同事那样，扮演成整洁的模样，很随意的穿着。还有，他不喜虚名，这是伴随他一生的品德，日记里多有这样的记载，1913年5月18日写道：“上午田多稼来，名刺上题‘议员’，鄙倍可厌。”不喜欢开会也是他致命的弱点，他觉得将生命消耗在如此虚无的会议上，实在是无聊。1913年2月13日的日记内容如下：“昙。下午有美国人海端生者来部，与次长谈至六时方去，同坐甚倦。”这样的记录仿佛还有很多，像日记里记下的“黄炎培茶话会”、“审听国歌”等会议，他均没有耐心。
而最为影响他升迁的一件事应该是周建人在回忆录里提到，他一点也不买好上司，完全不近人情地将上司交待的工作拒绝：“鲁迅在教育部中任职的时候，他当社会司下面的一个科的科长，是管图书馆等事情的。有一回，一个次长叫他把一件公事给他批准，他看了一看公文，说不能批准。这种举动由旧日做官的看来，可以说是不照做官的规矩……”
在教育部的十四年里，除了打赢过一次官司，鲁迅基本上是一个撞钟的和尚。后来，在1925年一封致台静农的书信里，他自己也对自己进行过评价：“其实我也不太像官，本该早就被免职的了。”
鲁迅后期写杂文的时候，曾经用过一个笔名：唐俟，便是在教育部时让同事陈师曾刻的印章化名而得。彼时鲁迅在绍兴会馆里常常抄一些古碑帖，给自己起了一个趣味十足的自号“俟堂”。周作人解释过一次，“就是古人的待死堂的意思，或者要引经传，说出于‘君子居易以俟命’亦无不可，实在却没有那样曲折，只是说‘我等着，任凭什么都请来吧’。”。（《鲁迅的故家》）
是啊，在教育部期间，和他经历相似的留日同学伍仲文不久便升职为司长，还有一个只比他长三岁的在两级师范学校做校医的同事汤尔和竟然做了教育总长。
鲁迅呢，并没有任何眼红的举动，仍然十分怡然地做着他的区区的教育部的佥事。噢，对了，不久，还是因为蔡元培的关系，他去了北京大学教书。又不久，他因为一个老朋友的催促，写出了中国现代文学史上第一篇白话小说。
但他的身份一直是一个公务员：教育部社会教育司第一科科长。