一、上市公司综合财务分析的局限性
对上市公司的财务报表进行分析对于我们全面地把握公司的财务情况和感知其未来无疑具有重要的意义，但是我们也应清醒地认识到财务报表分析的局限性。
1.历史成本的原则所导致的资产和成本不是按现行价值反映的。在通货膨胀的情况下，有可能引起资产报酬率或权益报酬率的高估。另外，历史成本的原则还导致对同业新老企业进行比较的困难。
2.公司的本期财务比率应与同业平均水平比较，还是与更高的行业标准值比较。
3.同业中不同产品和细分市场的公司之间的比较问题。如同属建材行业的玻璃生产企业和玻璃纤维生产企业的比较。
4.报表信息并未完全反映企业可以利用的经济资源。如人力资源和企业自身的商誉在资产负债表上没有反映，然而它们却又是企业所拥有的重大资源。
5.企业会计政策运用上的差异使企业自身的历史与未来的对比、企业间的对比出现问题。
6.企业对会计信息的操纵可能会误导报表使用者。如年底时通过加紧回收应收账款并偿还应付账款来改善时点上的“流动性”。
7.历史是否代表或预示未来。财务报表反映的是企业的过去，而我们分析企业的目的是为了了解其目前的情况和感知其未来的发展。如果上市公司报告之间的时间间隔太长，那么信息对于报表使用者的相关性就越小；处于环境变化很快的行业中的企业，历史的数据对于我们判断未来的适用性也将降低。
8.会计估计的普遍存在，会计原则之间的矛盾。折旧政策的制定、坏账准备、短期投资跌价损失准备等的计提都需要人们作出判断和估计，而不同的人，即使都是专业人士可能对同一经济事项作出不同的判断和估计。另外，财务会计的基本假设和原则之间存在天然的矛盾，内在逻辑并不完全一致。
二、综合财务分析应注意的问题
尽管经过几十年的发展，综合财务分析的方法已日臻完善，但进行上市公司财务分析时仍需注意下列问题：
1.不同上市公司采取的会计政策不相同。例如，某上市公司采取的固定资产折旧政策在同业上市公司中是比较谨慎的，即其年折旧率比其他钢铁公司要高。这势必影响该公司与其他公司盈利能力的可比性。
2.不同公司所处的行业不同。不同行业有不同的风险和收益特征以及不同的成长性。如通讯及相关设备制造业市场的成长性在目前国内行业中是排第一位的，但是经营现金流量严重贫乏。而交通运输辅助业的市场成长性适中，而经营现金流量充裕。因此，将处于不同行业的上市公司相比较时，应注意行业的不同风险、收益和成长性特征。
3.非财务信息的作用。上市公司之间，即使是同业间的比较，仅仅看它们之间财务上的差异是不够的，我们还应该注意它们在管理团队、员工素质、核心技术的掌握、产品的先进性和营销渠道等方面的差别。