经过3年多的创业磨炼，宋文洲的企业发展得很快，他的软件所拥有的客户也超过了300家，在铁道、公路、水利、科研院校得到广泛应用。1996年，主管三峡工程的长江开发管理委员会的几位工作人员到日本做相关报告，宋文洲为他们担任翻译。在听报告的过程中，宋文洲发现，在三峡这个大型的土木工程之中，竟然还在使用有限元算法。宋文洲想到了自己的软件，如果把自己的软件应用到三峡工程中，计算速度至少能够提高10倍以上。于是，他毛遂自荐，对委员会的同胞讲述了自己编写软件功能以及能够对土木工程有多大帮助。
委员会的负责同志也很感兴趣，为了验证这个软件的实用性，专门做了一次演示会，在演示会上，应用宋文洲编写的软件，一个普通技术工人在15分钟的时间里，就计算出了2-3个工程技术人员需要15天才能计算出来的项目。这个结果得到了国内众多岩土分析专家的一致赞许。于是，三峡工程广泛采用了宋文洲的软件。此后，国内的北京地铁等大型计算工程也都使用了宋文洲的软件。
有人对宋文洲说：“这么多工程使用你的软件，你要发大财了。”宋文洲却没有这么想。离开祖国这么多年，对祖国的感情反而越来越深，也深刻而具体地体会到了祖国的意义。为此，他把自己的软件在国内的销售价格调整到日本的1/5.他说：“我只希望我的师长和同行能够使用我的软件，从而感受到我对祖国的感情。”
虽然出国比较早，但是宋文洲对于国内的发展一直十分关注，也很有信心。不少人在日本打工，回国的时候会买许多日本的电器。宋文洲在日本开办公司，赚的钱并不比别人少，但是他从来没有买过日本的电器回国。在他的内心，实际上希望祖国能够迅速发展起来。1995年，他果然如愿购买了国产的彩电，送到了自己在胶东半岛的老家。这件事情虽然很小，但是却体现了宋文洲对祖国的感情。
宋文洲的软脑公司开始是在日本创业的，主要客户也都是日本企业，可以说，主要是赚日本人的钱。当1996年把软件卖给我国的三峡工程的时候，宋文洲也不愿意在这上面赚钱，也还没有想到回国来发展。不过当时国内有关部门恰好到日本开展招商引资的活动，看到宣传之后，宋文洲马上思考到如何进一步为祖国效力的问题。
当时的情况是，国内的人才比较多，但是找不到市场，宋文洲想到自己可以把日本的客源拉到国内来做，这样不但解决了国内劳动力问题，也间接为国家培养了软件人才，更可以为国家创造财富。可以说，这是一件利国利民利己的好事情。于是，宋文洲于1997年10月在北京中关村成立了软脑软件（北京）有限公司。在国内开办公司之后，宋文洲对国内的一些商业交往也有了自己的体会。尤其是在信用以及人才等问题上，宋文洲感受颇深，同时，他觉得国家对于留学生企业这么扶持，自己有责任改变一些不好的现象。
这些问题其实很简单，那就是国内的高新技术企业人员流动非常快。员工不信任企业，而企业也难以相信员工。宋文洲认为，这个问题在很大程度上与企业没有给员工一个有保障的承诺有关，员工没有保障，自然会到处流动，寻求保障。在软脑，宋文洲很注意这方面的保障。另外，在员工办公等方面，也一直坚持人性化管理。
对于这个问题，宋文洲也归结到超越上面来了。他说当他在日本逛超市的时候，发现中国的商品总是在超市地下一层或者第一层，几乎没有到第三层去的时候——在日本，超市第三层都是高档商品。所以，中国商品虽然多，但是利润却不大。这就需要超越。企业也一样。员工不稳定，企业就难以稳步发展，企业不稳定，也就难以做大做强。企业做不大，就难以获得高利润。