在英国的10多年中，王阳生一边沉醉在科技钻研的世界中，一边多次回国寻找适宜的创业机会。他在英国之所以隔几年就换一家公司，就是想搞清楚外国公司研发、经营的模式和程序，以便将来回国时能够直接移植，做与国际水平相当的先进公司。直到1999年底，这样的时机终于到来了。
时任中科院自动化研究所所长的谭铁牛博士向王阳生发出了热情的邀请。谭所长早几年也在英国留学工作，1998年因人选中国科学院“百人计划”而回国服务。他与王阳生是同事也是好朋友，所学专业相通，报效祖国的心意也相通。谭所长一回国就积极与留英学者联系，力争更多的人才回国工作。基于对王阳生的了解，谭所长更把他列为极力争取的对象。当时王阳生所在的英国公司正要调他到加拿大总部去工作，并且提职提薪。公司已经安排他到加拿大去考察过未来的工作、生活环境和各种条件，许诺的报酬极其优厚。即便如此，王阳生还是决定回国。这样的抉择，被他在英国的众多中国朋友叹为是“真正意义上的放弃优越工作、生活条件和丰厚的待遇，毅然回国”。这样的抉择，不是一般人轻易能做出的，但对于理想主义深植心中的王阳生来说，是理所当然、顺理成章的。
2000年2月，王阳生回归祖国，受聘于中科院自动化研究所，任研究员、博士生导师以及自动化所三星人机交互联合实验室主任、生物特征认证与测评中心副主任、计算机图形学专业委员会委员等。同时兼任华中科技大学、北京邮电大学和北京交通大学教授，中国仿真学会数字娱乐专业委员会主任等职。
虽然职务繁多，科研量重大，但王阳生一直更关心的是如何使实验室技术走上产业化道路，产生最大的经济效益，推动科技、国家的发展。尤其是他看到三星等国外大公司都有独立知识产权，并且具有持续研发能力，能够抢占市场先机，及时更新产品，为国家社会创造了可观的物质、精神财富。反观我国，这样的公司几乎没有，能够叱咤风云数十年屹立不倒的高科技公司遍地难寻。对此王阳生非常忧虑。由此他对属于民族属于国家的自主知识产权看得异常重要。他说：“知识产权是产业发展的制高点，只有占领了制高点，才能不受制于人，才能实现真正的自主创新。”在这一点上王阳生与谭所长深有共识，他们开始筹划创建具有独立自主知识产权、具有优良产业化架构的公司。王阳生说：“当时，我们参照了美国的贝尔实验室和朗讯公司之间的关系，希望做成类似的模式。有一个国家级实验室，然后成立一个世界一流公司。我们当时的设想是成为中国的贝尔实验室和朗讯公司。”
2000年8月1日，在中科院自动化所园区，北京中科模识科技有限公司注册成立，王阳生担任CEO。这个研发、产销一体化的高科技公司，可以将科研成果变成商业产品，推向市场，造福大众，并结合市场需求开发高科技产品。王阳生将成为对民众对国家更有价值更有意义的科学家、企业家，而不仅仅是呆在实验室里的专家学者，不仅仅只创造实验室成果了。