梅贻琦在一篇告校友书中曾经这样描述他与清华大学之间的缘分：“琦自1909年（即宣统元年）应母校第一次留美应试，被派赴美，自此即与清华发生关系，即受清华之多方培植。三十二年来，从未间断，以谓‘生斯长斯，吾爱吾庐’之喻，琦生于清华，正复如之。”梅贻琦在清华担任校长期间，一直喜欢用“生斯长斯，吾爱吾庐”这八个字来形容自己和清华的亲密关系，以及对母校的深切的感情。清华的师生们也喜欢用这句话来描述梅贻琦先生和清华校园保持的“血缘”之亲。梅贻琦自己也说过：“学校就像是水，师生就是鱼，我们在校园里就像是游泳，大鱼在前面引导，小鱼在后面跟随。”
梅贻琦自从1931年接任校长职位后，就始终坚持自己的办校思路，主张民主办学，也就是所谓“教授治学”，自清华大学部成立之后即有教授治校制度，梅先生掌校之后，教授会，评议会，校务会，同时并存，梅先生为“三会”主席，悉心倾听他人所言，审慎阐述己见。与会者互相尊重，民主管理是为楷范。这种思想是通过评议会来体现的，通过这样的方式能够为清华在战火纷飞的年代创造一个相对宽松自由的教育环境。实际上，教授治国也并不是梅贻琦首创，而是蔡元培在20世纪初期提出的。但是正因为梅贻琦身体力行地推行教授治学，才使得清华有了当时少见的民主的空气。在教授治学的思想背后，体现的不仅仅是民主作风，也包含着对教授学者的尊重。朱自清说：“清华的民主制度……究竟还是很脆弱的，若是没有一位同情的校长的话。梅贻琦先生就是这样难得的一位校长……他使清华在这七八年里，发展成为一个比较健全的民主组织，同仁们都可以安心工作，他使同仁们觉着学校是我们大家的，谁都有一份儿。”
梅贻琦曾经说过：“一个大学里没有一个好教授，就不会成为一个好大学。孟子说过：‘所谓故国者，非谓有乔木之谓也，有世臣之谓也。’我现在可以仿照说：所谓大学者，非谓有大楼之谓也，有大师之谓也。”这就是梅贻琦著名的“大师论”。这种主张凸显了专家、学者在大学中的特殊地位和作用，显示出梅贻琦振聋发聩的远见卓识。这种思想提出后，清华大学一时间精英荟萃。就以1936年为例，当时在职的教师就有潘光旦、冯友兰、朱自清、陈寅恪、闻一多、俞平伯、余冠英、吴宓、叶公超、金岳霖、贺麟、张岱年、吴晗、吴有训、叶企孙、赵中尧、任之恭、周培元、熊庆来……阵容不可以不说是豪华！
梅贻琦高等教育理念的最完美的表达就是他的通才教育思想，他始终提倡从德、智、体、美等方面培养学生，教育学生，让学生的素质全面提高。他的德育主要体现在两个方面：爱国主义和健全人格，旨在让学生学会完善人格，养成吃苦耐劳的精神和追求真理的志向；在智育方面，他把重点放在培养学生严谨的治学态度和追求学术自由上，使学生在学识广博的基础上，综合素质全面提升。此外，他也非常重视体育，并且规定“在学校体育不及格的学生不能毕业”，这个规定在当时的国内大学可以说是绝无仅有。他认为学生思想健康的前提就是身体健康，主张体育的主旨“不在于练好肌肉，而是团队道德的培养”；希望学生在参加团队活动的同时能够舍己从人，培养学生服务社会的合作精神；在文学和艺术的多方面熏陶下，让学生拥有高端的审美品位以及对真善美的不懈的追求。
梅贻琦认为，大学的根本就是学术自由。他非常认同北大校长蔡元培提出的“兼容并包”的思想。他在日记中写道：“对于学校时局，予以为应追蔡元培先生兼容并包的态度。以克尽学术自由之使命。昔日之所谓新旧，今日之所谓左右，其在学校，应均予以自由探讨之机会，情况正同。此昔日北大之所以为北大，而将来清华之为清华，正应于此注意也。”实际上，所谓的“兼容并包”就是指对不同的学术观点、思想一视同仁，充分尊重各种学术思想的地位，并力求在清华营造出一种宽松和谐的学术气氛。这种思想的推行使得清华突破了原来的局限，得以从更广阔的范围里选择优秀的人才，补充师资力量，去除了以往的诸多弊端。
在梅贻琦和清华师生的努力下，这所原来的留美预备学校在很短时间里就成了世界知名的大学。1941年清华30周年校庆的那一天，国内外很多知名大学纷纷来贺，其中美国一所大学为清华贺词：“中邦三十载，西土一千年。”这句话可以说是对清华迅速发展的绝妙写照。
在梅贻琦的改革下，这一时期的清华发生了翻天覆地的变化，各种思想共同发展，也诞生了一批批国家的优秀人才。清华的文、理两院历史悠久，并且有很好的基础，而后来的工学院也是后起之秀，这些都和梅贻琦的大力改革紧密相关。