1946年，国民党军队对中原解放军发动进攻，解放战争爆发。1948年底，在解放军强大的攻势面前，国民党在大陆的统治走到了最后阶段。此时，面对着国民党的溃败，梅贻琦也面临着走还是留的问题，在经一番艰难的决择后，梅贻琦决定离开大陆，离开他所挚爱的清华园。
梅贻琦离开决定清华，人们都非常震惊，不理解为什么梅贻琦要离开清华，离开大陆。但事实上梅贻琦有他自己的考虑，他最后的离开也在为清华着想。他要保护好清华的基金。因为清华大学基金都是来于庚子赔款，当时这笔钱，是由美国的“华美协进社”来保管，如果负责与“华美协进会”接洽的梅贻琦不走，这笔基金就可能不会流失。
梅贻琦离开大陆后，在美国呆了几年，接着又去了台湾，1955年底，他用清华的基金在台湾新竹创办了清华原子能科学研究所这就是台湾新竹清华大学的前身。为了选好学校的地址，他几乎走遍了台湾，最后选择了新竹县，为了慎重起见，他先后七次前往勘察，而当时的梅贻琦已经是67岁的高龄了。同时，梅贻琦一如既往地在海内外高薪聘请高水准的学者、教授到台湾清华科学研究所教书或讲学，使得学校的师资力量一直都保持在一个较高的水平。
诺贝尔化学奖的获得者李远哲就是在这里取得硕士学位的。梅贻琦在世的时候一直不愿意把新竹原子科学研究所改名为新竹清华大学，因为当时台湾新竹清华只是一个研究所。梅贻琦经常说：“真正的清华在北平。”
1962年2月，梅贻琦被选为台湾“中央研究院”院士。4月29日，梅贻琦在病榻上发表了他对清华校友的最后一次演讲。5月19日，梅贻琦在病房中离世，享年73岁。在他住院的那段时间里，他的病床下一直放着一个加了锁的手提包，没有人知道里面装的是什么，也不方便问。在梅贻琦先生逝世后，他的秘书立即把手提包加封，后来组织专门人员启封，才发现，里面装的都是清华在美国基金的所有账目，上面一笔笔钱款记得清清楚楚。
梅贻琦死后，他的遗体被安葬在新竹的清华校园里。对于这个决定，当时有人议论纷纷，认为不应把校园作为墓地之用。但是这些议论并没有动摇治丧委员会的最后决定。治丧委员会说：“我们再经过慎重考虑后，决定把校园一个山坡的一片相思林划作老校长的墓园。我们认为梅校长和清华大学的关系并不是任何一个普通人能够比拟的。其他学校的校长不能把校园当做墓地，除了梅校长，因为他是清华的终身校长，他早已经和清华融为一体了。”
梅贻琦被称为清华“永远的校长”，正是因为梅贻琦的贡献，才有了清华大学跻身世界一流水平大学。作为一个教育家，梅贻琦生平寡言少语，内心坚忍，初与人相识时并没有多少感染力，看上去也没有太鲜明的性格，但是正是他坚毅、隐忍、的性格和办事公正的品德，赢得了整个清华师生的深深敬佩。梅贻琦和胡适、蒋梦麟的年龄相同，与他们相比，他的人生经历显然少了很多传奇的色彩。但也正是他的简单、专注，让他成为了一个成功的、纯粹的教育家，他不去刻意追求自己的名誉地位，也很少参与经济、政治，他把自己的一生都投入到做好清华大学校长这件事上，一直到生命的最后一刻，而这才是他最伟大的地方。
可以说，梅贻琦代表了“一个时代的斯文”，他尊重文化，重视教育，淡泊名利，把自己的一生都交给了清华。而今，他所在的墓地“梅园”早已繁花成林，成为校园的最美丽的景色。梅贻琦先生对清华的热爱不是任何事物可以阻断的。他为清华大学所题的校训“自强不息，厚德载物”至今依然镶嵌在清华大学的门前……
“他人评价”
曾在清华任教的蒋复璁后来评价梅贻琦出任校长时说：“初以为办公事他不大内行，孰知竟是行政老手”。
朱自清曾这样评价梅贻琦的治校方式：“清华的民主制度，可以说诞生于十八年（1929年，指罗家伦治校时期）。但是，这个制度究竟还是很脆弱的，若是没有一位同情的校长的话。梅月涵先生是难得的这样一位校长……他使清华在这七八年里发展成一个比较健全的民主组织。”
清华大学校史研究学者黄延复评价梅贻琦：“梅贻琦先生以不同凡响的教育智慧和由贤入圣的人格魅力，奠定了清华大学之自由思想和独立精神的灵魂，使清华大学在短短的十几年时间，取得巨大成就，更为新中国培养和储备了大量奠基性的建设人才。”
§§第八章 蔡元培——大德垂后世，中国一完人
他为发展中国新文化教育事业，建立中国资产阶级民主制度做出了重大贡献，堪称“学界泰斗、人世楷模”；他先后经历了清政府时代、南京临时政府时代、北洋政府时代和国民党政府时代，一路经历风雨，但始终不坠爱国之志，毕生追求民主与自由——这，就是蔡元培，大德垂后世，中国一完人。
“蔡元培的一生”
生平：1868年1月11日，出生于在浙江省绍兴府山阴县的一个商人家庭，字鹤卿，又字仲申、民友、孑民，乳名阿培，并曾化名蔡振、周子余，近代革命家、教育家、政治家，也是中国近代民族学研究的先驱。他为人宽厚、恻隐为怀，对中国社会及陋俗有透彻观察；两度游学欧洲、亲炙文艺复兴后的科学精神及法国大革命后的思潮。他提倡民权与女权，倡导自由思想，致力革除“读书为官”的旧俗，开科学研究风气，重视公民道德教育及附带的世界观、人生观、美学教育。1940年3月5日病逝于香港。
著作：《蔡元培自述》、《中国伦理学史》、《蔡元培教育论著选》、《中国伦理学史》、《玄圃论学集：熊十力生平与学术》、《美术的起源：学术讲演录》、《孑民自述》等数十部著作。
师承：少年时在绍兴古越藏书楼校书学习，成年之后远赴德国接受著名历史学家莱普莱西的教导。
高徒：蒋梦麟、罗家伦
任职经历：1889年中举人，后又中进士，被授翰林院庶吉士。1902年，在上海与章炳麟等发起成立中国教育学会，并担任会长。1911年，辛亥革命爆发后应陈其美来电邀请，任南京临时政府和北京政府唐绍仪内阁教育总长。1917年，出任北京大学校长。1927年，倡议成立大学院作为全国最高学术教育行政机关，担任大学院院长，后改任中央研究院院长。1932年，组织中国民权保障同盟，出任为副主席。1938年，被推为国际反侵略大会中国分会名誉会长。