南怀瑾到美国之际已是古稀之年，前往美国可以说是一个无奈的决定。因此，南怀瑾在美国的日子过得并不是那么自在。初到美国之际，南怀瑾以一首诗表达了自己的心情：
不是乘风归去也，
只缘避迹出乡邦。
江山故国情无限，
始信尼山输楚狂。
南怀瑾一直以来都没有在美国定居的想法，在他看来，自己的根永远是在中国。在美国期间，最让南怀瑾感到高兴的事情是，他与大陆终于开始有了联系——1986年3月上旬，南怀瑾在成都的老朋友与他取得了联系。
1987年，南怀瑾萌生了想要回大陆的念头。下半年，他的一名学生打算回台湾一趟，临行之前，南怀瑾嘱咐这位学生，办完事之后到香港去看一看，了解一下情况。但最后，这名学生在台湾办完事之后，忘记了南怀瑾的嘱托。这个小小的意外并没有改变南怀瑾回归大陆的计划。12月，南怀瑾在没有任何准备的情况下毅然带着几个学生离开美国，直接奔赴香港。
1998年年初，南怀瑾抵达香港，开始了他人生的又一个新阶段。此时的香港对于南怀瑾而言算是一个理想的地方。香港地理位置特殊，从台北过来十分方便，从内地过来也不麻烦，因此，在香港的南怀瑾既能够和台湾的学生会面，也能够与国内的亲朋好友往来。
南怀瑾在香港做的第一件大事就是促成了金温铁路的修建。温州是个非常富庶的地方，却由于交通不便而一直未能得到发展。对于浙江南部和西部十几个县市的民众来说，修建成一条铁路，相当于发现了一座金矿。在得知南怀瑾抵达香港之后，温州市的领导人开始频频前往香港拜访他，试图说服他引进资金修建这条铁路。
一直以来，南怀瑾对文教、慈善以及佛教事业的支持都是不遗余力的，但是却从未涉及过经济领域的建设。铁路虽然不算一个大项目，却不是一笔小投资。再三犹豫之后，南怀瑾终于下定了决心。1990年，南怀瑾正式在香港的寓所与浙江省及温州市的领导人签下了协议，合资修建金温铁路。
只要是他答应做的事情，就一定要做好——在签下合同之后，铁路的事情就在南怀瑾心里生了根，他提出了三个理念：
一、这条铁路是老百姓的铁路，它将使当地一千五百万人受益，因此，铁路应该实行股份制，让当地老百姓入股，但这种股票很特殊，并不是让人用来炒，用来赚钱的；
二、这条铁路质量一定要高，要保证技术先进，环境优美，甚至包括了车站的设计，以及路旁的植被；
三、铁路的管理必须是一流的，在开始修建铁路之际，就要着手培养管理人才。为了留住人才，铁路公司必须提供足够好的待遇。
1992年11月18日，金温铁道公司正式在温州挂牌，南怀瑾担任其董事长及总经理。在开业典礼中，南怀瑾并未到场，只派了几个学生作为代表，并发来了一封热情洋溢的贺电。在贺电中，南怀瑾一再强调，自己修建这条铁路，是为子孙后代造福的社会公益事业，目的并不是赚钱。
后来，南怀瑾先生曾多次表示过，他在内地搞投资建项目，大多都是有人求，他便应了，他做这一切，只是为了要“为子孙后代修一条人走的道路”。这条道路究竟是什么样的呢？南怀瑾先生引用了宋代儒士张横渠的话来回答：“为天地立心，为生民立命，为先圣继绝学，为万世开太平。”
在金温铁路修建期间，南怀瑾还介入了一件政治大事。
在南怀瑾抵达香港的第六天，当年与南怀瑾同在国民党中央军校任教的老同事，全国政协常委、民革副主席贾亦斌突然找来了，此后又介绍了中央对台工作负责人与南怀瑾认识。这一次贾亦斌找上南怀瑾的目的正是看中了他在两岸政治圈中的人脉关系，希望他能够作为两岸关系发展的“牵线人”。
从1990年年底开始，南怀瑾在香港的寓所成了两岸会谈的地方。在第一次会谈结束后，南怀瑾意图抽身其中，于是分别给两岸领导人写了信，信中说：
我本腐儒，平生惟细观历史哲学，多增感叹。综观八十年来家国，十万里地河山，前四十年中，如阴符经言，人发杀机，天地翻覆。后四十年来，天发杀机，移星易宿。及今时势，吾辈均已老矣。对此劫运，应有总结经验，瞻前顾后，作出一个崭新好榜样，为历史划一时代之特色，永垂法式，则为幸甚！但人智各有异同，见地各有长短，一言兴邦，岂能望其必然，只尽人事以听天命而已。我之一生，只求避世自修，读书乐道了事，才不足以入世，智不足以应物，活到现在，已算万幸的多余。只望国家安定，天下太平，就无遗憾了。目前你们已经接触，希望能秉此好的开始，即有一好的终结。惟须松手放我一马，不再事牵涉进去，或可留此余年，多读一些书，写一些心得报告，留为将来做一点参考就好了。多蒙垂注关爱，宠赐暂领，容图他日报谢。
但南怀瑾并未达成其“早日抽身”的愿望。此后，两岸代表又陆续在南怀瑾的住所会谈了几次。
1992年6月，南怀瑾亲笔起草了《和平共济协商统一建议书》，该建议书获得了中共中央领导的肯定，但最终却没有得到李登辉的回应。此后，南怀瑾终于得以退出两岸会谈。
1997年8月，金温铁路竣工，南怀瑾又有了新的目标，这一次，他要重整中国文化断层，而重整的方式就是推动儿童读经活动。南怀瑾一直都在强调，文化建设必须要从儿童开始抓起。
从白话文教育入手的人，对于中国文化永远通不了。中国文化许多资料宝库都在古文里头，你这个钥匙都打不开，历史也读不懂，中国文化读不懂，西方文化也没有搞通。
因此，为了传承中国文化，南怀瑾提倡“儿童读经”，即倡导十五六岁以前的孩子们阅读儒家以及道家的一些书，包括佛家的一部分经典。南怀瑾认为，将古书的任何一段教给孩子，并不需要全部进行讲解，只要让他背下去，一辈子都能受用。
2005年，南怀瑾回到了大陆，在江苏省吴江市太湖之滨修建了太湖大学堂以讲授中国传统文化。在此期间，南怀瑾一直四处寻访恩师袁焕仙的下落。直至2009年春天，南怀瑾才终于寻找到了恩师袁焕仙的灵骨，并通过多番周折，将恩师灵骨从潼南玉溪口运回到了成都。
寻到袁焕仙的灵骨之后，南怀瑾将其安置于盐亭凤灵寺，并在寺中修建袁焕仙灵塔以纪念师父。此时，南怀瑾已经92岁高龄，但依然亲自撰写了刻于袁焕仙灵塔上的所有文字。
2012年9月29日，南怀瑾在太湖大学堂去世，享年九十五岁。
有人认为他博古通今，堪称“一代国学大师”，也有人认为他不过是“思考”了自己所看过的书，远远达不到“大师”的标准。人民出版社在唁电中表示：“太湖茫茫，雁荡苍苍，大师云逝，百代留芳。书剑飘零，道德文章，惠泽后世，桃李芬芳。以驰哀思，敬奠灵堂。”
南怀瑾究竟是不是“国学大师”，恐怕只能留给更多的人去评说了，也许永远也争辩不出一个答案。正如南怀瑾生前所说的：“明白的人自会分辨，不明白的人辩解也不明白，徒费口舌而已。”
对于自己的一生，南怀瑾曾以八个字自嘲道：
一无所长，一无是处。
“他人评价”
温家宝总理在唁电中说：“先生一生为弘扬中华文化不遗余力，令人景仰，切盼先生学术事业在中华大地继续传承。”
著名文化学者于丹评价南怀瑾时说：“其实我觉得中国文化本身是博大精深的，在我们今天去阅读它，特别是像南先生那样是把儒释道三家打通了那样去阅读的，需要选择一个很好的角度，就是自己的所思所得，是个人的体会，是个人的见地。南先生从来不说自己是全知全能的权威，他用‘他说、别裁、旁通’作为自己的书名，其实我觉得他在表明一种态度，就是真诚地以个人的感悟去激活经典，完成一种个人心得的表达。”
余世存评价南怀瑾说：“南先生‘一辈子没有一张文凭，没有一个好的学位’，但‘怀瑾握瑜’，‘上下五千年，纵横十万里。经纶三大教，出入百家言’，可一直不被学院派接纳，大概就是后者对他的杂学多少有些歧视。在真正汇通中西的明哲之士看来，南怀瑾的‘被传播’，固然有中国传统文化的魅力等因素，但其中也有和现代人的功利心相合的一面，甚至可说是社会浮躁的产物。”
§§第十章 陈寅恪——独立之人格，自由之精神
他身出名门，学识过人，位列“清华四大导师”之一，被称作“公子的公子，教授之教授”；他不仅学贯中西，而且文史兼通，学术研究有很高的境界；他一生都潜心学问，不问世事，更不求显达，因此深为国内外学人敬重——这，就是陈寅格，“独立之精神，自由之思想”，“三百年来仅此一人”。
“陈寅恪的一生”
生平：1890年7月3日，出生于湖南长沙的一个达官士族家庭，祖籍江西义宁（今修水县），中国现代最负盛名的历史学家、古典文学研究家、语言学家，是清华大学百年校史中最为著名的“四大导师”之一，其祖父陈宝箴曾为湖南巡抚，其父是被誉称为“清末四公子”的著名诗人陈三立，因其身出名门，而又学识过人，在清华任教时被称作“公子的公子，教授之教授”。1969年10月7日卒于广州，享年79岁。
著作：《柳如是别传》（全三册）、《隋唐制度渊源略论稿·唐代政治史述论稿》、《寒柳堂集》、《元白诗笺证稿》、《金明馆丛稿初编》、《金明馆丛稿二编》、《读书札记一集》、《读书札记二集》、《读书札记三集》、《讲义及杂稿》、《书信集》、《诗集》、《魏晋南北朝史讲演录》、《唐代政治史略稿》等。
高徒：季羡林、刘适、蒋天枢、刘节、胡守为等人。
求学经历：1902年进入日本巢鸭弘文学院；1905年归国进入复旦大学就读；1910年前往欧洲求学，先后就读于德国柏林大学、瑞士苏黎世大学、法国巴黎高等政治学校；1918年前往美国就读于哈佛大学，学习梵文和巴利文；1921年又前往德国柏林大学攻读东方古文字学，同时也学习了中亚古文字和蒙古语等。
任职经历：先后任教于清华大学、北京大学、长沙临时大学、西南联合大学、香港大学、广西大学、燕京大学、中山大学，主要教授历史、中文、佛教研究等课程。