对台湾当局来说，美国是其在两岸关系中维持现状、对抗大陆统一攻势可以依赖的最大的国际势力。维持密切的台美关系，利用美国因素来压大陆，特别是加强台美军事联系与合作是台湾当局的一贯政策。因此，TMD入台，对台湾来说，不是简单的对美军购或者军事力量建设问题，而是一个综合的政治、外交和战略性的行动。
在“安全”政策上，80年代以来，台湾一方面走所谓“国产化”道路，实行部分武器自给，如研发“经国号”战机和“天弓”型地空导弹；另一方面，则在尖端武器系统方面几乎完全仰仗美国的军售以及技术转让。台湾竭力希望通过发展出与大陆差不多平起平坐的军事力量来获得足以抗衡大陆武力威慑的军事力量，同时，通过发展军备以武力对抗统一。与此同时，台美军事合作对顽固坚持分离主义路线的李登辉当局来说具有重大的外交和政治意义。它是美国支持台湾保留自身意志和政策“独立性”、免于受大陆“吞并”的象征，也代表了美国在两岸关系上所发挥的直接的、巨大的影响力。因此，美台之间的军售关系，以及通过军售来获得先进的武器技术装备对台湾当局来说，不是一个简单的美台军事合作关系，而是台湾竭力谋求与大陆争夺美国这个两岸关系中最大的“第三者”的重要手段，也是台湾当局对美国两岸关系政策“察言观色”、掌握方向的主要依靠。90年代后，由于中美关系起伏不断，台湾当局在获得美国军售武器方面的“质量”与“数量”都较80年代有长足增长。如F-16战机、“诺克斯”级驱逐舰、“爱国者”导弹和“毒刺”导弹等等。台湾方面深知，台湾对美国的军购顺利与否，不但是台湾防务需求能否得以满足的问题，也是台湾抗衡中国大陆关键性的政治、外交和战略资源，是大陆和台湾“国际角力赛”胜负的核心。美台军事合作的程度和方向，是美国准备以什么样的角色在两岸关系中起作用的风向标。
90年代初，美国国防部就透露说，中国开始在台湾海峡附近的东南沿海地区部署战术导弹。1993年，台湾向美国订购了3套共200枚“爱国者Ⅱ”反导弹系统以便抵御来自中国大陆的“导弹威胁”。从1995年开始，美国军方就开始游说台湾加入TMD联合研制。1996年第三次台湾海峡危机也使台湾当局对导弹防御的重要性有了相当感性和迫切的认识。台湾当局研判的结果是，导弹攻击力是大陆武器系统中的强项，并对台湾占有绝对的优势，“导弹威胁”将是大陆对台湾施加和保持军事压力的最主要的手段。台湾岛内有相当一部分意见认为，加强导弹防御对台湾防务建设来说势在必行，应该全力以赴加入美国的战区导弹防御计划。为此，加强导弹防御是台湾从1996年以来一直致力于发展的军备项目。台湾方面向美国订购的“爱国者Ⅱ”也由3套系统增加到了6套。1996年12月，部分“爱国者Ⅱ”反导弹系统的装备运抵台湾。1997年2月，台湾开始在台北附近部署6套“爱国者Ⅱ”反导弹系统，包括有180枚拦截导弹。台湾还装备了同是美国出售的“改良型防空系统”（Modified Air Defense System，MADS）。这是美国随“爱国者Ⅱ”一起向台湾出售的雷达及火控系统。同时，台湾还在研发其自制的导弹防御系统。从1997年起，台湾借助美国的技术援助，在“天弓Ⅱ”的基础上开始研制“天弓Ⅲ”反弹道导弹武器系统。1998年1月，“天弓Ⅲ”完成了系统测试，并在5月举行了首次试射。1999年，台湾军方对“天弓”反导弹系统试验在进一步进行。但台湾当局在TMD问题上相当一段时间内曾有过犹豫。
一开始，台湾军方曾相当热心，请美国评估台湾参与TMD的可行性。1996—1997年，美台双方在每年的军售谈判中讨论了TMD系统入台的问题。讨论的问题主要是在三个方面：一是台湾是否有必要在已有的PEG2/MADSS系统之外再装备TMD系统；二是如果有必要，那么应该装备什么样的TMD系统？三是装备TMD系统的成本估算。台湾军方得知装备TMD的预算花费是一个天文数字后就冷了下来。[24]31997年10月，美国众议院有关责成美国国防部研究台湾加入TMD的必要性的HR2386号决议通过后，台湾表示欢迎，但也只是强调对TMD要作出进一步的咨询。⑥其原因主要在以下几个方面：一是TMD尚处于研制阶段，其实战功效尚未经验证，在技术上是否真正成型还是一个未知数。二是TMD联合研制需要支付出巨额军费开支。台湾报纸曾报道说，美国在1993—2005年间，TMD所需军费估计要达到875亿美元。[26]台湾加入，正好为美国分担研制经费。台湾军费因为各项支出，本来就捉襟见肘，因此担心参与同美国的联合研制会不胜其力，并最终收获寥寥。三是担心挤占其他军费开支项目，影响到台湾防务力量的总体发展。台湾前“国防部长”蒋仲苓就曾公开抱怨过TMD是一个“钱坑”。四是台湾内部、特别是台湾军方内部对TMD也存在着不同的意见。反对TMD的人认为，台湾海峡最窄处只有175公里宽，TMD技术即使成功，这么短的距离也不利于台湾有效防范大陆的导弹袭击，TMD的巨大的经费支出，可能使台湾得不偿失。
另外，台湾内部关于应对大陆“导弹威胁”的方式以及台湾的建军路线，到底是立足于获取进攻性武器以加强“威慑”，还是通过TMD加强“防御”这样不同的军事力量发展方向，仍存在着较大的争论。有一部分人士认为，最好的防御就是进攻，因此认为台湾也应该大举发展陆基进攻性弹道导弹，以中国大陆的主要城市为目标，威慑大陆对台湾的“军事威胁”。[27]即使要建立导弹防御系统，也应该立足于台湾自身研发，而不是加入TMD。[28]
随着TMD问题成为中美关系中一个敏感的关注点，TMD的“政治价值”开始明显高于其“军事价值”和“军费价值”。1997年9月江泽民主席访美前后，美国国务院出现了要求台湾与大陆对话的观点。1998年6月克林顿总统访华在上海口头宣布了对台湾的“三不”政策。这都使台湾感受到了来自美国的压力，在对美关系中再度具有了挫折感，认为在两岸关系中美国似乎正在向中国大陆、而不是向台湾倾斜。台湾当局尤为担心，中美高层首脑互访之后，不断稳定和改善的中美关系会对美国对台军售政策以及安全承诺产生消极作用。为此，台湾需要有所动作来继续“拉住美国”，让美国来继续扮演台湾分离主义势力背后最大的支持者的角色。善于见风使舵、竭尽全力以拉住美国作为台湾“安全”砝码的李登辉当局很快在TMD问题上嗅出了可以离间中美关系的风向，竭力寻求加入TMD的机会，促使美国国会反华势力向白宫施加压力，以此来换取美国再度对台湾有“亲近”的表现。[29]
克林顿结束访华后不久，1998年7月6日，蒋仲苓在会晤美国在台协会理事长卜睿哲时首度表示，TMD对台湾防御确有需要，希望美国提供有关资料，以便台湾进一步评估。[30]蒋仲苓还公开表示，希望美国向台湾“简报TMD有关内容”。而在这之前，台湾官员在谈及TMD问题时，从未正式使用过“台湾确有需要”一说。这显示台湾方面对TMD的态度已经由“保留立场”转变为“弹性立场”。台湾突然作出这样的转变，也是为了配合从6月开始的美国国会亚太小组委员会有关讨论TMD是否应该扩展到台湾的立法辩论。台湾当局力图在作出这样的表态之后，可以推动具有明显亲台倾向的美国国会继续作出将TMD与台湾挂钩的新的立法，“逼”白宫从台湾安全问题到军售以及基本政策都作出有利于台湾的决定。
在此之后，台湾在参谋部之下专门设置了一个部门，具体负责TMD的评估。台湾国防部也加强了其下属的“增进联合防空小组”职能。8月，台湾“参谋部”决定对台湾向美国的军购政策作出重大调整。未来数年内，台湾的军购重点将放在“软件”需求，而非武器装备等“硬件”需求。这主要是为了减缓台湾已经成军的“二代兵力”的规模发展，而将更多的钱花在想要的高精尖武器系统以及操作水平的提高上。例如在海军方面，台湾急于想获得来自美国的“二代二级舰”的技术协助。同时，加速台湾对“二代兵力”的消化、吸收和掌握。这样的军购政策调整的背后，是台湾希望在军购问题上绕开中国对美国所施加的压力，便于美国国务院更好地作出台湾所要求的“售台”武器决定。例如，克林顿访华之前，由于中国的反对，美国曾一度暂停向台湾出售DMS毒刺式导弹。
1998年9月底到10月初，美国参众两院相继通过了要求将台湾包括在TMD系统部署范围之内的1999财政年度国防授权法。随后，一向主张加入TMD的“参谋总长”唐飞访问美国，和美国军方协商了台湾加入TMD联合研制的问题。从美国回来后的唐飞在TMD问题上“态度开放”，被台湾媒体形容为台湾TMD“局部复活”的关键。唐飞在台湾首度透露了美方希望台湾加入TMD的可能性，即台湾可以先加入TMD中的低空层导弹防御系统，这一方面经费应该是在“允许的范围之内”；同时唐飞强调，虽然TMD系统还处在研制过程中，目前还处在“概念阶段”，但台湾必须为装备TMD系统作出基础工作。[31]随即“TMD热”浮出水面，台湾加速了向美国TMD靠拢的进程。
蒋仲苓10月1日在台“立法院”国防委员会答询时说，要评估台湾加入TMD系统的可靠性。11月2日，台国防部发言人表示，虽然现阶段对台湾是否加入TMD不作任何评论，但“建立弹道导弹防御系统是当前的建军重点”[32]。12月1日，这位发言人又提出，台湾方面希望要的是以低空导弹防御为主的TMD系统，即以PEG-3和“宙斯盾”系统为主。此一系统一旦在TMD中提升成功，台湾如果得到，可以在其现有的武器装备的基础上加以接纳，对台湾来说，在经费负担、性能可靠性上均较为可行。这位发言人还强调：“天下没有白吃的午餐，今天如果不参与，未来参与付出的费用可能更昂贵。”[33]
到1998年12月，台湾当局上下基本形成了参与TMD的“共识”，赞成加入TMD成为主流。台湾当局决定建立以TMD为首的导弹防御系统已如“箭在弦上”。特别是以民进党为代表的“独派”议员和政治人士，在台湾“立法院”等各种场合，要求台湾加入TMD，来对抗大陆对台湾的军事压力。在1998年以前，台湾在导弹防御能力建设方面到底是立足于自身发展还是借助于加入美国的TMD系统一直存在着争论。到1999年上半年台湾就TMD问题作出基本决定之后，这一争论已经结束。台湾“国防部”也受命就准备加入TMD拟订方案和采取具体的应对性行动。1999年，唐飞领导下的台湾“国防部”在李登辉当局的支持下，就台湾加入TMD系统作出一系列的重要决定。
（1）台湾一改以潜艇为优先的海军建军策略，转而向美国提出购买4艘装备有先进的“宙斯盾”级军舰，为此，不惜停止台湾现有“二代舰”建造，保证“宙斯盾”舰采购所需费用。台湾此举，就是要配合参与美国主导的TMD东亚防御系统，是台湾竭力想要挤进TMD的具体步骤之一。“宙斯盾”军舰上本身配备有中、低空反导弹系统，它也可以同“爱国者”系统相互配合，为台湾已经装备的“爱国者Ⅱ型”提供更大的导弹搜索、跟踪支持。最重要的是，美国现有TMD构想中的“NAD”（“海军区域反导弹系统”）以及“NTWD”（“海军全战区导弹防御系统”）都是以“宙斯盾”军舰为发射平台。这两个系统的到位就是对“宙斯盾”军舰进行配备TMD系统的改装。因此，将对美军购的重点从潜艇等转向“宙斯盾”军舰，是近年来台湾军事力量建设转向导弹防御的开始，也是台湾在技术上为加入TMD系统所做的实际准备工作。1999年4月，台湾军方决定将原属于空军的C-2S预警机拨归海军管理和使用。这是台湾军事力量向导弹防御方向发展的另一个重要信号。
（2）1999年以来，台湾当局不断地为加入TMD做各种各样的准备。3月23日，台湾空军“副参谋总长”证实，台湾已经编列了260亿新台币预算，准备在2001年起建立新式“长程雷达预警系统”，该系统将使得台湾的军事侦察范围超过1000公里，并且具有对目标导弹飞行轨迹精确的计算能力。[34]为此，购买该型雷达成为1999年美台军购磋商的重要内容。1999年3月底，就在美国TMD系统中的PAC-3首次飞行试验成功后不久，台湾就迫不及待地宣布将花3.58亿美元，向美国购买200枚PAC-3导弹，花10亿美元来购买PAC-3拦截支持系统，以便将台湾导弹防御的覆盖面从PEC-2系统防卫的台北，扩大到台中和南部的高雄。此举也是台湾为了建立可以覆盖台湾全境的低空层导弹防御能力。在今后若干年内，围绕着TMD及其反导弹武器系统建设，将是台湾军备发展和对美军购的重点。
（3）台湾对海军低空层导弹防御系统（NAW）有浓厚的兴趣，同时，台湾支持美国国防部亚太TMD建设选择报告中有关海军高空层战区导弹防御系统（NTW）有利于台湾建立多层次导弹防御能力的判断。[35]
综观台湾方面形形色色的观点和意见，支持台湾加入TMD的理由主要有以下几个方面：
（1）由于大陆的“导弹威胁”日益升高，台湾加入TMD是一项必要的反制“导弹威胁”的军事选择。
台湾当局认为，大陆部署的“M族”导弹是对台湾威胁最迫切的武器。这些导弹都可以实行机动部署，发射的反应时间在30—40分钟之内，隐蔽性强而且命中精确度高。在经过由俄罗斯技术协助的全球卫星定位技术改良之后，其中的DF-15的命中精确度甚至可以达到15米，是当今世界最精确的战区导弹之一。[36]而且，台湾方面认为，大陆在巡航导弹技术方面近年来也有长足进步。今后，为了进一步争取对台湾的军事作战行动的胜利，命中精确度更高的巡航导弹将是大陆未来研制和对台湾作战部署的重点。在“打赢高科技条件下的局部战争”原则的指导下，大陆未来对台湾的军事作战行动肯定将以导弹来首先打击台湾的军事指挥系统、预警系统和各种军事作战力量。[37]台湾如果没有导弹防御系统，将在与大陆可能的直接军事冲突中处于劣势，因此，导弹防御对台湾来说刻不容缓。[38]
（2）台湾现有的导弹防御能力无法有效防范中国大陆的导弹威胁，而未来的出路也只有紧紧地同美国绑在一起。
台湾方面认为，台湾现有的“爱国者Ⅱ”反导弹系统只具有部分弹道导弹的拦截能力，充其量只能拦截最大飞行速度为6马赫的弹道导弹。而大陆所具有的DF-3和DF-4等中程导弹的飞行速度可以达到10马赫，“爱国者Ⅱ”就根本无法拦截了。而且“爱国者Ⅱ”的拦截命中率只有10%—20%，如此低的拦截能力，无法应付来自大陆的“导弹威胁”。“爱国者Ⅱ”的防御范围也十分有限，只能防卫大台北地区，对于台湾的军事设施、港口、机场等，防卫非常困难。如果想要进一步提升台湾的导弹防御能力，台湾必须与美国合作。没有美国在技术上的支持，或者美国直接批准台湾的军购，靠台湾自己的研制能力，充其量只能是某种低空层的导弹拦截系统，根本无法独立完成和掌握高空层上的导弹拦截技术。即使台湾能够自行研发出低空层的导弹拦截系统，其预警和目标跟踪系统与通讯、控制、指挥和管理系统仍然需要从美国进口。更重要的是，弹道导弹拦截往往需要卫星全球监视和跟踪、定位系统。台湾在1998年才研制并委托发射了首枚商用和科学试验卫星。军用卫星的发展和部署还不知要到什么时间。这些条件决定了台湾必须在导弹防御能力方面紧紧依靠美国。
（3）TMD系统入台可以基本解决台湾的导弹防御需要。
台湾方面认为，TMD系统由于是一种“家族武器系统”，各种反导弹武器的配备可以满足台湾针对大陆“导弹威胁”之下的防御需求。例如，PAC-3可以对付各种射程在1000公里之内的短程导弹，而且其防御范围可以达到6000平方公里，对巡航导弹也具有拦截能力。“宙斯盾”战舰更是被台湾视为导弹防御的“法宝”。美国在90年代对“宙斯盾”海军武器系统进行了改良和升级，1998年，“标准Ⅱ型”（SM-2BlockIV）开始投入现役装备。该型海基拦截导弹可以对付中、短程弹道导弹，甚至可以对付超音速飞行的巡航导弹，对俄制的SS-N-22巡航导弹可以进行拦截。而且，其作战范围可以达到17000平方公里。[39]“宙斯盾”系统和“宙斯盾”级战舰特别适应台湾的防务需要。台湾是一个海岛，全岛南北长度不到400公里。“宙斯盾”级战舰的游弋能力、机动性和作战范围，可以使得战斗值勤中的任何一艘台湾的“宙斯盾”战舰对全台湾进行导弹防御。如果台湾能够通过军购获得4艘美国“宙斯盾”级战舰，再加上已经提出订购的PEC-3，台湾就可以在包括全岛各沿海100公里的地理范围内，在高40公里的空间中，建立起战区导弹防御网络。[40]如果还能加入TMD，在已有“宙斯盾”军舰的基础上获得海基高空层战区导弹防御系统的话，台湾导弹防御的地理范围和垂直空间将会进一步扩大，甚至可以具有拦截战略性弹道导弹的能力。到时，台湾就不用“畏惧”大陆DF-2、DF-3以及DF21等中程弹道导弹了。
（4）如果能够挤进美日TMD联合研制，台湾就等于是加入美国所主导的亚太安全体制。这不仅将增强台湾对抗祖国大陆的军事实力，而且对于台湾竭力谋求的务实外交的突破以及密切美台、日台安全和政治联系，都具有重要作用，台湾对抗祖国的统一政策，就可以有更多的国际保障。[41]而且，台湾认为，如果能够实现美台TMD联合研制，显然有利于台湾今后通过技术转让或者军购的方式从美国获得TMD武器系统，从而避免因为美国售台武器而受到大陆的“抗议和打压”，这样今后美国TMD系统对台军售的障碍就会大幅度减少。[42]
然而，在技术性的处理上，台湾当局却用尽了心思。李登辉当局从未正式表示台湾已经决定要加入TMD。无论是李登辉本人，还是台湾“外交部”、“陆委会”以及“国防部”，都统一口径，强调台湾保留参加TMD的权利。李登辉当局在策略上，是先表态有加入TMD系统的强烈需要，先着手作参加的准备，但是，在公开场合却故意不说台湾极力想或者已经决定要“加入TMD”。即使是在1999年2月已转任台湾“国防部长”的唐飞在公开场合谈及TMD问题时，也故作“含蓄”，表示台湾迄今对TMD只有“腹案”，并不是有钱就能参与TMD的。在对外说法上，台湾方面都一致表示，是所谓中国大陆的“导弹威胁”，使得台湾“迫不得已”要提高导弹防御能力。
1999年3月8日，李登辉表示，台湾加入或部署TMD是为了应对大陆的“导弹威胁”，如果中国大陆不以台湾“为敌”，大举部署导弹，台湾没有必要设立TMD。1999年3月9日，唐飞在“立法院”说，中国大陆对台湾的“导弹威胁”，台湾“不能坐视不理”，“不能等3—5年后飞弹打到我们头上来了再说”，因此，对于TMD，“现在可以先做基础工作”；“加入此计划的高层防御部分，将取决于民意”。[43]在台湾分离主义势力的大肆炒作之下，加入TMD似乎成为台湾可以对抗统一的“护身符”，这对台湾的民意起了相当大的误导作用。1999年3月15日，台湾媒体报道说，根据民意测验，台湾有85%的民众支持台湾加入与美国的TMD联合研制。即便如此，李登辉当局仍然不敢公开表示台湾要加入TMD。
李登辉当局之所以要这么做，无非是为了向美国“作秀”，摆出一副在TMD问题上“迫不得已”的姿态来博取亲台的美国国会和政府人士的更多同情和支持。同时，台湾当局尽管已经决定加入TMD，但对于美国政府究竟是否会批准台湾的这一决定心中无底。台湾方面非常清楚中国大陆在TMD问题上的严正反对立场，也清楚对白宫来说，要作出这样一个决定需要平衡其对华政策的各项目标。因此，虽然台湾当局竭力想挤进TMD美台联合研制，但最终的决定权根本不在台湾手里。如果白宫为了与中国大陆的关系而舍弃TMD美台联合研制，即使台湾哭天抢地地表示要加入，一样没用。当时在TMD美台联合研制方面，只有亲台的美国国会在竭力鼓动，而白宫尚未对台湾正式发出这样的“邀请”。美国政府在TMD美台联合研制问题上到底持什么样的政策，台湾心中没底。所以，为了保住今后万一加入不了TMD有可能大丢的脸面，为美国国会反华势力的表现造势，同时避免向白宫施加压力之嫌，李登辉当局才不得不在TMD加入一事上如此“作秀”。台湾现在所想的是，从内到外都在预购一张TMD的“门票”，但为了台湾有利的“外交环境”，宁可先做，但先不多说。正如台湾媒体所评论的，在TMD问题上，台湾想“抱美国的大腿，但是离要卖身，还早得很”[42]。
但是，台湾当局想要加入美国TMD系统的决心已定。台湾目前在TMD问题上的战略是首先通过军售获得低空层TMD系统，即部分参与TMD；其次是即使不能全部得到低空层TMD拦截系统，至少可以通过军售、或来自美国的相应武器系统和技术的转让来实现拥有低空层TMD导弹防御系统的目的。随着时间的发展，在美国高空层TMD研制成功以及台湾的基础性设施相应到位的情况下，例如首先实现“宙斯盾”级军舰对美军购成功，参加美国高空层海基TMD的系统；最终获得以NTWD为代表的TMD高空层导弹防御能力。从而为台湾建立起多层次、大覆盖面、多火力的战区导弹防御系统，既可以拦截来自祖国大陆的短程战术导弹，也可以拦截例如像DF-21这样的中程弹道导弹，同时拥有大陆巡航导弹拦截能力。同时，台湾当局强调TMD的政治效应和安全效应大于其军事或军费的实际支付能力等现实考虑，避免因为加入TMD所付出的庞大的军费开支而受到在野党以及不同观点人士的指责。