16世纪的后半期，中国资本主义的生产方式开始稀疏萌芽。随着经济的发展，人们的思想也开始有了相应的变化。李贽就是这种变化的一个重要代表。
李贽，原姓林，本名载贽，因避穆宗朱载垕的讳而改名贽，后又改姓李，故世称李贽。李贽字卓吾，又称笃吾，号温陵居士，又号百泉居士，因他的家乡在温陵，又因他家乡有百泉。李贽又号宏甫居士等。他祖籍河南，元代末年南迁福建泉州。他是回族。
关于李贽的出生时间有确与不确两种说法。《中国文学家大词典》说他生卒年均不详，约明穆宗隆庆初前后在世。《中国大百科全书·中国文学Ⅰ卷》、《中华文学通史》、白寿彝主编的《中国通史》等都有非常明确的说法，说他生于公元1527年，卒于公元1602年。按照这种说法，那么，李贽在世生活了76个年头。这正是明朝嘉靖、隆庆、万历三个皇帝执政的时期。这一时期，中国资本主义生产方式有了萌芽。新生的资本主义生产方式，给李贽的思想和行为以很多新的昭示，但资本主义萌发时的阵痛，也给李贽带来了一生的不幸和痛苦。但是，作为一个新时代的斗士，他勇敢地承受了那些精神上和肉体上的折磨，并因此而献出了生命。
李贽的家庭对李贽成为新时代的斗士具有重大的影响。他出生在那个时代一个新兴阶级的家庭——商人世家。他的一世祖林闾从事过海外贸易，二世祖林弩内外贸易都做，明洪武时期还奉命下西洋。三世祖也有“经营四方之志”。后来明朝实行海禁，他家的贸易活动就慢慢减少了，家道因此而开始衰落。由于几代人的海外经商活动，家中人口都有一些翻译外语的能力。他的曾祖林琛还做过“通事官”（翻译员），李贽也有这种能力。到李贽时期，家族中经商的人仍然很多。他的祖父和父亲也都是商人。他的家乡泉州又是开放口岸。这种家族对他性格、思想、主张的影响都是不可忽视的。
出身在这种家庭的李贽，偏偏又爱好上了文学。他6岁丧母，但父亲很重视他的教育。12岁的他，就能写一手好文章。他不仅能文，而且好学，少年时代就熟读了《礼》、《易》、《尚书》等古代的经典，打下了深厚的基础。20岁时与黄家女成婚，这就是他在以后的很多文章中提到的“黄宜人”。这位黄宜人跟着这位被世人视为“异端”的李卓吾，东颠西沛，困苦拮据地过了一生，结果先李贽而去。她死后，李贽曾有信给女婿庄纯夫，信中写道：“夫妇之际，恩情尤甚，非但枕席之私，亦以辛勤拮据。有内助之益。若平日有如宾之敬，齐眉之诚，孝友忠信，损己利人，胜似今世称学道者……我虽铁石作肝，能不慨然！”信中还写道，自从黄宜人死后，她的魂魄经常来到他的梦中。但是，此时的李贽已入僧堂。按照黄宜人平日的谨慎是不会轻履僧堂的，但是，按照李贽的新的思想观点则认为“僧堂一到亦有何妨”？可见李贽的新思想是渗透在他思想的各个方面的。信的后半部写得更为感人，他叫女婿将这封信焚告给黄宜人之灵，叫她切“勿贪托生之乐”，“勿贪人天之供”。因为一旦投胎人腹，“便有隔阴之感”，一旦享受了天人的供养，就会“忘却前身自由自在宿怨”。但又想到黄宜人平日的为人，死后必然进入天堂。那么，他希望黄宜人时时不要忘了他，等到李贽的“寿终之时，一来迎接”，则夫妻还可以“转转相依”。并要求女婿将这封信在黄宜人灵前苦读多遍，黄宜人“定能自知”。
李贽与黄宜人结婚后就外出为生计奔走了。26岁时，他中了举人。30岁那年，他被任命为河南卫辉府共城（今辉县）教谕。从这一年开始，到他54岁弃官回家，他一共经历了二十多个年头的仕宦生涯。别看李贽当官的时间有二十多年，以为他一辈子会是多么风光。其实李贽一生所当的官，都是小官。官位最高的是他在隆庆五年（1571年）至万历四年（1576年）五六年间所担任的南京刑部员外郎和弃官之前担任的云南姚安知府（四品），其他都是七品以下的小官。像初出道时的河南卫辉县教谕，是个七品，嘉靖三十九年所担任的南京国子监博士，是个八品，嘉靖四十五年担任的北京礼部司务更是个九品，比七品芝麻官还低两等。二十多年的仕宦生活，他也就在这六、七、八、九品官级上徘徊。所以袁中道在《李温陵传》中说他“徘徊郎署间”。这是李贽当官的一个特点。
第二个特点是在任上，他都和上司搞不好关系。不是和高尚书“触”（抵触，发生矛盾），就是和高侍郎“触”，要不就是和他们“尽触”，最后连那个与他最相知、最“有能有守”的骆问礼也“触”了。在李贽《焚书》的很多文章中都能够看到这样的记载。
李贽所以老与人家发生抵触的重要原因，是他生性不愿受人管束。关于他不愿受人管束，在《焚书》中也有很多记载。如《感慨平生》中就说：“我平生不爱受人管。夫人生在世，此身便受人管了，幼时不必言；从训蒙师时又不必言；既长而入学，即属师父与提学宗师管矣……来而迎，去而送，出分金，摆酒席；出轴金，贺寿诞。一毫不谨，失其欢心，则祸患立至，其为管束至入木埋下土未已也，管束得更苦矣。”他的另一别号“流寓客子”，也是因为不愿受人管束而取的。这不愿受人管束，是早期自由主义的要求。可见李贽的生活或是为官，都和对自由的追求有关。
李贽为官的第三个特点是他当官不是为升官发财，而是非常现实地解决一家人的穿衣吃饭问题。他一家三十多口，张嘴等食，这么现实的一个问题，李贽也是不能不考虑的。不为升官发财而当官和为往上爬而当官，所费的心思和力气就太不相同了，为升官发财肯定要费很多心思和应酬，而不为升官发财就可以把这些时间用来处理公务和读书研究上。李贽就是这样，在办完公务以后就潜心读书，研究问题。这也就是李贽著作宏富的一个原因。
李贽做得最好的官是万历五年（公元1577年）担任的云南姚安知府。姚安地处西南边境，多种民族杂居，前任官员又“严刻”，“吏民多不安”。对于这么一个多种矛盾积聚的地方，李贽采取了“不言而治”的政策。他认为，地处边境，民族杂居，“法难尽执”，“一切持简易，任自然”为好。如果能够“日过一日，与军与夷共享太平足矣”。凭着这套政策，姚安地区被他治理得不错，得到了同僚和下属的拥护。但一者，他有些事情太放任，影响了百姓的利益，朝廷对他的某些做法持不满态度，有些同僚也提出不同看法，因而发生抵触。再者，他到任前就有言在先，说只要“收拾得正四品俸禄归来为居食计”，他就马上辞官与朋友游。因此，等到任职期满，他就“谢主簿，封府库，携其家”离职不干了。当时的巡按刘维不接受他的辞呈，他就跑到大理的鸡足山下阅读龙藏经去了。刘维见他态度坚决，也就只好准许他提前致仕。“致仕”是解官的意思。
不过，对于李贽的弃官回家，清人查继佐的《罪惟录》有另外的说法，他说，李贽的弃官是因为他“佞佛”（沉迷于佛教），说他曾经“禅衣帽而坐堂皇，视公事”被上司抨击了。持这种说法的还有《明史·耿定向传》说：“贽为姚安知府，一旦自去其发（头发），官服坐堂皇，上官勒令解任。”这是万历八年七月初的事。从此，李贽就开始了他的弃官为民、读书著述的新生活。
弃官后他首先来到湖北黄安，投奔他的好友耿定理和周思敬。在这里，他撰写了《解老》二卷。可是不久好友耿定理去世，耿定理的哥哥耿定向与李贽观点龃龉。李贽的名言“夫天生一人，自有一人之用，不待取给（取其物以供需用）予孔子而后足也。若必待取给予孔子，则千古以前无孔子，终不得为人乎”，就是与耿定向论辩时说的。（《答耿中丞》）
这一时期，李贽还有过一个惊世骇俗、令道学家瞠目结舌的举动——在讲学中招收女弟子。这些言行极大地触怒了道学家，和耿定向的矛盾也到了不可收拾的程度。于是，李贽离开黄安，去麻城，住进了维摩庵，继续着与道学家和耿定向的斗争。
李贽在黄安、麻城呆了七八年之后，万历十六年初，离开维摩庵，到了麻城龙潭芝佛院，开始了一段有名的芝佛院的生活。在这里，他和无念、周友山等几位僧人，“闭门下键（门杠），日以读书为事”。他所读书，涉猎广泛，“东国之秘语，西方之灵文，《离骚》、班、马之篇，陶、谢、柳、杜之诗，下至裨官小说之奇，宋元名人之曲”他都阅读。不仅阅读，他还给以品评，所谓“雪藤丹笔，逐字雠校，肌襞理分，时出新意”。这些批文或评鉴，文字精妙，见解独到，不受规范，“其为文不阡不陌（无拘无束）”，但见解精深，“虑（思考）其胸中之独见，精光凛凛（严肃，严峻），不可迫视”。他与人交谈，不投机者，则“寂无一语”，赶上道同理合的，则“镇日言笑”，“滑稽排调，冲口而发，既能解颐，亦可刺骨”。（袁中道《李温陵传》）
在这里，他除了读书和研写外，还干了一件惊天动地的大事——剃了头发。中国古人说身体发肤受之父母，头发是不能随便剃落的，除非出家。可是，李贽因为天热难耐就叫人把头发剃掉了，只留下胡须。这件事情，引起了世人强烈的议论，也为后世之研究者带来一些疑团，搞不清楚他到底出家与否。但是在这里，他却过了一段非常惬意的生活。
在这段日子里，他的研究和撰著硕果累累，万历十六年编成了他的第一部著作《初潭集》33卷。这部著作所以取名“初潭”，是因为“初落发龙潭即纂此书”的缘故。他是在龙潭初落发时开始写这部书的。他也因这部书中对理学家进行了痛斥和讽刺，而遭到了不断的驱逐和迫害。他的最著名的三部大作《说书》、《焚书》、《藏书》都是在这种情况下开始编辑的。万历十八年，《焚书》刻印问世。同时，李贽也加强了自己的游历活动。万历二十四年，李贽游山西和北京。万历二十六年游南京，万历二十八年游山东济南。
在这些日子里，他遭到了恶势力迫害。突出的事件有两起，一起是万历十八年，耿定向抛出了《求儆书》（“儆”是戒备警惕的意思），诬蔑攻击李贽，并在万历十九年，乘李贽游武昌黄鹤楼的时候，聚众围攻、谩骂、驱逐。另一起是万历二十八年春，因《焚书》、《藏书》的刊行，造成极大影响，人人争相购买，形成了“人夹一册，以为奇货”的局面，激起了恶势力的恐惧和仇恨，于是又用了买凶围攻驱逐李贽的旧法。不过，这一次比前一次更有甚者，他们捣毁了李贽所寄居的芝佛院，说是“逐游僧，毁淫寺”。这一次，李贽在学生杨定见的帮助下逃入河南，在汝宁府商城黄蘖山中暂住下来。在避难期间，他仍然不停地读书和写作。
万历二十九年，有一位被罢了官的御使马经纶把李贽请到京畿通州自己家中居住。这时的李贽已是重病在身，常常不能起床，但他仍然抱病写作，直到完成他的最后一部哲学著作《九正易因》。到他把这部著作写完的时候，病势已经很沉重了。就在这时，他写下了遗书。遗书对他的后事作了具体而详尽的安排，如对圹坑的大小尺寸、如何装殓、如何下葬，都作了具体的要求。总体的意思是，一切从简，不要俗气，不要“摇动人言”，“不可换新衣”等等，只求节省和洁净。
但是，李贽这么简易的要求，并没能实现。万历三十年，是一个闰年，闰的是春寒料峭的二月。在这个残冬未尽，早春未临的时候，礼部给事中张问达上书以种种罪名劾奏李贽，说他壮岁为官，晚年削发，又刻印《焚书》、《藏书》等“流毒海内，惑乱人心”的书籍，“狂诞悖戾”，“刺谬不经”（刺，尖刻，指责；谬，谬误；不经，不遵守成规定法），“不知尊孔子家法”。还造谣诬蔑说李贽在芝佛院“狭妓”，“勾引士人妻女”等，将李贽治罪。其实李贽平生“淡于声色”，“恶近妇女”。就在李贽病情转重的时候，有一天，马家院落突然人声匆匆，原来是卫士到了。李贽立即明白了这是来抓他的，就大声说，这是来抓我的，于是快步疾走。但身体太虚弱，走了几步就走不动了，于是，他大声疾呼道：“赶快给我取门板来，我是他们眼中的罪人，不能留。”于是，他躺上门板，叫人把他抬走。马经纶要与他同往，他拒绝。马经纶说：“朝廷把您当妖人，我是藏妖人的人，要死就一起死，终不能叫您一人独往。”于是一同到了衙门。到了狱中，李贽仍然写作不辍。三月十五日，李贽突然说头痒，要求剃发。等到侍者来给他理发时，他突然夺过侍者手中的剃刀，迅速地抹向自己的喉管，他倒在了血泊中。但是，他没有立即毙命。一息游丝，使他“气不绝者两日”。有人问他，你疼吗？他说不疼。又问他，为什么要自杀，他说：“七十老翁尚何求？”说完就气绝了。（以上史料见诸袁中道的《李温陵传》，与白寿彝主编的《中国通史》稍有出入）
李贽一生给后人留下了丰富的思想和精神遗产。他提倡非孔，提倡童心。他的反孔言论在他的著作中比比皆是。比如，除前文所引用的一些著名的反孔言论外，还有阐明孔子理论决非“万世之至论”的言论等。他在《赞刘谐》中充满讽刺意味地说，“怪得羲皇以上圣人尽日燃纸烛而行也”。因为道学家们说，“天不生仲尼，万古如长夜”。他的童心说就是真心。他说：“夫童心者，真心也”，“夫童心者，绝假纯真，最初一念之本心也。若失却童心，便失却真心。失却真心，便失却真人，人而非真，全不复有初矣。”其实，李贽就是这种理论的忠实奉行者。他的性格就是一种率真的性格。袁中道在《李温陵传》中说他喜洁，性爱扫地。他扫地时，人们来夺他的扫帚，他是不给的。衣裙都洗得很“鲜洁”。他经常洁面拂身，如同水洗。他“不喜俗客”，有客人来了，只一交手，“即令之远坐，嫌其臭秽”。但是，遇到他所喜欢的人，他可以与之“镇日言笑”，但是如果碰到一个话不投机的，则“寂无一话”。他随心所欲，不拘礼节。一切行为举止，喜好厌恶，都出自他的真性情，绝无半点虚假。
由于他一时的头皮发痒而落了发，引起了对他一生的非难，有说他目无礼法的，有说他出家为僧的。其实，李贽就是因为一时头痒难忍，又爱洁净，没有太多的说头。但大家既然说他出家，是个异端，他干脆就顺水推舟，“遂为异端以成彼竖子之名”。其实，他并不主张剃度出家，也没有皈依过什么宗教。他在《答焦漪园》中说：“今世俗子与一切假道学，共以异端目我，我谓不如遂为异端免彼等以虚名加我。”这样，在他的“未涅槃之日，皆以阅藏为事。不复以儒书为意也”。他落发的另一个原因是“家中闲杂人等，时时望我归去，又时时不远千里来迫我，以俗事强我，故我剃发以示不归，俗事亦决然不肯与理也”。看来他的落发原因有二，一是让道学家以异端看他，而他就可以取异端之所言所行，二是免得家人以家事麻烦他。这两者都与他想自由自在著述立说有关。所以，他不是一个消极避世之人，只是用了一种曲线斗争的方式。李贽的落发行为终于在万历十八年（1590年）在黄鹤楼遭耿定向驱逐后改变了。他在《与周友山书》中说到了这个问题，说自己的黄鹤楼被驱既是被视为“左道”，那就恢复本来面目，以堵人口舌罢。
李贽是一个民主斗士，但是他毕竟生活在中国资本主义刚刚萌生的时期，所以在他身上还有一些斗争不彻底和理论行为的矛盾之处，这是不能求全责备的。