原来祖父及父亲的突然丧命是因为明将受建州女真图伦城主尼堪外兰的唆使而致。为替父祖报仇，努 尔哈赤整点出父祖的十三副遗甲，率领不足百人的部众，击败并杀死了帮助明军的尼堪外兰。此后，努 尔哈赤东征西讨，势力日益扩大，万历十五年（1587年）在烟筒山下建费阿拉城称王，并很快将整个建州女真统一在他的麾下。
努 尔哈赤的崛起，成为居住在开原以东和松花江中游一带的海西女真的心腹大患。万历二十一年（1593年）九月，海西女真各部集三万兵马，分三路向建州进攻。当时，大家听说三万人马来攻建州都非常惊惧，努 尔哈赤却泰然自若地对众人说：“九部联军号称三万，但不过是些乌合之众；我们尽管人少，却心齐志坚，又能立险扼要，以一当十。只要先击杀他们的头目，其部属必会不战自溃。”听了这番鼓动，将士们顿时信心倍增。战斗打响，努 尔哈赤身先士卒，宛如天神一般神武无敌，力斩联军首领布斋，联军没了首领，顿时溃不成军，这一仗努 尔哈赤大获全胜，从此威名远震。
万历二十七年（1599年）九月，叶赫与哈达两个部落之间发生冲突。哈达首领孟格布禄自知不是叶赫对手，便把自己的三个儿子送到费阿拉城做人质，请求努 尔哈赤派兵相助。这无疑给了努 尔哈赤一个出兵的良机。他即刻派费英东、噶盖率领两千兵马前去救援。叶赫得知哈达引来了努 尔哈赤的援兵，顿时没了主意。后来有人提议将哈达收买，然后与哈达一起对付努 尔哈赤，这样不仅可解目前之困境，还可努 尔哈赤受挫。叶赫部派人给孟格布禄送去一封信，信中极尽威胁利诱之能事，并声言如果哈达能够捉住建州派来的两员大将，叶赫将与哈达重修前好。孟格布禄还真上了叶赫的圈套，答应按其主意行事。得知此事，努 尔哈赤火冒三丈，恨透了这个出尔反尔、过河拆桥的哈达，当即命令弟弟舒尔哈齐做先锋，率兵一千人去征伐那个恩将仇报的哈达。舒尔哈齐率军赶到哈达城下，见敌军气势正盛，不可轻易交战，便在城下按兵不动。随即赶到的努 尔哈赤冒着矢石带兵猛攻，经过七天七夜的激战，终于攻克了哈达城，生擒了孟格布禄。
随后，在万历三十五年（1607年），努 尔哈赤先派精兵数十人装扮成商人混入辉发城，作为内应。然后自己亲率兵马逼近辉发城下，里应外合，一举灭亡了辉发。
万历四十年（1612年）九月，努 尔哈赤又亲率大军征讨乌拉。人强马壮、骁勇善战的建州兵以迅雷不及掩耳之势连下乌拉六城。贪生怕死的乌拉首领苦苦哀求努 尔哈赤手下留情，才保住了自己的小命。努 尔哈赤命令布占泰将人质送到建州，留下军士千人驻戍，遂率大军撤回。
第二年，布占泰再次背约，努尔哈赤又一次兵临城下。在来势凶猛的建州大军面前，布占泰丢盔弃甲，只身逃往叶赫。建州军击溃敌兵三万，斩杀一万，获甲七千副，灭亡了乌拉。至此，海西扈伦四部仅剩下叶赫一部了。
万历四十七年（1619年），努尔哈赤发动了攻取叶赫的战争。当时叶赫有东西两座坚固的城堡，分别由两个首领金台石和布扬古坚守。勇猛善战的叶赫兵与久经沙场的建州兵拼杀得你死我活，经过多次激战，建州兵冲入东城，叶赫人据家死守。努 尔哈赤见此就传下命令：凡城内军民，投降者一概不杀。结果此令一下，叶赫军民纷纷放弃抵抗，只有首领金台石继续带着家眷、近臣躲在堡楼上负隅顽抗。努 尔哈赤的兵士准备用斧子砍毁石楼，金台石见走投无路，又想放火自焚，结果建州兵士一拥而上，将他俘获，随即被下令绞死。东城沦陷，西城也乱作一团，没过多久，布扬古的堂弟打开城门投降，布扬古被迫投降后也被努 尔哈赤绞死。
在统一建州和海西女真的同时，努 尔哈赤对海东女真诸部也采取了征伐与招抚两手并用的策略。从万历二十六年（1598年）开始，努 尔哈赤从海东女真瓦尔喀部、窝集部和虎尔哈部先后向建州迁入五万多人。到万历末年，努 尔哈赤统一了所有的女真部落，成为女真部落真正的王。