乾隆在文化上的最大功绩是组织编纂《四库全书》。乾隆三十七年（1772年），安徽学政朱筠奏请从《永乐大典》中辑录古代亡佚典籍。乾隆认为四库书目，以经、史、子、集为纲领，裒辑分储，是古今不变之法，下旨设置四库全书馆，集中力量以十年时间，编纂《四库全书》。乾隆三十八年（1773年）《四库全书》馆成立，编纂工作也正式开始。乾隆任命了宗室郡王永墒、大学士刘统勋、于敏中等16人为总裁，任命尚侍等官为副总阅官。实际校纂的是总纂官纪昀、陆锡熊、总校官陆费墀，其中出力最多的是纪昀。另有抄写人员3826人。乾隆五十二年（1787年）《四库全书》缮写完毕，历时15年。以后又反复检查书籍内容，校对错误缺漏，并补充一批书籍，直至乾隆五十八年（1793年）编纂工作才完全结束。
《四库全书》是我国历史上最大的一部丛书，它把我国历代的重要著作，分编于经、史、子、集四部44类之下，共收图书3457种，74070卷，包罗宏大，丰富浩瀚，为我国古代思想文化之总汇，使古代许多有价值的典籍得以保存和流传下来。
《四库全书》著录的书，除小部分御制作品和奉旨撰述的官文外，都是历代典籍。编纂过程中，纪昀等著作《四库全书总目录提要》，共200卷，对著录的3457种书籍以及未著录而存其目的6766种书籍都作了介绍和评论，简要地叙述每部书籍的内容、作者生平，评论其优劣得失，探讨其学术渊源和版本异同，是一部重要的目录学著作。
乾隆编纂《四库全书》的目的，他自己说是崇儒重道的需要，要以文载道，而不仅仅是为博取重文的名声，是要像张载所说的那样，“为天地立心，为生民立道，为往圣继绝学，为万世开太平”。其实乾隆的目的只有两个，一是借编纂《四库全书》显示自己重视中国古籍，笼络读书人，二是搜集销毁“悖逆”和“违碍”的书籍。二者皆是出于实行文化专制的需要。乾隆要在编纂《四库全书》的同时，对全国书籍作了一次全面的大规模的检查，销毁了那些被认为不利于其统治的书籍，也即“悖逆”和“违碍”的禁书，包括明末清初的一些包含有不利清代的文字的史书和诗文集。乾隆对清人入关前的历史讳莫如深，有提及清人曾向明称臣、受明册封，甚至“建州卫”和“女真”的书，都要烧毁，以后查禁书籍的范围越来越大。
《四库全书》完成后，仍进行了多次抽查，乾隆五十二年（1787年）纪昀把从《四库全书》中最后清查出来的应撤出销毁和语言可疑的书及所开列的清单一起进呈乾隆。清查之严格挑剔，到了可笑的地步，如朱彝尊《曝书亭集》中《谭贞良墓表》一文有“百折不回，卒保其发肤首领，从君父于地下”，这样被认为有语病的文字，也予抽毁。经过这样大规模的反复查禁，乾隆共销毁了书籍3000余种，6万卷以上，种数几乎和四库所收的书一样多，这是中国文化无法挽回的重大损失。