乾隆晚年，阶级矛盾日渐尖锐，人民起义不断。乾隆三十九年（1774年）山东王伦起义掀开了一系列武装起义的序幕。乾隆四十六年（1781年）甘肃循化（今属青海）发生苏四十三领导的撒拉族人民起义；乾隆四十七年（1782年）田五领导回民起义；乾隆五十一年（1786年）台湾林爽文领导汉族、高山族农民起义；乾隆五十九年（1794年）湖南、贵州苗民起义。乾隆就是在人民起义声中和吏治败坏的情况下迎来了他即位的第60个年头。但他自己却说：“六十年间，景运庞洪，版图式廓，十全纪绩，五代同堂，积庆骈蕃，实为史册所罕觏。”在这里他完全无视人民的不满和反抗，也闭口不提吏治的败坏和他做的种种“无益害有益”的事。然而，也不能否认，60年间，他的确颇有作为，这是和他的才能和勤政分不开的。他大权独揽，勤于政事；他有较高的文化素养，他热爱汉文化，并有一定的造诣；他懂得蒙文、藏文、维吾尔文等多种民族文字，召见各少数民族王公贵族可不用翻译；他对喇嘛教经典也有研究；他精于骑射，直到78岁时才不骑马射箭。如果撇开他对西洋科学知识的无知，可以说，他是个文武双全的人才。他自己认为，在位60年，虽已85岁，仍精神康健，不至倦勤。但因他在即位时曾焚香告天：圣祖康熙在位61年，如果自己能在位60年，便传位嗣子，不敢达到祖父在位之数。这样，他便在乾隆六十年（1795年）九月在勤政殿召见王子、王孙和王公、大臣，下诏宣布册立皇十五子颙琰为皇太子，以次年为嘉庆元年，传位太子。次日，太子及文武大臣奏请等乾隆归天之后，太子再接位。乾隆回答自己曾焚香告天，不能更改。但归政后，军国大事，当然不能置之不问，仍要亲自指教。嘉庆元年（1796年）正月六日，举行授受大典，乾隆御太和殿。颙琰跪着从乾隆手上接过宝玺，即位为嘉庆皇帝，乾隆退位为太上皇。这时颙琰已经37岁了。
乾隆的权力欲望并没因退居太上皇而消失，仍紧紧抓住军国大事和用人行政大权，并不时御殿受朝，或以主人身份赐宴群臣，颙琰徒有皇上的虚名，实际上只是个陪侍的角色。颙琰还常常要去乾清门听乾隆教导。每月初一和十五还要去朝拜太上皇。颙琰还要“朝夕敬聆训谕”。中国历史上有好几个皇帝晚年成了太上皇，但像乾隆这样自愿退位又拥有不下于皇上的权力的，却是唯一的一个。乾隆当了三年太上皇，嘉庆四年（1799年）正月初三，卒于养心殿，终年89岁，谥曰纯皇帝，庙号高宗，葬于河北马兰峪裕陵，有子17人，女10人。