河防日坏，河患愈烈，这是乾隆皇帝扔给嘉庆帝的又一大难题。
嘉庆元年（1796年）六月，河决丰汛，冲开南运河佘家庄堤，由丰、沛北注金乡、鱼台，漾入微山、昭阳各湖，穿入运河，漫溢两岸，江苏山阳、清河等多处被淹。南河总督兰第锡拟导水入蔺家山坝，引河分达宿迁诸湖，泄水仍入河下注，于漫口西南挑挖旧河，引流东趋入正河，并绘图上奏。
与此同时，嘉庆了解到山东布政使康基田经理河务有年，治河成绩尚著，便派康基田“前赴工所会勘筹办”。
嘉庆八年（1803年）九月十三日，黄河在河南封丘衡家楼段决口，这可以说是嘉庆期间河工的一件大事。这次决口来得十分突然，因当时“已过霜降，水落归槽，方期各工巩固”，水势来得非常凶猛，“南岸滩咀逼溜北趋，以致堤根刷陷”，开始时过水30余丈，数日间塌宽竟至500余丈，“势如建瓴，以致掣动大溜，甚为浩瀚”。东北由范县一直到张秋，穿运河东趋盐河，经利津入海。直隶长垣、东平、开州等地都是洪水泛滥成灾。
当嘉庆帝接得署东河总督嵇承志的飞报后，非常重视，立即采取了特急措施，委派吏部尚书刘权之、兵部右侍郎那彦成驰赴河南勘办，于一切有关溜势、抢筑、堵口、灾情以及蠲赈的奏报，均破例许以五百里奏闻。
事实证明，决口之所以能顺利合龙，与嘉庆帝亲自部署抢修关系重大。在这段时间里，嘉庆帝几乎全力以赴，监督饬令抢险救灾的相关事宜。
嘉庆帝曾自称是“宵旰系怀，无时或释”，难怪他的部署安排，考虑得如此细致具体。
在认真治理黄河的同时，嘉庆帝还对漕务之弊进行了认真的处理，这主要是围绕漕粮浮收问题展开的。
乾隆中期以后，漕政日趋腐败，勒索陋规的问题严重，漕务之弊：一是对农民的敲诈，如收粮时用大斛克扣外，又有如“淋尖”“踢斛”“捉猪”“样盘米”“贴米”“水脚费”“花户费”“验米费”“灰印费”“筛费”“廒差费”等诸多名目的勒索，“总须二石五六斗当一石”。二是漕务官员肆意贪污，勒索漕规，“每办一漕，额多之州县官立可富有数十万之巨资”。因此人民所受额外剥削极为繁重。
至嘉庆初年，漕粮浮收问题更加严重，有“每石加至数斗及倍收者，所收未至三分之一本色已足，则变而收折色。小民不肯遂交折色，则稽留以花销其食用，呈验以狼藉其颗粒，使之不得不委曲听从。虑上司之参劾也，则馈送之；又虑地方讼棍之控告也，则分饱之”。又承办采买之弊，上司发价既克减于前，纳仓又浮收于后，美其名为出陈易新，核其实则倍出倍入。上司知其然也，领价则多方扣之；吏胥利其然也，交价又从中侵之。当时，“利归州县十二三，利归丁胥差役十七八。每办一漕，以中数言之，门丁、漕书各得万金，书伙以十数，共二三万金，粮差正副三五十人，人二三百金。又一二万金粮书二三百人，人一二百金，又三四万金受规上下诸色人等在外，民膏安得不竭，国课安得不亏！”因此，漕粮浮收问题成为引起江南社会矛盾激化的一个重要原因。
嘉庆二十年（1815年）九月，陶澍奉旨巡视江南漕务。陶澍离京后，沿途明察暗访。一个月后，他抵达江苏清江浦。一听说巡漕大臣来了，办理漕政的官吏大都前去拜访送礼。陶澍以旅途劳累为由，一个也不接见，但将礼物全部收下了。10天后，陶澍已掌握了漕官的清廉或贪贿状况，宣布接见所有办漕官吏。升堂后，师爷宣读了送礼官员名单和礼品礼金后，贪官们满头大汗，不敢抬头。宣读完毕后，陶澍一拍惊堂木，针对送礼的官员说：“尔等凭俸禄哪有上千银两送礼，分明是敲诈勒索、贪赃肥己。今日暂不治尔等之罪，但所送财礼全部没收，发回地方作为修建书院经费。”然后，他对全体漕官说：“各处所欠漕粮，限一月之内交割清楚，违者从严惩办。”一个月后，陶澍再次升堂议事，宣布将所有官员分为三等：凡漕粮任务如期完成，又未送礼的，定为上等，申报朝廷，官升一级；漕粮任务完成好，但送了礼的，记过一次，定为中等，不奖不罚；对两名自认为有后台、称病不理漕务，又有贪贿行为的官员，定为下等，革除官职，强令变卖家产，赔偿历年贪污亏欠的漕银。这样一来，漕务大有起色。据记载，陶澍巡漕“仅半载而办五百万石之米，为前后十余年所未有”。特别是漕官不敢再贪污勒索，这大大减轻了老百姓的负担。
但漕粮浮收之弊最终没有得到根本性解决，失败的原因是多方面的。尽管嘉庆的出发点很好，采取的措施应该说也系统全面，之所以仍不能杜绝漕粮浮收问题，自然有其制度方面的根本缺陷，这就是漕运制度的不完善或违背价值规律所致。