巴赫有条不紊地投入了工作。他得为每个礼拜日的演唱活动提供康塔塔乐曲，并决定新建一个常备曲目。走马上任的几周内就着手进行，第一年完成了一整套康塔塔套曲（为教堂年份的每个礼拜日仪式活动都单独准备一支康塔塔乐曲，把为节日所作的乐曲也累计进去，一共约有60件之多）。第二年又完成了另外一整套，第三套则费时两年才完成。接着在一七二八到二九年是第四套——虽则我们不能确定，因为一七二七年后创作的康塔塔只有少量幸存下来。十八世纪三四十年代也许他写了第五套。
Bachwas，then，astonishinglyindustrious.SoonafterhearrivedinLeipzigheappliedtotheuniversityfortherestitutionofatraditionalrightoftheholderofhisposttodirectthemusicatcertainservicesthere；adisputeensured，andacompromisewasreached.ThiswasoneofnumerousquarrelsinwhichBachwasinvolved.Hewasconstantlyalertforanyinfringementofhisrightsorprivileges.Later，hewasoftenatoddswiththeheadmasterofSt.Thomas"School，forexampleoverhisneglectofteachingorhisabsencewithoutpermission（hestillmademanyjourneystoreportonorgans，andpaidvisitstonearbycourtsonspecialoccasions）.Theheadmasterappointedinthe1730swasaneducationalreformerwhoseacademicidealscreatedconflictswithBach，alwayseagertousethebrightestboysformusicalactivities.
那时，巴赫出奇地勤奋。刚到莱比锡，他就向大学申请，希望恢复他在某些特定的场合当音乐导演的权利。虽然双方发生了争执，这也是他所卷入的多次争吵中的一次，但是最终还是达成了协议。对侵害他的权利与特权，他总是极度敏感。后来，他经常与圣·汤姆斯附属学校的校长发生过节，比如忽略授课或不辞而别（他仍旧外出做风琴演讲，也在特殊场合下到附近的宫廷转转）。十八世纪三十年代任职的校长是个教育改革家，他在音乐活动中总是热切地想要让那些最聪明伶俐的男孩子们上场，他的教育理念使他与巴赫之间产生了一些摩擦。
InspiteofhisheavyresponsibilitiesatSt.Thomas"sandtheotherchurches，Bachfoundtimetopursueothermusicalactivities.Musicwashispreoccupationathomeaswellasatwork：thereweremusicalevenings（henoted，in1730，thathisfamilycouldprovideavocalandinstrumentalensemble）andhemusthaveexpendedmuchofhissparetimeonhissons"musicaleducation.Hedidmuchotherprivateteaching，especiallyinthe1740s；severalofthebestGermanorganistsandcomposersofthenextgenerationwerehispupils.Hewrotemoreworkswithaneyetotheirusefulnessforinstruction，amongthemthesecondsetof24preludesandfuguesinallthekeysandfourbooksentitledClavierübung（KeyboardExercise），includingorganchoralpreludeanddancesuitesandvariationfortheharpsichord.Oneespeciallyinterestingcollectionformsthethirdbook：hereBachcontraststheItalianandtheFrenchstyles，publishingsidebysidean“OvertureintheFrenchManner”and“ConcertointheItalianStyle”.Hisclearaimwastosetdownthesetwonationalstylesinsuchawayastomaketheirdifferencescleartothestudent.Inallthis，hismusicnevermerelyimitatesthatofcomposersfromothercountries；italwayssoundshisownandinitsseriousnessandcareful，detailedworkingsoundsGerman.
尽管在圣·汤姆斯和其他教堂的工作十分繁重，巴赫还是挤出时间从事别的音乐活动。无论是在工作中还是在家里，巴赫对音乐总是全神贯注。还有一些音乐晚会如他自己记载，一七三○年，他自己家就能举办演唱和器乐晚会。他也一定腾出不少时间辅导他的儿子的音乐。他收了不少私淑弟子，特别是在十八世纪四十年代。德国下一代最优秀的风琴家和作曲家中有好几位均出自他门下。他始终关注育人的实效，创作了更多的作品，其中有第二套二十四首全调前奏曲和赋格曲，还有题为《键盘练习曲》的四册教材，包括风琴唱诗前奏曲，舞曲套曲和为羽管键琴作的变奏曲。第三册是一个特别有趣的选集：巴赫对比了意大利和法国风格，将一支《法国风格序曲》和《意大利风格协奏曲》并列排版出版。他的目的很明确：把这两个民族风格的作品并列一起，让学生了解其明显的差异。在所有这些作品中，他从来不一味模仿别国作曲家的作品，而始终有他自身的风格：严肃、认真、周密，体现了德国特色。