19 世纪中叶， 英国生物学家达尔文发表了震惊世界的《物种起源》。在这部著作里，他详细阐述了以自然选择为核心的进化理论。
第一次对整个生物界的发生、发展，作出了唯物的、规律性的解释，推翻了特创论等唯心主义形而上学在生物学中的统治地位，使生物学发生了一个革命变革。除了生物学外，他的理论对人类学、心理学及哲学的发展都有不容忽视的影响。
达尔文的进化论已经创立140 余年了，这个理论的提出解释了物种在从古到今的演化过程中的很多问题。但是达尔文在提出这个假说的依据仅仅是自己对一些动植物的观察，然后得出推论，并没有化石证据。达尔文在在《物种起源》这本书中论及化石时，标题为“不完美的地质记录”。他承认在当时的化石研究中并未有足够的证据显示物种过渡类型的存在，并指出这可能是最易于检验又最具有杀伤力的反进化论的理由。他看到了进化论的先天缺陷，并希望后人能予以验证。后来随着古生物学和考古学的发展，人们发现了越来越多的化石，并发现达尔文的进化论在解释物种进化上的局限性。达尔文的进化理论认为，人类最初是由类人猿进化而来的。根据这个理论，我们应该可以找到类小百科由于自然作用在地层中保存下来的地史时期生物的遗体、遗迹，以及生物体分解后的有机物残余（ 包括生物标志物、古DNA 残片等） 等，统称为化石。分为实体化石、遗迹化石、模铸化石、化学化石、分子化石等不同的保存类型。
人猿进化成人类的各个阶段的化石证据，以及这些“准人类”的生活遗迹。但是近百年来的考古并没有对这些中间阶段人类化石的任何发现。没有化石作为理论依据，达尔文关于人类的进化理论就只能是一个猜想。之前著名的考古学家杜博瓦发现了一块跟猿类的头盖骨很相似的骨片，后来又在不远的地方发现了另外一块骨骼化石。经过专家的仔细观察，断定这些化石肯定是属于同一个生物的，而这个生物能够直立行走并且它的头骨跟猿类非常相似。专家当时欣喜若狂，认为发现了人类由猿向人进化的中间阶段。令人沮丧的是，这几块化石被证实分别属于一百万年前的一只猿猴和一个古人类的。古人类学家在非洲发现的化石“露西”一直被认为是人类和猿类的共同祖先，但是后来通过进一步的鉴定，人们发现“露西”其实属于“南方古猿阿尔法种”，跟人类完全没有关系。
再举个例子，在地球长达38 亿年的化石记录之中，有一个非常特别的时期，这就是人们常说的“寒武纪”，在这个时期，绝大多数的生物像爆炸一样突然出现在地球上。近些年来，很多国家的古生物专家和人类学家都对寒武纪进行了深入的研究。我国的专家在发现澄江地区的寒武纪古生物群落并对之进行研究之后，也得出了自己的观点。“中国澄江化石群”的考古发现引起世界媒体的强烈关注，震惊考古、生物学界。澄江化石群属于早寒武世化石（距今5.5 亿年之前），此外在加拿大布尔吉斯发现中寒武世的页岩（距今5.3 亿年前），其中也有生命“爆发”的大量地质资料。可见，在寒武纪（ 约5.7 亿～ 5 亿年前），几乎所有的已知动物门类都有了各自的代表。但是令人诧异的是在寒武纪之前的生物化石非常稀少，人们没有发现任何一种已知动物的祖先的化石。按照达尔文的进化理论，出现在寒武纪中的生物一定是在经历了漫长的进化演变过程的。但是我们为什么找不到这个演进过程中的任何实物证据呢？
其次，从进化论的分子基础看，进化论认为， 任何生物的基因基本上会保持稳定，偶然因为受到外界刺激，比如紫外线辐射，基因发生突变，这样便会产生与上一代不同的特性，而这种特性会遗传给下一代并且代代相传。这样随着生物的不断繁衍， 它们的后代的差异性会越来越大。这种差异性就是进化的根本原因。但是根据统计发现，基因突变中的90% 以上都是有害的，无益的，甚至是致命的，只有很少的一部分基因突变才会对生物的生存有益。另外，基因突变之后的生物个体一般都不会存活很久，因此只有很少一部分生物会产生突变。因此我们可以说基因突变非但不是进化，而是一种退化，对生物种群的生存没有什么益处。另外，生物的基因突变只会表现在颜色、体型等外形上面，而不会对这个生物体的基本构造造成大的改变。比如，因为基因突变，一只蚊子很可能会变得很大，但是它永远也不可能变成一只苍蝇。
另外，有美国的专家曾经对基因突变导致新生物产生的概率进行了计算，发现概率非常之小，比我们被彗星击中的概率要低数万倍。
由此可见，达尔文的进化论在解释很多生物现象的时候都显得很局限，一百年来被封为经典的进化论也许并非无懈可击。但是进化论的这些缺陷并不会遮盖住这一理论的伟大。达尔文生活的年代并没有先进的实验室和先进的研究手段，但是达尔文凭借自己的勤奋和兴趣提出了如此伟大的理论，它拓宽了人们对整个地球和人类历史的视线，增进了人们的智慧，激励后来人对自己的历史进行更加深入的研究。我们的社会正是因为有了像达尔文这样敢为天下先的思想家才一步一步向前发展的。