慈禧太后觉得曾国藩真的老了，不能胜任剿灭捻军的重任，便不再苛责，命他回任两江总督，并用李鸿章代替他为钦差大臣督师“剿捻”。李鸿章指挥淮军“剿捻”，自然比曾国藩要得心应手。
我们再看看曾国藩“剿捻”失败的原因，主要是由于捻军的英勇善战；其次，这次失败不是败在战略方针上，而是败在他指挥的军队内部存在着一时无法克服的各种矛盾。
第一，与地方督抚的矛盾。曾国藩重兵设防在济宁、徐州一带，直隶总督、山东巡抚、两江总督比较满意，但却惹恼了河南巡抚。从重点设防的布局看，曾国藩重兵集结十三府州县地区，仅仅顾及豫东，是有意将捻军逼向河南。后来又提出贾鲁河、沙河设防，沿河建筑堤墙，势必征发河南民工与工料，河南巡抚吴昌寿非常不满意。曾国藩与吴昌寿一向都没有什么交往，曾、吴之间的矛盾迅速激化。
后来，曾国藩将吴昌寿参劾而去，换来了李鹤年，没想到，李鹤年也是一路货色，捻军突破贾鲁河、沙河防线，正是从河南防区穿越而过的。在河南与捻军打仗，没有河南巡抚的支持，自然是寸步难行。
第二，军队内部的矛盾。曾国藩指挥的军队有山东的鲁军、河南的豫军、安徽的皖军；有僧格林沁的遗部；有李鸿章的淮军；曾国藩自己带的湘军。可以说，这支军队是名副其实的杂牌军。
鲁军、豫军、皖军都是地方部队，只愿意在本省作战，不愿意到邻省支持救急。但捻军作战，行踪飘忽，跨越二省往往就在转眼之间。再加上指挥不动身为主力的淮军。军队内部有这么大的矛盾，不能团结一致剿捻，失败就在所难免了。
第三，“剿捻”的各种措施不得人心。曾国藩害怕贫苦农民造反，破坏封建社会秩序，所以，他在镇压太平天国运动的过程中，采用了残酷的烧光、杀光、抢光的“三光”政策。为了鼓舞士气，在剿杀捻军的过程中，曾国藩继续推行“三光”政策，手段更为残忍。
在《剿捻告示》中，曾国藩悍然声称：从逆者杀无赦；捻首不仅诛戮其身，兼戮其全家，并掘其祖宗坟墓。如此残暴无理，在历史上实属罕见。不仅农民阶级反对，一些开明绅士等也觉得曾国藩做得太过分了。失去了民众的支持，对于“剿捻”一事，曾国藩已经没有多大信心了。
第四，得意门生李鸿章扯他的后腿。由曾国藩一手培养、提拔起来的两江总督李鸿章与他为难，这是曾国藩最伤心的事情，也是他万万没有想到的。李鸿章一直不乐意把淮军的指挥权交给曾国藩，后来发生了曾国藩命李鸿章的六弟李昭庆当骑兵队队长一事后，二人的关系更加微妙了。
其实，曾国藩早就准备推荐李鸿章代替自己为钦差大臣督军“剿捻”，李鸿章本应该感恩戴德，不该在后面掣肘，可事实上却不是这样，李鸿章不仅没有感恩之心，反而在暗中处处扯曾国藩的后腿。更过分的是，在曾国藩“剿捻”期间，李鸿章还上奏曾国藩剿捻不力。可见，李鸿章多么急切地想要取代曾国藩。
时势造英雄，曾国藩已经不适合在疆场上厮杀了，属于他的辉煌已经悄然而去。于是，他只好选择了知难而退，这是他唯一的选择，虽然他的内心是那么地不情愿。
再创辉煌的梦想破灭了，曾国藩很郁闷，只好黯然神伤地回到了两江。
天上掉下的大馅饼
曾国藩闷闷不乐地回到江宁，感觉自己的精力更加衰弱了。虽然看不惯李鸿章对权力的贪婪，但对这位得意门生的能力还是毫不怀疑的。曾国藩相信这个让人有些讨厌的门生一定能完成自己未完成的任务。
果不其然，李鸿章遵循曾国藩重点设防的战略方针，终于取得了决定性的胜利，血葬了驰骋于黄淮平原的捻军。
同治六年（公元1867年）八月十九日，东捻军在赖文光、任化邦的率领下，在海庙口以北十几里海滩地方突破鲁军防线，想要再渡运河，进入豫陕，与张宗禹的西捻军会师。但在运河遇到了清军顽强阻挡，不能前进一步，再加上大雨连绵，河水暴涨。前有堵截，后有追兵，东捻军险象环生，军心开始大乱，鲁王任化邦也被叛徒趁乱杀害。
无奈，赖文光只好率领残部重上山东，结果在潍县和寿光接连失败，两万将士战死沙场。赖文光率领六千捻军苦战突围后，准备下江苏，谋求生路，但在六塘河又遇到鲍超的阻挡。最后，因为寡不敌众，赖文光被抓，英勇就义，至此，东捻军全军覆没。
捷报传到江宁后，曾国藩感到很欣慰，两年多来的屈辱终于被自己的门生洗刷了。
再看朝廷，面对如此大的胜利，自然要论功行赏一番：李鸿章授以协办大学士，刘铭传首倡河防之策，封一等男爵，念及曾国藩决策及转战的辛劳，加恩加赏云骑尉世职，接着又从体仁阁大学士调任武英殿大学士。
不久，西捻军在李鸿章、左宗棠、刘松山等的会剿下也失败了，梁王张宗禹战死，闹了十多年的捻军起义就此画上了句号。
在这次会剿中，官文因为阻击西捻失败的罪责，被撤除了直隶总督的职务。慈禧太后念及曾国藩劳苦功高，便让他接任直隶总督。
接到圣旨后的曾国藩感到有些不安：自己“剿捻”无功，在两江的政绩也不令人十分满意。为什么慈禧太后在此时反而把这么重要的一个职位让给自己呢？这其中必定另有原因。
一向小心谨慎的曾国藩面对天上掉下的大馅饼，有些不知所措。
小心驶得万年船，曾国藩决定暂不接受这个美差，免得将来进退维谷。可转念一想，在“剿捻”回任的一年中，自己由协办大学士升为体仁阁大学士、武英殿大学士，又加云骑尉世职，说明朝廷对自己还是信任的，看来由两江总督升直隶总督也是顺理成章的事情。
经过一番思虑后，曾国藩欣然受命。因为自己宝刀未老，还可以为天下苍生发挥余热，既然朝廷还记得自己的功劳，要委以重任，何必要推辞呢？再说，多年的对手官文彻底垮台了，今后的仕途又少了一块绊脚石，天下还是湘军和淮军的天下，没有什么可怕的，曾国藩心里说不出地高兴。
按照大清的惯例，新上任的直隶总督一般都要在上任之前先到京城接受皇家赏赐，拜见皇上、太后，当然也少不了和京城的大臣们叙旧、聊天。所以，接任直隶总督的曾国藩就得做好去趟京城的准备。
在进京之前，曾国藩还有两件事不放心：第一是江南机器制造总局的事，他拟定亲自去上海一趟；第二件是天京书局的事。
这些事情都是曾国藩亲手主抓的洋务“为中国自强之本”的项目，说到洋务运动，曾国藩所起的作用不可小觑。
师夷长技以制夷
清王朝自嘉庆以后，便逐步走向衰落。在鸦片战争中又遭受严重挫伤，加速了清王朝崩溃的势头。国破家亡，这是任何一个中国人都不愿意看到的事情。越来越衰弱的中国让一部分先进的知识分子感到切肤之痛，于是纷纷行动起来，探求救亡图存的道路。
龚自珍最早希望用“不拘一格降人才”来拯救国家。林则徐多方收集资料，主持编译《四洲志》，开始向西方世界寻求救亡道路的艰苦探索。林则徐的好友魏源明确地指出了中国的出路在于“师夷长技以制夷”。曾国藩在有生之年最想看到的就是国富民强，他也觉得要想壮大自己，必须学习西方先进的事物。于是，他决定兴办洋务运动，试图把梦想变为现实。
就洋务运动来说，曾国藩是积极的倡导者，也是热情的实践者，被誉为洋务运动的领袖。这不是空口说大话，有史料为证：
1861年攻克安庆后，曾国藩开办了安庆内军械所，这是中国真正意义上的第一家军工厂。安庆内军械所又称“内军械所”,规模较小，以手工仿制开花炮、弹药及轮船为主，为湘军提供部分武器装备。科学家徐寿曾在这里主持制造中国第一艘轮船。后来，湘军攻陷南京后，便迁往南京，后来并入金陵机器制造局。
1865年6月，江苏巡抚李鸿章在上海虹口购买了美商的一座铁厂，改名为“江南制造总局”。其实，曾国藩早在1863年便有此意，所以，尽全力支持李鸿章，使江南制造总局规模空前，成为了当时国内最大的兵工厂。
此外，为了更方便地学习洋人的先进技术，曾国藩在1867年设立“翻译馆”，聘请洋人主持译务。这个翻译馆是中国由政府创办的历史最久、出书最多的翻译中心，它不仅培养了许多中国近代科技人才，而且对近代思想界也产生了巨大的影响。
同治七年（1868年5月31日），曾国藩到上海视察江南制造总局。9月，江南造船厂试制的第一艘轮船驶到江宁，看着完全靠国人的力量造出的轮船，曾国藩兴致很高，决定登船试航。站在船头上，迎面凉风习习，船行驶的速度很快，完全可以和洋人的轮船相媲美。有了这样的轮船，以后就不怕洋人欺负了。最后，曾国藩还给这条轮船取名“恬吉”。
除了积极学习西方先进技术、制造先进武器外，曾国藩还积极地学习西方的练兵、设防之法，做到知己知彼，不打无准备之战。晚年的曾国藩还曾提醒慈禧太后：“兵是必要练的。哪怕一百年不开仗，也须练兵防备。”
曾国藩举办洋务运动，主要动机是为了抵抗外来侵略，维护清王朝的统治地位，但在客观上也推动了中国的强大和进步。当然，曾国藩作为地主阶级的一员，因为受到阶级和时代的局限，在特殊的历史背景下，洋务运动不可能成为救国良方，更不可能重现康乾盛世、国富民强。
最后，在中日甲午战争中，北洋海军全军覆没，这就宣告了洋务运动彻底失败了。谁也无法阻挡历史的车轮前进，不论是曾国藩，还是李鸿章，都无法改变大清王朝覆灭的命运。