到1865年，洛克菲勒与克拉克摊牌了。摊牌原因也很简单，那就是克拉克与洛克菲勒谁是公司老大的问题。
任何组织，不管大小，只要是组织，就会有分工问题，有分工就会有主次问题。过去我们看电影、读小说，黑社会争老大一直是个让人尤其是男人很感兴趣的问题。这是为什么呢？
克拉克不能忍受洛克菲勒超过自己，他是个粗人，他没有远大抱负，因此容不得洛克菲勒成为老大。
想想也是，洛克菲勒是由克拉克一手拉扯着做起农产品贸易的，没有克拉克可能洛克菲勒也会成功，但是否会进步那么快，或者会不会那么早脱离休伊特—塔特尔公司，还真都是问号。
不过，世界上的事情，变是主要的，不变是次要的，尤其是在19世纪60年代的美国。克拉克比谁都清楚，如果不是洛克菲勒负责财务，可能自己很难在短时间内成为10万美元级富人。要知道，当时的10万美元，差不多是现在的1 000万美元。此外，如果不是洛克菲勒的克制与约束，克拉克可能早就与加德纳一起把公司挥霍掉了。
理是这么个理，但是，人最难战胜的是自己。克拉克显然没有注意到一点，公司成长得越快，洛克菲勒的作用也在同步增加。而在这个时候，他与洛克菲勒间的人生观、价值观的不同，也越来越影响到二人的关系。因此，这个时候谁做公司老大，在洛克菲勒已经不单纯是权力问题，而是公司如何发展和向哪里发展的问题。洛克菲勒离开后，克拉克始终没有染指石油生意，只有其弟弟詹姆斯因为合伙关系进入炼油市场，说明二人在生意领域确实存在着的巨大分歧。
当然，从引进加德纳做公司股东，到劝退加德纳，算是克拉克与洛克菲勒的第一次不合。而在投资石油上，尤其是与安德鲁斯合作一事，算是二人不合的第二次。随着石油业务不断深入，洛克菲勒与克拉克的矛盾加深并表面化了。炼油是投资额度的生意，使用的工人也多，加上安德鲁斯基本上不会管理，洛克菲勒在公在私，都必然要投入更多的精力到炼油业务上，而这必须要减少洛克菲勒介入公司传统业务的时间，这让克拉克大为恼火。
洛克菲勒对公司传统业务不够关注，克拉克的管理又过于大而统之，经常是顾此失彼，克拉克在叫苦不迭的同时，也对洛克菲勒有所抱怨。而随着炼油生意日渐壮大，公司的业务上，炼油所占比例越来越大了，克拉克所领导的传统业务有被边缘化的风险。
各种原因纠结在一起，使克拉克对洛克菲勒产生了怨恨与对立情绪。有一次，克拉克的弟弟詹姆斯甚至冲进洛菲勒的办公室，要对洛克菲勒拳脚相加。詹姆斯是拳击运动员，看到洛克菲勒权力越来越大，而哥哥又拿洛克菲勒毫无办法，他决定威胁洛克菲勒。
看到詹姆斯的嚣张模样，洛克菲勒把脚跷到桌子上，不紧不慢地说：“詹姆斯，我知道你是拳击手，你能把我的脑袋打烂。可是，我真的不怕你。”看到詹姆斯的拳头没落下来，洛克菲勒继续说：“我和你哥哥的关系，不是谁掌握公司权力的问题，而是公司怎么发展的问题。公司的谷物买卖不太好，这你也知道。再说抢这块生意的人太多，如果不做点新买卖，以后吃什么？”未来的商界大亨，已经将清楚的判断融入不温不火的谈话中，而正是这次谈话，使年龄比洛克菲勒还大的詹姆斯被说服了。
于是，詹姆斯不仅认同了洛克菲勒的判断，而且随后进入了炼油领域。也正是因为这一次进入，使他日后有机会多次从洛克菲勒身上“揩油”。
虽然说服了詹姆斯，但洛克菲勒与克拉克的关系，一直没有得到解决。到1865年，洛克菲勒决定与克拉克摊牌后，二人决定以拍卖的形式，看由谁买下公司。结果，当洛克菲勒叫价到72 500美元时，克拉克放弃举牌，将公司交给了洛克菲勒。
洛克菲勒决意摆脱克拉克兄弟，不再从事农产品贸易，便暗中把塞缪尔·安德鲁斯拉拢到自己一方。几个星期后，他与莫里斯·克拉克再一次爆发争吵，后者威胁要散伙。1865年2月1日，洛克菲勒把几个合伙人请到自己家里，向大家阐述加快扩建炼油厂的想法。他很清楚这是克拉克兄弟深恶痛绝的事，而詹姆斯·克拉克钻进了陷阱，又拿散伙吓唬洛克菲勒。于是，根据合伙人之间的规矩，洛克菲勒让每个人都公开表态。克拉克兄弟觉得已经把洛克菲勒吓住了，却没有料到后者跑到《克里夫兰领导者报》刊登了一份解除合伙关系的公告。克拉克兄弟闻讯之后极为吃惊，满腹狐疑的莫里斯·克拉克问洛克菲勒：“你真的打算这么做？”后者答道：“确实如此。”
洛克菲勒虽然年纪轻轻，却能做到临危不乱。他的确是个天生的领袖人物，别人越是坐立不安，他就越沉得住气。在因为散伙而举行的埃克塞尔西奥炼油厂所有权拍卖会上，克拉克兄弟请一位律师代表自己竞拍，洛克菲勒则自己上阵。克拉克兄弟的律师主持拍卖，拍卖底价为500美元。价格一路涨了上去，最后慢慢升至5万美元。由于这次拍卖是洛克菲勒迈向工业霸主征途的转折点，还是让我们看一看他自己如何在回忆录里描述这一历史性时刻：
价格升到6万美元，又慢慢涨到7万美元，我快要担心自己能不能买下这个企业，能不能出得起这么大一笔钱。最后，对方报出72万美元的价格，我毫不迟疑地说出725万美元。克拉克先生说道：“我放弃，约翰，厂子归你了！”我说道：“需要我现在就给你开支票吗？”“不必了，”克拉克先生说，“我很乐意把厂子交给你，在你方便的时候结账吧！”
洛克菲勒明白这一时刻关系重大。他告诉威廉·英格利斯：“这是决定我事业成败的日子，具有重大意义！不过，那时的我就像现在同你谈话的我一样冷静。”他为获得自由付出的高昂代价是公司的一半股份和725万美元（两者相加，相当于现在的652万美元)，但这么做是值得的。25岁的洛克菲勒控制了克里夫兰最大的炼油厂。这个厂子每天能处理100桶原油，最终发展成为世界最大炼油厂。1865年2月15日，《克里夫兰领导者报》刊登这样一条消息：“合伙人声明——本启事签署人已收购安德鲁斯－克拉克公司在埃克塞尔西奥炼油厂的全部股份及该厂的油桶、原油等物品。公司更名为洛克菲勒—安德鲁斯公司，一切业务照旧经营！”洛克菲勒尝到了报复克拉克兄弟的喜悦，后者则惊叹这个年轻合伙人居然能偷偷搞到那么大一笔收购款。洛克菲勒对他们的幼稚行为讥笑道：“克拉克兄弟终于清醒过来了！他们第一次搞明白，就在他们大吹大擂的时候，我的脑子一点儿没闲着！”1865年3月2日，洛克菲勒正式结束与克拉克的合作关系。从此以后，克拉克兄弟在他的生活中完全消失。
至此，当年的退学生，在辛苦工作了近10年后，终于开始独立经营公司了。从那以后，公司的第一个名字，改成了洛克菲勒。