2004年3月3日，上海证交所对幸福实业予以公开谴责。上海证交所在公告中称，幸福实业对于以下事实没有及时履行信息披露义务：至1999年9月，幸福集团占用幸福实业资金19114万元；1997年9月，幸福实业出资收购幸福集团持有的幸福电力公司20％的股权，并于同年9月8日公告已办理完毕相关手续，而事实是至今未将该股份股权过户到幸福实业名下；1998年8月，幸福集团以其所属幸福汽运公司的净资产配股时，虚假出资涉及固定资产净值1619万元等等。上海证交所认为，幸福实业上述行为违反了《上海证交所股票上市规则》第4.1条的规定。前任董事长作为当时幸福实业和幸福集团的法定代表人，对上述行为所造成幸福实业的巨大经济损失和信息披露虚假负有不可推卸的主要责任，前任部分高管人员负有直接责任。上海证交所要求幸福实业现任董事会应继续依法追溯有关责任，按照《证券法》、《公司法》等国家法律、法规和交易所《股票上市规则》的规定，切实履行法定信息披露义务。
四、向投资者致歉的上市公司
有的上市公司的行为，虽然还不能说是违规，但实际上也造成了损害上市公司和投资者利益的后果。从2000年以来，一些上市公司或其大股东针对自身在工作中的失误，有的发表公告向投资者致以歉意，有的对有关当事人作出了批评处罚，这种情况显示出在监管力度不断加强的情况下，上市公司已经开始了严格的自律。
2000年8月12日，招商局就其在二级市场购入桂林集琦流通股占总股本6.2％而未及时披露一事，发布致歉公告。截至6月30日，招商局关联公司招港实业、招商同利货运、招港海运和招港客运通过二级市场购入桂林集琦流通股合计666.99万股，占其总股本6.2％。招商局说，由于在对4家关联公司的经营监控中未对具体持股数量汇总，导致未能及时披露有关事项，因此致歉，并在8月10日前将其持有桂林集琦股份下降到了4.84％。
2000年11月14日，ST京天龙第一大股东北京兆维公司发布公告，披露了公司总裁在公司入主京天龙之前买卖京天龙股票的事宜，并就此对几天前发布的有关公告中的不实之词向投资者致歉。公告称，兆维集团总裁分别于9月19日和21日买入京天龙流通股1800股和1500股，并于10月9日将3300股全部卖出，盈利1041.23元，这一行为违反了《证券法》的相关规定。兆维公司决定，将其所获盈利全部上交京天龙公司。
2000年12月19日，武汉中百发布公告，披露了公司个别董事和监事在本公司进行重大股权转让之间违规买卖本公司股票的行为。而当时武汉中百第一大股东武汉国兴投资咨询公司正在与武汉中百第一大股东武汉国有资产经营公司子公司华汉投资公司洽谈股权转让事宜。武汉中百董事会、监事会作出决定：没收违规所得，并处以1.5倍的罚款等。公司向投资者致以歉意。
2000年12月22日，东阿阿胶董事会发布公告，对其在沟通管理上出现疏忽而致使公司2004年订货合同数额被提前公开报道，向投资者和有关部门公开致歉。
2004年1月5日，中视股份发布公告，宣布对公司总经理进行内部批评，并决定对其处以3万元罚款。中视股份的总经理作为公司主要经营管理人员，对与注册资本仅有90万元的无锡众事投资服务咨询公司合作经营高达3500万元短期投资事项缺乏足够的风险意识和风险防范的具体措施，使公司面临形成投资账面损失的可能。而这位总经理在进行这项决策时，未经过董事会的确认，超越了其总经理的工作权限。
五、被通报批评的中介机构
上市公司作为股票市场的主体，其违规行为必然要受到法律的严肃处理。但是，在许多情况下，违规行为的发生并不是上市公司单方面的责任，比如在股票发行中，如果担任承销工作的证券商和担任财务审计的会计师、担任法律鉴证的律师都能严于职守，上市公司的违规行为就很难如愿。因此，中国证监会在市场监管中，也没有放松对中介机构和其它一些机构违规行为的查处。2000年以来，有一批证券公司等市场中介机构因在执业中未能尽到责任而受到了中国证监会的通报批评。
2000年7月17日，中国证监会对11家1999年新上市公司提出了通报批评，原因是它们的年度业绩与其招股时的盈利预测出现了20％以上的误差。在对这些公司通报批评的同时，中国证监会也把这11家公司的主承销商和会计师事务所端上了“曝光台”予以通报批评。中国证监会强调，把股票发行的主承销商和发行时审核盈利预测的会计师事务所一并公布于众进行通报批评，目的在于强化对中介机构的监管。
2000年10月10日，中国证监会在依法查处西藏圣地股东虚假出资问题时，对违反证券法律法规的有关中介机构和个人也作出了通报批评。经查，1996年9月，在西藏圣地股票发行和上市过程中，作为主承销商以及资产评估出资审计验证和法律顾问的有关机构和个人在其各自的工作中，违背执业标准和行业道德，没有勤勉尽责，未能发现或审验出西藏圣地第一大股东四川省经济技术协作开发公司未履行出资义务、虚假出资的重大事实，并出具了含有虚假内容的相关文件。中国证监会认为，上述机构及个人的行为，违反了证券法律法规的有关规定，致使虚假出资行为得以实现，严重损害了其他股东的合法权益，并造成了西藏圣地经营管理的困难。鉴于上述违规行为已超过行政处罚追溯期限，为严肃证券法律法纪，维护证券市场的“三公”原则，保护上市公司及其股东和广大投资者的合法权益，中国证监会对有关机构和个人作出了通报批评。
在香港创业板市场于1999年创建以后，我国内地企业对于到香港上市表现出了很高的积极性，中国证监会为此也对内地企业到香港创业板上市作出了有关的规范。但是，在内地企业到香港创业板上市的过程中，有一些中介机构和执业个人违反了审慎原则，出现了违规行为。中国证监会也对有关机构和人员进行了通报批评。
2000年9月，中国证监会又对易宝有限公司申请在香港创业板上市的中国法律顾问广东对外经济律师事务所及其经办律师作出通报批评，12个月内不受理该律师出具的法律意见。易宝于2000年3月在开曼群岛注册成立，间接持有中国境内5家外商投资企业的权益，控股股东为香港居民，根据中国证监会2000年6月22日发布的《关于涉及境内权益的境外公司在境外发行股票和上市有关问题的通知》，作为易宝的中国法律顾问，应当按照规定程序履行职责。但是该律师在为易宝公司出具法律意见书的过程中，有违审慎原则和勤勉尽责职业道德，在中国证监会对其报送的法律意见正式复函前，就向易宝公司签发了法律意见书。
另外，中国证监会在2000年的新股发行高潮中，还对一家以战略投资者身份申购新股的企业在申购过程中的违规行为作出了通报批评。2000年6月，在宁波波导新股发行时，法人投资者宁夏煤炭进出口销售公司获配10万股法人股后，又参加上网申购，中签1000股，这一行为违反了中国证监会的有关规定，据此，这家公司的申购行为被中国证监会判定为无效。中国证监会在8月15日公布了对宁夏煤炭进出口公司的通报批评，对其提出了警告，同时由上海证交所责成该公司出售违规申购到的宁波波导股票1000股，盈利收入予以没收，上交国库。
六、PT红光受到司法审判
1998年，这家公司因出现欺诈上市的重大违法违规行为，受到了中国证监会的严肃处理。中国证监会经过半年左右的调查，认定其有6个方面的违法违规行为：1.编造虚假利润，骗取上市资格；2.少报亏损，欺骗投资者；3.隐瞒重大事项；4.未履行重大事件的披露义务；5.挪用募集资金买卖股票；6.涉嫌犯罪。为此，中国证监会对红光公司和其它一些中介机构作出了6个方面的处理。对红光公司、有关单位和个人除给予处罚外，其中涉嫌犯罪的，移交司法机关依法查处。2000年初，这家上市才3年的公司因连续3年出现亏损而被戴上了PT帽子。2004年4月，公司公布的2000年年度报告又显示出这家公司在2000年已经第四年出现亏损，出现了退出市场的危险。
1999年12月30日，成都市人民检察院就红光公司在股票上市过程中欺诈发行股票的违法行为向法院提出了起诉。上市公司作为一个法人受到刑事起诉，红光在中国上市公司中还是第一家，算是开了一个先例。已经受到行政处罚的红光公司还要遭受司法审判，这对一些已经滑入犯罪深渊的上市公司来说，无疑是敲响了警钟。经过将近1年的审理，2000年12月14日，成都市中级人民法院对红光刑诉案作出了一审判决：红光公司犯有欺诈发行股票罪，判罚金100万元。与此同时，法庭还对其主要责任人等判处有期徒刑或缓刑。
红光公司受到司法审判，在市场上引起了巨大的反响。自从红光公司的欺诈行为公开揭露以后，不断有多位小股东向法院起诉，要求红光公司赔偿因从事欺诈行为而给他们造成的经济损失，但法院对这些诉请都没有受理。当然，法院不受理小股东的诉请，可能也有他们在法律因素以外的考虑，因为如果小股东有权向红光公司起诉，要求赔偿其经济损失，那么当所有的小股东都这样做的话，事实上红光公司是无法赔偿的。另外，要准确地区分在小股东的损失中不合理的受骗损失与合理的市场涨跌所造成的损失也是十分困难的。然而，这并不等于说受到了行政处罚的红光就可以逃过法律的惩罚。红光公司虽然因其欺诈上市已受到了中国证监会的处罚，但行政处罚与刑事处罚有着不同的范畴，两者不仅适用的法律不同，其性质和出发点都有深刻的区别，行政处罚仅仅是市场管理部门出于维护正常的行政管理秩序的需要而作出的，而司法审判则是从维护整个国家的社会、经济秩序而出发的。红光公司在招股过程中虚报利润等重大欺骗行为，使大批投资者蒙受了重大损失，严重影响了市场秩序，也影响了我国股票市场的健康发展，对这样的恶性事件的肇事公司进行刑事处罚，完全符合法治的精神。
红光成为我国第一个“法人犯罪”的上市公司，成都市司法机关的介入实际上起到了原来个人投资者没有起到的作用。但是，对红光公司的罚款却又产生了新的问题，按照股份制企业的原则，红光公司要交出去的100万元罚款只能是股东的财产，因此中小投资者的利益便受到了更大的伤害，对红光公司的处罚，最终只能由广大已经受到严重侵害的股东承担起来。同时，必须看到的是，按红光公司受到的司法制裁的标准来看，类似红光公司这样“法人犯罪”的上市公司并非红光公司一家。然而，大量的违规公司没有像红光公司这样被推上被告席，有关部门对其危害性的认识不足、地方利益的牵扯固然也是一个很重要的原因，法理上的认识存在分歧也是一个更为深刻的原因。
从2000年开始，红光公司开始了艰难的资产重组，公司戴上了PT帽子，这给它的重组增加了不少困难，特别是2004年开始中国证监会对上市公司退出机制的建立，更使它在重组与退市的边缘苦苦挣扎。2004年2月8日，红光公司第一大股东红光集团与广东福地达成股权转让协议，红光集团拟将所持有的红光公司34.62％的股份转让给福地，这一重组方案的前提条件是股权转让必须得到财政部的批准，中国证监会必须同意豁免福地科技向红光公司全体股东发出全面要约收购的义务。4月11日，红光公司又发布了重大资产置换等一揽子公告，称公司拟与广东福地科技进行数额达2.6亿元的资产置换，以期彻底剥离不良资产，打造新的主营业务，现任公司董事全部离任，福地方面提名的7名人选将取而代之。公司也将更名。
除了PT红光以外，涉嫌走私的ST九州也受到了司法审判。2004年2月，福建省泉州市中级人民法院发出刑事判决书，认定在1994年至1998年间九州公司采取伪报贸易方式，与其它单位共同走私，逃避海关监管，走私普通货物总价值人民币27.72亿元，偷逃应缴税款共计人民币18.07亿元，其行为已构成走私普通货物罪，判处公司罚金2亿元。对ST九州的判处，是我国在2000年开展的对厦门“远华”走私案的一个组成部分。ST九州对此判决表示不服，于3月6日向省高院提出了上诉。九州公司认为，走私一事是公司某些人背着公司所为，是协助他人进行走私，收了一些手续费，而对于公司本身而言，并没有走私那么大金额的货物，也没有获得巨大收益，否则公司的业绩也不会到如此亏损的地步。判罚公司2亿元，公司根本拿不出来。但是，有律师指出，九州的高级管理人员利用公司名义参与走私，属法人犯罪，法院除了对主要责任人进行惩处外，对法人进行罚款，也是有法律依据的。