陈独秀的抵抗权意识最初产生于救亡图存的危机感。早在1904年他在《亡国篇》中就号召国人反抗帝国主义侵略和努力挽回利益。1905年创办《新青年》时期他特意撰写《抵抗力》一文系统论述抵抗权的意义和作用。此后便一发不可收拾，放言抵抗，倡导革命，直至生命最后一息。
陈独秀认为缺乏抵抗权意识以及抵抗力薄弱是中国“最深最大之病根”。1915年日本有人撰写《支那之民族性与社会组织》讨论中国人的国民性。作者认为中国人缺乏抵抗意识，“彼等但屈从强有势力者而已”；“使知国家为何物，民权为何物，自由为何物，其日尚远也！”日本人的此等评论深深触动了陈独秀的不屈灵魂。征诸中国人的国民性，此言恰中要害。缺乏抵抗权意识以及抵抗力薄弱不正是国民性的基本特征吗？对此评价“又何能强颜不承”。面对此种国民性，陈独秀感愤泪下，“真堪痛器矣！”中国几千年专制主义历史不外乎表明“吾国社会恶潮流势力之伟大，与夫个人抵抗此恶潮流势力之薄弱”。屈从专制和强权，不愿做政治上之抗争，缺乏人权自由观念，这是中国落后于西方的病根所在。针对国民的劣根性，陈独秀极力提倡传授抵抗权意识，主张从改变国民性做起。
增强抵抗权意识和抵抗力需要解决从思想到体制一系列问题。陈独秀着重指出以下三害必须清除。一是学说之害。中国传统学说理论中缺乏强梁敢进之思；老尚雌退，儒崇礼让，佛说空无；传统学说不利于增强抵抗力。这是陈独秀对传统思想的基本看法。二是君主专制之害。在君主专制制度下，生死予夺，惟一人之意是从；人格丧亡，异议杜绝，民德民志民气扫地而尽；欲求增强抵抗力必须消除君主专制之流毒。三是统一之害。“政权统一，则天下同风，民贼独夫，益无忌惮”。陈独秀认为以上三害是造成国民抵抗力薄弱的根本原因。他号召以热血荡涤此三害从而增强国民的抵抗权意识和抵抗力。
陈独秀的抵抗权思想还表现为提倡“直接行动”。他在总结五四运动精神时说，五四运动特有的精神表现为两点：一是直接行动；二是牺牲的精神。直接行动就是人民对于社会国家的黑暗，由人民直接行动，加以制裁，不诉诸法律，不利用特殊势力，不依赖代表。五四运动是中国人民行使抵抗权的典型事例。作为运动的领导人，陈独秀对运动精神的总结应该说是准确的。缺乏直接行动的精神和勇于献身的精神，也就是缺乏抵抗权精神。五四运动在20世纪中国社会进程中之所以有巨大和深远的影响，其根本原因是它以抵抗权精神唤醒沉睡的中国人民。
自决权与自治权
在人权的诸形态中，陈独秀不仅深入论述了个人人权，而且还论及集体人权。在集体人权中，他关于自决权和自治权的论述尤为深刻，充分表现出其爱国主义和民主主义的追求。陈独秀的民族自决权思想也是其抵抗权思想的一个组成部分。面对帝国主义列强的侵略，任何一个具有爱国主义和民族主义思想的人都会同陈独秀一样由愤恨起而号召抵抗，特别是当政府对外卖国求荣断送国民的生存权利，对内专制无道非法侵害国民的自由权利时，由对外抵抗自然进而对内抵抗，由倡导自决权自然进而倡导自治权。陈独秀的民族自决权思想是针对帝国主义和殖民主义传统而发的；而其人民自治权思想则主要是针对专制主义和官僚政治而发的。不过，这两方面思想在内容和逻辑上都有密不可分的必然联系。
陈独秀认为国民觉悟程度可以从三方面来看，一是爱国心之觉悟；二是政治不良之觉悟；三是社会组织不良之觉悟。其中，爱国心之觉悟也就是“国民自保及民族自决精神”。此种觉悟一般国民都在不同程度上具备。爱国心常人皆有，但具体到爱国的内容，则有一个如何理解爱国的问题。陈独秀关于民族自决权的爱国主义思想有着更为深刻的含义。为了阐明自己的爱国主义思想的精神，他提出了“应当不应当爱国”的问题。他说：“要问我们应当不应当爱国，先要问国家是什么。原来国家不过是人民集合对外抵抗别人压迫的组织，对内调和人民纷争的机关。善人利用他可以抵抗异族压迫，调和国内纷争；恶人利用他可以外而压迫异族，内而压迫人民。”这里提出了一个爱什么国家的问题。爱国必然涉及一定的对象。作为所爱对象的国家究竟是否值得爱，这是爱国主义所应该弄清楚的问题。一般来说，爱国心或民族自爱心无可非议。在陈独秀看来，民族自爱心同个人自爱心具有相同的性质。个人自爱心无论如何发达，只要不伤害他人生存，没有什么罪恶。民族自爱心无论如何发达，只要不伤害他族生存，也没有什么罪恶。爱国不能盲目，所爱国家对外不应压迫他国，对内不应压迫人民。如果没有这一界限，爱国心就是盲目的，甚至是有害的。对于究竟应当不应当爱国的问题，陈独秀的回答是明确的：“我们爱的是人民拿出爱国心抵抗被人压迫的国家，不是政府利用人民爱国心压迫别人的国家。”“我们爱的是国家为人谋幸福的国家，不是人民为国家做牺牲的国家。”
在成为共产党领袖以后，陈独秀对民族自决权的认识进一步深化。他逐渐接受了马克思主义关于民族自决权的观点，开始主张无产阶级的民族主义。1924年9月他在《我们的回答》一文中指出无产阶级的民族主义与资产阶级的民族主义有重要的区别。资产阶级的民族主义只提倡自我解放，却不主张解放隶属自己的民族。这种民族自决权思想包含着不可克服的矛盾。陈独秀也称之为“矛盾的民族主义”。无产阶级的民族主义则既反对他族压迫，也反对压迫隶属于自己的弱小民族。陈独秀倡导的无产阶级民族主义主张一切民族皆有自决权。任何一个民族都有权利决定自己的命运，决定自己是否独立。陈独秀也称这种民族自决权思想为“平等的民族主义”。此时陈独秀关于民族自决权的主张同后来联合国人权法倡导的民族自决权思想是一致的。这就是主张一切民族皆有自决权。
民族自决权是人民自主权的一种表现形式。自决权的基本精神便是人民有决定自己命运和事务的权利。基于同样的精神，自治权也是人民自主权的重要内容。陈独秀关于自治权的主张如同其民族自决权主张一样，充满了强烈的民主主义精神。
陈独秀对自治权概念的理解具有多层次的内容。首先，他将自治权理解为人民自治权，这种意义上的自治是与官治相对应的。对于人民来说，官治是被动的，民治则是自动的。陈独秀将民治视为直接民主制，也即人民直接的实际的自治与联合。在官治中，宪法是由代表议定的，在民治中宪法是由人民直接议定。其次，人民自治权有不同的表现形式。陈独秀所主张的民治包括地方自治和同业联合自治。他认为地方自治和同业联合自治才能充分体现民治的精神，才是人民直接的实际的联合。“这种联合自治的精神：就是要人人直接的、不是用代表间接的；是要实际行动做公共生活需要的事务，不是挂起牌就算事。”再次，陈独秀主张地方自治和同业联合自治必须从最小范围的组织着手。具体地说，农村地方自治应该从一村一镇着手，不可急于办乡自治。城市地方自治应该从街道自治着手，不可急于办市自治。同业联合会也应从基层着手，从各行各业着手。只有在形成众多的自治组织以后，才有可能实现地方自治和同业联合自治。
陈独秀关于自治要思想的特点在于高度重视直接议决权。他倡导在国家生活中公民直接议决宪法；在团体生活中自治体成员直接议决团体事务。在议事方面，无须采用代表制度。每个成员都有直接参与的权利。直接议决权的行使，在消极方面可以避免少数人利用、把持和腐败；在积极方面可以培养多数人的组织能力，培养大家的公共心，起到民主教育的作用。为保证直接议决权的实效，议决事务的执行机构的职务不宜专权久任。执行者的人数宜少，任期宜短。