进化论与治史
吕思勉治史的进化论思想，是以马克思主义的唯物史观为指导的。
成书于1920年的《白话本国史》，吕思勉在《绪论》里谈到历史研究方法时，就曾告诉研究者，“用经济学的眼光去研究食货一类的史实，就可以知道社会的生活状况，就知道社会物质方面，物质方面，就是社会进化的一种原因”。这就是承认社会的物质生活是第一性的。这种经济基础决定上层建筑的思想，可以说是贯穿于全书的记叙中。以春秋战国时代社会大变迁为例，他既指出大变迁的动因是由于生产方式的改进，又描述了大变迁的结果是旧制度的崩溃：“贵贱的阶级破，贫富的阶级起；共有财产的组织全坏，自由竞争的风气大开。”这就是生产力的发展促成社会制度的变革。
马克思唯物主义哲学的特征之一，不仅承认社会的物质生活是第一性的——它是人们的感觉、思维、意识的来源，是决定社会的精神生活的，而且还承认社会的精神生活，又反过来能动地作用于物质生活。本着这一认识，吕思勉在论述汉初的社会机制时说：“要考察社会的情况，物质方面，和精神方面，都得注意的。精神方面，固然要受物质方面的支配，物质方面也要受精神方面的支配。”
而且他还发现，《史记》的《货殖传》已经体现了朴素的唯物思想。他对这篇写作于公元前一个世纪的《史记·货殖传》评价说：“把社会上的形形色色，一切都归到经济上的一个原因，马克思主义的唯物史观，也不过如此。”
1928年，他看到有些人在攻击马克思主义学说，便在阅读英国弗林特的《历史哲学概论》时，写下了这样的眉批：“马克思之说虽受人攻击，然以中国史实证之，可见其说之确者甚多。”
吕思勉不仅对马克思的学说，而且对马克思的人格，同样给予高度的评价。他说：“俾斯麦尝多方以贿马克思，马克思不可。马克思食不饱，寒不能具温火，身多病而又丧其妻，知年寿不可永，卧榻上，犹强自力著书，终未成而死，以敝衣殓，而俾斯麦不能夺其志。知之明，故守之坚也。竹箭有筠，松柏有心，则贯四时而不改柯易叶。国无道，至死不变，强者矫，不亦富贵不淫、贫贱不移、威武不屈之大丈夫乎？何期于百世之下遇之！”
到了1945年，吕思勉在《历史研究法》一书中，谈了他长期从事史学研究的体会，他告诫研究者说：“马克思以经济为社会的基础之说，不可以不知道。”又说：“以物质为基础，以经济现象为社会最重要的条件，而把它和现象看做依附于其上的上层建筑，对于史事的了解，实在有很大的帮助的。但能平心观察，其理自明。”
正是这种唯物史观的考察，最终必然会导向社会主义的实践。在1944年出版的《吕著中国通史》下册里，作者明确指出：走社会主义道路，是符合我国历史长期以来存在的“主张均富贫”的思想，因而是符合我国国情的。更从发展生产力的角度考察，作者在叙述农业生产“自粗耕进于精耕”后指出：土地私有制和小农制，是“农业进化的阻力”，因此唯一的出路，只有改变生产方式，改革制度，走向社会主义的道路。特别是最后一章《革命途中的中国》，不仅启示我国必然走向社会主义，走向民主政治，而且还用“大器晚成”这样的话来预祝我国抗战必胜，社会主义必将建成。
吕思勉的先进学术思想，不仅限于史学，也兼及文学甚至美学。早在1920年沈阳高师任教时期，他就曾用“驽牛”的笔名，发表了一篇题为《新旧文学之研究》的学术论文，对文学作品的美学内容和形式的关系，以及新旧文学的本质区别，提出了卓越的见解。
倡导新思想
当时，“五四”以后不久，新文学还在草创时期，有人以白话和文言作为新旧文学区别的标记。吕思勉撰写此文，认为白话文为我国固有，不仅《水浒》、《红楼梦》等小说都是白话，不少官方文告或民间“劝善”的书，也有用白话文的。因此新旧文学的区别，不应着眼于形式，而应着眼于内容。他肯定文学是一种美的创造，是令人读后产生美感的艺术品。现代新文学作品，应该通过现代语言符号——白话文的传输，反映那些具有美感的思想内容（也就是美的创造），才能真正使现代读者读后产生美感。如果把现代人具有美感的思想内容，译成古语来表达，那肯定不能使现代读者读后产生美感而接受。
那些主张文言的人，强调白话文能表达的意思，文言文也能表达。吕先生举例驳斥说：现代语言中的“桌子”、“杌子”，文言文是用“几”字和“席”字来表达的，如果甲乙两人打架，乙提起杌子，把甲打死，能否说成“以席击杀之”呢？当然不能。因此文言不能代替白话，现代新文学作品，只能用现代语言符号来传输。
在这篇论文里，还预言了新文学作品文学语言的形成和发展的趋势。他认为新文学作品的文学语言，应该是以口语为基础，作适当的筛选整理加工，同时吸收文言文里有用的词语和语法，并相应地撷取外来语里那些可以为我所用的东西，“旁薄郁积，万流齐汇”，最终会创造出新文学作品的文学语言。