1937年夏，国立北平师范大学、国立北平大学和天津的北洋工学院流亡西安，合组为国立西安临时大学，黎锦熙就是随同北师大来到西安的。1938年春，西安临大迁往汉中，黎锦熙亦随之来到城固小县。不久，西安临大改称国立西北联合大学，次年又复名国立西北大学，与陕西早年两度兴办的西北大学相呼应。此时，学校内部结构亦有调整变化，原有的工学院、医学院、师范学院、农学院，先后独立设校或与他校合并，而黎锦熙却万变不离其宗，始终坚守在西北大学的教学岗位，设杏坛，施绛帐，奏弦歌，课业授徒，沾溉后学。
作为国内著名的语言学家、中国现代汉语语法研究的奠基人、文字改革的先驱者之一，黎锦熙的汉语教学见解独到、内容丰赡、游刃有余，在这方面的研究也步步深入、成果迭出。他在国文系，出任系主任，无疑是执牛耳者，在全校范围也有着举足轻重的积极影响。1938年秋，他受命撰写了《国立西北联合大学校歌》，歌词是：并序连黉，载燕都；
联辉合耀，文化开秦陇。
汉江千里源蟠冢，
天山万仞自卑隆。
文理导愚蒙，
政法倡忠勇，
师资树人表，
实业拯民穷，
健体名医弱者雄，
勤朴公诚校训崇。
华夏声威，神州文物；
原从西北，化被东南；
努力发扬我四千年国族之雄风！
歌词前六句，追溯了西北联大的前身北师大、平大、北洋工学院，它们都创立于光绪末年，此时已有四十年，因时势所迫，遂联为一体，由平津迁来西北，又从西安转移到汉中，说不定还会向天山进发呢。中间六句，介绍联大的内部实力和宗旨，学校设有文理、法商、师范、农、工、医诸学院，以“公诚勤朴”为校训。后五句，表明学校的使命和目标所在，结尾落到发扬中华民族雄风上。整个歌词雅俗共赏，大气磅礴，既有凝重的历史感，又有鲜明的时代感，既有微观的描述，又有宏观的开拓，有力地彰扬了高等教育振兴民族的终极目标，充溢着巨大的感召力。这首校歌经联大常委会议决议修正通过后，已托作曲家制谱，却因学校改组，联大易名，终告流产。黎锦熙心有不甘，情有独钟，遂于1944年5月，以歌词为纲，撰写了一部简明的《国立西北大学校史》，每句歌词就是一个小标题，以具体、详尽而又凝练的笔触，抒写了西大的方方面面，成为了解西大校史的经典性文献。黎锦熙自重其校史写作曰：“斯亦史家创体也欤！”
从1940年始，黎锦熙又涉足陕西地方志的修撰工作，被聘担任编修方志总纂，为陕西地方志建设和发展中国方志理论作出了重要的贡献。首先，他编撰了《城固县志续修工作方案》，这是他方志“四原则”和取材“三宗”，以此为核心形成一整套体系，开创了民国时期新型方志的先声。为实践他的理论原则，黎锦熙于1942年至1944年，先后撰成《洛川县志》27卷、《同官县志》32卷、《黄陵县志》21卷、《宜川县志》27卷，相继铅印出版。时任陕西省主席的邵力之称誉他的新志“不仅依此续编，而且应时创格，实已踏入科学方法的途径，而富有时代精神的特色，这是更值得赞美的。”
在黎锦熙的带动下，西北大学先后在兴办地方企业、医疗卫生事业、陕南地质勘探考察、地方考古、地方社会调查、培训地方师资力量等方面做了大量工作，从而开创了西北大学为陕西和西北地方建设做贡献的先河。
1978年3月，黎锦熙逝世于北京。西大学报当年第三期特别发表黎锦熙《纪念鲁迅先生》诗作，永远感念黎锦熙的道德文章和人格风范，以示缅怀。