学潮与学风
五四爱国运动爆发时，蒋梦麟还在上海，陪同他的老师杜威进行访问。五四之后，蔡元培悄然离开北大，委任蒋梦麟主持北大校务。当时蔡元培对他说，“大学生是有自治能力的，你可以代表我到学校执行校务。我把一切权力交给你，但是责任由我来负。”蔡元培还嘱咐说：“自今以后，须负极重大之责任，使大学为全国文化之中心，立千百年之大计。”
与此同时，蔡元培对于学生在运动以后的状态忧心忡忡。蒋梦麟在回忆当时的情况时写道：“他说，他从来无意鼓励学生闹学潮，但是学生们示威游行，反对接受凡尔赛和约中有关山东问题的条款，那是出乎爱国热情，实在无可厚非。至于北京大学，他认为今后将不容易维持纪律，因为学生们很可能为胜利而陶醉。他们既然尝到权力的滋味，以后他们的欲望恐怕难以满足了。这就是他对学生运动的态度。”
蒋梦麟接受蔡元培委托后，北大学生会负责人段锡朋、张国焘等人曾拜访过他。张国焘回忆说：“我到达上海后，……和段锡朋等到江苏教育会去访问住在那里的蒋梦麟先生，向他表示我们代表北大同学欢迎他去北大代理校长的职务。于是蒋先生也即到达北大，代理校长，肩负起这一艰巨的任务。”不久，蒋梦麟与张国焘等人一同乘火车到达北京。值得一提的是，张国焘离开北大后所选择的道路，也证明蔡元培的判断无误。
蒋梦麟抵京后，蔡元培在《北京大学日刊》发表《蒋梦麟代办北大校务启事》：“元培因各方面督促，不能不回校任事。惟胃病未瘳，一时不能到京。今请蒋梦麟教授代表，已以公事图章交与蒋教授。嗣后一切公牍，均由蒋教授代为签行。校中事务，请诸君均与蒋教授接洽办理。”
初到北大时，蒋梦麟面对的首要问题就是如何评价这场举世闻名、影响深远的学生运动。
7月22日，北大学生集会欢迎蒋梦麟。因为蒋梦麟深知蔡元培“‘为学问而学问’的信仰，植根于对古希腊文化的透彻了解，这种信仰与中国‘学以致用’的思想适成强烈的对照”，因此他在即席讲中介绍了蔡元培的近况后又说：“蔡先生的美德和他集中西文化于一身精神是怎么得来的呢？是从学问中得来的。故诸君当以学问为莫大的任务。”蒋梦麟还说，西方先进国家之所以有今天的成就，是多少年来文化积累的结果。“故救国之要道，在从事增进文化之基础工作，而以自己的学问功夫为立脚点，此岂摇旗呐喊之运动所可几？”讲话结束时，他告诫大家：“如果是今天反对这个，明天反对那个，……终不是根本办法。吾人若真要救国，先要谋文化之增进。”
1920年五四运动一周年之际，蒋梦麟与胡适共同发表《我们对学生的希望》。胡适在美国留学时就对学生运动有看法。在这篇由他起草的文章中，进一步表达了他们对学生运动的意见。
文章首先肯定了学生运动的贡献有五个方面：一是引起学生的自动精神；二是引起学生对于社会国家的兴趣；三是引出学生的作文演说的能力、组织的能力、办事的能力；四是使学生增加团体生活的经验；五是引起许多学生求知识的欲望。
紧接着，文章分析了学生运动的起源。蒋梦麟认为，学生运动起源于变态社会，因为常态社会的政治比较清明，许多社会问题有成年人处理，学生可以安心求学，用不着在其他方面操心。但是在变态社会中，“许多事被一班成年人或老年的人弄坏了，别的阶级又都不肯出来干涉纠正，于是这种干涉纠正的责任遂落在一般未成年的男女学生的肩膀上。……简单一句话：在变态的国家里面，政府太卑劣腐败了，国民又没有正式的纠正机关（如代表民意的国会之类）。那时候，干预政治的运动，一定是从青年的学生界发生的。汉末的太学生，宋代太学生，明末的结社，戊戌政变以前的公车上书，辛亥以前的留学生革命党，俄国从前的革命党，德国革命前的学生运动，印度和朝鲜现在的运动，中国去年的五四运动和六三运动，都是同一个道理”。所以他们认为，“荒唐的中老年人闹下乱子，却要未成年的学生抛弃学业，荒废光阴，来干涉纠正，这是天下最不经济的事”；至于动不动就使用罢课手段，则是学生运动破产的表现。
为什么这样说呢？这不仅是因为“罢课与人无损，于自己却有大损失”，还因为它容易让学生养成依赖群众的心理，同时养成逃学和盲目从众等习惯。在这方面上，文章的论述非常精彩，“现在的学生很像忘了个人自己有许多事情可做，他们很像以为不全体罢课便无事可做。个人自己不肯牺牲，不敢做事，却要全体罢了课来呐喊助威，自己却躲在大众群里跟着呐喊，这种依赖群众的心理是懦夫的心理！”时至今日，能够对学生运动做这种分析者，并不多见。
在指出学生运动弊病的同时，蒋梦麟和胡适还向大家指出，今后要注重真正的学生活动，这种学生活动包括学问生活、团体生活和社会服务三个方面。在学问生活上，一要学好外文，二要注重观察与调查，三要促进学校的改良，四要注重自修。在团体生活上，除了要开展学术活动、体育活动、游艺活动、社交活动外，还要弥补各种组织活动中不完善的地方，其中包括开会的法定人数、提案手续、发言顺序、表决方法、复决程序、讨论时间等内容，以及容纳反对党的意见和人人要负责任的精神。在社会服务上，要注意普及科学常识和公民常识，开展破除迷信、移风易俗的活动。这一切，都是民主社会不可缺少的内容。
言者谆谆，听者藐藐。尽管这篇文章说理透辟，但是在那变态社会向常态社会转轨的时代，大大小小的学潮还是此起彼伏，一个接着一个。有一次，学校为要收讲义费，学生马上举行集会表示反对。当时蔡元培已经回校，他赶到现场，气愤地卷起袖子喊道：“你们这班懦夫！……有胆的就请站出来与我决斗。如果你们那一个敢碰一碰教员，我就揍他。”后来蒋梦麟也经历了多次围攻，甚至在办公室里被关了几个小时。
为什么学生势力这样强大而且这样嚣张跋扈呢？蒋梦麟认为这与他们的出身有关。他说：“这些学生多半是当时统治阶级的子女。学生的反抗运动，也可以说等于子女对父母的反抗。”另外，“学生运动在校内享有教师的同情，在校外又有国民党员和共产党员的支持，因此势力更见强大。”蒋梦麟还说：“许多事例足以说明学生运动中包含各式各样的分子。那些能对奋斗的目标深信不疑，不论这些目标事实上是否正确，而且愿意对他们的行为负责的人，结果总证明是好公民，而那些鬼头鬼脑的家伙，却多半成了社会的不良分子。”
尽管如此，蒋梦麟对于当时的学生爱国运动还是给予热情支持。比如“三·一八”惨案发生后，蒋梦麟多次出席北京国立九校校务讨论会，处理善后问题，并严厉谴责政府屠杀学生的暴行。
自治与“治自”
蒋梦麟的一生，始终把教育与改变人生态度、培养合格公民联系在一起。他虽然对学潮多有批评，但还是把五四运动比作中国的文艺复兴，希望以此为起点，“把中国萎靡不振的社会，糊糊涂涂的思想，畏畏缩缩的感情，都一一扫除”，使每一个都成为一个活泼泼的公民。1919年北大发生林德扬自杀事件，五四运动中的学生领袖罗家伦认为这是恶劣的社会造成的悲剧。蒋梦麟认为，除了社会之外，这也是中国人心气薄弱的表现。为此他撰文说：“中国之社会，一罪过之社会也。中国之家庭，一罪过之家庭也。以罪过之社会，建神圣之国家，犹设天堂于地狱”，因此“泛言改革政治，其效必浅。泛言改革社会，其祸必巨。欲图积极之进行，必须有一入手之的实办法。此法为何，曰建设新国家于学校之中。”
蒋梦麟第一次代理北大校务只有两个月左右。1919年9月蔡元培返回北大，聘他为教育学教授兼总务长。他说：“蔡先生回来后，北大再度改组，基础益臻健全。新设总务处，由总务长处理校中庶务。原有处室也有所调整，使成为一个系统化的有机体，教务长负责教务。校中最高立法机构是评议会，会员由教授互选；教务长、总务长，以及各院院长为当然会员。评议会有权制订各项规程，授予学位，并维持学生风纪。各行政委员会则负责行政工作。北大于是走上教授治校的道路。学生自治会受到鼓励，以实现民主精神。”可见要建设新国家于学校之中，除了教育独立、学术自由、教授治校等要素之外，学生自治也是必不可少的内容。
关于学生自治，蒋梦麟的两个演讲谈得非常透彻。第一次是1919年10月在北京高等师范学校的校庆纪念会上。五四运动以后，学生自治会即学生会纷纷成立，因此蒋梦麟首先指出：我们讲学生自治，要研究三个要点。第一是学生自治的精神，第二是学生自治的责任，第三是学生自治带来的问题。所谓精神，是一种公共意志。一个团体有了公共意志，大家就会不知不觉地受其感染，否则这个团体就无法存在。所以学生社团结合的要素，不是在章程，而是在养成一个公共的意志。换一句话说，就是养成一种精神。他还说，学生自治不是一种时髦，也不是要反对教师，而是一种移风易俗的爱国运动。因此大家应该有一颗移风易俗的爱国心，来培养这种自治精神。关于学生自治的责任，蒋梦麟认为应该表现在四个方面：一要提高学校的学术水平，二要建立公共服务的观点，三要生产更多的文化，四要为改良社会做出榜样。至于学生自治可能带来的问题，比如学生个人的行为该不该管，学生团体与教师以及教师团体产生矛盾怎么办，蒋梦麟也做了很好的解答。