第二次是1920年9月在北京大学的开学典礼上。如果说蒋梦麟在北高师的演讲偏重于学理的话，那么这次讲话则比较侧重于现实。他说：“我近来学生认识得不少，据各方面的闻见，觉得最可惜的就是学生会总没有好好的组织；开会时秩序亦不甚整齐。我们时常说国会省会如何捣乱，其实像这样子，叫学生去办国会省会，又何尝不会捣乱呢！所以开会时必须注重议会法才好。学生会章程，上半年已经订好，采取委员制，现在已经付印。希望新旧同学平心静气地讨论确定以后就大家遵守。本校的特色，即在人人都抱个性主义。我尝说，东西文明的不同，即在个性主义。比如希腊的文化，即以个性为基础，再加以社会的发达，方能造成今日的西方文明。”在演讲结束时，蒋梦麟殷切地说：“北大这么大的一个学校，研究学问，注重品行的件件都有，就是缺少团体的生活。所以我希望大家，一方各谋个人的发达，一方也须兼谋团体的发达。从前严厉办学的时代，是‘治而不自’，现在又成杜威先生所说的‘自而不治’，这都不好。我们要‘治’同‘自’双方并重才好。因为办学校用法律，决计不行的，只可以用感情化导，使得大家互以良好的情感相联络。这就是我最后的希望。”
让学生自治而不是“治自”，学校要依靠感情化导而不是严格的法纪，这就是蒋梦麟的办学理念。
学术与政治
1920年10月，蔡元培出国考察，蒋梦麟再次代理北大校务。1923年，蔡元培因教育总长彭允彝干涉司法、蹂躏人权而羞与为伍，愤然辞职，蒋梦麟第三次担任代理校长职务，直到1926年“三·一八”惨案爆发后，蒋梦麟被北洋军阀列入黑名单，他只好离开北大居住东交民巷。当年秋天，他脱离魔掌抵达上海，结束了将近七年的北大生涯。
作为蔡元培的继承人，蒋梦麟认为北大精神既是一种公共意志，又是一种学风。但是如何建立良好的学风，让北大精神发扬光大，却不是容易的事情。1922年，他在《学风与提高学术》一文中表达了自己的苦闷。该文开门见山说：“我们办教育的人，近来真觉得日暮途穷了。从前我们以为政治不良，要从教育上用功夫，养成人材，去改良政治。近年以来，政治愈趋纷乱，教育界经济上和心理上，都因此受莫大打击，不但经济破产，精神上破产的征象，也渐渐暴露了。于是数年前只讲教育、不谈政治的迷信，渐渐儿打破。”
他还说，由于政治腐败，大家不能不谈政治。但是要谈政治，又会受到腐败政治的仇视、摧残或利用，无奈之下只好不谈政治。但是面对一个缺乏公平和正义的社会，大家又到哪里去讨个公道呢？想来想去，他认为“现在我们所能勉强提出的一个办法，就是‘提高学术’。”但由于人才不足，经费不能保证，因此要通过“‘提高学术’来唤起精神，养成一个学术化的学风，谈何容易”。
1924年11月，蒋梦麟在《晨报》发表《知识阶级的责任问题》，进一步讨论了学术与政治的关系。文章首先指出，知识界是否能成为一个阶级，必须具备两个条件，一是在社会上要有相当势力，二是本身要有一个团结的组织。然而现在的中国知识界，人数既少，组织也流于形式，根本无法形成一个阶级。
蒋梦麟分析说，全社会对知识界的期望是解决目前的政治问题，以减少贪官污吏给他们造成的切肤之痛。但是知识界却认为，要改良政治，就要先改良社会；要改良社会，就要先从学术、思想、文化上下工夫，否则就会陷入治标不治本的误区。对于知识界的这种看法，蒋梦麟觉得就好比究竟是鸡生蛋还是蛋生鸡的问题一样，不可能有一个正确答案。因此“我们只好说，鸡是蛋所生的，蛋亦是鸡所生的。有了好鸡，自然能生好蛋；有了好蛋，自然能生好鸡。”基于同一道理，他认为“社会能影响到政治，政治也能影响到社会；社会能影响到学术，学术也能影响到社会。无论哪一方面做起，都是有效的。”
他还指出现在的问题是“许多人看见实际问题解决的困难，知道唱几句社会和学术的高调，最容易缴卷，就把学术和社会的研究，作为避世的桃源。或者钻进学术和社会的研究里面，忘了应世的目的。”结果，不是养成万恶的政治，就是产生一班不切世务的迂儒。这对学术和社会，都有害无益。
此外，蒋梦麟提出知识界参与政治的界限和条件。所谓界限，主要是不可忘记的本职工作，否则就会失去自身的价值，也不可能改良政治。所谓条件，则是不参与维持现状的政治，也不能因为参与政治而妨害学术研究。蒋梦麟80多年前发表的这些意见，至今仍然有非常重要的现实意义。
大学与抗战
不幸的是，就在蒋梦麟组建的新北大刚刚开学之际，就爆发了震惊世界的“九·一八”事变。不久，日本侵略者又攻占山海关和承德等地，平津一带炮声隆隆，战云密布。为了救护受伤的抗日将士，北大师生成立了一所伤兵医院，蒋梦麟夫人亲自担任院长，组织教职员夫人和女学生充当看护。通过抢救伤兵，蒋梦麟进一步看到中国军队虽然缺乏现代武器，却勇于以自己的血肉之躯抵抗外来侵略。他认为：“国军以血肉筑成长城抗御敌人的弹雨火海，主要的凭借就是这种不屈不挠的精神。这种精神使中国在漫长痛苦的八年之中愈战愈勇，虽然千千万万的人受伤死亡，中国却能始终连哼都不哼一声。我们虽然节节失利，却终于赢得战争。”
除了愈战愈勇的中国军队之外，中国的大学堪称抗战胜利的精神堡垒，大学校长则是大家的精神领袖。在这方面，蒋梦麟的表现可圈可点，令人钦佩。1935年11月，蒋梦麟与北平各大学校长教授联名发表宣言，斥责冀东伪政府，反对华北自治运动。为此日本宪兵找上门来，“请”蒋梦麟去位于东交民巷的日本兵营进行解释。蒋梦麟毫无畏惧地深入虎穴之后，一个日军大佐居然想把他挟持到大连。面对这种危险局面，蒋梦麟冷静地说：“如果你们要强迫我去，那就请便吧——我已经在你们掌握之中了。不过我劝你们不要强迫我。如果全世界人士，包括东京在内，知道日本军队绑架了北京大学的校长，那你们可就要成为笑柄了。”
在这位大义凛然的北大校长面前，无计可施的敌人只好把他放了。事后，宋哲元将军因无法保护他而劝他离开北平，蒋介石也派陈诚前来表示慰问，但他还是留了下来。他说：“从民国十九年到二十六年的七年内，我一直把握着北大之舵，竭智尽能，希望把这学问之舟平稳渡过中日冲突中的惊涛骇浪。在许多朋友协助之下，尤其是胡适之、丁在君（文江）和傅孟真（斯年），北大幸能平稳前进，仅仅偶尔调整帆篷而已。”他还说：在这种情况下，“科学教学和学术研究的水准提高了。对中国历史和文学的研究也在认真进行。教授们有充裕的时间从事研究，同时诱导学生集中精力追求学问，一度曾是革命活动和学生运动漩涡的北大，已经逐渐变为学术中心了。”
另外，曾经在北大法学院任教的陶希圣回忆说，当时北大“师生们的口号是‘在北平一天，当作二十年来做’。”北平在上世纪30年代的文化繁荣和社会进步，就是这样换来的。
卢沟桥事变爆发后，北大、清华与南开组成长沙临时大学，三校校长同时担任常务委员，共同领导学校。为此，蒋梦麟一方面组织广大师生南下，一方面嘱托不便南下的周作人、孟森、冯祖荀、马裕藻留下来照料北大，这四人被称为“留平四教授”。谙熟中国历史的周作人曾托人给蒋梦麟带话：“请勿视留北诸人为李陵，却当作苏武看为宜。”抗战胜利后，周作人因汉奸罪入狱，曾希望蒋梦麟出庭作证。蒋梦麟也有此打算，但是终因种种原因未能实现。
蒋梦麟的纯正厚道是大家公认的。叶公超说：“我的朋友中，脾气好的人也不少，但对于仆役等最客气，而且从来不发脾气的，我想只有孟邻一个人。记得我们初到长沙去组织临时大学的时候，我们合用一个宝庆的老兵，因为语言关系，往往词不达意，我是一个性急的人，孟邻先生看见那位宝庆的同胞做错了事，或者是所做的刚好与我们的意愿相反的时候，他的反应总是发笑，我却在着急。纯厚，同情，宽容是他的本性。”
不过，在大是大非上，蒋梦麟却是另外一种模样。叶公超还说，他们到长沙后，南开的张伯苓和清华的梅贻琦还没有到。有人怕三所大学在一起会产生同床异梦的矛盾；有人甚至说：“假使张、梅两位校长不来，我们就拆伙好了。”听到这话，蒋梦麟声色俱厉地说：“你们这种主张要不得，政府决定要办一个临时大学，是要把平津几个重要的学府在后方继续下去。我们既然来了，不管有什么困难，一定要办起来，不能够因为张伯苓先生不来，我们就不办了。这样一点决心没有，还谈什么长期抗战。”
不久，长沙临时大学迁往云南，改名为国立西南联合大学。在抗日战争中，三所大学长期合作，为中华民族保存了文化学术的火种，谱写了弦歌不绝的佳话。冯友兰在《国立西南联合大学纪念碑》有言：“文人相轻自古而然。昔人所言，今有同慨。三校有不同之历史，各异之学风，八年之久，合作无间。同无妨异，异不害同，……以其兼容并包之精神，转移社会一时之风气，内树学术自由之规模，外来民主堡垒之称号，违千夫之诺诺，作一士之谔谔……”这一切，如果没有蒋梦麟的努力和坚持，是不可能的。这也正如叶公超所说：“整个抗战期间，大后方的高等教育没有间断，而能继续为政府培植人才，孟邻先生个人的贡献是不可磨灭的。”
在抗日战争中，中国知识分子表现出来的不畏艰苦的精神令人感动。费正清在战前就是与蒋廷黻和梁思成夫妇结下深厚的友谊，战争中他再度来华，发现中国知识分子的生存状况极其恶劣，便想通过官方渠道请求美国政府援助。于是，一个叫做中国救济联合会的组织于1943年秋开始实行一项计划，其中包括以五百至一千美元的现款帮助一部分有前途和有声望的学者去美国访问。然而蒋介石获悉这一计划后，大概是以中国学者不应接受美国施舍为由，实际上予以否决了。
费正清认为，这是蒋介石开始丧失民心的一个原因，也导致“许多知识分子感到心灰意懒，一部分人将会死去，其余的人将会变成革命分子。”
对于这种状况，蒋梦麟非常担忧。费正清说，有一天“蒋梦麟于午饭前到我这儿来，我告诉他联合援华会遭受惨败之事。从外表看，他颇像梅贻琦——个子很高，身材消瘦，举止优雅，不过，他是个理智胜过情感的人。他们作为昆明高校的两位领袖，都是以其苦行僧形象著称的，是给人以深刻印象的人物。蒋梦麟近来没有为北大做什么。他已困难到山穷水尽，唯靠典卖仅剩的衣物书籍而维持生活，他的夫人现在正在设法寻找工作而他自己则回到昆明去担任中国最高学府的校长。跟梅贻琦相比，蒋梦麟的经济境况还稍胜一筹。梅夫人化名找到一个工作，结果被发觉，只得中辍。”
他还说：“当蒋梦麟博士向联大教授们宣布美国联合援华会支援中国高校教授生活费用计划不能实施时，遭到了听众们的强烈抗议。他们认为，鉴于‘租借法案’和他们自己的极端贫困，接受美国援助根本不是什么不光彩的事。他煞费苦心，竭尽全力阻止教授们发表抗议文字。蒋梦麟说，真正的核心问题是中国高等教育的骨干力量究竟能不能为了将来而被保存下来，中国究竟会不会在战争时期失去培育英才的教师队伍，从而陷于更大的混乱。他认为中国的高等教育所受到的损害已经极其严重了。”
这些话既表现出蒋梦麟睿智，同时也透露了他的无奈。也许正因为这种无奈，他才不得不把部分精力放在学校之外。抗日战争胜利前夕，他出任行政院秘书长，从此离开了他服务多年的北大。