傅斯年在北京大学原是国文部的学生，他对于文史哲各方面的同时具有深厚的根底，是黄季刚的得意门生。傅斯年才华横溢，学识渊博，对于留美归来的胡适讲授中国古代哲学史的课程，在他眼里，也是予以轻蔑看待的。同时，因为他是国文部而非哲学部的学生，所以基本上不去听胡适的课。但与他同住在北大西斋的哲学部学生顾颉刚也选了胡适的哲学史大纲这门课程，他却感到非常满意。因此，顾颉刚就拉了傅斯年也去听课。傅斯年在听了几次讲课之后，也同样感到非常受用，非常满意，于是后来渐渐同意胡适和陈独秀等新派人物的主张。之前，陈独秀和胡适也早已知道傅斯年是黄季刚的得意门生。有一次国文部的学生上书给文科学长陈独秀，要驱逐一位教师，文章写得很好。学生们说文章是傅斯年所写，陈独秀则认为一定是另有教授在背后搞坏。因此，陈独秀把傅斯年叫来，当面命题。当陈独秀看完傅斯年的文章后，大加赞赏，傅斯年得到了陈独秀的赏识。陈独秀知道傅斯年确是一个名副其实的高材生。然而，当傅斯年从黄季刚门下转到胡适和陈独秀门下时却很疑虑，认为很可能是黄季刚派他来搜罗新派人物的缺失，作为攻击靶子的。经过缜密的观察，才深信傅斯年的这一转变的确是出于思想的转变。据说黄季刚也向人宣告：傅斯年背叛了我。后来，傅斯年和罗家伦就成为了学生中新派的代表人物，由他们主编的《新潮》杂志（主要作者是学生）得到了鲁迅等人的支持，与陈独秀主编的《新青年》（主要作者是当时的教师）成为五四时期传播新思潮的最风行的刊物。
从此以后，胡适、傅斯年两人之间逐渐渐突破了师生关系而成为交谊至深的师友关系。到了20世纪30年代初期，胡适、傅斯年、翁文灏、丁文江、蒋廷黻共同编刊了《独立评论》，印刷、出版、发行等费用全由他们个人出资支付。他们在这个刊物上随时发表各自对于某些学术和政治的意见。
例如，当时的国民党要员提倡读经，而胡适、傅斯年先后在“独立评论”上发表文章，大力表示反对读经。但他们这几个人的政见也并不完全相同，一般说来，胡适和傅斯年的主张是要争取欧美式的民主，而丁文江和蒋廷黻两人则倾向于专制。丁文江在该刊上发表过《假如我是蒋介石》和《假如我是张学良》，都成为当时很引人注意的文章。1936年1月，丁文江逝世后，独立评论社为他编刊了纪念专号。该刊也曾发表过触犯政治当局的言论，以致曾经一度遭受查封，但不久总是顺利解决了。实际上文该刊的主编是胡适，他从来对于政治是不发表过于激烈的言论的。
抗日战争爆发之后，胡适做了驻美大使，他在美国的一些外交活动，很受蒋介石政府许多上层人物的不满。后来，蒋介石便派了宋子文去美国做特使，致使大使的职权被剥夺了大半。这时候，傅斯年是国民参政会的参政员，他经常在参政会上“放大炮”：时而弹劾孔祥熙，时而又和蒋介石的嫡系人物展开论辩。而对于胡适的声誉他却一直备加维护。绝不许别人作任何带有贬义的评论。他向人宣称：别人都不配斥责胡适，只有我一个人有此资格。其实，他对胡适也从无贬抑之词。抗日战争胜利之后，宋子文任行政院院长，把原任北大校长的蒋梦麟也拉进了行政院去。
教育部公布胡适继任北大校长。胡适当时虽早已卸任驻美大使，但仍留居美国纽约搞学术研究。所以教育部在公布胡适任北大校长的同时，也公布了傅斯年做代校长，傅斯年也乐于代理此职。傅斯年在代理期间，关于聘请教员，特别是文科各系教员的事，有时并不与胡适相商，即自作主张，事后胡适也从无异议。从《胡适往来书信集》中可以看到，当时傅斯年反对罗常培再任北大中文系主任，而胡适后来果然就自己兼了中文系主会。所谓“心有灵犀一点通”，用在他们两人身上，大概再切合不过了。