为了长期聘请名流专家，稳定云大的教师队伍，熊庆来在云大施行讲座制，充分发挥有声望的专家教授之作用。经熊庆来与中英庚款委员会协商，云大设置了五个讲座，分别由经济学家肖蘧、采矿专家张正平、数理专家赵忠尧、冶金专家蒋导江、土木工程专家顾宜春担任。薪金由中英庚款委员会补助发给。
1938年以后，昆明成为抗日后方文化中心，人才荟萃。熊庆来抓住这一大好时机，延聘了大批名流学者到云大执教。其中有：陈省身、费孝通、吴文藻、楚图南、华罗庚、顾颉刚、尚钺等，专任教授最多时达到187人，兼任教授40多人。
随着抗战的胜利，云南大学面临着教师流失（回到内地）的严重问题。由于熊庆来深谋远虑，采取了一系列措施，使得教师队伍的流失降到最低程度。
首先，争取云南籍教师继续留任云大；
其次，延揽一批不愿或不能复员的学者专家；再次，延聘一批留学生到云大任教；
第四，培训本校青年教师和优秀学生。
由于措施得力、可行，所以，在迁往云南的大学及研究机构纷纷回迁到内地的情况下，云大教师阵容依然较为整齐。至1949年，仍有教授140多人。
为了改变过去集大权于校长一身的做法，熊庆来在着重抓教师队伍的同时，对学校管理体制也作了若干改革，建立了三会（校务会、教务会、教授会）、三处（教务处、训导处、总务处）、五院（文法、理、工、医、农）体制。校务会由校长担任主席，其他各会、处、院由其他教授担任。校务会又下设经济稽核、聘任、招生等若干委员会，校长着重抓财务、人事、建筑三个委员会，其他委员会又由其他教授分管，实际上形成校长领导下的教授治校体制。因而有利于集思广益，调动教授办学的积极性。
校产联合
1937年抗日战争爆发，在缪云台、龚自知、方国瑜等人的推荐下，熊庆来回到阔别16年的家乡，出任云南大学校长，为云大的发展作出了巨大贡献。
当时的云南，经济、文化都极为落后。当时的云大，只有3个学院，39个教授，8个讲师，302个学生，教学设备简陋，教学质量不高，办学条件万分艰苦。然而，熊庆来内心却澎湃着一股为桑梓服务，发展云南教育的热情，一心要“把云大办成小清华”。
缘于云南大学地处西南边陲，物产资源异常丰富，发展前景远大。怎样发挥云南的各种资源的作用，促进云南经济的发展？这一直是熊庆来所思考和关心的问题，也是摆在云南大学面前的历史使命。
经过熊庆来的苦苦寻思，结论终于出来了：立足本省，面向西南，这就是云大的办学方向。云大的使命旨在“培养中学师资，造就地方实际建设人才，并就本省天然物产，加以研究”。
在这个思想指导下，熊庆来在扩充云大院系学科时，注重地方需要，扎根云南。在医学院成立之时，他说：“其目的，一方面在培养社会需要之医生，一方面即在开发西南，谋解决医药上之困难也。”
因此，熊庆来逐步对云大院系作了扩充、调整。原来的两个学院（文法、理工）7个系（教育、法政经、中文、土木工程、矿冶、数、理）和一个专修科（医学），至1946年扩充为5个学院（文法、理、工、医、农）18个系（文史、法律、社会、生物、化学、森林、医疗等）3个专修科（电讯、蚕桑、采矿）两个研究室（西南文化研究室、航空研究室），富有云南地方特色。
另外，云大还附属有医院及解剖室，农学院有实验农场，数学系在东郊凤凰山建立了天文台，工学院有实习工厂，航空系有飞机3架，这在全国高校中是罕有的。所以，就当时来讲，云南大学是西南地区学科门类比较齐备、附属机构比较完整的一所高等学府。
立足云南办学最突出的一点是创办生物等系。熊庆来到云大后，结合云南矿藏丰富又是动植物王国之特点，注重采矿冶金和生物学的发展，特别聘请采矿专家张正平、冶金专家蒋导江，以加强矿冶系。聘请植物学家严楚江筹建植物学系，后又扩为生物系，促进了云南生物学研究的发展，为大西南培养了一批生物学的专门人才。
当时，云南大学的图书资料和仪器设备极其简陋。熊庆来不辞劳苦，四方求助，争得了一些资助，有了一定程度的改善，但也未能从根本上解决问题。所以，熊庆来提倡和促进各院系以协作方式与有关单位合作，开展科学研究活动。例如，社会学研究室1936年在教育部、中国农民银行、美国罗氏基金的资助下，对云南农村经济、乡镇行政及工区、工厂的劳动状况进行调查，后又得到省经济委员会的资助，将研究成果出版刊用，并被译成英文，编入太平洋学会报告和哈佛大学社会学丛书。又如矿冶系先后与资源委员会、炼铜厂、滇北矿务局进行合作研究。
通过这些活动，不仅解决了云南大学资金的困难，弥补学校图书资料、仪器设备的不足，培养了学生实际操作能力，而且还促进西南社会经济的发展，扩大云大的影响。
创办云大附中
1939年，他又创办了云大附中。熊庆来很重视中学教育，他创办了云大附中并十分注意附中的教学质量。他认为，要办好大学，必须办好中学。在他的重视和附中校长杨春洲等人的辛勤努力下，附中办得很有质量，很有特色。
培养研究风气
严格要求，是使学生成为有用人才的必经之路。为了整顿学风，整饬校纪，熊庆来到学校后，陆续修改制定了学则，严格考试制度，课堂教学、实验、习题等环节一环不放松，纠正考试中的舞弊行为。
他注重学生平时成绩，规定平时成绩占成绩的三分之二，学期考试成绩仅占三分之一，使云大毕业生的质量可与一些老牌大学媲美。
尽管学校行政事务繁忙，包括向各界人士募捐、扩建校舍、增购图书等事，都须亲自操劳。但熊庆来仍安排时间直接从事数学教学和科研，有一段时间，他每周还要为数学系授课几学时。
为了保证入学学生素质，熊庆来对招生考试严格把关。从1938年起，比照西南联大办法，规定入学录取线。如1939年，入学考试七门课程，平均各科成绩在55分以上，无零分科目者，方可录取。
但考虑到云南文化教育比较落后，云大招生应主要面向本省，为此，规定云南籍学生平均成绩可低于外省籍学生10分，无零分科目者可录取。
熊庆来到云大前，学校规模较小，在校学生及毕业生人数都比较少。1923年云大开始招生，到1936年的13年间，本科毕业生仅266名，预科毕业生也只有143人。1936年在校学生人数只有302人。
随着社会局势的剧变，云大的招生规模远远不能适应西南文化教育、经济建设及全国抗日运动的需要。熊庆来到校后，积极采取措施，扩大学校规模，增加入学人数。至1937年底，在校学生增加到680人，至1949年夏增到1500人，是1936年的五倍。
对此，熊庆来感到十分欣慰和喜悦：“一般同学在本学期中，读书情绪至佳，而且因省外大学学生，来此寄读者，联翩而至，全校学生人数激增至千五百人，更加厚学校弦诵空气，惟校舍缺乏，茅屋陋室，亦皆充分利用，然同人以此西南学府之生命力得以加强，精神得以提高，反觉不改其乐。”
为了培养研究风气，提高研究水平，熊庆来极力鼓励和倡导各系师生成立各种学术研究组织，开展学术研究活动和各种竞赛，创办研究机构，如社会学研究室、西南文化研究室。
为了提高师生学术研究的积极性，扩大学术研究成果的交流，熊庆来非常重视出版学术刊物和丛书。尽管当时经济拮据，财源有限，但熊庆来还是组织成立了编辑委员会，创办了《云南大学学报》（分文史版和外文版）、《云南大学丛书》，同时也允许各院系出版自己的刊物。
在云大期间，对于进步学生运动，熊庆来寄予同情和支持。1945年，国民党军警制造了震惊中外的“一二·一”惨案。
尽管当时斗争非常复杂，但熊庆来镇定自若，不畏强暴，排除外界压力，主持公道，在12月24日举行的记者招待会上，对国民党云南地方当局进行了严厉指责：“地方当局对学生集会施以高压，应负激起罢课风潮之责任，暴徒闯入学校，捣毁校具，殴杀学生，实为当时军政当局之责任。”并严正指出，“对此次事件负责之当局，应受应有的处分。”
他的这些讲话，赢得了师生的拥护和爱戴。
身为大学校长，熊庆来自己的生活很节俭，全家的衣食住行都以俭朴为旨。在公务辛劳之余，熊庆来的妻子还在住处附近种瓜种菜，以尝亲手种的劳动果实引为至乐。
熊庆来任校长的十二年中，云大从原有的三个学院发展到五个学院，共十八个系，另附专修班和先修科各三个，为民族培养了大批有用之才，为改变云南文化落后的状况作出了重要贡献。
熊庆来念念不忘发展科学和教育，以此来报效祖国和服务桑梓，为此他付出了毕生精力。他平生十分推崇伟大的法国学者巴斯德以自己的科研成果使当时濒于危机的法国蚕丝和酿造业再度繁荣，帮助战败的法国度过经济难关，并常以此勉励自己，也教育学生为祖国复兴而勤奋学习。
他的努力结出了累累硕果：卓越的研究成果，培育的许多杰出人才，对中国数学发展和对云南大学的突出贡献等等。熊庆来品德高尚，待人宽厚，提携青年，为大家所称颂。
熊庆来作为一位大数学家，在担任大学校长期间能做出这些成就，是难能可贵的。因此称熊庆来为一位典型的，而且是成功的学者型的教育家是不为过的。
1992年10月6日，在云南大学举行了“纪念熊庆来诞辰一百周年大会暨熊庆来铜像揭幕仪式”。会上，各界代表千余人对熊庆来为报效桑梓、培养滇省人才、甘入幽谷的崇高精神一致表示崇敬之情。
杨振宁教授在南京大学访问讲学时曾这样评价过熊庆来：“熊庆来先生亲自参与创建了近代中国4所大学（国立东南大学、清华大学、西北大学、云南大学）的数学系，对中国近现代科学发展作出这样的功绩是十分罕见的。”