诀别旧朝廷
严修在学部任职时，朝廷正预备立宪。在他看来，君主立宪其实就是君权与民权合一。以经学立君权，以西学立民权，孔孟之道，实与民主相通。差别在于，一个是理想化的“道”，一个是现实性的“制”，而宪政的目标，就是要将“道”转变为“制”，这几乎成了他在学部工作的目标。经学的“道”，虽时时强调，却无需他来推动，但西学的“制”却要靠他来执行。建制之前，需先确立方针，明确教育宗旨。他拟就学部关于教育宗旨的奏折，指出中国政教所固有而应发扬的有两点：一是忠君，一是尊孔。中国民质所最缺而以提倡的有三，即尚公、尚武、尚实。这似乎是中国人最早论及国民性的，无疑是受了日本人的影响。
关于忠君，他说，东西各国政体虽有不同，但都崇敬国主以为政治之本。接着他举了德国和日本的例子：“近世崛起之国，德与日本称最矣。德之教育，重在保帝国统一；日之教育，则维护皇统而已。”关于尊孔，他将明治维新归功于中国圣贤之学，指出，“其国民之知识技能，已能并驾欧美，还用吾国圣贤之言而训导之，况孔子生于中国乎？”
他还建议裁撤各省学政，改设提学使，统辖全省学务，归督抚节制。清廷准奏，谕云：“着即照所请，各省学政，一律裁撤。”此前，各省学政，皆为翰林出身，不受督抚节制，直接向皇帝奏报，地位和钦差相似。而提学使则与藩、臬同称三使，归督抚节制。其设置虽然偏低，但作用却加强了，并且落到了实处。他强调“兴学为地方要政，实与钱谷、刑名并重”，要求各省考察官员，要由过去的藩司会同臬司考察，改为由藩、学、臬三司会同考察。
学司参与官员的考察工作，官员的政治前途便与兴学相关联。这是以政治家的眼光看透了晚清官场。他知道，调动了官员还不够，还要调动民。政治体制虽是官本位的，但政治文化却是民本位的。成事虽然在官府，而做事却要靠民间。于是，他奏定《各省普设教育会章程》，以教育会“补助教育行政，图教育之普及”，并鼓励士绅助官兴学或立私学，达成“教育之道，普及为先”。普及教育，尤重女学，于是他又制定了女学教育章程。他主理学部，虽以普及教育为主，但留学取士也是一件很重要的工作。于是，又奏准每年8月举行留学生考试，首场测试各毕业生所学科目，第二场测试中文和外文，优等者给予进士出身，中等者给予举人出身。到第二年春天，获得进士、举人者于保和殿廷试，分等引见授官。为了出版教科书，他会同商部、巡警部制订《大清印刷物专律》；为了编撰教科书，学部又设图书编译局，延聘王国维、汪荣宝等为编辑。
张百熙管学时，有关教育的文件均出自罗振玉之手。学部初建，凡重要文件，仍以罗振玉为主笔，张元济、李家驹、范源濂、陈宝泉等人参与意见，由严修改定后，报荣尚书同意。在严修的擘划下，一套完整的近代化教育体制及行政机构建立了起来。教育改革为新政先导，如此有起色，令朝野人士刮目，连太后也召见他，“垂问数十句”。
当时，直隶总督袁世凯对君主立宪和地方自治运动格外热衷。他除了编撰《立宪纲要》做理论和舆论准备之外，还通过商会推动清廷立宪和天津自治。预备立宪前，他就建立了市政议会，请商绅议政。他还利用盐商税款和捐赠建立了天津府自治局和自治研究所，该所为研究地方自治的学术机构，也是训导省内商绅、培训自治人才的基地。不久，天津自治临时章程出台。章程规定，居民凡年满24岁者，只要不靠救济为生，能写自己名字、年龄、住址和职业，都有资格参选。但候选人资格有严格的规定，必须是受过教育且有小学文化以上者，致仕官员或有功名身份者，生员及经过地方官鉴定有著作者，或为殷富之家，财产在2000元以上或经营价值在5000元以上者，担任地方公益职务的绅士等。紧接着，成立了“自治期成研究会”，以起草自治章程。这些活动，严修和他的朋友们都参与了，他在天津与人合办《醒俗画报》，后来又办《醒俗报》，就是为了配合这些活动，进而进行宣传。可袁世凯过于热衷，竟下令一个月内建立地方议会和董事会。
居于京师脚下，其有无司马昭之心，难免令人起疑。何况选民多疑，动员起来也不是容易的事。根据以往的经验，军阀多半以自治的名义割据，或以自治的名义打多征税款的主意，要他们花钱买自治。会议召开了19次，天津县自治机构通过了一份仿效日本两院制章程，要求成立议事会和董事会，除知县兼任董事会议长，其他代表均由选举产生。严修以为，天津自治运动已有效验，应迅速推广，不应再议论不休。清廷遂拟于天津进行司法独立的实验，但遭到多方攻击。严修力排众议说：司法独立之说，颇遭攻击，不去实行，哪能拿出标准来说服人。严修还因雇用日本教员费用高而被非议，可严修毫不退缩，断言：不这样做，就没有中国教员来问津西学课程，没有中国教员来讲西学课程，就永远要依赖日本人，“故此费不能惜也”。天津地方自治选举终于有了结果，许多被选的代表都是大家所熟悉的商人。在首届天津县议事会30名代表中，李士铭被选为议长。
在地方自治运动中，天津一如既往，走在了全国的前列。其时，立宪与革命，看起来各行其是，实际上是两条腿走路，形成了近代化合力。以一维的革命的眼光来看待严修，严修难免有历史的局限性，但用多维的近代化眼光来看待严修，严修的历史作用超越了许多所谓革命先行者。革命救国固然可泣，而普及教育却有着更为深远的历史意义。他在致友人信中叹曰：“每念立宪根基，系于教育，以全国土地之广，人民之众，欲图普及，不知从何处着手？”为此，他彷徨中夜，刻不自安。更何况自治兴起以后，自治机构与地方政府矛盾重重，因为地方政府将全部财政收入都挪用了，不给自治机关一分一文，自治一开始就难以生存。
天津议会曾奢望将本地征收的土地税或其他捐纳自主地用于地方自治，但地方官不予理睬。议会只好威胁要将此问题呈交北京督察院解决。可清廷出尔反尔，下诏严禁各省商绅、士绅干预政事，又下诏严禁学生干预国家政治及联名纠众立会、演说、发电等。据当时《申报》载，“苏省绅士致外务部、袁世凯电：苏省商民因苏杭甬路借款事，惶急走告，人人以为东南大局，将尽入英人范围，不胜激愤，最终引起全国性学潮，并导致各省绅商自办路矿运动”。清廷以苏杭甬铁路借款，“舆情未洽，请筹变通办法，下部议之”。反对立宪者立即以宪政为靶子，认为宪政导致动乱；而主张宪政者则反驳说，立宪各国并非如此，而是由于有学务之责者宽纵所致。学部压力甚大。严修对此则坦然处之，面对学潮以及随之而来的种种指责，他除了以学部名义通令各省禁止中小学堂学生吸食烟草外，暂未发其他文告，继续办学。
严修只管办学，学校越办越多，学潮越来越猛，兴学带来了学潮。对于革命，严修既不赞成，也没反对，而张之洞则以霹雳手段，坚决镇压；对于学潮导致革命，严修持顺其自然之态度，而张之洞则始料未及。严修的这一态度影响到南开中学，使南开中学成了天津学潮的发源地。于是，严修无意中成了学潮的“第一推动者”。
一天夜间，严修观天象，发现一流星自西北来，向东南流逝。初见时光极强，如水月，似电灯，仿佛元宵灯火中金盘托月，将灭时有黄线一道，是其平生从未见过的奇观。“乃宪政之流光耶？帝星之将殒耶？”严修觐见光绪帝，“仰瞻天颜，既瘦且黑，不胜忧悸”。果不其然，不数日，便听说皇帝和太后先后去世。小皇帝溥仪即位了，其父、光绪帝之弟载沣任摄政王。