万木草堂创办于1893年，现址位于广州市工人文化宫。康有为取名为万木草堂的寓意是培植万木为国家栋梁。从创办到1898年“戊戌政变”前的6年内，康有为在万木草堂培育学生近千人，地域遍及上海、北京、广东、广西等各省市，可谓桃李遍天下。
万木草堂是一所特殊的学校，和当时中国其他的学校——书院、私塾、以及洋务学堂相比迥然不同，其体制完全为康有为自创。康有为任学堂的总教授、总监督，另从学生中选出3人或6人为学长，协助康有为对学生进行管理，学生们不仅自己管理学习和生活，而且还管理图书馆和学校的财产。
万木草堂的设备是较完备的。学生的饮食起居和学习用具皆有妥善安排，还有藏书较丰富的图书阅览室，称为书藏，以康有为的私人藏书为基础，加上同学们自愿捐献的家藏书籍，数量十分可观。康有为还购置了当时翻译过来的一些西方历史、法律、地理、社会、数学、物理学、医学、生物学、天文学、电学、机械学等自然科学图书，为学生提供了较好的精神食粮。
康有为早年深深植根于传统文化，对“中学”有着深厚的功底，其后又开始关注西方，对“西学”有着浓厚的兴趣。他在万木草堂讲学时，实行中西兼备的教学内容。正如梁启超所说，康有为“尽出其所学，教授弟于，以孔学、佛学、宋明学为体，以史学、西学为用”。
所谓孔学，就是孔子之学。这个孔子，不是封建社会传统的孔子，而是他自己打扮后“改制素王”孔子。孔学的载体依然是“六经”，可他对六经的教授顺序却不同于传统的今文经学家。康有为首先讲《春秋》，其次讲《礼》，再次讲《诗》、《书》，最后讲《易》。他虽然也讲《诗》、《书》、《礼》，但这不是重点，他的重点在于《春秋》和《易》，尤其是《春秋》。他说，“《春秋》非《诗》、《书》、《礼》、《乐》可比，《诗》、《书》、《礼》、《乐》略而不详。”其实，关键不在于详略问题，而在《春秋公羊传》最能体现他的政治意图。康有为讲孔学的目的就是为了宣传自己的维新变法思想，并非为学术而学术。所谓宋明学，就是宋明义理之学，尤指陆、王心学。他把孔子后学分为两派，一派是孟子，一派是荀子。前者继承、发扬了孔子学说中的主观方面，从内出，言扩充，尊德性，传心学；后者则继承、发扬了孔子学说中的客观方面，从外出，道学问，传经之功为多。康有为因何这样偏爱心学呢？这主要因为心学具有“直捷明诚，活泼有用”的特点。从孟子的“万物皆备于我”，到陆九渊的“六经皆我注脚”，都给康有为以深刻影响。他曾说：“万物皆备于我，孟子何等气象”，又说： “陆子静不怕天不怕地”。
心学的主观唯心主义理论，不但利于他更加随心所欲地阐发孔子的微言大义，也更能激发他传播维新思想的理论勇气。因此，康有为既具有自信的优点，又具有武断的缺陷。此外，康有为也指导学生阅读历史书籍。“明史致用”是中国古代学者惯走的一条路子，他本人也是这样走过来的。他虽然主张“二四史宜全读”，但更主张，读史宜以《史记》、《两汉》为重”。这是因为《史记》、《汉书》、《后汉书》中包涵了许多“孔门微言大义”。读这三种书时，“宜用功深”“宁少其卷数”，也不可贪多图快，囫囵吞枣。只要这三种书读通了，“余史皆易读”。在阅读史书之前，应当先知体例、年号、地理、职官，这样才便于深入理解。
康有为除了在万木草堂讲中学，还讲西学，中西兼备的教学内容是万木草堂的教育特色之一。康有为讲授的西学，既包括近代自然科学知识，也包括西方社会政治学说。就自然科学知识而论，由于当时中国整体科技水平的低下和科学知识的贫乏，加之康有为也非专门的科学工作者，因此他的讲授往往真理与谬误并存。他涉及的自然科学领域很广，包括天文学、地理学、生物学、物理学、数学等等。就西方社会政治学说而言，他着重讲授资产阶级民主政治，并与中国传统社会政治理论相比附，以阐发自己维新变法的主张。
中西兼备的教学内容，既是万木草堂的特色之一，也是万木草堂的进步性之一。对它的这种特色和进步性，应该从正确的角度来给予评价。说它有特色和进步性，是指康有为既善于利用他所熟悉的中学、又善于利用他所刚刚接触的西学，宣传变法理论，培养维新人才。这并不意味着当时中国再没有其他学校讲授中西兼备的教学内容，更不意味着这些学校办得没有丝毫成效。洋务派创办的许多学堂，虽然也以传授西学为主，并为中国近代化的发展作出巨大贡献，但它是以“中学为体、西学为用”作为指导思想，并仅以培养外语、军事、科技人才作为教育目的。万木草堂与之相比，也就独具特色和进步性了。若单从中学和西学的关系而论，康有为并不将它们等而视之，他重视的是中学而不是西学。
康有为讲学万木草堂，非常注重对学生进行道德教育。梁启超曾追忆自己的老师说，“其为教也，德育居十之七，智育居十之三，而体育亦特重焉。” 康有为的德育思想深受朱次琦的影响。朱次琦用“四行五学”教育学生，“四行”是德育内容，“五学”是智育内容。“四行”分别是敦行孝悌、祟尚名节、变化气质、检摄威仪。除“祟尚名节”一行被康有为稍作文字处理改为“厉节”外，其余三行均原样照搬。由此可见，康有为的德育思想也充分继承了中国传统道德教育的优秀遗产。古代许多政治家、教育家还都认为，道德具有正人心、端风俗的作用，可以关乎一国的兴衰存亡。康有为也继承了这种思想。早在“戊戌变法”前后，他就谈到伦理道德对于一个国家是多么重要。他主张，中国在实行维新变法的同时，也应该保存固有的优秀的传统道德。注重以“仁”为核心的道德教育，是康有为一生所坚持的。他不仅在万木草堂讲学时如此，他在以后的人生岁月中依然如此。他认为仁的本源是不忍人之心，不忍人之心人人都有，各种人的行为都是不忍人之心的外在表现，他是人类生存和进步的根本动力。他既主张仁是博爱，又主张这种博爱具有界限和次序。
康有为讲学万木草堂时，除了德育和智育，对“体重亦特重”，而且，“音乐至兵式体操诸科，亦皆属创举”。也就是说，他不但重视德育和智育，也重视体育和美育。万木草堂的体育内容是射击、体操和兵式体操。在《周礼·地官·大司徒》中，曾将札、乐、射、御、书、数称为“六艺”。六艺教育起源于夏代，发展于商代，成熟于西周。它包涵了多方面的教育因素，既重视思想道德，也重视文化知识；既注意传统文化，也注意实用技能；既强调文事，也强调武备；既要求外在礼仪规范，也要求内心情感修养。在古代，儒家思想长期居于支配地位，六艺教育也长期被奉为理想教育模式，许多教育家既往往借助它来作为自己教育主张的历史依据，也往往借助它来解决现实教育中的某些弊端。康有为也是如此。康有为的体育思想之所以可谓情末“尚武”教育宗旨和民处“军国民教育”思潮在中国的较早体现，也是与他本人一贯坚持的“举国民皆为兵，其兵皆入校”的军事教育思想紧密联系在一起的。万木草堂的美育内容主要是舞蹈和音乐。演舞奏乐的目的是为了习礼，而“习礼有尊孔的意义”。