戊戌维新惨遭失败后，“六君子”被屠杀，流血政变后，康有为和梁启超逃亡海外多年。
1898年9月20日，清兵在南海会馆没有捉住康有为，慈禧暴跳如雷，朝廷给烟台、上海发出了紧急懿旨：“康有为企图进毒丸谋害皇帝，事败南逃，务必捉拿，就地正法。”9月21日上午，康有为上了英国公司的客轮“重庆”号，从购票到上船，没有受到任何盘查。接到慈禧懿旨的上海道蔡钧特地照会了英国驻上海领事白利南，要求他准许搜查从天津开来的所有英轮。私下里，白利南几乎没有任何犹豫当场就决定营救康有为。
1898年9月24日，当“重庆”号行驶到吴淞口外的时候，白利南派出了一个精通中国话的英国人濮兰德乘驳船前去截“重庆”号。濮兰德手上有上海道蔡钧发给他的钦犯康有为的照片，因此他很快就在船上找到了康有为。康有为跟在濮兰德身后下了“重庆”号，濮兰德的驳船将康有为转移到停泊在吴淞口外的另一艘英国轮船“皮瑞里”号上去了。至此，康有为基本上安全了。
10月24日，康有为从香港到达日本。此时，中国历史上最著名的革命党人孙中山也正在日本招兵买马。日本人想借此机会促成革命派与改良派的合作，而孙中山为扩大队伍也非常希望争取改良派。同年秋冬间，在日本人宫崎滔天(宫崎寅藏)、平山周居间联络下，孙中山、陈少白等多次与梁启超会谈合作事宜。后陈少白拜会康有为，要求康改弦易撤，放弃保皇改良主张，实行革命的办法，携手推翻清王朝。但由于康有为坚持“不能有忘记‘今上’(光绪皇帝)”的顽固立场，谈判未得结果。
1899年春，康有为离日赴加拿大后，孙中山等多次与梁启超接触，就两党合作之事反复函商晤谈。梁启超经过与孙中山长谈，并在韩文举、欧榘甲等人的鼓动下，也渐有赞同革命的趋向。同年夏秋之交，两党商议了一个合作的初步方案，准备合并成一个组织，举孙中山为会长，梁启超为副会长，推陈少白、徐勤起草联合章程。徐勤根本反对联合，函告康有为，说梁入孙中山圈套。康有为闻讯后强烈反对合并，命梁启超赴檀香山办理保皇事务，两党联合事遂搁浅。
为了饱受“禁锢”、“之厄”的皇上，康有为在海外成立了保救大清光绪皇帝会，甚至招募了人数不少的保皇军。他在英国、美国到处游说集资，建立保皇会的分部，他甚至还请一个名叫荷马李的美国人来训练保皇军，且代表中国皇帝封荷马李为大将军，发给他一套大清帝国的将军服。康有为的相片和那个穿着帝国军服的美国人荷马李的相片并排挂在了保皇会的办公室里。但是，没过多久，荷马李突然投靠孙中山，成为了孙中山的军事顾问，荷马李的“背叛”原因也很简单：这个美国人立志要推翻大清帝国的现政权。
康有为因遭到清政府雇佣的杀手追杀，不得不辗转于世界各地。曾一度被迫避居在印度吉大岭。他经济窘迫，但很快得到他的弟子梁启超汇款1800银元，约合今13万元的支持。1898年秋冬之交，康、梁曾以保皇会的名义，用入股的方式向港澳华人、北美和大洋洲华侨集资，创办广智书局(位于上海外滩租界)和后来的新民丛报社。梁启超以提供文稿作为技术股，占有三分之一的股份，在海外遥控，仅1902年至1903一年时间就分得新民丛报社的红利上万银元。
康有为逃亡海外，曾在缅甸阿瓦观音寺住宿，并题一联：“把袂尽同乡，会比龙华，恰逢人海无争，佛天皆喜；驱车来异域，迹留鸿爪，常记三生缘旧，一宿情深。”
1904年，康有为跑到瑞典，立刻被这里的风情所吸引。他买下斯德哥尔摩东南沿海的沙丘巴登(意为盐湖浴场)地区的一座小岛，并在岛上建起中国式的园林，取名北海草堂，直到1907年，才依依不舍地离开。100多年过去了，康有为在岛上建的北海草堂，在波罗的海寒风的侵蚀下早已湮没难寻，但当地华人仍习惯地把该岛称为康有为岛。20世纪初，到北欧的中国人寥寥无几，而像康有为这样的名人就更少了。康有为是第三个到瑞典的华人。
康有为也在海外经商，做地产生意，以保障活动经费。1906年春节，康有为访问墨西哥，受到隆重接待。当时墨西哥城正筹款修筑有轨电车，康有为利用各地华侨提供的捐款，购置电车轨道经过之处的地产。不久以后，这些地价上扬好几倍，得到10多万银元(墨洋)的赢利。
这时，梁启超主持的广智书局却因经营不利而亏损。于是作为老师的康有为，反过来资助这位得意门生，提供经济援助。他保证解决梁启超本人及亲属的生活费，写信问梁启超需要多少钱？梁启超回信：每年费用3000银元。康有为立即拨付，给梁启超本人3000银元，给他在澳门的家属1000银元，给梁启超的兄弟学费每年1000银元，共计5000银元。
辛亥革命后，中国的皇权被彻底推翻的第二年，康有为回国，因为对他的通缉令取消了。此后，他在中国的政治舞台上消失了。中华民国成立后，1913年康有为回国，时年55岁。由广东士绅邓华熙(1826－1917)等人联名请求，广东政府发还了被清朝抄没的康有为家产，又加发官产，作为对康有为15年损失的赔偿。