因此，时间一久，事情又有了变化。史书记载说：“久之，世蕃亦忘旧事，谓‘徐老不我毒’。鸠工大治馆舍，阴贼弥甚。”——意思是，时间一久，严世蕃把过去的怨恨淡忘了，认为徐阶不会害我。于是又开始大兴土木，私下里越发阴毒狠辣，干了几件狠事。
终于，最有戏剧性的一幕，在整个事件的结尾发生了。
严世蕃第二次被捕，罪名很多。不少人都想在此次彻底打翻他。而此时，被关在监狱里的严世蕃却并不害怕，消息灵通，头脑敏锐。他认为，按照当时司法部门办案人员拟就的判决报告，自己一定可以活命。
直到这时，徐阶才真正出面。他恍如绝顶太极高手，飘飘长袖轻轻一挥，严世蕃便无可挽回地踏上了奈何桥——
司法办案人员在将报告呈送给皇帝之前，先悄悄地请徐阶过目。徐阶看过后，很严肃地问他们是想救严世蕃，还是想杀严世蕃，众人皆曰欲杀之。
徐阶徐徐点拨他们：
报告中，将杨继盛、沈炼等公认的忠臣被杀，列为严氏父子罪行和指斥严氏父子为奸臣的条款，全部是皇帝最忌讳的。因为，杀杨继盛等人时，虽然严嵩做了手脚，但最后是皇帝画的勾。皇帝天纵英明，最讨厌别人认为自己会被人利用。而指斥严氏父子为奸臣则更糟糕，如果他们是奸臣，那么使他们在二十多年中势焰熏天的皇帝是什么？
众人心悦诚服，一致请求徐阶亲自执笔写这份报告。徐阶微微一笑，从怀中掏出了一张早已拟好的报告。众人传阅过后，很服气，赶忙关紧房门，立即抄写、加盖印章、密封，呈递给了皇帝。
据说，这份报告只有寥寥几行字。其大意是：严氏父子辜负了皇帝的深恩厚泽，不思悔改，把江西南昌被广泛认为聚有王气的一块土地据为己有，营造府第；并蓄养数千死士，勾结倭寇，图谋不轨，意在叵测；并且作好了一旦不成，便逃往日本之准备。等等。
报告呈递上去后，小有波折，皇帝便批示：严世蕃及有关人等立即斩首；抄没严家所有家产；剥夺严嵩的一切政治权力和待遇，削籍为民，就是开除公职的意思；所有严氏家族有关人等或者处死，或者发配边疆充军。
由是，严氏家族彻底败落，再无翻身之可能。
据说，抄家时，严嵩请求领头的官员说，念自己年事已高，可否给留下一些药品？
那位官员问道：“是否有治疗刀剑红伤之神药？”
严嵩答曰：“有很多。”
那位官员很严肃地问：“那些药，能治好杨继盛脖子上的伤否？”
严嵩默然。
严嵩抄家的清单相当壮观，放在今天，可能可以出版一系列漂亮的大画册。
这样讲，比较简单明了：
除了三万多两黄金、两百多万两白银，大约可以折合今天的几亿元人民币之外，其他的古玩珍宝、书画作品、工艺制品、金银玉器等等，可能比今天我国最大的博物馆展示出来的东西还多。这还不算可能分布于好几个地区的房地产和面积相当广大的土地。
关于严嵩的下落，说法不一。有一种说法认为，抄家后，他寄居在过去的亲朋故旧家里，老病而死。更多的人则更加倾向于相信他临死前几年靠乞讨为生，最后，死在一个看守坟墓的草棚里。显然，那些痛恨或讨厌他的人，更愿意接受后一种说法。
徐阶做首辅的时间并不长，但却极为有效地建立起了自己一代名相的声誉。
此时的徐阶，可能比嘉靖皇帝自己还要了解嘉靖皇帝。在皇帝将严嵩的办公室赐给徐阶使用之后，徐阶立即在里面大书条幅，曰：“以威福还主上，以政务还诸司，以用舍刑赏还公论。”言下之意是说，威福本来是属于皇帝的，可是严嵩坐在这儿作威作福；国家事务本来是各部门负责的，可是严嵩独揽了大权；任免官吏、赏功罚过本来是有公论的，可是过去严嵩全凭自己好恶。如今，要全部予以拨乱反正，还其本来面目。
这样的表示一出现，众人当然高兴，皇帝更是喜悦。史书上记载了不少徐阶在此期间的作为。大体上，他在使皇帝相当愉快的同时，也把事情处理得很漂亮，使嘉靖一朝四十年来累积起来的乖戾之气，舒缓了不少。譬如，鼓励人们畅所欲言，以便纠正弊端；悄悄为一些受了冤枉的官员恢复名誉与工作；在不动声色之间，改变了皇帝以往猜疑苛刻的习惯性思维，以宽大之意引导皇帝，等等。到最后，把个相当难侍候的嘉靖皇帝，侍候得对待徐阶“恩礼特厚”、“谆恳如家人”，“帝日益爱阶”，简直就像换了个人。
而且，嘉靖一朝，锦衣卫动不动就快马而出，去抓那些惹皇帝不高兴的臣子，弄得大家全都像个小媳妇似的，每说一句话都要先看看别人的脸色。而自从徐阶当政以后，锦衣卫越来越少出动，监狱里面关着的人也越来越少，人们普遍开始敢于为国家的事务说话和工作，并且不怕动辄得咎了。于是，徐阶自然被人们交口赞誉为一代名相。
在人事上，徐阶做过三件较大的事情，全部都对他个人产生了巨大影响，其中一件，还对我国历史发生了重大作用。
第一件事，公元1566年，即嘉靖四十五年二月，海瑞上书痛斥皇帝，被皇帝抓到监狱里关了十个月。其间，作为首辅的徐阶，曾经多次为海瑞说好话，这应该是嘉靖皇帝到死也没有杀掉海瑞的原因之一。
我们知道，徐阶出身于一个小官僚家庭，家境曾经相当贫寒。十几年次辅、首辅做下来，到如今，他的家族已经成为松江地区最大的地主之一，其弟弟与三个儿子也横行乡里，巧取豪夺，成了真正的土豪劣绅。有许多学者认为，他家的土地至少有六万亩，还有一说是二十四万亩，最多的一个记载则认为这个数字应该是——四十万亩。经历过“文革”的人们应该还会记得，四川省大邑县“收租院”里的那位刘文彩，其拥有的土地是两万多亩。这种情形，超出了我们传统理论框架的知识范围，可能是众多历史学家们评价这位嘉隆年间的大名臣时欲说还休、特别谨慎的原因。
后来，海瑞成为徐阶家乡的最高长官后，收到了许多乡民控告徐氏家族的告状信，因此，海瑞与徐氏家族和退休在家的徐阶发生激烈冲突，弄得徐阶灰头土脸，被迫退出许多土地，险些吐血。
第二件事，徐阶推重并荐举了高拱，使他成为内阁大学士。此后，一步步得势的高拱对徐阶越来越不客气，最后，终于迫使徐阶退休回家。并且，高拱不依不饶，所做的事情，但凡与徐阶有关，就全部反着来，只要能让他难受就行，搞得徐阶简直是痛不欲生。假如不是张居正很快挤走了高拱的话，徐阶的晚年生活可能会极其悲惨黯淡。
第三件事，徐阶从很早的时候，就特别欣赏张居正，一直予以栽培奖掖。到嘉靖末期，在他的苦心提携下，张居正已经基本接近了帝国政治的核心层，并为后来的快速上升打下了坚实的基础。在未来的岁月里，此人一旦施展拳脚，便立即风生水起，大明帝国之朝局全然为之一变。流风所至，引来无数评说，褒贬臧否，人言言殊，以至于死后已经四百多年，直到今日，仍然没有人能够令人信服地为此人一锤定音，盖棺论定。遂成为大明帝国、甚至整个中国历史上一个真正的奇观。
可能正是由于这位对自己执弟子礼的张居正，徐阶才得以安度晚年。直到万历十一年，八十一岁的徐阶去世。在此前一年，即万历十年，比他年轻得多的张居正，则已经先他而去。
史书对徐阶的评价是：有宰相的胸怀气度，能够保全良善的臣僚，对国家弊端多有匡救。因此，虽然曾经有过“委蛇”——就是耍心眼儿的意思，但并不失大节。
我们已经看到了，在那种时代大背景下，这真的已经实属不易。