万历元年十一月，当张居正集皇帝、内阁与司礼监各种大权于一身，雷厉风行地予以颁行时，所达到的深度与广度均十分罕见。在其当日，可能是全世界最严密、影响最大的一套官吏绩效考核体系。
半年后，万历二年六月，按照这套制度考核并完成任务的一批兵部官员，已然受到赏银、提级与加薪奖励。再过半年，万历三年正月，五十四个官员则受到停发工资三个月的处分，涉及未能按期完成的工作事项二百七十三件，其中，包括一批省级行政官员与监察官员。
此后，在一批批官员受到奖励的同时，也不断有人受到扣工资、降级、强迫退休、开除公职等处分。譬如，万历五年十一月，有四十八个各级官吏，被一次性勒令致仕闲住，即强迫退休。于是，纪纲不肃、法度不行、上下姑息、百事推诿的状况大为改观，帝国萎靡不振的官场“中外凛凛，毋敢以虚文支塞”——朝野内外兢兢业业，没有人敢于用虚话、套话应付差事。
对此，张居正的同年和主要批评者、大名士王世贞评论说：“张居正执政时，一道政令发布出去，万里之外，早晨收到，晚上已经奉行开去，如疾雷迅风，无所不披靡。”可见其推行力度与成效之大。
这套无所不在的法网编制起来之后，张居正将其功效发挥到了极致。大凡财政、赋税、军事、教育、裁汰冗官冗员、清理驿站制度等等涉及全帝国的重大事宜，基本都让他装进这个大篮子里面去了，而且其坚持不懈的劲头，相当令人为之动容。大史学家谈迁说道：“江陵——张居正志在富强。立考成法，行之十年，太仓之积，足备数载。”其评价颇为积极。
不过，这套考成法还有另外的奥妙之处，它将本来有权监察百官包括监察内阁的科道部门，也一揽子变成了内阁的附庸。在文武百官眼中，这与祖宗之制则是背道而驰的。
科道，是对帝国监察部门——都察院与六科给事中的习惯称呼。按照帝国制度，都察院下设十三道监察御史，其职责为监察纠劾文武百官，也有当然的权力监察、弹劾内阁成员包括首辅。六科制度则创立于明太祖朱元璋的洪武六年，指的是相对吏、户、礼、兵、刑、工六部设立的六科，其官职名称为给事中，职责是辅助皇帝处理章奏，并有权力稽查、批驳、纠劾六部的错误。六部首长尚书的品级为正二品，六科首长都给事中的品级则只有正七品，给事中的品级还要再低。以小官制约大官，以低级别的六科监察高级别的六部，这是大明帝国的一项创造，也是坚不可摧的帝国传统。因此，给事中品级虽低，权责却特重，其锋芒所向，有时甚至可以将位极人臣的大学士乃至首辅拉下马来，打翻在地。
如今，考成法一出，监察御史与给事中们一下子找不着北了。他们本来是皇帝的耳目喉舌，在理论上代表了帝国官场的良心与良知，现在，突然一股脑地变成了内阁首辅张居正鞍前马后的马仔与爪牙，“一不小心，便会受到叱责，长官随即受命对其进行考成”，其郁闷可想而知。对此，王世贞幸灾乐祸地评论道：“御史、给事中们虽然畏惧张居正，然心中大多忿忿不平。”
在理论上讲，科道官员一般是由那些饱读圣贤之书、品行端庄、性情耿介之士充任的。张居正的做法，理所当然会被他们视为对祖宗旧制的破坏和对帝国监察事业的凌辱。终于，对张居正的抨击开始了，炮火并渐趋猛烈。
万历二年五月，翰林院飞来一只白色的燕子，内阁也有碧莲花早开。百忙之中的张居正将此作为祥瑞献报皇帝。结果，受到冯保的当面批评：“万岁爷年纪小，不要用那些奇异之物开启他的玩乐之心。”一位南京户科给事中上书斥责张居正，曰：“地方大旱，大家都忧心忡忡，张居正却献什么祥瑞，实在不是大臣应该做的。”弄得张居正好生无趣。
转过年去，万历三年二月，第一次年度考成结束不久，这位给事中再次上书，除批评张居正外，矛头直指考成法，并暗指张居正、冯保为谀佞之臣。结果，张居正大怒，十三岁的小皇帝也大怒，安了一个显然胡扯的罪名，将这个楞家伙“革职为民，永不叙用”。当年十二月和第二年正月，又相继有两位御史上书，猛烈抨击张居正。第一位，直截了当地引用王安石“天变不足畏，祖宗不足法，人言不足恤”的三不足故事，抨击张居正和皇帝误国且自误。皇帝下旨，令锦衣卫将其抓进镇抚司监狱，“好生打着问”。结果，此人虽被打成重伤，却坚决不肯改口认错，最后，定罪发配浙江定海充军。一个耐人寻味的细节是，在此期间，有数位御史和给事中相继来到监狱，为他送药并慰问之。
而第二位御史的作为，则对张居正形成了更大的杀伤力。
此人是张居正的门生。不仅于此，张居正还曾经相当看重他，选拔、举荐他担任了正七品的巡按御史。我国古代没有“我爱我师，我更爱真理”一说，座师与门生的关系，在官场视同师生，讲究的是一日为师，则终身为父。并成为帝国官场最重要的人力资源网络之一，其关照、提携、援引的功效有如同乡与同年，为官场中人所不敢轻忽。谁也没有想到的是，前一位御史被充军浙江的一个月，即万历四年正月二十三日，这位御史便洋洋洒洒上书五千言，痛斥张居正植党营私、作威作福、贪赃枉法、擅改祖制等等。从而，成为我国历史上罕见、大明帝国开国二百年以来第一位弹劾座师的门生。
随后两日，张居正连续两次提交辞呈。史书记载说，张居正向万历皇帝辞职时，痛哭流涕，激动得哭倒在地。十四岁的小皇帝走下御座，搀扶起已经年过五十的内阁首辅，并对他说：“先生起来，我要逮捕这个家伙，让他死在监狱里，以慰先生。”
据说，在监狱中，此人受尽严刑拷打，却慷慨自若，言辞更加激烈。最后，对这位御史的处分是“削籍为民”——被开除公职，遣送回乡。不久，他又被几个官员指控为贪赃枉法，不明不白地死在狱中。当时和后来均有人认为，这些官员是在张居正的授意下做的这件事情，或者至少是为了讨好张居正。遂成为一个谜团。
公元1577年，即万历五年，张居正遭遇了一场真正的风暴。
事情起因于九月十三日，张居正的父亲去世。九月二十五日，消息传到北京。第二天，张居正在内阁的几位同僚上书皇帝，希望援引前朝重臣曾经有过的案例，挽留张居正“夺情”，继续工作。
“丁忧”制度是我国一项相当古老的制度。按照这套制度，凡父母去世，其为官且承担主要家庭责任的儿子必须离职，返回家乡为父母守孝二十七个月，当时的术语称之为“丁忧”，也叫“丁艰”。期满后再出来继续做官，叫做“起复”；倘若身为国家重臣，离职后可能造成重大影响的，作为特例，需由皇帝下令，可以免去离职丁忧，穿孝服直接起复视事，术语叫做“夺情”。曾经有过一位唐代官员，因为害怕失去官位与俸禄，不报忧守制。结果，为人揭发，被同僚们视为衣冠禽兽，在法司判其流放充军之后，又由皇帝下令赐其自尽。帝国以孝治天下，忠臣出自孝子，不孝者必然不忠，已经成为人们普遍的信念。生活在今天的人们，很难理解另一个世界的情形。然而，在当时，这是一件绝对重大的事情。其重大的程度，我们可以在嘉靖初年的“大礼议”中，略见一斑。
张居正立即陷入尴尬之中。
一方面，守制丁忧尽孝乃人情之常。不论是为人子、为人父、为人师、为人友、为人臣，所有人伦亲情，社会利害，都要求他如此行事。否则，必将为自己所不忍，更为人所不齿，潜藏着无法预料的风险。
另一方面，张居正素以豪杰自许，认为必有非常之人，方可为非常之事，才能成非常之功。因此，处在一个非常时期，则不必拘泥于常情常理，不必顾及常人之非议，受常人小节的约束。当时，张居正可能正在准备实施意义重大的清丈田亩和整顿赋税，他显然不愿意在政局如此波诡云谲之际，离开朝廷二十七个月。那意味着前面一切努力都可能付诸东流，且同样潜藏着不可测之祸。
这时，发生了一件小事，对张居正的刺激可能不小。按照帝国惯例，内阁首辅离位三天，次辅的座位就可以由次要的位置挪到主位，人们也就可以身穿红袍向次辅道贺，视为他已经自然升为首辅。此次，张居正的去留尚未定，已经有一批人着红袍前去向次辅道贺了。颇为厚道的次辅虽然没有挪动自己的座位，却也实实在在地接受了人们的祝贺。人情恶俗浇薄的官场，着实给张居正上了一课。
从当时的情形判断，皇帝、皇太后、冯保，张居正身边的支持者，甚至包括他同朝为官的儿子，应该都是发自内心地希望他不要离开。张居正遂接受了皇帝三番五次的慰留，夺情视事，在官守制。
谁知，恰在此时，一颗巨大的彗星飞临到帝国的上空，其大如灯，颜色惨白，拖着长达数丈的不祥的大尾巴，由西南直射东北，出尾箕，越牵牛，逼向织女星座。未几，紫禁城中竟然又发火灾。天象示警，灾异横生，一时间人心大浮动，蜚短流长，谣言漫天，以至于西长安门上居然贴出了张居正谋反的传单。（以上事见《国榷》卷70，万历五年十月诸章；《明世宗实录》卷68，万历五年十月诸章）
在此期间，还发生了相当于人事部部长的吏部尚书去职事件。
这位吏部尚书在前一年张居正的门生弹劾张居正时，曾被指为是张居正植党营私的私党之一，人们也普遍认为他是张居正的亲近分子。如今，他竟然在几十位翰林院官员的要求下，带领他们一起来到张居正官邸，请求张居正作为帝王之师、帝国首辅应该以世道人心为重，给天下苍生作个好榜样，回家丁忧去。张居正义正词严地予以批驳，并在激动之中，叱责他们不执行皇帝的指示，逼迫自己，居心叵测。
随后，有两位科道官员立即上书弹劾，导致皇帝下旨，这位吏部尚书被勒令致仕——强迫退休，罪名是藐视皇帝，无人臣之礼。
这种情形，立即使人们躁动的心情激动而且愤怒起来。不少人觉得，这个张居正贪恋权位，又忸怩作态，无非是想堵住天下万世悠悠之口，实在不是个东西。于是，十月十五日吏部尚书罢官，十六日星变未弭而宫中火起，十七日出现了传单，十八、十九、二十日便有四位官员相继上书，反对夺情，弹劾张居正。他们比张居正更加义正词严地质问道：“陛下以江山社稷的缘故慰留张居正。对于江山社稷来说，最重要的是三纲五常。皇帝的老师，国家的元辅大臣，乃纲常之代表，却置纲常于不顾，难道江山社稷还能够安宁吗？”
就此，推车撞壁，再也没有回旋余地。
愤怒的张居正和与他同样愤怒的皇帝，不约而同地将此种情形看成了对自己权威的蔑视，也几乎是不约而同地决心以非常手段——廷杖，对付之。
这时的礼部尚书是一位才干素著的人物。他曾经多次反对过张居正，张居正表现出了一个大政治家应有的胸襟，并不介意，多次推重，直至使他出任高官要职。此刻，他意识到如此激烈的强硬手段势必带来深刻的后果。于是，出面找张居正斡旋。素来冷峭孤傲的张居正竟然一反常态，跪在来人面前叫道：“您饶了我，饶了我吧。”礼部尚书叹息而去。
翰林院掌院学士也汇集数十位翰林院官员，前往张居正官邸。张居正拒之门外。这位掌院学士闯入府邸，劝解张居正。张居正泪流满面，又一次跪下，举手索刀，做出自刎状，并嘶声喊道：“皇上一定要留我，先生们又坚决要驱逐我，这不是要我死吗？”他叫道：“你杀了我，杀了我吧！”事情已然无可挽回。
廷杖的结果，留下了长久的伤痛。数万官员与京师民众聚集在长安街上，目睹了血肉横飞的一幕。其中，一位胖大的受刑者被打脱的肉有手掌般大小。他的妻子遵循身体发肤，受之父母，不敢轻弃的古训，将丈夫的肉风干腊制后珍藏起来。他们受到了人们广泛的尊敬与倾慕。一位张居正的同事、当朝内阁大学士将一只玉杯、一只犀牛角杯赠送给了其中两人，上面分别镌刻着充满敬意与感叹的诗词。
张居正则大约很难感受到胜利后的快感。原因是，四位受刑者中，有两位是他的门生，有一位是他的老乡。在极为注重师生之情与同乡之谊的帝国官场，张居正颜面扫地。他黯然叹道：“严嵩尚且没有受到过同乡的攻击，我连严嵩都比不上。”其心境之灰恶可以想见。
此时，一个谁都没有想到的事情发生了：
廷杖刚刚结束，一位刚中进士不久的见习官员便上书皇帝，以更加全面、彻底、激烈、尖刻的语言痛斥张居正。并第一次以假借的口吻，将自诩为非常之人的张居正比喻为猪狗不如的禽兽。
结果，这位青年官吏也受廷杖八十，被充军到了贵州都匀地区的万山丛中，并留下终身残疾。四十多年后，党派林立的帝国江河日下、行将分崩离析之际，这位已经成为国家重臣、名重天下的东林党领袖，早已不再激烈。他痛定思痛，思绪万千，发出了重新评价张居正的呼声，并为张居正平反昭雪而奔走。
可是，来不及了。
此时，一切都来不及了。大明帝国日薄西山，就要沉入黑暗，走向国将不国。
风暴止息了，创伤却永不会平复如初。棍棒打飞的远远不止是血肉。是非善恶，君子小人，一股非理性的阴郁乖戾之气凝结进了人心，为帝国后来的发展埋下了不祥的伏笔，并给张居正带来了重大影响。