《明史》记载道，从夺情风波之后，张居正变得日益偏颇恣肆，提拔或惩处干部时，常出自自己的爱憎；围在左右的亲近之人“多通贿赂”；奔走于他和冯保之间的那位徐爵被提拔为锦衣卫指挥同知，相当于帝国宪兵副司令；张居正的三个儿子先后中进士高第；他府上的一个家奴管家花钱买了一个官职；帝国的勋贵国戚文武大员都与他巴结交往，甚至谈婚论嫁。《明史》评论说：“世以此益恶之。”——人们为此更加憎恶他。
事实上，也就是在夺情风波之后，张居正发起、推动了几项相当令人尊敬的工作，展示了这位大政治家真正的胆识与魄力。其中，迄今最为人称道的是清丈田亩和一条鞭赋税制度的推广。
史书记载显示，明太祖朱元璋的洪武年间，全国官府登记在册的土地面积最多时为八亿五千万亩；到万历六年时，官方征收赋税的在册土地却只剩下了五亿一千万亩。两百年间，为国家纳税的土地蒸发了三亿多亩。此中情形只能说明一个基本事实，那就是全国将近百分之四十的土地，已经落入皇亲贵戚、豪门富户和贪赃自肥的官吏手中。这种境况恰好和大户不纳税或少纳税，小户反而要多纳税的奇异景象互为表里。张居正推行的清丈田亩，曾经受到过顽强抵抗，表明上述人等决不会为此感谢他。实际上，此时的张居正已经站到了全国上层社会——皇亲贵戚、官僚士绅的对立面。他最后清丈出来的土地，比官府记录在册的，多出一亿八千多万亩。在一定程度上，或许可以说，此类土地的数量和张居正所受到的憎恨，大概呈正相关的关系。而张居正旨在将土地与人口挂钩推广的一条鞭赋税制度，显然有助于缓解人民的痛苦、加深贵族士绅的仇恨。
从史料中，我们可以知道，万历元年以前，帝国财政状况恶化，多年入不敷出，国库相当空虚。万历十年，张居正死后，帝国国库里的存粮可以满足九年的需要，太仓中的存银有六百万两，太仆寺存银四百万两，帝国留都南京的国库里存银二百五十万两，全国各省的省库存银均在十五万两到八十万两之间。
就这样，用今天的眼光看去，具有杰出才华的政治家张居正，活得七扭八歪。却也差不多以他一己之力，历十年努力十年坚持，在没有改变帝国政治制度与经济结构的情况下，几乎实现了帝国的中兴。从他所受到的反弹中，似乎可以想见帝国政府组织与各级官吏肯定也承受了空前的压力。方才使“帝国官僚政治的效率达到了顶点”，“标志着那个时代在中国社会政治传统束缚下人力所能做到的极限”（黄仁宇先生语）。由此，形成了与整个大明帝国特别是十六世纪其他年间似乎是不可能的对比。
与王安石比较起来，张居正缺少王安石那样灿烂的文化成就，也没有王安石光风霁月般令人感佩的道德品格和洁身自好的风格。假如没有上面这样的业绩，张居正在历史上的形象，可能要不堪得多。
当上述种种交织在一起之后，我们便大体可以了解，张居正身后的遭遇何以会如此之悲惨了。当然，到目前为止，促成这种遭遇的诸多因素中，还缺少最重要的一项。这项因素与张居正一生中最大的失败有关。那就是张居正所倾心辅佐的学生——万历皇帝。
万历皇帝在位四十八年，是明朝在位时间最长的一位皇帝。也是中国历史上叫人最无法理解的一位皇帝。在谈到明朝的灭亡时，乾隆皇帝曾经评论说：“明朝的灭亡，不是亡于流寇李自成，而是亡在明神宗即万历皇帝朱翊钧手上。”这个评论可能没有冤枉万历皇帝。他的孙子崇祯皇帝朱由俭吞咽的那杯陈年苦酒，就是由他亲手酿制的。而这一切的发生，可能和张居正的关系甚重。
少年时代的万历皇帝聪明伶俐，很是讨人欢喜。
有一次，隆庆皇帝练习骑马，这个小东西走过来扣马劝阻说：“父皇乃天下之主，独骑疾骋，万一马惊，却如何是好？”不管是不是别人教导的，从六七岁孩子的嘴里说出这么一番话，做父亲的肯定会惊喜交加。
十岁登基，小皇帝表现出了不凡的天资，他勤奋好学，对经史人物常有自己的独到见解。当时，已经成为他老师的张居正亲自主持编写了一套教材，叫作《帝鉴图说》，将历史上值得借鉴的人物事件编成连环画，图文并茂。小皇帝爱不释手，从此置于座右。令人惊异的是，他不喜欢千古名臣魏征。他的理由是：这个魏征先是跟着李密跑，后来为太子李建成效力，最后奔走于李世民身边，算不上贤臣。这固然是不人云亦云的独立见解，但其中透露出的偏颇信息却显然令人不安。
有一天，万历皇帝兴致勃勃地将内阁九卿等重臣召进文华殿，观看自己的书法表演。只见他笔走龙蛇，咄嗟之间，已经写出二十张八十个盈尺大字。据说，观看的人们惊叹不已。除了拍马屁的成分之外，当时在场的书法高手不少，有的至今还有作品传世。一个普遍的看法是，小皇帝的功力已经很不错。就连在书法艺术上自我感觉甚佳的张居正，回家后仔细端详，也承认小皇帝的字“奇秀天成”。这与后世对万历皇帝书法的评价是一致的。当时，小皇帝是十二岁。
从万历皇帝一生行事上看，他的性格中具有相当浓厚的艺术气质，敏感而易受伤害，偏颇而容易伤感，感情用事而意志薄弱。显而易见，这种性格类型的人做起皇帝来，尤其是做大明帝国后期的皇帝，恐怕会相当痛苦。
事实上，万历皇帝的一生，除其父隆庆皇帝在世时的短暂时日外，他可能的确过得相当郁闷。艺术家的品格与皇帝需要的品格，即便不是背道而驰，也实在相去甚远。皇帝所要面对的人与事太具体，太缺少美感，太需要理性、谋略、钢铁般的意志和手腕。可惜，如此种种，在这位皇帝身上均告阙如。
毫无疑问，这个时期，张居正在万历皇帝心目中的地位应该是相当崇高的。但并不意味着他的所有压力都是令人愉快的。
当十二岁的万历皇帝兴致勃勃地将自己的书法作品赏赐给大臣们时，张居正和其他人一样，不算特别夸大地颂扬了皇帝书法艺术的成就。但是，紧接下来的劝告则是：够了，到此为止。宋徽宗书法艺术的伟大成就，并没有使他和他治理下的国家避免一塌糊涂的命运，很有可能还加剧了这种命运。因此，皇帝应该把时间和精力用到研习治理国家的圣贤之道上去。这番说教肯定没有错，却也肯定是兜头泼来的一盆冷水。
应该说，万历皇帝相当懂事。
万历元年春节，是他当皇帝后的第一个春节。民间张灯结彩摆酒设宴，皇宫里的御膳桌上，除了平时的饭菜外，只是加了几道水果。史书记载说，这是根据张先生的建议做的。这个春节，他们母子节省下的酒饭钱有七百多两白银，大约可以折合成十几万元人民币。此后连续几年都是如此。
皇宫惯例，每年春节到正月十五，都要在鳌山上观灯。张先生建议他免去此例，以节省开支。十岁的小皇帝相当通情达理地说：“鳌山上的灯我已经看过了，看一遍和看千遍是一样的。我不看了。”
这十年中，史书上记载了不少小皇帝认真学习履行皇帝职责的故事。诸如，刮起沙尘暴，当时叫大风霾，他会关心边防第一线的情形；碰上风霜雨雪，他会操心是否影响农事等等。在朝廷的各项礼仪制度上，他也相当一丝不苟。
很难找到特别强有力的证据，说明皇帝为什么发生后来那翻天覆地的变化。
万历皇帝十五岁时所发生的张居正“夺情”事件，并没有对他们俩的关系造成什么重要的影响。这件事情对张居正的声望与人品形成了巨大杀伤力，但他毕竟是在皇帝与太后的坚持下才这样做的。从后来皇帝与张居正之间几次泪流满面的对话和张居正病重时皇帝的表现来看，君臣二人的感情十分真挚与深切，相当动人。
或许，张居正与万历皇帝悲剧的根源，就是来自这种真挚与深切的感情。
下面发生的这次著名事件可能是引发悲剧的导火索。
万历八年十一月，已经十八岁的万历皇帝，在小太监孙海、客用的引导下，来到西苑饮酒作乐。酒酣之际，皇帝命太监为自己唱曲，太监们不会唱新曲，致使皇帝不能尽兴。于是，已经喝醉酒的皇帝拔出宝剑就要杀人，场面极为混乱。在众人的劝解下，最后，割去了两个人的头发权充首级。
这件事，被冯保报告给了慈圣李太后，使太后愤怒之余十分伤心。她命张居正上疏切谏，并代皇帝起草罪己书，一份放在内阁，一份交太监保管。并将皇帝召到慈宁宫罚跪。据说，这次罚跪时间长达三个时辰，也就是六个小时。在暴风雨般的痛斥中，悲恸而愤怒的太后宣称，准备废掉这个失德的皇帝，由他的弟弟接位。最后，万历皇帝痛哭流涕，表示悔改，事情方才告一段落。
对于十八岁的青年皇帝，这是一个奇耻大辱，也使他对冯保切齿痛恨。
一年半之后，万历十年六月，五十八岁的张居正重病去世。患病期间，皇帝曾经为之难过得泪流满面，甚至不愿吃饭。在此期间，张居正被晋封太师，这是正一品、真正位极人臣的文官最高头衔，成为有明一代罕见的活着时被封为太师的大臣。有分析家认为，如果不是神志昏迷，张居正很有可能不敢接受这个职衔与荣誉。
当年十二月初，一封弹劾冯保十二大该杀的奏疏摆到了万历皇帝面前。皇帝情不自禁地说：“我等这篇奏疏，已经等了很久了。”他可能没有想到，这篇奏疏揭开的却是清算张居正的序幕。
在后来陆陆续续的揭发材料中，万历皇帝了解到，早在自己即位之初，为了排挤高拱、夺取首辅的地位，张居正就与冯保配合呼应，制造冤案。按照帝国法律，朝廷大臣结交太监是一款大罪，而此二人的结交至少已经十年以上。皇帝恍然大悟：难怪这两个人的立场经常如此一致。
皇帝吃惊地获悉，以圣贤之道谆谆教诲、严格要求自己，并且屡屡抑制皇宫消费的张先生，原来生活得颇为豪华奢侈，连他回家奔丧时坐的轿子里，都可以起居饮食，可以容下两个仆人伺候，需要三十多人才能抬走。