皇帝发现，几年前，张居正声称，为了供奉皇帝的书法作品，需要改建家中的住房。皇帝为此特别赏赐给他一千两白银。现在才知道，当时的花费是一万两，按照购买大米的购买力折算，这笔钱大约相当于一百五十万元人民币左右。而且同时，在他的老家江陵，也就是今天的湖北省沙市地区，也修建了一座同样的府第。
皇帝愤恨地知道，几乎在张居正节制自己对宫中妃嫔宫女们赏赐的同时，他本人纳娶了两位年轻美貌的姬妾。这两位美女，可能是戚继光用军费买来送给张居正的。而且，张先生还在研习房中术。他在五十八岁上死去，大约于此亦有关联。
张居正结党营私，收受过一些人的贵重礼品，这有他亲笔书写的书信为证。怪不得这帮家伙能够得到如此重用。
他三个高中进士的儿子，可能都有作弊的嫌疑。
仅就这些已经足够摧毁张居正的形象了。何况真真假假的揭发还有许多。只有看过这种阵势的人，才会真正懂得“人走茶凉”、“人心叵测”的真实含义。
这时候，已经没有人愿意并且能够公正地对待张居正的功过是非了。人们沉浸在报复和发泄的快感、莫名其妙的嫉恨与期盼之中。他们没有意识到，这种宣泄，可能使大明帝国悄悄失去了延长自己寿命的唯一机会。
就心理学一般规律与生活中通常发生的情况判断，性格单纯而感性的青年人，特别容易由于感情上的挫折与欺骗，变得愤世嫉俗，走向极端。
从万历皇帝的一生行事看，他显然不属于那种深有城府和谋略的人。二十岁上下，正处在没有什么生活阅历，却又自以为无所不知无所不能的年龄。上述一切，可能使他不由自主地回想起许多往事，越想越认定这是一个口是心非、言行不一的伪君子，认定他欺骗与玩弄了自己的感情、信任和尊敬。从而，从以往那种真挚与深切的敬爱，转变成极度的愤恨与失望。而且，当初的感情有多深，如今反方向的作用力就有多大。
平心而论，万历一朝很少诛戮荼毒大臣。张居正死后的遭遇可能是整个万历年间最为悲惨的——
当初，张居正在世时，对张家百般奉承的湖北地方官，如今听说皇帝准备抄已故太师张居正的家时，立即抢先行动起来，将张居正全家人圈禁在一个房子中，并在门上加贴了封条。过了若干天，皇帝的钦差来到，打开门后，全家人中，已经有十几口人包括孩子被活活饿死。
当时，唯一能够制止万历皇帝胡来的，只有他的母亲慈圣李太后。这位出身农家的老太太曾经以“家人礼”亲切地对待张居正的母亲。此刻，她正在为自己另一个儿子的婚事操心。万历皇帝告诉她，有人揭发张居正和冯保都是家财百万，抄了他们的家，就不用发愁婚事的花销了。这位曾经高度尊敬张居正的老太太居然同意了。结果，张居正所有财产查抄变卖后加起来，大约是二十几万两白银，不到严嵩的二十分之一，大约也远远不够她操办儿子婚事所需的花费。至此，张居正全家家破人亡。
这位不知道世事艰难的青年皇帝，还面临着治国方略的选择。他徘徊在两个极端之间。
一方面，这么多的人反对张居正，可见张居正做的确实很坏；另一方面，张居正经营的业绩摆在眼前，是无法否认的事实。
万历皇帝及其臣僚们的选择，完全符合中国的传统：将张居正打翻在地之后，将他曾经做过的一切，全部归结为卑鄙的动机。
于是，我们有机会在大明万历年间的历史上，看到一条过于鲜明的转折分界线。
前十年，在官方的各种文件中，官员的业绩与能力是一个热烈的话题。处于严格监督下的官吏们，需要用自己的工作业绩，证明自己的能力，证明自己应该得到更好的机会。因此，整个国家显得生气勃勃。
后三十八年，张居正死后所引发的关于官员道德与人品的争论则充斥了朝野，国家失去了现实的目标，帝国的官吏队伍分化成不同的派系。他们越来越频繁从事的工作，就是想方设法给对手贴上不道德、没有操守的“小人”标签，并尽力证明自己属于品行高洁卓越的“君子”。几乎所有的派别和人们都在忙着在这件事情上抓住对方的短处。才能与素质是否称职，再也得不到任何人关心。国家与社会生活中所需要的管理、运转与经营，变成了“君子”与“小人”的战场。朝野上下，到处弥漫着阴谋的气息。从此，大明帝国再也没有能够摆脱这种状况，且愈演愈烈，直到耗尽元气，土崩瓦解。
当时，万历皇帝很有可能相信，没有张居正，事情将会做得更好。因此，他雄心勃勃励精图治，很有干一番事业的气象。他几乎全盘否定了张居正所做的一切。他将张居正罢黜的大批庸滥官员全部官复原职，将张居正时期事实证明相当能干的一些文官武将放逐投闲。一代名将戚继光镇守蓟辽，十余年间，蒙古族骑兵在他面前从不敢轻举妄动，此时，被放逐到无事可做的广东，几年后，郁郁寡欢地死去。旷世难得的治河专家潘季驯则因为替张居正说了一些公道话，而被勒令回家，直到黄河泛滥得不可收拾时，才把这位心灰意冷的老先生又重新请出来。
而帝国的财政状况也在此期间重新陷入入不敷出的窘境。
几年之后，身心交瘁的万历皇帝才知道，旁观一代能臣治国是一回事，取代他、自己动手是另一回事。他不会承认自己眼高手低，却也相当惆怅地询问臣下：为什么我一点儿都不敢懈怠地工作，可是国家还是没有中兴的气象呢？
显然，没有人能回答得了他的问题。
这种挫折感对皇帝造成了明显的影响，万历十四年以后，他频繁地以生病为理由，不愿临朝听政。大臣们的奏疏报告越来越多地被扣留在宫中。皇帝只把那些他喜欢的奏疏批准下去。他所不喜欢的，或者尽量拖延，或者留中不发，从此没有了下文。
宫中记载显示，此时的皇帝，身体大致不错，只是相当放纵地沉溺在酒色之中。据说，这期间，皇帝每餐必酒，每酒必醉，每醉必怒，每怒必定要责罚打骂周围侍奉的人。而且不要命了似的，夜夜交欢。清算完张居正不久，皇帝就开始为自己修建陵墓。仿佛赌气似的，他在这座坟墓上一口气花掉了相当于两到三年全国财政收入的七百多万两白银。张居正时代的积蓄所剩无几矣。
若此时张居正重返人间，他可能完全认不出自己昔日的学生了。
万历十七年，一位名叫雒于仁的七品小官，上了一道著名的奏疏，直指万历皇帝酗酒、好色、贪财、尚气。此时，万历皇帝很有可能已经认定，自己的大臣和张居正是一路货色，满口仁义道德之下，隐藏着争权夺利、男盗女娼。既然大家都是如此，为什么皇帝不行？因此，他并没有把这个小官怎么样，只是将他贬为庶民。自己则酒、色、财、气一切如故，很有点儿我行我素爱谁谁的味道。
一般历史学家倾向于认为，所谓“国本之争”，最终导致了万历皇帝彻底疏远朝臣，荒怠国政。
万历皇帝挚爱郑贵妃，这种感情持续了一生。为此，他表现出明显的愿望：越过长子朱常洛，立郑贵妃所生的次子朱常洵为太子。结果，遭到群臣的激烈反对。君臣间的对抗长达十五年。这就是所谓“国本之争”。围绕这个争论，发生了著名的“妖书案”与“梃击案”，使派系活动和君臣间的离心离德变得无法收拾。在这个过程中，万历皇帝的表现就像一个陷入早恋怕被抓住的中学生：敏感、患得患失、欲盖弥彰、首鼠两端、毫无机断权谋。这些表现应该是郑贵妃将他称为“老妈妈”的主要原因。最后，万般无奈的皇帝作出了让步，这肯定使他感到沮丧并备受伤害。
为了表达自己对群臣的蔑视与愤慨，这位皇帝采取了中国历史上空前的报复措施，那就是长期消极怠工和不管不顾地聚敛财富。
在长达三十年时间里，他躲进深宫，不见群臣。一位官升内阁大学士的大臣宣称，在十五年时间里，只见过三次皇帝。他大量积压或留中臣子们的奏疏，哪怕是关于战争或灾难的紧急报告。一位大学士感慨：“一事之请，难于拔山。”——请求批准一件事情，比撼动大山还难。
万历皇帝做的最绝的事情，则是对空缺官位与官员调动、升迁不闻不问。资料显示，万历中后期，相当长时间里，皇帝就已经开始无视各级职位的空缺。最严重时，整个帝国官员的职位空缺达百分之五十以上。用今天的概念表达，就是所有政府机关工作人员缺额一半以上，而且有些中央各部门的官员空缺高达百分之七八十。其直接后果，显然是大官无法办事，小官升迁无望。于是，人们纷纷求去。
最开始，大家写了辞职报告，等他批准后才敢离开，后来见他根本不予理睬，便放下官服官印自行离去，没有人追究过问。
据说，如此一走了之的省部级干部就有至少十人以上。
而首席大学士李廷机的辞职故事最为令人啼笑皆非。万历三十八年，从被任命为首相时起，李廷机就自称有病，不肯料理公务，并且开始了漫长的辞职生涯。直到三年零九个月以后，在他呈递了第一百二十三封辞职报告，并搬出北京城以示决绝，皇帝才在形式上批准他辞职。据说，皇帝这样做除了表示对臣僚的蔑视与报复之外，部分原因是缺额官员的俸禄可以收归皇室使用。
从万历二十四年开始，皇帝派出大批太监充任矿监税使，奔赴全国各地，为他开矿收税。这些人通常而典型的做法，就是圈占商人富户的产业与土地，宣称此处有矿可开，迫使他们花钱消灾。
史书记载显示，有些城市里高达百分之五十以上的商人富户为之破产。
一个最恶名昭著的例子可以显示其为害之烈：派往福建的高寀是个从小阉割的太监，他听说幼童的脑髓可以恢复性能力，于是多方搜求幼儿杀之，吸食其脑髓，被当地人认为是飞天夜叉的转世化身。在其税署池塘中，沉积了数百具儿童尸骨。
矿监税使制度持续了二十四年，荼毒全国，激起了近百次民变与兵变。直到公元1620年，即万历四十八年，五十八岁的皇帝临死时才下诏罢停。此时，全国已是一片肃杀，风雨满楼。距离烽火遍地天下大乱，只有几年时间了。
据说，该诏书发布时，朝野内外许多人痛哭失声。
而在万历皇帝数十年荒怠国事期间，在中国大东北的白山黑水之间，努尔哈赤号称以十三副兵甲起家，创建了后金国。并在万历皇帝死前一年，于今天辽宁抚顺一带，展开了历史上极其著名的“萨尔浒大战”，重创明朝大军。
从此，双方的战略态势发生根本逆转，大明王朝再也没有力量对付自己的掘墓人了。