这年6月初，从草原传来消息：果洛藏区康赛日部落的数千藏民，包围并攻占了白玉寺，击毙驻军数十人，马步芳驻白玉寺的骑兵旅长喇平福，被俘获后被侮处死。之后，藏民带着其余俘虏退至川北阿坝地方的深山密林之中了。
看完电报，马步芳极为愤怒，立即部署军事进剿计划，并于6月下旬派出所部骑兵第二旅马忠义部两个团，由西宁出发，经贵德、同德前往白玉寺镇压。
早在1921年（民国10年），马麒派马麟以武力镇压了果洛藏族部落的反抗，骑兵驻扎拉加寺、长石头等地，以武力控制各部落，保护其来往于牧区的军需运输队，同时，迫令藏民缴纳各种苛捐杂税，负担部队的各种差役。
当时，马麒还屡次拟在果洛地区设置行政机构，但均遭藏族头人的强烈反对而未能实现。马步芳代理青海省主席后，巧立各种名目，强征草头税。果洛藏民因税额很重，拒绝交纳。去年2月，马步芳派遣青海南部地区警备司令部第三旅旅长喇平福，率骑兵一营，进驻果洛白玉寺，催索草头税。喇平福原为青南警备司令部骑兵第一旅第二团团长，在果洛时因镇压掠夺藏族有功，即升任为该部第三旅旅长。喇平福在青藏战争和征服果洛藏族部落的战斗中，是一个凶狠野蛮的刽子手。这青南边区警备司令，长期由马步芳兼任，喇平福也是马步芳一手提拔起来的一员悍将。
河西反共战役获得胜利后，马步芳自恃有南京政府做靠山，决计抓紧对玉树、果洛进行军事征服行动。马步芳改派马驯为玉树防务司令。马驯在拉布寺举行的庙会上宣布，处罚休马部落“漏税款”白银两千两。休马部落头人不服拒交，马驯派兵讨伐。休马部落便联合白日玛部落，共同反抗。马驯部到达休马地界时，即遭到武装阻击，马部失利，溃退至称多县境内。马步芳以马驯处事无方，即行调回，由马朴接任玉树防务司令，采取羁縻笼络手段，与各部落和平相处。马步芳以为玉树已有重兵，可以暂缓处置，于是将军事镇压的目标转移至果洛地区。
这次军事进攻的目的有二，其一是剪除拉卜楞寺黄正清在果洛的潜在势力，使青军的实力深入果洛内部，与西藏军方抗衡。其二是为了打通青海与川康的交通线，以便搜刮果洛境内的皮毛，与川康地方军阀进行军械套购和物资贸易。
果洛地区藏族各部落，因宗教信仰的历史渊源，与甘南拉卜楞寺有着亲密的关系，在马麒封建统治时期，果洛藏族多次反抗暴政，遭到马麟严厉镇压。自民国10年夏天，马麟对果洛女王征讨之后，果洛佐革十二族、乔科三族以及阿坝等部落，均俯首听命了。其后，又对果洛各藏族部落多次进行了极其野蛮的血腥镇压。
喇平福奉命后，率骑兵一营，从青南警备区司令部所在地同仁县境驻地出发，长途行军，第二次进驻果洛，在白玉寺建立军事据点。其时，果洛藏族部落头人，鉴于马步芳军力强大，采取委曲求全态度。喇平福耀武扬威，加紧经济掠夺。他征派军马，强征粮草，夺取财物，垄断皮毛贸易，并加重粮食和茶叶贸易税率，实行苛刻的剥削和压榨。同时，还不时派出马队，四处掠夺财物，强奸妇女，强派“乌拉”。喇平福见康干头人俄尔扎的女儿三保貌美，便将其夫逼走，强收为妾，这更激起了藏族群众的恶感。
为了营造安乐窝，喇平福在白玉寺附近修建营堡，强迫各部落承担全部土木工程，无偿进行劳役，有的甚至因而致残致死。有姿色的妇女，常被官兵强行奸污，若有反抗，即被残暴处死。木扬部落的男人，承担着采伐和运输木料的劳役。巨大的圆形树木，用数头犏牛拖拉到了峡谷崎岖地带，就无法通过。部落的一个小伙子，便将所运树干截短。验收的军官发现短了尺寸，就用马鞭毒打。小伙子夺下了马鞭，拼命逃出木场，去向康干土官诉苦。同去的村落群众，也是群情激愤，请求头人组织反抗。康干土官俄尔扎，立即联络康赛土官，秘密进行反暴政起义的准备。
康干土官俄尔扎以征缴税款为名，召集各“伦布”官员在鄂错湖畔举行大会，动员部落群众武装起来，与喇平福决一死战，争取果洛各部落的生存权利。各“伦布”官员立即响应，并握手发誓，表示誓死反抗的决心。
这天晚上，康干、木扬、卜培、康赛等部落一千余人骑，分四路进攻白玉寺。天明时分，将白玉寺院团团包围，并占据掩蔽沟进攻。经过激烈战斗，将驻守木料场的骑兵连消灭。白玉寺两面战壕中的马部士兵，挂起白旗，纷纷缴械投降。最后剩喇平福孤身一人，也举手走出战壕投降。他高举双手，连声求饶：“别开枪，别开枪！我投降，我投降！”这家伙在睡觉时，被惊起，身穿白汗衫，脚踏黑布鞋，被惊吓得灰眉土脸，完全没有了往日的骄横神气。
藏族群众为了发泄多年来对马家军的积怨，把喇平福拉至河边，将马鞍缚于其背，让妇女轮番骑乘。又用绳索缚住手足，推到黄河支流的鄂曲河中，轮番淹浸，并大声责问：“你现在还要不要九卡高的马匹？你现在还要不要栗色的犏牛？”
这也事出有因。因为喇平福过去在果洛时，曾凭借军事势力，大肆进行搜刮。一年之内，征收的税款，多达七种。而任意摊派、罚款更是常事。康赛部落头人，曾以水獭皮五十张、大马三十匹作为见面礼。喇平福还是给部落摊派了犏牛一百头、驮牛一千头、马五百匹、羊毛一万斤，限期缴纳。要求一律是身高九卡的高头大马，毛色栗黄的犏牛。康赛部落又给他敬献银元宝二十五个，请求宽免，但他不同意，最后全部落还是如数交纳，才算了事。
被俘后的喇平福，此时只想保住性命。他连声求饶，愿意献出所有财物，与部落讲和。愤怒的群众哪里肯宽恕他，继续惩罚，几天之后，他才在河边气绝身亡。
马步芳在西宁从电报中得知白玉寺暴动的消息，恨之入骨，立即派得力干将马得胜率保安骑兵团，前往围剿，并且下了“清干”的命令。这“清干”是河州土话，意即杀尽烧光，将男女老幼一律全部杀死，一个不留地进行报复性的屠杀。
马得胜团于这年的6月下旬，从黄南县的隆务镇出发，经过二十多天急行军，于7月中旬到果洛白玉寺地区。
此时，康干部落已闻风逃进深山，白玉寺周围已成为无人居住地带。马得胜即率兵转往康干、康赛日地区，当日即向阿什群众展开攻击，并包围了买马、秀马两个部落。这两个部落因为妇孺和牛羊拖累，来不及转移撤退，只有康干、康赛两土官及少数头人逃入了山林。两部落藏民见无路可走，纷纷跪地投诚。
马得胜为完成马步芳“赶尽杀绝”的命令，开始了两天两夜的大屠杀，残杀无辜藏民一千余人，其中多为妇幼老人，趁黑夜逃脱的只有二百余人。马得胜尾随追击，凡有烟火和帐篷的人家，刀光起处，人头落地，无一幸免。
马得胜部还在班玛焚毁了阿什羌三大部落发祥地寺院房屋，摧毁村庄二百余处，摧毁、焚烧了白玉寺、加贡巴寺、扎喜果莽寺等五座，帐篷八十余顶。这些世代相沿部落家园，一时之间全部化为灰烬。
后来，马得胜在查看“战况”时，发现竟有人在一天之内杀死六十多个人的骇人记录。军士的刀柄被血水所浸，以至不能执握；锋刃卷裂，形成缺口。军士们仍用这样的钝刃屠刀，朝跪地哀求的妇孺老弱横刀直劈。被砍杀者，倒在草地，痛苦呻吟，有的受伤者两三天后才气绝，令人惨不忍睹。马得胜挑出十几个藏族青年，杀害于鄂曲河畔，割取头颅祭奠喇平福。
马得胜部驱赶着掳掠来的几万马匹牛羊，继续沿着黄河南岸搜索，又虏获了康干等部落的妇女二百余人，小孩一百余人，牛五千余头，羊五万余只，马六百余匹。马得胜将这些俘虏和战利品全部押解到海晏。马步芳即将这些牲畜，拨归海晏、门源两县，成立三角城和皇城滩两个牧场，作为德兴海商栈的资本。妇女小孩，变成了军官的奴隶。少数强壮的，被拨往工厂当苦工。直到解放后，这些劫后余生的百余名男女劳工，才得以回到果洛。
果洛南部草原遭此浩劫之后，人烟断绝，如同鬼蜮。事后，康干、康赛两土官等收集各部落的余众，流亡到四川省的松潘、理番境内租牧。部落首领康克明、康万庆，因与黄正清有姻娅关系，投奔于甘南拉卜楞寺。
黄正清授意他们向蒋介石控诉，并借给活动经费五千银元。两首领携带大批珍贵皮张药材，即时起行，经阿坝、松潘，进入四川。经过成都时，向四川省主席王瓒绪纳贿进见。王瓒绪胆小怕事，不敢得罪马步芳，拒不接见，指示他们去重庆中央政府上告。在重庆通过冯玉祥和喜饶嘉措引见，馈送礼物，见到了蒋介石，要求果洛地区改隶四川政府管辖，以免再次遭到马步芳的迫害。蒋介石敷衍了事，安慰说：“你们不用害怕，不久我将派代表去，为你们和马步芳之间划分地界。”随后便转令四川政府调处解决，他在命令中说：“……准其悔过自新，从速回原地放牧，不咎既往。在未回果洛地方前，由四川省政府安揖。”重庆中央政府发给三千银元安置费，派官员将首领们送回果洛。但是却无下文，划界代表也是久等不至。康万庆等以困难重重，无处申诉，遂带领部落流落在青川边境的森林地带，艰难生活。这期间，川军又敲诈了该部落的军马一千五百匹，使他们的生计更加艰难。
马步芳的残酷军事镇压，并未使藏族人民屈服。就在这一年，玉树地区的休马、百日麦马等藏族部落，掀起了武装反抗暴政的暴动，打败了玉树防务司令马驯，成功地逃往西藏黑河一带放牧，脱离了马步芳的野蛮统治。
早在民国初年，川边经略使尹昌衡与青海办事长官马麒，争夺玉树二十五族管辖，派兵一营进驻称多，马麒派兵截堵，双方在结古接火，川军退却，撤回川边。后来，马麒亦兼任甘边宁海镇守使，宁海军势力就进一步深入到玉树地区了。
玉树二十五族，是周务学报准北洋政府注册所公布的，实际上到民国初已增至三十六个部落。它们分布在澜沧江流域和澜沧江源头以上以及通天河加待卡松巴颜喀拉山麓。休马、百日麦马，系玉树二十五族中杂楚诸族的兄弟部落，共有三千人左右。这两部落属杂楚诸族。玉树二十五族是扎武族、拉秀族、格吉四族、杂楚诸族、娘磋二族、称多族、文布族、固察族、拉布族、玉树四族、安冲族、迭达族、隆布族、苏尔莽族、苏鲁克族、中坝三族的总称。
1937年，马驯继任玉树防务司令。马驯为马麒的女婿，他贪财好利，怎肯放弃抓捞金钱的机会，所以更加重了对各部落的剥削压榨。这年2月，拉布寺举行的庙会上，马驯宣布，除了各部落按惯例税额征收的牛羊、羊毛、牛皮、粮食、草料以及麝香、虫草、知母、贝母等农牧产品和土特产品外，又增派军马，小部落至少也须缴纳五十匹。除照常征收人头税外，各部落各寺院还要交壮丁款。此壮丁款按应征壮丁数折款摊派，款额巨大，结古寺等大寺院被派款额达三十称（每称为二十七块银元）。对于这强征暴敛，许多部落畏惧于马步芳的残酷镇压，勉强缴纳。休马、百日麦马两部落因较贫困而无力承受，抗命不交。
马驯一面召集各部落民团，进行武力威胁，一面令百日麦马百户前去谈判，迫使其屈服。休马、百日麦马两部落的百户，早已做好放弃牧地出走的打算，一面派出代表，在竹节寺与马驯谈判，一面暗令所属老弱妇孺向西藏与玉树交界处的黑河地区搬迁。到了8月间，双方约定移至百日麦马冬窝子住地东科日宗达进行谈判。马驯经百日麦马抵达休马地界，遭到休马和百日麦马部落武装的共同阻击，双方激战，马驯部失利溃退，一营人马几乎伤亡殆尽，枪械弹药及所搜刮的金银财物全部丢弃，马驯仅带十余名随从连夜逃回称多县。
马步芳以马驯处事无方，将他调回西宁，由马朴、马绍武先后接任玉树防务司令。马朴鉴于马驯的失败，改变统治方式，采取了与各部落和平相处、羁縻笼络的手段。
1940年，马绍武接任玉树司令。此时，休马、百日麦马两部落已全部迁居到黑河地区，摆脱了马步芳的统治。其时，百日麦马扎武争夺歇武部落，布庆又与扎武争夺曾达部落，仁保又与扎武争夺草山，拉秀也与扎武争夺草山，各部落械斗纠纷不断。这些纠纷和武装冲突，均是马绍武挑拨离间、因势制造而成的。马绍武认为时机成熟，便召集各部落百户抵结古开会调解。各部落相互疑忌观望，均未应命。马绍武遂派兵协助扎武进攻仁保及布庆两个部落，但都失利。马绍武恼羞成怒，即电马步芳告急。
1940年5月，马步芳命令马得胜部由西宁出发，开往玉树镇压。这时，布庆、仁保、拉秀三部落闻讯后，急向黑河方向逃走。马得胜派队追击，双方死亡二十余人。布庆、仁保部落被迫投降，拉秀部落逃往西藏黑河地区。
马得胜将仁保百户耶当、布庆百户尕柳拘留。这两个百户的随行人员及娘寺活佛高由仓等六十余人被枪杀。后将尕柳百户也杀于结古。收缴了仁保、布庆等部落的枪支，罚布庆部落牛七百头，仁保牛一千头，并洗劫了龙喜寺和查鲁寺，冶巴寺的尼姑一百七十余人也遭到奸污。百日麦马部落头人巴登，也在诱交出枪支后，被勒毙于狱中。