马步芳对藏族部落的镇压，与部落民众的抗税与反暴政斗争有关。
在早年间，宁海军部队攻打果洛女王部落时，贵南县藏族鲁仓部落的千户鲁巴巴，就同马步芳的税官发生了争执而扭打过。鲁巴巴以枪射击未中，该官员逃脱了性命，遂引起了马步芳的嫉恨。1936年，红军经过果洛藏区及甘南藏区时，马步芳率部队驻扎在贵德进行堵截。他命令黄河以南的藏族各部落派出民团，赴甘南抵抗红军。头人鲁巴巴亦带领民夫五百余骑随军从征。当时，红军已到果洛、川北的消息传遍青南藏区。鲁巴巴对马家军队洗劫藏族部落极为不满，便与部众私下商议，联络藏族各部人马两面夹击，打死马步芳和“贵德王”马元海。因各部落头人意见分歧，其他部落继续跟随马家军，渡过黄河继续前进，而鲁巴巴带领本部落民夫返回鲁仓。回到鲁仓后，鲁巴巴即与当时的鲁仓族大头人秘密商议，在马步芳撤军经过鲁仓时，设宴招待，在宴席上刺杀马步芳和马元海。因内奸走漏风声，马步芳从河南蒙旗返回时，未经过鲁仓，而从达群工渡口渡黄河，绕道去了西宁。
马步芳返西宁后，立即命令马元海监视鲁巴巴，并伺机逮捕。
这年农历正月间，鲁巴巴去塔尔寺朝拜九世班禅活佛。因为那时九世班禅活佛正在塔尔寺举行法会。此事被内奸探悉，便提前一日派人密赴贵德，向马元海告密。当鲁巴巴和随从行抵贵德西河滩时，即被马元海的翻译等人拦阻，说马元海帮办大人请鲁千户吃饭。鲁巴巴情知马元海不怀好意，拒绝前往。但随从兵丁，硬将鲁巴巴等挟持到一家客店，马元海即将鲁巴巴逮捕，戴上镣关押关押在贵德监狱。鲁仓部落的其他头人，为了解救鲁巴巴，想贿赂马元海向马步芳求情，给马元海送去了黄金、马匹、狐皮等贵重礼物。
到了正月二十日，马步芳从西宁派来了四名卫士，同马元海的卫士一起去监狱，他们对鲁巴巴说：“马主席答应今天放你，马帮办在南街元兴昌等着见你哩！”马元海早年曾任过宁海军帮办，所以青南藏区的人都这样称呼这位“贵德王”。他们从监狱出来，行至城外南关街口马元海的“元兴昌”商店门前时，却不见马元海的人影。鲁巴巴问卫士道：“马帮办在哪里？”卫士回答道：“你看，就在那边！”
鲁巴巴刚一转身，马元海的一名叫“胡子”的卫士，立即掏出手枪，朝他的头部开了一枪。时值中午，过往街道的行人，吓得四散惊逃。而就在“元兴昌”商号后楼上监视的马元海，即派人宣布道：“鲁巴巴的死是因杀人罪而被判顶命的！”
当日，鲁巴巴的好友将尸体收殓，寄存在贵德西街一旅店内。正巧，那日下午，鲁巴巴的部族亲属十数人，从塔尔寺正月观灯后到达贵德。他们目睹鲁巴巴被害惨状，皆怨愤满腔，放声痛哭。男子翻戴皮帽子，女子取下身上的银盾首饰，用白羊毛绳扎辫，戴孝哀悼。满街行人围观，无一不义愤填膺。这天夜里，部族亲属将鲁巴巴的尸体用马驮到浮桥，投入黄河水葬。
在杀害鲁巴巴之后，马步芳还对藏族鲁仓等部落进行惩罚。他命令马元海召集贵德县辖的牧区十七部族的千百户、头人数十人到西宁“领罪”，将他们关押在一所大院子里，周围布满岗哨，房顶上架设了机枪，等候马步芳前来训话。
一百户失声大哭，被马步芳的卫士训斥制止。另一百户气愤不过，质问马步芳道：“你杀了我们鲁仓十七部族的千户，还将我们关押起来，我们究竟犯了何罪？”
马步芳恼羞成怒，当时用藏语恐吓道：“我在汪什代海杀了一个白鬃马熊（指天峻县的藏族头人沙压车红），在沙尕仁云杀了一个黑色大狼（指头人日安韦户本加），又在塔秀措生木杀了一个红角野牛（指鲁巴巴），还有一些‘日豆后’也要杀……”
马步芳当场下令，以后不准十七部族藏民骑马背枪。同时罚交白洋两万元，军马一百匹，黑羔皮一百张，犏牛一百头，牦牛四百头，羯羊两千只，步枪一百枝。鲁巴巴千户职务，由别人继任。
与此同时，马步芳也对同仁县藏族进行镇压。第二年春天，八十二军所属骑兵第二旅第二团团长马得胜，在西宁乐家湾兵营接到马步芳的一份书面命令：“同仁县境内的番匪，群起叛乱，在隆务镇街上，竟然跑马打枪，喊杀示威，其势甚炽。你团立即做好战斗准备，于5月5日前，经化隆、循化到达隆务镇，听命该地专员马朴指挥。并与由贵德县向同仁境内进击之马元海、陈嘉科部取得联系，以便平息同仁匪乱，不得有误。”该骑兵团接到命令后，星夜开拔，经化隆、循化到达隆务镇。
马得胜到达隆务镇后，将团部设在镇西头的一家车马店里。时任海南专员的马朴，来到团部所在地，召集营以上军官开会，他们按照马步芳的密令，商定了一项灭绝人性的大屠杀方案，彻底杀光、烧光、抢光位于隆务镇以东三十华里的古日迪藏区。因为马步芳的密信中有将古日迪“清干”的命令。
颇有计谋的马朴，事先派了两名通事去古日迪通知藏民，欺骗他们说：“马得胜骑兵团不是打你们来的，而是要去果洛驻防，路过隆务镇以东的东峡口，你们不要误会，以免发生冲突。”其实这是用计吸引古日迪部落藏民的注意力，以声东击西的办法出其不意地对古日迪部落进行奇袭。
古日迪藏民部落连夜组织了一百多青壮年男子，各持枪械，凭险把守东峡口，拦阻马得胜的骑兵通过。又将没有快枪的青壮年组织起来，手持藏刀、火枪等武器，埋伏在村头和古日迪寺院附近，准备决一死战。
马得胜率领部队半夜出发，利用夜色掩护，从小路登上南山，并占领了西山。朦胧晨光中，可见一条东西横卧的狭长山沟里，散布着藏民村落的土顶房屋。南山坡上有一片茂密的森林，森林边缘的山腰里有所不大的白墙寺院。
马得胜露出了狰狞的微笑，命令司号长吹起部队急速冲锋前进的号音。号声中，各营开始向山下攻击。马得胜自己率领团部及第四营，冲进了古日迪寺院，杀死了坚守寺院的十九个阿卡，士兵们把寺院里财物一抢而光。接着马得胜又下令放火烧房，不一会儿，这座美丽的小寺院，在熊熊的大火中消失了。
山沟里，机枪声、步枪声不停地响着。这时，入伍不到一年的第二旅上尉参谋马文鼎，刚被调配到团部负责译电工作，他第一次目睹了这场发生在青海湖南部的血腥军事大屠杀。
马得胜举起望远镜，观看古日迪沟的战况。忽然，他发疯似的喊叫道：“日奶奶的！快给各营传令下去，部队占领了村落以后，除了留下部队自己住的房子以外，其余的房子，完全要烧光，油房、水磨房，都要烧尽！”
半个小时后，古日迪沟里烟火冲天。因为这里周围有森林，藏民的房子都是用大木料垒成墙的，容易燃烧，所以火势极其猛烈。大火浓烟把整个古日迪峡谷淹没了。太阳也变得黯淡无光。火光中，牛羊到处慌乱地跑来跑去，这些懂得人性的牲畜，在火烟中寻找着它们的主人。牧羊狗在愤怒地狂叫，但立即被士兵开枪打死。道路上也有许多没拿枪支的尸首，他们的衣服都被剥光了。
第二日下午，马文鼎给西宁马步芳拍发出了第一号战报：“西宁军长马步芳，密。职部于六日晨已占领古日迪的全部村庄，毙匪四十余，无伤无俘，古日迪寺院民房等，全部烧尽无遗，所有持步枪的番匪百余，被我诱至东峡口空守。匪之家属及重要物资，都移往南山森林。职部准备于今晚十二时以后，对逃亡森林的武装叛匪及其家属，拟以迂回包围的方法，予以彻底清剿。属下凯臣。”
下午，部队接到了马朴专员派人送来的通知。这份通知，是经过马步芳批准的一个极为阴险毒辣的杀人方案。规定马得胜团不论官兵，每交一个人头赏银币拾元，以鼓励部队乱杀藏民。于是，一场名为“三无”的“无俘、无伤、无头”的大屠杀，又即将在古日迪沟开始。
这时，有一营的士兵送来了一个不幸被俘的藏民，年纪四十岁左右，骑着一头白色骡子，看样子是附近来走亲戚的。马得胜竟然下令将那个被俘的藏民，活活扔进正在熊熊燃烧的大火堆里。
马文鼎以后在他的回忆录中详细记述了这场大屠杀：夕阳渐渐沉落山后，晚霞与大火将这条不幸的山沟映照得忽红忽暗。马得胜光着他的秃脑袋，登上房顶用望远镜观察南山森林里的动静。日落之后，成群的豺狼开始活动起来。它们那铜铸的喉咙里发出的嗥叫，令人不寒而栗。
马得胜用河州南乡口音，蛮横而骄傲地说道：“今日这些阿佬们可以跑到那些林棵里去，我看你们明天往哪里跑？！”
这天夜间，狼嗥声不断。一头狼王仿佛就在附近的山梁蹲踞长嗥，好像在传达什么信息，旷野里便接连响起几匹母狼的回应，声音悠长而凄厉，一时山鸣谷应，仿佛有数百只群狼在嗥叫，令人毛骨悚然。这群狼仿佛嗅到了战前血腥的气息。
山梁下的部队趁着月色，悄悄从古日迪沟出发，向东南方向急驰。马得胜得意地说：“月黑杀人夜，林棵里睡觉的藏民们，再不会想到我们会在今夜里包抄他们！”部队迂回了三四十里，在东方发白时候，马队登上了一座森林的山顶，形成了对这座山林的弧形包围圈。接着，机枪、快枪、手榴弹爆炸声响成了一片，鸟兽惊散。但是部队很快就看不见了，他们都藏到密密的松柏树林里，正在疯狂地杀人……
马文鼎在一条陡峭的山林石径上拉马下山，他忽然看见，路旁有一个士兵正在用刀切割一个阿卡的头颅。
再往下走，看见了好几具没有头的女尸，有的小孩还在女尸上哭着吃奶。也有许多无头无衣的男女尸体，叠压在一起。一路上的景象惨不忍睹。
马文鼎来到宿营地，看见士兵们在营地杀羊做饭。在每个班的住房门前以及住房内，都放满了刚才抢劫来的各种衣服物品。由于夜气凉，有些士兵披上了僧伽们的红褐衫，穿着大领皮袄的也不少。藏在森林里的马、骡、牛、羊，都被赶了下来。有些军官，挑选着抢来的马骡，以便打号据为己有。还有些百姓，其中大部分是与官兵有关系的亲戚，也趁火打劫，乱抢藏民的财物。战争使男人们的心肠变得坚硬起来了。
马文鼎看见其中就有马得胜的胞弟马得义，他是连夜从甘肃和政县赶来打捞战争财物的。
灭绝人性的大屠杀刚一结束，马得胜便命令各营把所有割下来的人头，全部交到古日迪以东二十华里的汪什加村里。那里有专署设立的收缴头颅的地点。
马文鼎统计过人头的数目，共有222颗。马文鼎这样写道：“这个数字我记得很清楚，因为三个二字好记得很。”他回团部，向西宁马步芳拍发了第二号战报。
团部收到马步芳的复电后，马得胜立即召集排长以上军官讲话。
这天，他仍然不戴帽子，和尚头的大半个前脑袋上没有头发，不穿袜子，拖拉着布鞋，不穿军服，披着一件黑布面的短皮袄，眯缝着一双眼睛，圆碌碌的小个子站在整齐的军官队列面前。他一开口就说道：“西宁军长很高兴！他表扬我部作战有功。现在让参谋长马文鼎来读电报。”
马文鼎捧着电报宣读道：“凯臣团长电悉。该团严惩顽匪，甚慰。于明日即返隆务，休整一周后返宁，并注意军纪，严禁部属穿着藏服或私卖掳品赌博等。”
接着，马得胜就开始正式讲话，他说道：“西宁军长很称赞我们，这一下老番子再也不敢调皮了，明天我们回隆务的时候，把打捞的东西都藏好，不准叫人看见。得到的银子、银元都交上来。这两天宰杀的牛羊太多，满沟都是乱丢的牛羊肉和蹄肚子，明天大早就要埋深埋好，临走时各营各连都把自己住了的房子烧尽，剩下的牛羊牲畜都由团副负责，赶到隆务镇专员那里去，拿不下的羊毛、皮子，今晚全部就地烧掉！”
3点钟整，团部吹起了起床号。团副处尕含英将牛羊及牲畜归拢，分几批往隆务镇赶。他兴高采烈，好像对此项差使很感兴趣。
这时，古日迪沟里又见烟火四起，烧房子、烧东西的士兵在火光中窜来走去，把没有吃完的牛羊肉块都往河里丢弃。这支如狼似虎的骑兵部队，把富饶美丽的古日迪沟烧杀抢掠干净后，回到了隆务镇。镇上的各族群众都知道他们在古日迪干了些什么，愤恨鄙夷地望着这些匪军，眼睛里放射出仇恨的怒火。有人在镇西的一所小学的墙壁上，发现了一张藏文小标语，翻译过来是这么一句话：“此仇不报不为人！”这标语使海南专员马朴十分恐惧，他派人追查，但也毫无着落。
第二天清早，马得胜派出了一个营的兵力，把隆务镇南边河滩全部警戒起来，还在高地上架起了机枪。专署的十几个狗腿子，赶着一群驮东西的牦牛，惊慌失措地来到河滩边那块早已选好的沙草地，栽起了许多杆子，并且拉起了较粗的绳子。敏感的群众都知道那些装在牛毛织成的口袋里的是什么，都在警戒线以外怒目注视，许多藏族男女在念经祷告。
一些士兵们，从毛织口袋里倒出了血迹斑斑的222颗人头，男的女的，有头发和没有头发的和尚头的都有。这些人头，都被挂到拉好的粗绳子上。
愤怒的人群从四面聚拢，越来越多，他们冲进了警戒线，把挂着人头的这块沙草地团团围住了。有念经的，有放声大哭的，有骂不绝口的。有的认得了自己的亲属朋友，更是泣不成声，放声大骂。站岗的士兵，此时也没有阻拦。很多人拥上前去，抱着亲友们的血头大哭。
马文鼎在回忆文章中，这样写道：“马步芳匪帮们把这222颗人头挂起来的用意何在呢？是单纯为了镇压藏族人民的反抗吗？这只是一方面。更主要的原因是为了让死难者的亲友们来认，认准了以后，以高价赎回去。这样，既残酷镇压了这里的藏民，巩固了马步芳的反动统治，又以高价售出割来的人头，以填肥马步芳、马朴等人的私囊。这种屠杀、劫夺人民生命财产的鬼办法，真是毫无人性，世所罕见。
“以后几天，马朴的专署大做人头生意，死难者的亲友们拿上很多钱财及各种好牲畜悲痛欲绝地向专署赎回人头，观者无不咬牙切齿，恨入骨髓。
“一颗人头至少要用100块银元赎回，有些头目和有钱的人，竟以200块银元的高价赎回。而那时的一匹好马，只能卖几十个银元。”
军阀马步芳不但通过战争的手段残酷镇压人民，也通过战争手段来掠夺财富，甚至通过战争制造民族矛盾，挑起民族冲突。他所进行的大规模战争屠杀，其野蛮与残酷性不亚于13世纪手执长剑的跛子帖木儿的蒙古骑兵军团。
马步芳在派兵镇压古日迪地区的同时，又于同年5月初，派马元海率陈嘉科部由贵德出发，马忠义第二团由西宁出发，分两路前往镇压同仁县长牙昂藏族部落的反抗。
1937年2月，马步芳为了牟取暴利，决定在麦秀森林砍伐大批木材，利用隆务河放木筏运出，来修建他的公馆。他派部队征调长牙昂部落男女精壮青年，到麦秀林场伐木。伐木是危险的苦力活，有时会被倒下来的树干压死。被树枝打死或失足坠崖而死的，先后就有三十多人。残酷的劳役，已使藏民不堪忍受了。
长牙昂地处同仁十二族隆务寺峡谷间，是三个部族的总称。早在20世纪20年代，甘边宁海镇守使马麒对整个同仁地区，曾进行过一次大规模的军事屠杀。之后随即开始征收军马、犏牛、现金、羊毛、粮食和草头税等苛捐杂税，并且税额越来越重。许多年来，藏民的财务被榨取得一干二净，陷于无法生活的境地。所以，这次长牙昂部落决定组织人马，准备以武力对抗马步芳。经过一番部署后，他们自行停止了在麦秀森林伐木的苦役，并拒绝交纳一切徭役和赋税。
马步芳部队到达后，长牙昂部落藏民进行了英勇抵抗，杀死进犯的马部七十多人。但终因武装力量悬殊，战斗仅进行了一天，就遭受到失败。马步芳部队进行了残酷的报复，被烧毁和破坏的大小村庄有二十四处，寺院五座，共杀死藏民四百余人，抢去大牲畜一万多头。
达香寺原有僧众二百余人，该寺的财物被劫取一空。所有的大小经堂，活佛的住地及僧众的住房，全部纵火烧毁。
达日江寺原为同仁十二族的大寺，建寺在长牙昂东山的高峰，气势雄峻。马元海命令部队用炮火轰击，寺内僧侣纷纷四散逃命，炸死了四十五人。接着，马元海又命令部队纵火焚烧寺院，一时烈焰冲天。由于火势凶猛，寺院周围的森林也为大火烤燃，连续燃烧七八天，夜间火光触天，虽在百十里之外，犹能望见。该寺所贮积的大批酥油，为火烤化，从寺角流到山腰，洁白如雪。附近的德千寺、宗弄寺、江弄尕赛寺、宗克日寺、古德寺等五个寺院，也遭到了破坏，财物被劫一空。
同样，这次马朴专员也做起人头买卖。在屠杀之后，强迫死者的父母或子女用刀将自己亲人的头颅割下来捧于手中，排列成对，长时间在日光下站立。又强迫将人头送至隆务镇，悬挂于街道和附近的村庄，威吓群众。最后又逼迫亲属用银元赎回人头，视其身份高下，数十元至一百元不等。长牙昂被野蛮残酷地劫杀后，还被罚了银币八万元。临走时又勒令每户每人交纳银币两元的“鞋脚钱”，共计收取银币八万余元。同时征派了大批“乌拉”。当时每户死伤人多，无法支应，只得又以财物顶替。派“乌拉”差役时，家中如无男子，要青年妇女顶替。她们在途中大半惨遭侮辱强奸。某村一女子，竟遭四五十人轮奸，以致成为残废。
在屠杀长牙昂部落时，还对麦秀六百多户人家进行惩罚，因为他们支持了长牙昂。没收了他们放牧用的枪支，还把所有的马牛羊等牲畜，采取所谓“一箭两分”的办法进行对半没收。
同仁县隆务寺活佛襄佐，在他以后所写的回忆录中，也详尽记述了这次长牙昂部落的大屠杀。透过这些血的历史，我们可以看到马家军野蛮邪恶的一面。