如果说以上这些只是他对五宗认识的抽象看法的话，那么，他在《示林皋豫禅人》所论五宗，乃是比较系统的认识。他说故立五宗，乃为的要，各出手眼，相续绵绵。或痛快、或严密、或承顺、或投机、或普应，总不越初祖单传之旨，各展玄猷。而三玄三要、五位君臣、一簇三关、父慈子敬、三界唯心，随人所人。悟彻根源，门庭虽异，理终一揆。”3在圆修看来，五宗在宗风作略方面虽各自异趣，然在所臻境界上“总不越初祖单传之旨”。只要在禅法的修持上做到了“悟彻根源”，则会发现五家“门庭虽异，理终一揆”的究竟来。从这一立足点出发，他对于法藏师徒所阐述的五宗观点并不完全认同，并毫不客气地提出了批判。他说：“岂料今日去圣时遥，虽从其狐，不善先宗，妄自穿凿，将古人旨趣扭捏，论是论非，分彼分此’出自己见，误赚后裔。皆轻狂莽卤、不念佛祖之道，只是逞己逞能，全凭口舌利辩，打哄过时”他的这些话，显然是针对汉月师徒的五宗之说的，他与法藏之间，也曾有过一段针锋相对的笔战。起初，法藏把《五宗原》刻本送给圆修，圆修似乎并不像后来那般反对他，并曾作诗赞誉过法藏，《阅三峰(五宗原）题寄》一诗，便是其证。
野人不识蔚山面，遥闻吼哮如雷电；拈出威音这个圈，掷向人前谁得荐？拟之如闻荼毒鼓，解着似犯太阿剑；顶门直透上重关，超脱从前者白练。就这首诗来看，圆修似乎并未对法藏展开批判，而是对他的《五宗原》予以了首肯。至于他与法藏之间的关系是因何事而变坏的，是何时才变坏的，我们无法从现有的文献中找到证据。但就法藏的那种刚愎性格与他咄咄逼人的做法来看，不引发丛林老宿的反感也怪，更何况在《五宗原》这个小册子中，确实也存在不少问题。在圆修写给圆悟的信中，便有如此之言：“近因三峰连刺书并所刻诸语，其间多讥棒喝。不知方今拈一条白棒横行天下者，舍吾兄更有谁乎？审之，总不出他自缚诈降，独施冷刺之句。既欲为济下儿孙，何得心行如斯耶？”3我们从以上文字中，也不难见出圆修对圆悟与法藏师徒之间关系的离间，然法藏在建立自家宗旨时，确实也没有真正把乃师圆悟放在眼里，这也应当是不争的事实。法藏既然连老师也不放在眼里，那么他对于师叔圆修自然也就更不在意了，这些无疑是他激发圆修反感的主要原因。
圆修对法藏的批判，在他写给法藏的信中已经直接地提出了，另在圆修的其他法语与开示中，也屡屡有所涉及。在《复三峰汉月藏公书》中，圆修就法藏《五宗原》中的威音王圆相与“三玄三要”的旨趣，均提出了不同看法。他说：
及观《五宗原》，始于圆相，七佛由来，五宗各出一面，正宗先出，四宗相续，其余旁出，莫不悉备者，盖欲发明先辈，抹杀五家宗旨，单传拈花一事也。所云侍宗旨者不悟宗旨，抹杀宗旨者不知宗旨，夫既不悟宗旨，所传何事耶？五家宗唱，若不本单传之旨，又传何事耶？然五家虽各从一宗，莫不发明拈花旨趣，若抹杀宗旨，非魔即外，不待辩而自明矣！今公千辛万苦参订，将来犹恐后学反以圆相为躲跟，奈何却成窠臼？
对于法藏的五宗始于威音王圆相、五宗各出一面，而临济从正面出之说，圆修的批判应当是始作俑者。法藏的禅法圆相源起说，确实缺少必要的经论根据与必要宗门史料佐证，完全是出自于他个人的杜撰。法藏这样做的目的不外乎是要凭空制造出一个禅法的本体来，然后再把五宗牵强地塞进他所杜撰的这个本体之中，并由此构筑起其独特的禅学思想体系来。圆相之表法虽在圭峰宗密时便使用过，至南阳慧忠师徒则进而发挥，及乎仰山的九十七种圆相，已经臻于成熟。但作为沩仰家宗风特色的圆相，虽然可以用来表述禅法不可言说的本体，但它毕竟只是一家的宗风作略，尽管它与禅法本体实相义之间比较接近，但它并不是唯一的表法方式。且五宗各有自己领会禅法本旨的途径，其表法的方式也各不相同，因而未见得只有圆相才是最究竟的表法方式。另外，五宗衍自曹溪之后，除了“拈花”源头之外，各有独自的师承、独自的机关施设与宗风作略，这也是不可否认的事实。因而，单提于“拈花”，囊括以圆相，是并不符合禅宗发展的历史真实的，也与禅宗的真实教义相违。
对于将青原下的天皇一系禅割让给马祖门下一事，圆修也并不完全认同。他说言马大师之下出临济、云门、沩仰、法眼四宗，谓之‘脚下’0也。足见他是个执相凡夫，定将马驹四足胶粘钉钉，以配四宗，无非欲证一击之为‘三玄三要’之原，各有所据。若这么执相生解，达摩一宗看看扫地矣！显然，这种把马祖与“马”拟配一起，再将临济、云门、伪仰、法眼四宗与马的四蹄拟配起来的说法，简直是信口雌黄了。而在圆修看来，五宗与禅法的本体之间，本来就是一种众星捧月的关系，它们是“门庭虽异，理终一揆”的，也就无须强拉青原下的天皇一系到马祖门下了，更无须又在四宗之中派生出一个圆相，然后又出现先后正反之别了。另外，对于法藏所发挥的临济“三玄三要”之旨，圆修认为“临济大师立法，盖为宾主相见，这里切须究取，不可随他生解”。对于法藏将临济的“三玄三要”之旨溯源于黄檗的三顿棒之中，圆修更是予以了严肃的批判。他说：
如所谓黄檗“三顿棒”，未闻有两顿、四顿之旨。发“三玄三要”，处处抱桩摇橹，必欲合此三法，逆推五祖接卢能以杖击碓三下为临济张本，不论拈花单传之旨，恐离了三法，则落在心性禅里。然则四料简、四宾主、四喝，有何三法可据耶？若谓“三玄三要”，根定三顿痛棒，则曹洞“君臣五位”又何从五法而接青原一脉乎？殊不知三顿棒本乎单传之旨，若识厥旨，“三玄三要”着着现前。若道“三玄三要”意趣在拈花旨外而另有法，亦是心外取法矣，岂非埋没我临济大师于空闲无用之地哉……予观三峰《传衣注》云：若必重自悟而抹杀相传之法，必非悟心之士也。何以故？以其见有法故，见有法即与自心违。
如此简单地把临济“三玄三要”与黄檗“三顿棒”拟配到一起，不但牵强附会，而且也与禅旨禅史背道而驰，因而遭到了圆修的严厉批判。果真要把临济宗旨与这“三顿棒”联系起来（机械地拟配在“三”这个数字中从而突出“三玄三要”之旨，那么临济如此多的以“四”为数的禅法(如四喝、四料简、四宾主、四照用等）又将如何去落实？且“三玄三要”在《临济录》中仅仅只是提到过，而对于四喝、四料简、四宾主、四照用等宗风作略，临济禅师一一皆有具体的阐释与运用。因而法藏所发明的所谓临济“三玄三要”，无疑是异想天开、痴人说梦了。法藏之所以会创如此异端，说透了是他对临济宗旨并没有完全领会，如果像圆修所说的那样“曲尽临济法道”的话，他是决不会出现这种笑话的。而圆修对法藏的批判，也是建筑在他对临济法道的穷源彻底的基础上的，因而他对法藏的批判便也势如破竹了。
要而言之，圆修在禅修途径上主张看话头与参公案同时并重，而在具体的禅教接机中却又能观机施教，因而收到了左右逢源的佳效。他对于临济禅法的体认是深透的，他所主张的“曲尽师法”，对于杜绝丛林的伪滥，树立良好的道风，无疑也是十分有益的。
二、天隐圆修的法嗣
圆修的门人在灯史中有机缘语录传世者五人，其中以通诱与通问的法脉弘传最久，而在圆修门下又以通豫的排行为第一，因而我们拟就以上三人来做些粗浅的探讨。
一〕林皋通豫
林皋通豫(公元1588年一公元1646年)俗姓陈，字林皋，晚号晦夫，江苏昆山人，他是圆修的大弟子。《续灯正统》卷三十四与《五灯全书》卷六十七谓通豫“卯岁礼尧峰湛川老宿出家童年出家然《续指月录》、《正源略集》与《揞黑豆集》中的《通豫传》均谓他“十九脱白于姑苏之尧峰”。相传通豫在尧峰时，因诵《金刚经》至“因无所住而生其心”，遂于句下有省，这也预示着他翌日与禅宗缘分甚深。通豫在受具之后，便遍参诸方，曾历参博山、金粟与磬山等老宿，终于圆满地把握住禅法了。他首参博山元来禅师，无异元来本是曹洞宗无明慧经的门人，属青原下第三十五世。关于通豫在元来门下参学的机缘语句，《续指月录》是这样记载的：
初参博山来，来曰：“未入金笼，贮谁家野鸟儿？”师曰：“鹤有九皋钟碧汉，马无千里谩追风。”来曰：“运斤非郢，未免伤痕。”师曰：“只如诸方竖拂扬眉，又得什么边事？”来曰：“片云横海岳，樵子尽思归。”师曰：“怪来岩下虎，特地暗惊人。”通豫在元来门下的参学，机锋酬对，并无犹疑，已经是锋颖初露了。然从与元来见面的“贮谁家野鸟儿”一语，便足以见出通豫日后的嗣法并不会在曹洞一系，他将成为临济的儿孙。此后，通豫又去金粟圆悟禅师门下参学过，圆悟与圆修是同出正传下的师兄弟，依辈分也应当是通豫的师伯。关于通豫在圆悟门下的参学机缘，《续灯正统》卷三十四是这样记载的：
师至金粟，值天晚，便问：“夜宿投人时如何？”粟曰：“这里歇不得。”师曰：“岂无方便？”粟拈拄杖拟打，师接住一推曰：“看破了也。”便出。圆悟接机素以“白棒”着称，而通豫却与此并不投机，因而当圆悟拈拄杖拟打时，通豫便接住拄杖一推道：已经看破了您的接机作略。就这样，通豫初参曹洞禅而机缘不契，再参临济下金粟又不完全机，因而他最终只可能选择圆修这位禅师了。通豫在圆修门下参学，有过三年的亲炙，直到彻究圆修禅法才离去。对于通豫的这一参学机缘，《续灯正统》卷三十四是这样记载的：
后参磬山，山曰：“那里来？”师曰：“武林。”山曰：“怎知我这里？”师曰：“臭名难瞒。”山曰：“污汝耳。”师便喝，山曰：“喝后如何？”师曰：“犹是不知。”山曰：“老僧不知，汝知个什么？”师拟掌，山曰：“莫掠虚。”一日，侍次，山曰：“今时学人不肯真参实悟，所以法门寥落。”师曰：“虽然如是，亦在知识。如黄龙不得慈明痛打，争知道出常情？”山厉声曰：“岂口耳所传授耶？”师自此服膺，亲炙三载。
在这里，通豫的对机，不是喝，就是掌，作风俨然凌厉剀切，似乎已经吸收了圆悟的某些禅风作略。然而，在要求“曲尽师法”的圆修这里，是不允许学人有“掠虚”的，因而在是后圆修提起“法门寥落”的景况时，通豫便以黄龙悟道因缘为引子来要求圆修开示。然而，圆修的一句“岂口耳所传受耶”，便暗示了通豫：禅法的修学必须通过切实的体验来实现，绝不是口耳之间的言传可以了事的。通豫对此言甚为服膺，因而在磬山亲炙三年，以“曲尽师法”。是后，通豫在圆修门下参究禅法，师徒酬对，颇有机缘语句传世，在《续指月录》中已有记载。一次通豫入室，圆修用“我疑你不会廓侍者与华严相会因缘”一语激起了通豫的疑情，由是师徒间展开了机辩，使通豫彻底契会了临济“四喝”等宗风，他当面给圆修呈有一偈宾主相逢纵夺家，喝下从云见活蛇；棒头突出通无犯，岂作亲承解撒沙。”圆修在获得通豫的这首偈子后，颇为赞赏，也许就在此后不久，通豫便离开磬山，开始独立弘法度人了。
通豫出世之后，出住金陵钟山石漱寺，次移住武林宝岩、姑苏尧峰。当通豫出住石漱寺之后再回到圆修门下谢恩时，圆修便将自己的如意交给他，并咐嘱曰：“此是老僧四十年用不尽的，将去揩磨，不得有忘。”通豫回金陵便秉这个如意开堂，并说明“这个是堂上老人为豫上座作用不尽的公案”，用酬法乳之恩。崇祯十一年（公元1638年），通豫复迁镇江夹山竹林寺，重修殿宇，大弘法化，举足笃实，《续指月录》载他“虽日杂佣作，不间操匕箸，不倚重外护，举足为匡徒者法”尽管关于通豫住持行业的详情，文献所载甚略，但我们仅仅透过以上片言只字，便足以见出其道风清高，堪为丛林所法。清顺治三年（公元1646年），通豫圆寂于镇江夹山竹林寺，世寿五十九，“门弟子营窣堵波于古竹林之后冈”。相传通豫有着作《宗门诚范》四卷并《语录》行世，然这些着作今日很难找到；又相传天童道态曾给通豫撰写《塔铭》，但这个铭文却不见于《天童弘觉态禅师语录》与《布水台集》。
通豫的法嗣，在《五灯全书》卷八十共收有四人的机缘语录，他们分别是谧融行元、石门行开、蘧夫行一与无尘行增。
在禅法弘传方面，通豫以阐扬临济宗风作为鹄的，但又能涵盖其他宗门，从而形成一个圆融的禅学体系。在通豫看来’“诸佛心印，祖祖相传”，因而禅者只要会得“向上宗乘”，便可“坐曲彔床”，提灯接机，传授后学了。在另一方面，通豫又认为只要真正领悟了临济宗旨，对于其他各家宗旨，也就会触类旁通，左右逢源了。对于临济宗旨，通豫着重突出在临济的“四喝”上，这显然与他在圆修门下参学时对“四喝”的格外用功相关。他认为只要真正会得临济的“有时一喝如金刚王宝剑，有时一喝如踞地狮子，有时一喝如探竿影草，有时一喝不作一喝用”，对于云门的“函盖乾坤句、截断众流句、随波逐浪句”也将会融会贯通。由此拓展开去，则对于曹洞的“五位君臣、正偏回互”，对于沩仰的“投机暗合、子孝父慈”，对于法眼的“三界唯心、万法唯识”，自然也会一一贯通，融为一体的。通豫认为：“从上五宗，机缘连缀，料拣正邪，总不出一心之用，亦不别当处之旨。若定当得，便与三世诸佛、历代祖师把手同行。
在禅教方面，通豫一般会采用比较平和的方式来接引学人。例如有僧问“如何是诸佛出身处”，通豫随即答道：“须弥倒卓半虚空。”当这僧人再问“如何是透法身事”时，通豫再以反常的“猢狲吞大象”一语将之接引。又如：
僧问：“如何是虚空？”师曰：“你亦在里许。”僧曰：“某甲不见虚空。”师云：“这瞎汉！好与三十棒。”
在酬对第一位学僧时，通豫全部是采用反常的语句来接引。诸如“须弥倒卓半虚空”与“猢狲吞大象”，在现实中几乎都是不可能出现的事情，但正因为这些现象本是无中生有，因而对于启导学人领悟“诸佛出身处”与“透法身事”，自然也就另辟了一个空门。对于第二位学僧的请益“如何是虚空”，通豫的“你亦在里许”一语自然可以促使学人设身进人虚空之境。而当学人还在犹疑之中、进而提出不见虚空时，通豫再以“这瞎汉”来褫夺，正好可以将之唤醒。像这类接机语，干净利落，没有一丝拖泥带水，却又能使学人心疑当即放下。
有时，通豫的禅教会随机发动，随处激起学人前来参究。例如通豫一次普请开荒，他手中拿着一根枯藤对学僧说此是曹家女。”而被他勘问的学僧也当机不让，马上道出“却少个谢家郎在”一语。通豫见机缘已至，于是再进一语：“但得有女，何愁没郎？”而学人也能再上一路，他指出“也要完全始得”。此时，通豫便把枯藤递给学僧，当学僧正拟去接的那一刹那，通豫却又立即将枯藤扔下，并以“却不相当”一语来将他的参悟推向极顶。像他的这种接机作略，颇与唐代的龙潭禅师接引德山的“度烛”与“灭烛”之举相似，那是在将学人引向悟缘之际便立即切断后援，从而使之反躬自省而见道。
有时，通豫的接机则是纵夺兼施，从而使学人的拟心顿息。例如：
(学僧）问：“亡僧迁化向什么处去？”师曰：“炎炎三尺火。”僧曰：“不会。”师曰：“冷冷一堆灰。”