在各清真寺主持教务期间，马良骏致力于经堂教育，注重培养经学人才，声誉日盛，成为西北伊斯兰教着名经堂教育家。中国伊斯兰教经堂教育兴起于明末清初，在长期的发展中形成了三大学派，即陕西学派、山东学派和云南学派。马良骏一直奉行中国伊斯兰教经堂教育陕西学派的宗旨，在教学中主张阿拉伯文、波斯文并重，阿、波文兼学。他讲解认主学（凯拉姆）、修辞学（白亚尼），不仅表达准确，而且诠释清楚。他遵守虔诚，治学严谨，培养出品学兼优的门弟子数百人，其中有不少人成为西北地区各大清真寺的着名教长。
1945年马良骏被乌鲁木齐23坊回族群众公推为新疆地区回族穆斯林总掌教，受到西北广大穆斯林的敬仰。1947年马良骏任新疆联合省政府监察使，参与社会工作。
1949年马良骏致力于新疆和平解放事业，作出了重要贡献。他不顾个人安危，努力劝说国民党驻新疆部队骑一师师长马呈祥（回族，甘肃临夏人）放弃抵抗，交出部队，离开新疆出走国外，为新疆和平解放扫除了最大障碍。
新中国成立后马良骏曾担任新疆政府顾问、西北民族事务委员会委员等职务。
1957年7月14日马良骏归真，数万各族穆斯林群众从乌鲁木齐恭送一代经学大师“埋体”（遗体)至昌吉，安葬于昌吉262墓地。中央及地方政府以及有关群众团体和个人都送了挽幛，王恩茂、吕建人等新疆维吾尔自治区领导同志参加了安葬仪式。
马良骏生平不积聚钱财，所得收人都接济穷人。他不分民族，不论男女，凡上门讨要者，都施散给“乜贴”（指举意散施的财物）。他临终告诫后人说凡吾子孙，善体吾意，勿以善小而不为，勿以恶小而为之，为小善必获大报，为小恶必遭大歼。吾一生不治产，不蓄财，惟遗经方耳。经书要读，不要陈设，读会了就是宝贝。治产蓄财的只是傻瓜。穆圣云：‘但蓄私财乃错误之开端’。要和睦亲友，不要修造坟墓，不可立碑，在坟上不要修房架屋，要与普通坟墓一样，以防止流为异端，遗祸于后人，为害不浅。”
马良骏通汉文、阿文和彼斯文，熟悉伊斯兰教历史和经典，一生致力于伊斯兰教学术研究，着书立说，成果丰硕。明末以来，中国伊斯兰教中兴起了汉文译着学术文化活动，历时约三百年，伊斯兰文化与以儒家为代表的中国主流文化之间进行了比较全面、持久、严肃认真的对话、交流，意义十分重大。汉文译着就是回族穆斯林学者用汉文翻译编着的伊斯兰教典籍，其范围十分广泛，涉及伊斯兰文明的哲学思想、历史、人物传记、典礼制度、民间习俗、语言文字、天文历法、地理等等方面。马良骏的学术研究，可看作汉文译着活动的继续，是回族穆斯林学者致力于与主流文化对话、沟通学术文化活动的一部分，在当时起到了积极的作用。
马良骏撰写、摘编和辑录成书的达十多种二十多部。其中，中文着述主要有《考证回教历史》、《伊犁图考》等；阿拉伯文着述主要有《教典要义大全》、《简明教典要义》、《教法要义录》、《信仰学要义大全》、《伊斯兰教简史》、《瓦哈比派的历史》、《希腊哲学与伊斯兰哲学》、《明灯阿拉伯语语法基础》、《明灯阿拉伯语语法注解》、《阿拉伯语语法大全分类》等；中文、阿拉伯文合璧着述主要有《清真最要志》、《简明教法摘要》、《圣裔月论》等。此外，还有中文、阿拉伯文、波斯文合璧着述，如《清真小杂学》，阿拉伯文、波斯文合璧着述，如《清真大杂学》，中文、阿拉伯文、波斯文和“小儿锦”合璧着述，如《清真诗经译讲》，等等。他的这些着作为我国伊斯兰文化的传播和发展作出了重要贡献。
其译着《清真诗经译讲》集多种语言文字为一体，具有较髙史料价值。其原作是赞颂伊斯兰教先知穆罕默德的阿拉伯文及波斯文长篇抒情诗。马良骏用经堂语将长诗译为汉文，又用“小儿锦”将汉译诗意用阿拉伯字母拼写以供对照。“小儿锦”是回族用阿拉伯字母拼写汉语的一种拼音方案，常用于经堂教育的教学及学习中。最近的学术研究表明，“小儿锦”是中国最早的汉语拼音，比用罗马字母、拉丁字母拼写汉语的历史更早。
1948年此书首印于新疆，系16开精装本。全书版面融阿拉伯文、波斯文、汉文及“小儿锦”为一炉，为后世研究伊斯兰教、经堂语和“小儿锦”提供了宝贵资料。1992年3月天津古籍出版社出版了此书的校勘影印本。影印本由伊斯兰教学者林松校勘、简注，为16开精装本，400多页，包括长篇赞圣诗160首，续诗3首，祈祷词1篇。
其着述《考证回教历史》是一本对伊斯兰教历史、教义及中国回回原来进行系统考证和阐释的学术着作，共收人论文15篇，分为序言编(6篇）和正文编(9篇)两部分。全书论述多有独到之处，如书中依据伊斯兰教教义，多处阐明世界各教精神相同之原理，以期实现全世界各不同宗教之间和平相处的宏愿。1939年此书出版、1947年再版后，受到社会各界的赞赏。如1947年新疆省主席、国民党高级将领张治中给马良骏的信中称：“先生为回教领袖，德高望重，万流景仰。治忝在后生，素所敬重。最近拜读大着《考证回教历史》，尤极钦佩，如绪言末段，‘凡敬造物主者，应体真主好生之心，推己及物，必不以互相战争为然也。如是天下和平，世界战争息灭。然一教有一教之创立教主，如儒之孔，清之穆，道之老，佛之如来，犹太之摩西，天主教之耶稣是也。又各教真请独标，各树一帜，途径各有不同，其劝人为善之宗旨则无异，宗教主旨统一也。凡若能抱良善宗旨者，必得其心平。人心平，则无不平矣，又何战争之有哉……’等语，具见主教之卓见，仁者之善言，治平素所兢兢致力者亦常在此，得此揭示，益获我心而。”1949年石印出版时，在正文前附有着者前言和张治中、卢郁文等人题词、贺函。1981年由马品彦据原版原样收人《新疆宗教研究资料》第五辑。新疆人民出版社1994年6月出版了此书复印本。该书在中国回族与伊斯兰教学术研究领域占有重要地位。
新时期甘肃伊斯兰教教派问题思考
伊斯兰教是甘肃的主要宗教之一，历史悠久，信教人数众多。目前，甘肃全省信仰伊斯兰教的有回、东乡、保安、撒拉、哈萨克和维吾尔等六个民族的穆斯林群众，共1683199人，占全省总人口的6.57%，占全省信教人口总数的62%，分布在全省的86个县、市、区，主要集中在临夏回族自治州（1028942人）、天水市(228010人）、平凉市（152977人）和兰州市（97100人）。1978年党的十一届三中全会以来的20余年中，甘肃伊斯兰教的发展从总体上看，是比较有序、平稳的，但期间也出现了不少新问题、新矛盾。这些问题、矛盾大致可分为两类：一类是宗教外部因素引起的，如因在一些书刊报纸、音像作品等中出现对伊斯兰教和穆斯林进行侮辱的内容，而引发甘肃广大穆斯林群众抗议的突发性事件，诸如1989年的“《性风俗》事件”、1993年的“《脑筋急转弯》事件”等；一类是宗教内部因素引起的，以教派之间、教派内部矛盾、纠纷较为突出。两类问题中，前者带有很大的偶然性、突发性，而后者却与甘肃伊斯兰教教派众多的现实状况密切相关，较为多发、多见，带有普遍性。这说明，教派问题不仅在过去，而且在当前及今后很长一段时间内，都是甘肃伊斯兰教发展中的重要问题之一，值得我们髙度重视，认真研究，正确对待和处理。
一、甘肃伊斯兰教教派分化格局的形成及特点
教外有教，教内有派，宗教分裂为教派和宗派是世界各大宗教的基本现象，伊斯兰教也不例外。在兴起不到半个世纪后，伊斯兰教就发生了教派分化，逐渐形成了逊尼派和什叶派两大教派及众多支派。逊尼派自称正统派，是信仰人数最多、分布最广的主流派，世界穆斯林大多属逊尼派，中国穆斯林基本上属于逊尼派。甘肃伊斯兰教自传入迄今大约有1300多年，但教派分化的历史不算太长，至今不过300多年的时间。这300多年的教派分化史，大致可分为两个时期，第一个时期从明末清初，也即n世纪中后期开始，到清咸丰年间，也即19世纪后期为止，持续了200年左右的时间。第二个时期横跨清末及民国，持续了约百余年时间。第一个时期内，随着阿拉伯和中亚地区伊斯兰神秘主义派别苏非派思想传人甘肃境内，甘肃伊斯兰教开始出现教派分化，形成了虎夫耶、哲赫林耶、嘎的林耶、库布林耶四大苏非主义派别及众多支派，后来人们泛称这些苏非主义教派为门宦。未接受苏非派学说，仍保持原有宗教制度的穆斯林，则被称为格底目派，又称遵古派。第二个时期内，主要是提倡“遵经革俗”、“反对门宦”等的伊赫瓦尼派的形成、发展及分化(从伊赫瓦尼派中又分化出了赛莱费耶派）。此外，期间还产生了有“汉学派”之称、以集体经济为特色的西道堂派，并继续形成了上述苏非派的一些支派。这样，经过两个时期，300多年的发展，甘肃伊斯兰教分化成格底目、伊赫瓦尼、赛莱费耶、西道堂与虎夫耶、哲赫林耶、嘎的林耶、库布林耶等教派(其中虎夫耶、哲赫林耶、嘎的林耶、库布林耶四大苏非派又有40多个支派），教派分化格局基本形成。
总体上来看，甘肃伊斯兰教教派分化呈现出如下几个特点：
1.教派分化的源头基本上都在国外。虎夫耶、哲赫林耶、嘎的林耶、库布林耶四大苏非派，都源于阿拉伯和中亚地区的苏非教团。它们或是由国外伊斯兰教传教士传入，或是由甘肃穆斯林从国外引进的。以古老见称的格底目派，则源于阿拉伯地区的逊尼派。西道堂虽有点土生教派的特征，但其教义教理基本上都源于逊尼派，并受到苏非派思想影响。伊赫瓦尼、赛莱费耶二派，显然是受阿拉伯半岛瓦哈比派及伊赫万运动的影响而形成的。总之，甘肃伊斯兰教教派是受到世界伊斯兰教教派分化的影响而形成的，而不是甘肃穆斯林独创的。
2.各教派在形成中，不同程度地受到中国传统文化影响。伊斯兰教在中国的传播、发展过程中，必然受到中国传统文化的影响。甘肃伊斯兰教各教派的形成也不例外，也都或多或少地受到中国传统文化影响，如虎夫耶、哲赫林耶、嘎的林耶、库布林耶等派的教理、制度等方面，明显都受到中国传统哲学、伦理道德等的影响，西道堂更是有“汉学派”之称，提倡以中国传统文化宣扬伊斯兰教学理，等等。这表明，甘肃伊斯兰教各教派，虽然都是受国外伊斯兰教教派思想影响而形成的，但也都不同程度地接受了中国传统文化影响，在世俗生活中表现了一定的灵活态度，是带有中国文化特点的伊斯兰教教派。
3.各教派在教义教理方面大同小异。甘肃伊斯兰教各教派在教义教理方面并没有什么严重的理论分歧，无论是格底目、伊赫瓦尼、赛莱费耶、西道堂，还是虎夫耶、哲赫林耶、嘎的林耶、库布林耶，都自称是逊尼派，都承认四大哈里发为正统，都遵守大伊玛目艾布·哈乃斐的教法。他们之间的主要区另，既不是根本信仰的差异，也不是政治主张的不同，而主要是在宗教修持或具体的宗教礼仪上存在一些差别，可以说，大都是一些细枝末节的分歧。
4.各教派大致可分为两类。伊斯兰教宗教功修可分成两大类，即教乘和道乘。教乘是指穆斯林通过履行念、礼、斋、课、朝五项宗教功课，去敬真主、拜真主、畏真主。道乘则是指穆斯林通过修行办道、弃绝尘世、明心见性等一系列修炼步骤，返本还原，达到“浑然无我，心不纳物，唯独一主”及性与天道合一的境界。甘肃伊斯兰教各教派按宗教功修可分为两类教派。一类是重视教乘宗教功修，不搞道乘宗教功修的教派，包括格底目、伊赫瓦尼、赛莱费耶、西道堂等。一类是注重道乘修持的教派，即虎夫耶、哲赫林耶、嘎的林耶、库布林耶。
5.教派分化伴随着教派矛盾和斗争。历史上，甘肃伊斯兰教每发生一次教派分化，就会产生一定的教派矛盾，而当时的政府不能恰当、妥善地处理这方面问题，往往导致矛盾激化，严重时对立双方斗争激烈，甚至发生大规模流血冲突。历史上一些大的事件，就是教派矛盾、斗争引起的，如清乾隆四十六年（1781)苏四十三起义、光绪二十一年（1895)河湟事变等。频繁的教派矛盾和斗争，影响了社会安定，给各派穆斯林群众心灵深处造成久久不能弥合的创伤。前事不忘，后事之师，我们应牢牢记取历史的教训。
二、甘肃伊斯兰教教派现状及发展趋势
1978年中共十一届三中全会后，随着宗教信仰自由政策的贯彻、落实，我国的各种宗教逐渐恢复正常活动，进人了一个稳定发展的新的历史时期。甘肃伊斯兰教各教派这20多年的发展，大致可划分为三个阶段：80年代初期是各派宗教活动逐渐公开，恢复正常的阶段；80年代中后期直至90年代初期是各派群众热情髙涨地重新修建清真寺或拱北的阶段；90年代中期至今，可以说是一个比较平稳、有序的发展阶段。目前，甘肃伊斯兰教教派格局基本未变，仍是格底目、伊赫瓦尼、赛莱费耶、西道堂、虎夫耶、哲赫林耶、嘎的林耶、库布林耶等派。各派信教群众人数有多有少，多者达四五十万，少者仅数千人。各派人数加起来，就是甘肃现有穆斯林总数。各派无论人数多寡，都表现出一定的稳定性，对其信众都产生着较强的凝聚、向心作用。
这充分说明，甘肃伊斯兰教教派较多，并拥有深厚的群众基础，教派问题在相当长的时期内，将会一直是甘肃伊斯兰教工作中面临的重要问题之一。
对甘肃伊斯兰教教派今后的发展趋势，进行前瞻，做出合理推测，是件有一定难度的事。但为了今后伊斯兰教工作更加主动，做得更好，我们必须迎难而上，对此问题进行认真的分析、研究。就目前掌握的种种情况看，以下几种走向或趋势，已日益明显，应引起我们的关注。
1.教派格局在较长时期内将基本不变。如前所述，甘肃伊斯兰教经过了两个时期的大规模教派分化，从而形成了现有教派格局。那么这种教派格局是否很快被打破呢？笔者认为，甘肃伊斯兰教不断产生新教派的活跃期已经过去，现在正处于一个相对平静的时期，现有教派格局在一定时期内，还不会被打破，也就是说，在很长一段时间内，甘肃伊斯兰教仍将保持目前的这种教派格局，不会有大的变动。得出这个结论的理由主要有：