伊斯兰教何时入华，一直是中国伊斯兰教研究中的重要问题之一。金云峰的《怎样看待伊斯兰教人华的“标志”和“时间”》（载于《甘肃民族研究》1999年第1期）、马肇曾、刘淑英《伊斯兰教何时东传中国》（载于《回族研究》1999年第2期）二文从不同的角度，探讨了伊斯兰教何时入华这一老问题，有一定新意。何兆吉的《元代答失蛮神道碑的文献价值》（载于《回族研究》1999年第1期）一文认为，答失蛮神道碑是元代屈指可数的几通穆斯林家族碑之一，对于研究伊斯兰教的传入、发展等具有其他史料不能替代的文献价值。
各地伊斯兰教史研究，是中国伊斯兰教史研究的基础，内容最为丰富。伍贻业主编的《南京回族、伊斯兰教史稿》(南京市伊斯兰教协会2000年印），即是这方面的一部重要着作。全书约30万字，分“南京的回族”和“南京的伊斯兰教”上下篇。在“南京的伊斯兰教”，即下篇中对伊斯兰教群众团体、活动场所、文化刊物、宗教人士等进行了详尽的叙述、介绍。除着作外有关各-地伊斯兰教史的论文也较多，如米寿江的《扬州早期的穆斯林与伊斯兰教东传》(载于《世界宗教研究》1999年第2期），周传斌、陈波的《伊斯兰教传入西藏考》(载于《青海民族研究》2000年第2期）等文。
4.教派研究
这方面的研究，一直受到中国伊斯兰教研究界的重视。张中复（台湾）的《论研究中国伊斯兰门宦制度的民族学内涵与意义》（载于《回族研究》1999年第1期）一文认为在宗教民族学建构下中国伊斯兰教门宦制度今后的研究方向，应从历史文献学的溯源研究与历史现象的解释、宗教学对苏非主义教理与相关伊斯兰教义内涵的诠释、民族学对教权体系运作和社会文化变迁现象的归纳与分析三方面进行研究。高占福的《关于西道堂“大家庭组织”的调查与研究》(载于《甘肃民族研究》1999年第2期）一文在充分调查的基础上，对集体生活时期西道堂大家庭的组织结构、经济管理制度、经济生活具体分工、消费品供给制及婚丧制度等进行了有益的研究。王建平的《波斯苏非与中国塔利格的历史联系》（载于《回族研究》1999年第4期）一文根据零散的中文原始资料和研究材料，追溯了波斯苏非和中国苏非教团（即塔利格）之间的历史联系。郭长乐、马虎成、马志英的《甘肃伊斯兰教教派内部矛盾探析》(载于《甘肃民族研究》2000年第.2期）一文则从现实出发，对甘肃伊斯兰教教派内部矛盾增多的原因、教派内部矛盾的表现形式和特点进行了分析、探讨，并fe出了今后的工作思路和对策。陈波的《拉萨穆斯林群体调查》(载于《西北民族研究》2000年第1期）一文则在对拉萨穆斯林调查的基础上，根据宗教仪式、教民的来源和教法渊源的不同，将他们分成五部分，即小寺系统、大寺系统、格底目、西道堂、其他。
5.敎义教法研究
这方面的研究文章较多，代表性的有：
吴云贵的《伊斯兰教法的泛化、极化与工具化》（载于《世界宗教研究>2000年第4期）。该文认为，作为世界性的宗教，伊斯兰教在其历史进程中从未出现过一个明显的衰落时期，近代历史上的所谓伊斯兰教的“黑暗时期”，主要是指它的政治衰落。因此，所谓当代伊斯兰复兴实际上也就是为了复兴伊斯兰教的政治活力和社会活力。当代伊斯兰教法的泛化、极化和工具化三大趋势实际上与当代伊斯兰复兴运动是密切相关的。
马通的《教法学家与“圣训”》（载于《中国穆斯林》2000年第5期该文介绍了圣训传述者、圣训搜集者的情况，着重阐述了圣训与教法学家之间的紧密关系。
马明贤的《早期伊斯兰法的形成及其社会作用》（载于《西北民族学院学报》1999年第4期）。该文认为，伊斯兰教先知穆罕默德在麦加、麦地那23年宣教时期的《古兰经》、“圣训”立法是伊斯兰法发展的起点和初创启蒙时期Q这一立法的形成不但巩固和发展了当时“乌玛”社会确立的社会政治、经济秩序，并在其后政教合一的阿拉伯哈里发帝国中也发挥了巨大的社会作用。
6.清真寺研究
清真寺研究在中国伊斯兰教研究中也占有不可忽视的一席之地，而且研究文章还不少，比较具有份量的文章有：
李兴华的《清代回族清真寺的寺产问题》（载于《世界宗教研究》2000年第2期）。该文根据伊斯兰汉文碑文，就清代回族清真寺寺产问题，作了初步探讨。
马强的《兰州伊斯兰教寺院调查研究》（载于《回族研究》2年第4期）。该文在调查基础上，比较全面地介绍、论述了兰州市伊斯兰教的总体情况、清真寺历史沿革、寺院经济、经堂教育等。
忽雪峰的《浅论清真寺在回族文化传承中的作用》(载于（回族研究>2000年第2期）。该文认为，清真寺不仅是回族穆斯林宗教活动的场所，同时也具有经济、文化教育等方面的职能作用。
马生祥的《试析定州清真寺内的匾额和楹联》（载于《中国穆斯林》2000年第3期）。该文分析反映了定州清真寺内匾额、楹联中所包含的伊斯兰教义、教礼、纲常、伦理、历史和哲学思想等。
本文原载于《中国宗教年鉴（1999-2000)》，宗教文化出版社2001年11月版。
五十年来的甘肃伊斯兰教研究
新中国成立50年来的甘肃伊斯兰教研究，大体上可分为1949年10月至1966年和1979年至今两个阶段。第一阶段处于起步阶段，尚未形成专业研究队伍，主要学术活动是对信仰伊斯兰教的回、东乡、保安、撒拉、哈萨克等族的社会、历史、风俗、宗教、文化、语言等进行大规模实际调查，写出了“调查资料汇集”。在“汇集”中，对甘肃伊斯兰教的基本情况，做出了较为详尽的记述。另外，《甘肃文史资料选辑》在“文革”前共出5辑，刊登了大量民族宗教方面的文史资料，有关伊斯兰教的有《甘肃伊斯兰教的门宦》、《甘肃伊斯兰“新教派”的产生》、《临夏清真寺“海乙”制的建立及其变迁》、《我国伊斯兰教中的“哲赫林耶”门宦》等文章。这些成果在建国初期的甘肃民族宗教工作中起了积极作用，但从学术研究的角度看，则显得简单、粗糙，大多只是一些朴素的文字资料。但是，一些调查研究，如对伊斯兰教教派的调查，在当时还是搞得很细的，抢救了一些珍贵的资料，这为下一阶段的伊斯兰教研究奠定了一定的资料基础。1966年“文革”开始后，这种刚刚开始的好势头便被遏止，甘肃伊斯兰教研究基本上处于停顿状态。
第二阶段是在1978年中共十一届三中全会后开始的。1979年2月，中央在昆明召开全国宗教学研究规划会议，中国宗教学迎来了科学研究的春天。根据这次会议的精神，于1979年8月由新疆社会科学院主持召开了西北五省（区）伊斯兰教学术研究工作座谈会。甘肃、陕西、宁夏、青海和新疆的民族研究单位，以及中国社科院世界宗教研究所都派代表参加了这个座谈会。会议着重讨论了西北五省（区）今后几年的研究计划，如搜集、编写若干中国伊斯兰教史资料，以及十个信仰伊斯兰教民族的伊斯兰教简介，有计划地进行若干专题研究，并确定西北五省（区）轮流召开学术讨论会。五省(区）根据各自的情况，承担了研究课题。甘肃承担汇编地县志、报刊及调查报告中有关伊斯兰教资料等三种；两个民族（东乡、保安）的伊斯兰教简介；
教派门宦等三个专题研究。此后，西北五省（区）相继召开了5次伊斯兰教学术讨论会。1981年10月，由甘肃省民委和甘肃省民族研究所负责筹备，在兰州召开了西北五省（区）伊斯兰教学术讨论会，参加这次讨论会的代表共151人，收到论文、译文、资料和专着65篇（册），会后编辑出版了会议论文集《伊斯兰教在中国》。通过这次讨论会，进一步推动了甘肃省的伊斯兰教研究工作。此外，在银川（1980年11月）、西宁（1982年8月）、西安（1983年11月）和乌鲁木齐（1986年8月）先后召开的四次西北五省（区）伊斯兰教学术讨论会，都有甘肃省伊斯兰教研究人员参加。
学术交流(包括学术会议、学术访问等）的活跃与否，反映了一个研究领域的兴盛程度。甘肃伊斯兰教研究领域自20世纪80年代初复苏后，一直保持着旺盛的活力，各种各样的学术交流活动不断，几乎每年都有几次。虽然由西北五省（区）轮流召幵的伊斯兰教学术研讨会未再继续，但全国各地其他形式的伊斯兰教学术讨论会多了起来，如在北京召开的全国伊斯兰教学术讨论会（1987年8月）、中国伊斯兰教史研讨会（1990年9月），在西安召开的“伊斯兰教与西北地区现代化问题国际学术讨论会”（1991年10月），在福建泉州召开的“海上丝绸之路与伊斯兰文化国际学术会议”（1994年2月），在西安召开的“伊斯兰教文化研讨会”（1999年5月），在江苏南京召开的“再版仝译（古兰经）座谈会”(2000年9月）等。这些学术会议上，也都有甘肃伊斯兰教研究人员参加，与国内外同行进行了充分的学术交流。特别值得一提的是2000年8月，在兰州召开了“马通先生从事民族宗教研究五十年暨着作再版发行座谈会”。
这次会议由甘肃省民族研究所和宁夏人民出版社联合主持召开，有30余位从事民族宗教研究工作的专家、学者，以及部分民族宗教实际工作部门的领导同志参加。与会人员在发言中，充分肯定了马通在中国伊斯兰教及回族史研究方面所取得的突出成就，并对其所着《中国伊斯兰教派与门宦制度史略》、《中国伊斯兰教派门宦溯源》、《中国西北伊斯兰教的基本特征》三部着作的再版发行表示热烈祝贺。他们指出，马通是甘肃省伊斯兰教、回族史研究方面的专家，成果丰硕，在全国乃至世界上都很有影响，是甘肃民族宗教研究领域的代表人物；马通注重调查研究，始终调查研究，所以才能在研究工作中不断创新；马通的着作虽以甘肃、西北伊斯兰教和回族为主要对象，但影响却是广泛的、世界性的。会后，甘肃省民族研究所主办的《甘肃民族研究》于2000年第4期设专栏“祝贺马通先生从事民族宗教研究50年”，向外界传递了这次会议的信息。专栏发表了6篇文章，其中既有对这次会议进行综述的文章，也有从不同侧面反映马通治学、为人、育人等的文章。
除参加学术会议外，甘肃伊斯兰教学者还应邀前往美国、法国、吉尔吉斯斯坦、荷兰、阿尔及利亚、巴基斯坦、马来西亚、埃及等国，进行学术访问，美国、法国、德国、日本、吉尔吉斯斯坦、沙特、马来西亚、丹麦等国的伊斯兰教学者也纷纷来到甘肃考察，并与甘肃同行进行了学术交流。
随着学术交流的广泛开展，甘肃伊斯兰教研究队伍也初步形成。中共十一届三中全会以后，甘肃伊斯兰教研究的队伍，同社会科学研究的其他领域相比，无论从研究人员的数量、素质，还是研究机构的设置上，都还显得薄弱，但同历史上的任何一个时期相比，不能不说有了很大的发展。现在，由老一辈的学者，新中国成立后五六十年代培养的中年研究人员，八十年代以来培养的年青一代研究人员组成的多层次的梯形研究队伍已初步形成。甘肃省城兰州的一些大专院校、社科研究单位以及一些自治州、县都有了从事伊斯兰教研究的专业人员。此外，在甘肃各地还有不少业余研究人员，一直关注着伊斯兰教研究，整理、编写了一批伊斯兰教研究论文、资料及着作，是甘肃伊斯兰教研究队伍中的又一支重要力量。
近20年来，甘肃伊斯兰教研究承接20世纪80年代初启动的良好研究势头，稳步发展，成绩斐然，硕果累累，发表了大量学术论文、资料，出版了一批论着，研究领域不断拓展，全方位、宽领域、多层次的研究格局已经初步形成。在以下六个方面，更是有着长足的进农。
1.综合研究
综合研究是在综合、归纳的基础上成的，可以反映伊斯兰教研究的全貌。这方面的成果颇多，主要有：
《中国伊斯兰教百科全书》（四川辞书出版社1994年出版）。这本辞书为国家“七五”期间哲学社会科学重点研究项目之一，是我国编写的第一部全面、系统地介绍伊斯兰教基本知识的大型专科工具书。从1987年由西北民族学院西北民族研究所牵头，罗万寿、杨克礼、马通等甘肃伊斯兰教学者发起编写起，至1994年，曾三次修订框架体系，历时6年编纂成书。总主编由时任国务院宗教事务局副局长的宛耀宾担任，主编为杨克礼、罗万寿、马忠杰、杨宗山。该辞书共收录辞目3360条，洋洋200余万字，其条目以伊斯兰教基本知识体系为核心，兼收与伊斯兰教文化有密切关系的学科知识，由世界伊斯兰教和中国伊斯兰教两大部分组成，基本内容包括经训典籍、教义学说、教法制度、宗教功修、教派学派、中外人物、历史事项、《古兰经》人物及传说、组织团体、教职称谓、圣地寺院、陵墓碑铭、着作文献、文化教育、各国伊斯兰教、传播地区、穆斯林民族、节日礼俗等18类。这本辞书是以甘肃为主的全国伊斯兰教学术界集体智慧的结晶，是我国宗教学研究领域的一大成果。
《伊斯兰教在中国》（宁夏人民出版社1982年出版），甘肃省民族研究所编。该书是1981年西北五省（区）伊斯兰教学术讨论会（兰州会议）论文选集，涉及内容较广，主要为中国伊斯兰教的历史分期、伊斯兰教在中国的早期传播、伊斯兰教在回民起义中的作用、伊斯兰教汉文译着、杨增新和和新疆伊斯兰教、伊斯兰教在青海卡力岗藏族中的传播等。
《西北伊斯兰教研究》（甘肃民族出版社1985年出版），甘肃省民族研究所编。这也是一本综合研究性的论文集，主要辑录了20世纪80年代前期研究西北伊斯兰教较有代表性的论文，内容涉及中国伊斯兰教的三大教派、四大门宦及其40个支系的概况、中国伊斯兰教的历史分期问题、伊斯兰教法在中国穆斯林中的影响、明清之际中国伊斯兰教出现的新变化与新特点、伊斯兰教与回族、撒拉族、托茂人等的关系、中国伊斯兰教的教坊制度、我国对伊斯兰教研究的情况和问题等。
《中国西北伊斯兰教的基本特征》（兰州大学出版社1991年出版），马通着。本书是作者的一本综合研究论集，主要探讨了西北伊斯兰教的8个共有特征，教派门宦产生的历史背景、条件与类别，西北伊斯兰教中的什叶派遗迹，伊斯兰教对回族、东乡族的作用，甘宁青伊斯兰教着名经师，中国伊斯兰教研究的历程及前景，宗教制度改革及宗教研究与宗教工作的关系等。