首先，简犊学和敦煌学的交叉渗透，丰富了甘肃敦煌学研究的内涵。随着20世纪90年代敦煌悬泉置汉简的大规模面世，敦煌文献研究与数量巨大、内容丰富、学术价值极高的简犊研究紧密结合，成为甘肃敦煌学研究的一大亮点。诚如李并成先生所言：“敦煌学与简犊学是不同的两门学科领域，但就对于敦煌简犊（还应包括其周围疏勒河流域其他地区的简犊）的研究来讲，它既属于简犊学，又毫无疑问属于敦煌学。”（李并成《新世纪敦煌学发展的若干断想》，《敦煌研究》2002年第1期。）因此，缘于一种考古资料，无论从研究内容还是研究地域方面都拓宽了两门学科的视野，从而突出了甘肃敦煌学的独特性和地域性。如胡平生、张德芳编着的《敦煌悬泉汉简释粹》（上海古籍出版社，2001年），从简犊学角度注释出土文献，同时利用了敦煌学已有的研究成果，完善了该书的内容。张德芳《从悬泉汉简看两汉西域屯田及其意义》（《敦煌研究》2001年第3期），利用了敦煌出土简犊把敦煌学研究的时限上溯到了两汉时期。李重申、李小惠《丝绸之路汉代体育简犊研究》（《敦煌研究》2005年第3期），李重申、李金梅《甘肃放马滩“秦简”中的养生与体育符号》（《敦煌研究》2005年第6期），利用敦煌及丝绸之路沿线出土的简犊研究了更为广阔地域范围内的古代体育内容。郝树声《敦煌悬泉里程简地理考述》（《敦煌研究》2005年第6期），运用有关“里程”的简犊考述了敦煌学地理研究范畴的一些特殊问题。
其次，考古学和敦煌学的进一步结合，完善了甘肃敦煌学的研究体系。敦煌及周边地区不断考古发现的古墓葬，它们的时限可追溯至汉、晋、唐、五代宋初。墓室内丰富的壁画、砖雕画等绘画为敦煌艺术的研究补充了新内容。20世纪90年代已经开始进行的莫高窟北区石窟的考古挖掘，为全面认识和研究敦煌石窟的艺术背景和历史文化环境增加了更为可靠的依据。张宝玺主编的《嘉峪关酒泉魏晋十六国墓壁画》（甘肃美术出版社，2001年），《甘肃佛教石刻造像》（甘肃人民出版社，2001年），樊锦诗、赵声良着《灿烂佛宫：敦煌莫高窟考古大发现》（浙江文艺出版社，2004年），杜斗城、王书庆编着《敦煌与丝绸之路》（深圳海天出版社，2004年），公维章着《涅盘、净土的殿堂——敦煌莫高窟148窟研究》（民族出版社，2004年），等等。以上论着就是考古学与敦煌学结合研究的新成果。这些学者在使用多种研究方法时不局限在敦煌一地，而是以开阔的目光关注着整个河西地区乃至甘肃与全国。这种开放的视野完善了甘肃敦煌学的研究体系，从而能够更加全面深入地剖析敦煌莫高窟的形成和敦煌文化的内涵。
再次，民族学和敦煌学的继续融合，推动了少数民族历史文化的研究进程。藏经洞出土文书含有很多少数民族语言文字的文献。20世纪90年代，杨富学、邓浩等人已经依据这些资料对回鹘民族的宗教、历史、文献等方面作了一些研究。但是，我们看到和出土民族文献的总数相比较，利用的资料只是很小一部分，大部分的民族资料因语言文字的关系还未引起足够重视。进入21世纪以来，甘肃学者逐步加强了对少数民族的研究，并且形成系统的研究领域。如黄布凡、马德合编的《敦煌藏文吐蕃史文献译注》（甘肃教育出版社，2001年），对已经刊布的藏文文献进一步做了研究，包括对原文的翻译、注释，为早期吐蕃史的研究提供了较为系统的资料。另外，杨富学撰着的《中国北方民族历史文化论稿》（甘肃人民出版社，2001年）收录了作者对中国北方除回鹘之外的少数民族历史文化研究的学术论文27篇。杨富学着《回鹘文献与回鹘文化》（民族出版社，2003年），依托回鹘文献论述了回鹘民族的语文、宗教、文学和科技以及回鹘文化与周边民族的关系，是一部真正结合民族学研究方法和敦煌学研究的论着，极大地推动了敦煌学、回鹘史的研究。
尤为突出的是，敦煌学研究与计算机信息技术的有机结合，突破了传统的研究方法，开创了敦煌学研究的新时代。敦煌在甘肃，这种先天资源为甘肃在数字化研究方面走在世界前列提供了方便。20世纪90年代，敦煌研究院就在石窟保护方面与日本、美国分别签订协议，进行计算机存储壁画的研究项目。21世纪以来，这种合作继续进行，并取得较高成就。敦煌研究院保护研究所的学者对于壁画的虚拟复原、彩塑的漫游、图像数据的存储以及三位立体数字化技术等多个方面进行了研究，如华忠、鲁东明、潘云鹤《敦煌壁画虚拟复原及演变》（《中国图象图形学报》2002年第2期），《敦煌石窟彩塑漫游技术》（《计算机应用研究》2002年第6期），杜方、蒙应杰、赵书城《基于XML的敦煌图象数据存储的研究》（《计算机应用研究》2004年第1期），刘刚、张俊、刁常宇《敦煌莫高窟石窟三维数字化技术研究》（《敦煌研究》2005年第4期），李鸿恩《敦煌学资源信息数据库建设的理论与实践——以敦煌研究院DDIS为例》（《敦煌研究》2005年第6期）等。另外，从事文献图书管理的学者也试图进行文献信息化的研究，如卢秀文、邰惠莉、韩春平、江志学等人所作的努力。这些研究虽然还处于初级探索阶段，但已经显露出现代高科技研究方法在敦煌学研究进程中的巨大能量，相信不久的将来，计算机信息技术会不断改进完善，从而促进甘肃敦煌学研究的现代科技研究步伐。
（第四节）研究机构和人才队伍不断发展壮大
21世纪以来，甘肃敦煌学研究机构呈现出既有核心又有辅翼的多元化布局。敦煌研究院作为最重要的石窟研究保护基地，正在阔步前进。一方面更紧密地与国外相关机构加强保护研究的合作。2002年，与日本东京文化财研究所签订第四期中日合作研究保护莫高窟第194窟、第53窟合作协议，包括壁画修复、颜料分析以及数字化管理系统的完善等。2004年，与美国盖蒂保护研究所共同举办“丝绸之路古遗址保护——第二届石窟遗址国际学术讨论会”，商讨壁画保护、遗址和游客管理以及和壁画相关的科学研究。一方面积极争取对石窟的科学化和规范化保护与管理。1999年，为了验证《中国文物古迹保护准则》修订的权威性和可行性，中外专家合作制定《敦煌莫高窟保护与管理总体规划》。经过四年的努力，形成中国在国家权威准则的指导下的第一份遗址保护与管理总体规划，为进一步科学合理地保护研究敦煌石窟提供了理论指导。2003年3月甘肃省颁行《甘肃省敦煌莫高窟保护条例》，以专项立法的形式推动了甘肃文物保护事业迈上新台阶，同时也有助于全民树立新的文物保护理念。
兰州大学敦煌学研究所逐步成长为目前全球范围内最大的研究机构和培养人才最全面的教育单位。1998年，与敦煌研究院联合共建开始培养硕士、博士。1999年入选为教育部首批人文社会科学重点研究基地以来，更是表现出高校与科研机构合作的强大优势。2003年，人事部和全国博士后科研流动站管理协调委员会正式批准兰州大学敦煌学研究所设立中国第一个敦煌学博士后流动站。这一举措标志着甘肃省在培养敦煌学人才方面已经形成系统完善的规模，不仅可以培养出更高水平的学术人才，而且有利于相关学科间的交流与合作，将敦煌学研究进一步推向国际化。现任所长郑炳林如是说：“对于中国敦煌学人才培养和整个学科的建设发展来说，敦煌学博士后流动站的设立具有重要意义。”（《敦煌学辑刊》2003年第2期）
西北师范大学敦煌学研究所作为较早关注敦煌学研究的机构，经历了二十几年的发展后，也成为新世纪甘肃敦煌学研究的一支重要力量。该机构与甘肃省社会科学院、敦煌研究院、甘肃省文物考古研究所联合培养敦煌学人才，于2003年获得专门史（西北史）博士学位授予权，敦煌学为其重要方向之一。2005年又获得历史文献学博士学位授予权，敦煌学位列其中。同时，李并成、伏俊琏等学者为本科生开设《敦煌学概论》、《敦煌文学》等相关课程，在宣传敦煌学和培养人才方面也做出了积极而有效的工作。
除以上三家核心机构之外，其他高校和研究机构作为辅翼力量也为甘肃敦煌学研究的发展作出了突出贡献，如兰州理工大学丝绸之路研究所，兰州商学院敦煌商业文化研究所，天水师范学院、陇东学院、酒泉师范学校、甘肃教育学院、西北民族大学、甘肃省图书馆、甘肃省文物考古研究所、甘肃省社会科学院等。
研究队伍不断壮大，研究人员的年龄结构层次在这一时期也趋于合理化。根据甘肃敦煌学学会第三届理事会理事人员的名单，我们看到六十岁以上学者占有33％。这个比例比从前有大幅下降，说明甘肃敦煌学研究队伍趋向年轻化，尤其中年学者成为中流砥柱。青年学者的行列中，补充了很多高学历人员，提高了甘肃敦煌学研究队伍的学历层次。目前，老年学者继续发挥余热，中年学者笔耕不辍、帮带后进，青年学者勤奋耕耘、努力进取。我们坚信，21世纪的甘肃敦煌学研究发展道路将越走越宽广，使甘肃真正成为“敦煌学研究的基地”。
（颜廷亮徐晓卉）