敦煌学作为一门以地名学的新兴学科，在过去的一个世纪显示着独具特色的学术魅力。在世纪交替之际，全世界敦煌学者都在总结和思考敦煌学的发展，甘肃敦煌学学者也不例外。2000年是敦煌藏经洞发现百年纪念年，也成为敦煌学回顾过去、展望未来的一个重要时期。在兰州、敦煌两地举行国际性学术会议，学者们还发表大量学术论着，极大地推动了甘肃敦煌学研究的进展。
21世纪以来，甘肃敦煌学学者一如既往地默默耕耘在这片土地上，继续钻研，使甘肃省的敦煌学科建设依然保持着蓬勃发展的势头。据初步统计，2001-2005年，在甘肃省内举行的敦煌学术会议和相近的学术会议达12次之多，甘肃学者发表的论文约612篇，专着与论文集共70部。《敦煌研究》于2002年由原来的季刊改为双月刊，《敦煌学辑刊》于2005年由原来的半年刊改为季刊。总体而言，甘肃敦煌学研究呈现出一些基本特征：一是学术交流活动日趋频繁，方式更加多样；二是中青年学者厚积薄发，涌现出很多系列研究成果，显示出研究领域的拓宽加深；三是伴随国内外新资料的陆续公布和现代高科技手段的运用，研究方法不断改进、完善和创新；四是研究机构形成既有核心又有辅翼的多元化布局；五是人才培养更具规模化，自本科至博士都开设敦煌学课程，并设立博士后流动站；六是研究人员的年龄结构趋于合理，学历层次逐步提高。
（第一节）学术交流活动日趋频繁
自从2000年在兰州、敦煌举办大规模国际性学术会议以来，甘肃境内每年都有规模不等的学术交流会议，很大程度上促进了甘肃敦煌学研究向更好更高水平的发展。教育部人文社会科学重点研究基地兰州大学敦煌学研究所在2001年、2002年、2003年、2004年、2005年连续多次成功举办大型的敦煌学以及相关的国际性学术会议，内容涵盖了敦煌佛教艺术与文化、麦积山石窟艺术、丝绸之路佛教艺术、民族古文字与历史文化等等。同时还连续成功组织了海峡两岸丝绸之路学术考察活动，加强了两地青年学者的学术信息交流。此外，2002年9月，甘肃敦煌学学会与炳灵寺文物保护所在甘肃永靖县主办了“炳灵寺石窟学术研讨会”。2004年6月，敦煌研究院和美国盖蒂保护所在敦煌共同举办“丝绸之路古遗址保护——第二届石窟遗址国际学术讨会”。2004年8月，敦煌研究院在敦煌举办了“2004年石窟研究国际学术会议”，成为1987年石窟研究学术会议以后规模最大的一次石窟研究专题性国际会议。2005年8月，敦煌研究院联合上海东华大学以及上海市长宁区政府和中华全国纺织服装商会在敦煌举办了“中国服饰史研究与敦煌学”论坛。会议紧紧围绕敦煌服饰研究进行讨论，肯定了中国服饰史研究与敦煌学相结合的思路。2005年8月，甘肃敦煌学学会联合中共景泰县委、景泰县人民政府在景泰举办“景泰与丝绸之路历史文化”研讨会，会议代表多是活跃在敦煌学界的学者，他们以开阔的视野研究丝绸之路沿线的历史文化，对敦煌学研究有很大启发。
这一时期，内外交流的方式还表现在外部学者更多地前来甘肃讲学。兰州大学敦煌学研究所作为甘肃乃至全国重要的敦煌学人才培养基地，非常注意拓宽研究生的视野，经常邀请省外，包括港澳台地区和国外知名学者前来专门上课。曾先后邀请邓文宽、陈国灿、余太山、郝春文、赵和平、荣新江、宁强（美国）、张涌泉、ValerieHansen（美国）等国内外知名专家学者来兰州大学讲学、进行学术交流，很大程度上促进了甘肃敦煌学研究的国际性。
同时，甘肃学者也积极出外参加各种大型学术会议、举行学术讲座。2001年彭金章、殷光明、王惠民、杨富学赴新加坡参加“唐代佛教国际学术会议”，彭金章、刘进宝、郑炳林、伏俊琏、杨秀清赴台湾参加“21世纪敦煌学学术研讨会”，2002年樊锦诗考察西藏文物保护维修工程壁画修复项目，2004年樊锦诗、刘永增参加日本“数字化丝绸之路奈良国际学术讨论会”，郑炳林赴台参加“麦积山石窟艺术学术研讨会”，2005年赵声良、刘永增考察印度佛教艺术，李正宇赴台湾参加“传统东亚的家礼与国法国际研讨会”，郑炳林、李重申赴俄罗斯参加“敦煌学国际联络委员会扩大会议暨国际敦煌学座谈会”等等。以上仅是其中一小部分交流活动，另外还有许多人或者参加国内各地各种规模不等的学术会议和考察活动，或者作为访问学者出国研修，既是对甘肃敦煌学的宣传，也是积极吸取外部研究成果的契机，同样推动了甘肃敦煌学研究的发展。
（第二节）研究领域不断拓宽加深
兰州大学敦煌学研究所与敦煌研究院联合共建人才培养模式以来，甘肃境内的科研单位与高校纷纷联合进行人才培养和研究课题的交叉渗透，涌现出大量的研究成果。研究领域也在不断地拓宽加深，如历史地理、文学、艺术、石窟保护、宗教、语言文字、文化、学术史等等，某些研究成果已具有国际领先地位。
老年学者研究热情不减当年，继续推动着甘肃敦煌学研究的发展。如孙修身《敦煌与中西交通研究》（甘肃教育出版社，2001年），史苇湘《敦煌历史与莫高窟艺术研究》（甘肃教育出版社，2001年），齐陈骏《枳室史稿》（甘肃文化出版社，2005年），他们把自己平生的研究成果进行不断的修订和补充，在晚年时候汇总出版，为敦煌学的研究发挥着余热；颜廷亮《敦煌文化》（光明日报出版社，2000年），以高屋建瓴的眼光全面梳理了敦煌文化的结构体系及精神风貌，具有很强的前瞻性，谭禅雪对敦煌岁时佛俗的系统研究，李正宇、张鸿勋、施娉婷等人在文献和历史方面的研究，都在推进研究的不断深入；李永宁集中对王重民敦煌遗书的手稿研究，贺世哲、孙儒倜、孙修身、樊锦诗、刘玉权、李其琼等人发表的回忆性文章，为敦煌学史的研究提供了丰富资料，显示了老一辈学者孜孜不倦的奋斗精神。
同时，许多中青年学者经过多年的研究积累，开创并确立了自己在某一方面的学术地位，显示出甘肃敦煌学术水平的不同凡响。如高启安对于敦煌饮食文化的研究，王冀青对敦煌学史的研究，李并成对敦煌及西北史地、生态环境变迁的研究，伏俊琏对敦煌赋的研究，郑炳林对敦煌经济贸易、行政区划、星占相术的研究，杨富学对回鹘语言文字文化的研究，杨秀清对西汉金山国史的研究，王晶波对古代敦煌占相书的研究，卢秀文对妇女妆饰的研究，冯培红对归义军官制的研究，赵声良、刘永增、殷光明、公维章、沙武田对敦煌石窟的研究，李重申、李金梅对敦煌及河西体育的研究，曲直敏对敦煌文学典籍的研究，李鸿恩、卢秀文、邰惠莉对文献资料的信息化研究，党燕妮对敦煌地方民众的信仰研究，王志鹏对佛教文献的研究，以及敦煌研究院保护研究所的学者们对石窟保护的科技研究等。
老中青年学者的刻苦钻研促成了大量成果的涌现，推动甘肃敦煌学研究在前期的基础上不断拓宽加深：曾经取得的成就进一步提升，原来比较薄弱或者空白的领域正在因研究队伍的壮大而呈现日益显着的形势。
（第三节）研究方法不断创新改进
20世纪40年代，敦煌艺术研究所的成立，标志着甘肃敦煌学研究的正式开始。初期主要以石窟艺术为核心展开研究，对于文献偶有涉及。“文革”结束后的20年问，逐步形成以石窟艺术、文献、考古三大类为主的研究布局，研究方法以传统的二重证据法为主。进入21世纪以来，伴随国内外新资料的陆续公布和现代高科技手段的运用，研究方法也在不断更新完善和创新。