作为留美预备学校的清华学校向综合性大学方向的发展，也反映子自觉意识的增强。1925年，清华学校成立大学部，开始由一所留美预备学校向完全的综合性大学过渡，清华大学的“改革大潮”是和收回教育主权、争取教育自主和学术独立的运动相联系的。清华大学实行附属美国的殖民地教育，与教会学校一样，成为当时社会舆论抨击的对象。进入20年代，人们普遍认为国内高等教育已经逐渐发达，培养大学本科生“无须求诸外国”，派中青年出国，他们“不谙国情，且易丧失国性”。他们纷纷要求清华改为大学，独立自主地培养本国人才。清华学生也一直反抗美国人力图控制清华的局面，多次与校方作斗争，要求为教育而非为外交而办清华。这些指责与反抗，促进了清华学校的改革。1928年，清华正式改为国立清华大学，改属教育部。清华大学的升格与隶属关系的变更，是中国学术走向自主独立的重要标志，也反映了教育交流中我国自觉意识的增强及主体意识的提高。
抗日战争爆发后，全国共赴国难。一时期内，海外留学生包括留美生纷纷辍学归国。据1939年5月统计，留美学生减至1163人，比抗战前减少1／3。抗战期间，政府为了节省外汇而限制学生出国留学，1938年教育部制定《限制留学暂行办法》，导致出国留美人数急剧减少。1938年至1941年四年间，赴美留学人数总计仅有193人，还不及战前一年的赴美人数。抗战后期，国际形势有所好转，政府才放宽留学政策，赴美人数略有回升。但在1945年抗战胜利当年，仅有2人赴美，抗战期间，其他形式的教育交流也并未陷入停滞。如1943年，教育部派迭高校和中央研究院5名教师和研究人员和教育行政人员10名赴英美进行为期一年至一年半的考察。鉴于中国学术水平日益提高，一批学者在国际上影响的扩大，引起了美国方面的关注。1943年起美国国务院邀请几所著名大学各派一名教授到美国讲学。
值得一提的是，这期间，一些美国在华学者受到了日本人的干扰、拘禁，许多教会大学受到了冲击和破坏。一些美籍教员坚贞不屈以及他们坚持办学的精神是值得推崇的，如司徒雷登和葛利普都被日本人关押了好几年。
抗战胜利后，国民党政府与美国关系趋向密切，赴美留学人数激增。1946年554人赴美，占当年出国留学人数的75.89％。这种趋势一直持续到1949年，其间每年赴美人数均在1000人以上。
进入10年代以后，中国在交流中自觉意识逐步增强，收回教育权运动、教会大学向政府注册、抗战期间调整留学政策等就集中地反映了这一点。但自觉意识的增强是一个漫长的过程，并非一蹴而就的。如1924年美国颁布新移民法，对中国留学生规定的条件相当苛刻，北洋政府教育部愤而通电各省停止派遣官费留美生，以示报复。后来美国放宽对学生入境的限制，教育部的前述通令随之取消。这一事件反映了中国留学政策的异化，政府不能进行有理有力有节的斗争，简单地以停派留学生作为向某国要挟或报复的手段，从中看不出对待留学问题的自觉意识和主体性。这一阶段的交流仍是不平等的。如美国极力吸引留学生和努力开办教会大学等都反映丁它极力争夺对中国的教育控制权。
1949年10月1日，中华人民共和国宣告成立。美国不承认新生的人民共和国，对新中国实行遏制，联合一大批西方国家对中国进行政治孤立和经济封锁。1950年6月，朝鲜战争爆发，政治和意识形态上两国尖锐对立，美国成为中国的头号敌人，两个国家之间几乎中断了一切教育关系。
1951年11月，新中国教育部发出《关于各级教育行政机关及学校对外联系的指示》，指出各机关团体对外事项应遵照政务院发布的《对外关系应遵守的四项规定》，批评了有些学校“不遵守该项规定，径直对外联系的混乱现象”，并做出“严禁与尚未与我国建立外交关系的国家团体发生联系”。很显然，这些规定尤其是针对美国而言的。教育部还规定今后各级教育行政机构及学校一切对国外的联系，应报经其核办。
在这种背景下，1950年至1966年间，中国完全中断了向美国及其他大多数西方国家派遣留学生。但是，中国这期间接受了极少量的美国留学生。
建国初期，中国与美国之间存在一个中国留学人员的回归问题。据教育部不完全统计，1950年夏，尚在美国的中国留学生、教授和专门人才有3500余人。对科学技术相当落后的中国来说，这是一笔极其宝贵的人才资源。新中国为这批留学人员的回国做出了极大的努力。1949年12月政务院文化教育委员会决定成立以教育部长马叙伦为主任委员的“办理留学生回国事务委员会”。该委员会直属中央人民政府文化教育委员会，足见新中国把留学生回国工作当成一种高度自觉意识的国家行为。根据其任务，该委员会开展丁一系列卓有成效的活动。
国外留学人员在爱国主义精神的驱动下，积极发起“回国运动”。在许计华发动下，“留美中国科学工作者协会”（简称留美科协）在芝加哥宣告成立。留美科协成立后，会员迅速地发展到718人，1950年已有20多个学术小组，他们开展多项联络工作，积极为回国作准备。1950年留美科协在芝加哥召开大会，明确提出今后的工作重心是“一切为了回国去”。会议还通过了转交国内全国科学工作者的一封信，写道：“我们一致决心在短期内回国……投身建设新中国的高潮。”。许多科学家和留学生牺牲了个人利益，放弃了美国的高薪聘请和良好的科研条件，毅然回国。1950年2月，留美科协会员华罗庚在离美回国途中，发表了著名的《写给留美同学的公开信》，阐明了自己回国的坚定信念，也表达了众多海外留学人员的心声：“我们应当尽早回国去……为了我们伟大祖国的建设和发展而奋斗。”还有一部分留美科学家和学者，如钱学森、赵忠尧等冲破重重阻力回到祖国。50年代约有400名留美学生及学者相继回到祖国，以后还陆续有人回国。这批留学回国人员为祖国的科技和教育事业做出了重大的贡献。
应该承认，留美人员回国者只占其中一小部分，大多数仍滞留美国。其中少数留学生有不信任新生的人民政权的原因，但最重要的原因是美国政府采取硬性的阻挠政策。美国政府敌视新中国，宣称不让数干名受过高科技训练的中国学生回国。但在此前曾有一个历史插曲。
1950年秋，美国官方一度认为与其阻止中国学生回国，还不如鼓励他们返回，把美国的自由民主思想带入，以逐渐实现“演变”。为此，美国国务院曾委托印度大使馆为媒介，遣送数批共计300多名中国学生回国。很快，美国政府感到这种做法的失策，加之1951年朝鲜战争爆发，美国政府于是绝对禁止中国留美学生离美，并通过法令，强迫中国留学生限期居留美国。另一方面，美国移民局、国务院和就业部门出台一系列优抚中国留学生的政策和措施，极力截留大批留学生。
中国政府对此进行了抗议和斗争。1955年9月，中美两国日内瓦大使级会议上就双方的侨民回归达成厂协议，在此之前，美国政府也正式宣布取消禁止中国学生回国的禁令，但事实上仍以各种方式阻挠中国学生回国。50年代后期，最后一批愿意回国的留学人员陆续回归，此后中美两国间的教育交流便陷入长达十余年的停滞状态，派遣留学生和留学生回归成为二十多年以后的事情。
美国所办的教会大学的接管问题，又一次作为收回教育主权运动提到了议事日程。1950年底中国开始了教会大学的大规模接办。教育部根据政务院发布的有关精神，在1951年1月发出《关于处理接受美国津贴的教会学校及其他教育机关的指示》，要求各地做好关于教育主权的工作，接着召开处理接受外国津贴高等学校会议，拟订了处理方案。截止到1951年底，所有教会大学都自政府接办，有的改为公立，有的仍维持私立，政府予以补助。在1952年院系调整中，这些教会大学校名全部撤销，或并入他校，或改变校名，全部由国家接办，一律公立。至此，高等教育主权全部收回，原来的教会大学与美国的联系也就完全中断了。