元气自然论宇宙观是王充哲学思想的最精彩之处。王充继承并发展了战国时的元气说，认为所谓元气，是一种充塞天地之间的、与云雾相似的物质实体，自然界万物生成变化都是元气聚散的结果。王充说：“天之行也，施气自然也。施气则物自生，非故施气以生物也。”元气自然论标志着先秦朴素唯物主义思想的一次飞跃。
在此基础上。王充利用当时的生理学等知识，深入探讨了精神与形体的相互关系，认为世间不存在离开形体的精神。“天下无独燃之火，世间安得有无体独知之精？”所谓鬼“非人死精神为之也，皆人思念存想之所致也”，系统地清算了神学。
在认识论方面，王充强调人的知识只能通过感官和外界接触得来，人“不能生知，须任耳目以定情实”。除感性经验外，王充也重视理性思维。他把理性思维的作用归结为“诠订”感性认识的错误。“信闻见于外，不诠订于内，是用耳目论，不以心意议也。夫以耳目论，则以虚象为言，虚象效，则以实事为非。是故是非者，不徒耳目，必开心意”。他还提出用“效验”作为检验真理的标准，“事莫明于有效，论莫定于有证”。此外，王充在认识论方面还特别强调学用一致，“凡贵通者，贵其能用之也。”
在社会历史观方面，王充肯定历史是不断向前发展的，反对厚古薄今。不过他又认为国家治乱、个人穷通都是由无法解释的“命”所决定。“命，吉凶之主也，自然之道，适偶之数。”他还相信贤愚不肖皆取决于骨相，反映出他的唯物主义思想的不彻底性。
但总的来说，王充无疑是中国思想史上杰出的唯物主义者之一。明末王夫之一再称道王充的哲学命题“得理”。近代章炳麟更以王充为汉代一人：“汉得一人，足以振耻。”
（第三节）魏晋隋唐时期佛、道、儒三家并进
东汉灭亡后，中国的历史进入了长达300多年的大分裂时期，到了隋唐时期始告结束。西汉董仲舒加工的儒学失去了“独尊”的特殊地位。长期的军阀混战，民族政权林立，朝代革易，各民族的统治者按照他们的要求，除了继续提倡尊孔读经外，还大倡佛道二教，在思想统治领域内，以佛、儒、道三家分享其地盘。
继东汉之后的魏晋，出现了甚嚣一时的所谓“玄学”。一些士大夫用先秦老、庄的唯心主义思想来注释儒家的《易》和其他经典。（《老子》、《庄子》、《周易》在当时并称“三玄”，是玄学家清谈的主要话题。）论述事物存在的本末，有和无的关系，名教与自然的关系等一些理论问题。如何晏（190-249年）、王弼（226-249年）就认为虚无的“道”或“无”是产生万物的“宗主”。“有”是从“无”中产生的。自然为“本”，名教为“末”，儒家名教出于自然。这些玄妙的虚妄之谈，当然是糅合儒道而形成的一种唯心主义思想体系。向秀（约227－272年）、郭象（252－312年）在政治上不但不批判专制主义的统治，不反对豪强地主武断乡曲，渔肉人民，反而认为君臣上下，富贵贫贱等封建秩序，都是“天理自然”。他们说：“以小求大，理终不得，各安其分，则大小俱足”。要求人们任其自然发展，不应干涉和强求。这就是说要君主实行“无为”，实际上是为豪强地主搞封建割据提供理论依据，是士族门阀田庄经济基础的反映。
然而，玄学家主张“贵无”，一切听其自然，他们在为豪强势力服务上必然也要产生互相攻击的宗派主义。如当司马氏篡夺曹魏政权建立西晋时，嵇康（223-262年）、阮籍（210-263年）等就对司马氏不满。当司马氏在诛除异己、大杀“名士”的同时，又利用儒学、标榜名教、重用为之效劳的“名士”时，他们就大肆攻击。说儒学名教不是出于自然，而是与自然对立的。从而主张“越名教而任自然”，“崇简易之政，御无为之治”，“非汤武而薄周孔”。还说名教礼法是“乱危死亡之术”。而那些“惟法是修，惟礼是克”的名士，就好像裤裆里的虱子，惟行不敢离缝际，动不敢出裈裆”，都是一些“上欲图三公，下不失九州牧”的利禄之徒。他们站在地主阶级中的一个政治派别的立场上，对儒家礼法名教进行批判，指出其虚伪和反动，应当说具有一定的进步意义。
总之，尽管玄学家主观上是为门阀统治寻找理论根据，但玄学只停留在哲学上的洞察和辨析，没有完成如何转变成对制度和社会的认识的任务，相反再一次追求主观消解。然而，它客观上却是对两汉以来传统统治思想的冲击和挑战，因而在一定程度上有解放思想的作用。而且，魏晋玄学富于思辨，有些思想对后世的音乐、美术、诗歌等的理论具有一定的启迪作用。
当玄学兴起之时，早已传人我国的佛教也活跃起来了。佛教宣扬人死后灵魂不死，可以转生来世，如果今生忍受痛苦，虔诚信佛，把财产尽量施给佛寺，死后就可以升天堂，来世可得幸福。东晋十六国和南北朝时期，人民受尽统治阶级的剥削和压迫，长期战乱又饱受灾难而无力解脱痛苦，就为宗教的传播发展创造了土壤。由于这样的社会条件，加上统治阶级的大力提倡，于是佛教就大肆发展起来了。虽经北魏太武帝拓跋焘和北周武帝宇文邕的两度毁佛和齐梁时范缜等人的批判，但作为思想统治的辅助工具，佛教几经改造，在我国一直广泛流行。
与此同时，国产原始道教经改造加工后，也成了为统治阶级服务的工具。
从东晋十六国到隋唐时期，在思想统治领域形成了儒、佛、道三家。三家之间为争夺正统地位有时闹得十分激烈。然而，三家之间不是截然对立、互相隔绝的，也有融会。玄学家除少数名士站在不同派别的立场上反对儒学外，一般不反儒学。他们也信佛。至于他们和道教，因为同尊老子为一宗，所以也没有什么矛盾。当然，有些高僧也研究玄理。佛教的魅力在当时的情况下还是比较大的，尤其是为适应中国统治阶级的需要，经过一些高僧们不断地从儒学中吸取营养而加以改造后，往往还占据统治地位。如南朝的粱武帝萧衍，曾把它定为国教，为了愚弄人民，他还三次舍身同泰寺。至于北朝的寺院与僧尼那就更多了，耗费的人力财力不计其数。寺院到处侵夺细民，广占田宅，剥削压榨劳动人民的程度超过一般世俗地主阶级。
唐统一后尊道教为首，因为统治者把道教自封的教主李耳当作他们的宗祖来崇拜。武则天称帝后，为了反对李唐就大肆提倡佛教，所以佛教在此以后确实盛行起来。由于南北朝时期的南北对立和一些高僧们对佛教教义的解释不同，在唐王朝里，佛教出现了许多派别。在诸派中较有影响的为天台宗、法相宗、华严宗和禅宗。天台宗以智顗（538-598年）为代表，他们宣扬的是一切“皆由心生”，是主观唯心主义。法相宗以玄奘（600-664年）为代表，他们宣扬的是“万法唯识”，“心外无法”，“识”就是精神的本体，万物由它而幻化，也是主观唯心主义。华严宗以法藏（643-712年）为代表，他们宣扬的是“尘是心缘，心为尘因，因缘和合，幻相方生”，即客观世界要依靠他们的主观世界而存在的主观唯心主义。禅宗产生略晚一些，禅就是静坐沉思，是佛教修养的方法之一。据说是北魏时印度人达摩创立的，武则天时分为南北二宗，出现了两个传人，他们各自代表南北二宗。一个叫神秀（606－706年），代表北宗；一个叫慧能（638－713年），代表南宗。他们各自把自己的宗旨归纳为四句偈（ji，佛教中的唱词）。神秀说：“身是菩提树，心如明镜台，时时勤拂拭，勿使惹尘埃。”就是说通过苦修苦炼，排除杂念，然后才能成佛。由于他主张“渐修”，所以其宗派也称“惭宗”。慧能说：“菩提本无树，明镜亦非台，本来无一物，何处惹尘埃。”认为佛就在心内，不在心外，只要净心、自悟，不必苦修苦炼，就可以顿时成佛。这就叫“顿悟”，其宗派亦被称为“顿宗”。两派相互对立，其实都是唯心主义，只不过一个是客观唯心主义，一个是主观唯心主义而已。就慧能的主观唯心主义这一派而论，是一种简易的速成之法，对深受压迫剥削之苦而又没有文化的广大劳动者而言，其欺骗性极大。对贵族官僚、地主豪强们而言，这种廉价进入天堂的方法，既可以使劳动人民在面对其恣意压榨之时消除斗志，同时自己还可以得到解脱，自然非常合他们的口味。因此，南宗终于战胜北宗，得到广泛流传。到了唐朝的中后期，几乎垄断佛坛，占据绝对优势，影响极其深远。惠能语录被敬奉为《六祖坛经》。
即使如此，李唐的统治者在实际执政时仍继承两汉以来的传统，提倡尊孔读经，维护儒家的纲常名教。特别推崇“君权神授”的信条，对君权是不允许有任何怀疑的。唐太宗为了巩固李唐的统治，在强化传统的纲常名教方面，采取过许多具体措施。他曾召集大批学者名士，对《诗经》、《尚书》、《礼记》、《周易》和《春秋》五部儒学经书，重新整理并作出统一的解释，撰成《五经正义》作为科举取士的依据。凡科举考试都以《正义》的解释为标准。
然而，一切封建统治者，包括像李世民这样的人，在处理具体政治问题时，并不拘泥于所谓的纲常名教，而使自己的手足被束缚，他自己杀兄逼父夺取王位就是一个例子。
（第四节）宋明理学的形成和演变
儒家学说经过唐王朝前期的恢复、整顿和利用之后，其“正统”地位比之魏晋南北朝时期有了一定的上升。佛、道二教的地位自唐中叶以后逐渐下降，特别是唐武宗灭佛给了佛教沉重的打击。而儒家纲常名教的宣传则一步一步地加强。韩愈（768-824年）就主张灭佛，公开地与佛教争“道统”。为了维护封建伦理纲常，巩固地主阶级的根本利益，韩愈、李翱等人奋起重振儒学。他们在试图建立新的儒家思想体系的过程中，不同程度地吸收佛理，为儒学开辟蹊径，成为先秦、两汉儒学过渡到宋明理学的桥梁。
中国封建社会经过唐代高度发展之后，到了宋以后开始逐渐走向衰落。佛、道二教的社会职能也随之削弱，随着时代的发展，农民战争提出了“等贵贱，均贫富”的要求，儒家学说的一套老教条也愈来愈不灵，时代要求它必须调整变革，代之而起的便是宋明理学。
宋代，儒家学者研究经书大都不顾旧有的传注，抛弃了旧有的章句、义疏。他们多直接从经书原文义理性命入手，因此被称为“性理之学”，简称“理学”。由于这种理学是由孔孟的道统继承而来的，所以也称为“道学”。它是把佛教和道教的某些思想渗透到儒家哲学中以后出现的一种新的儒学。形成了儒家学说演变长河中的又一高潮。
理学的开山祖师为周敦颐（1017-1073年），湖南道州人，因家在濂溪，人称濂溪先生。有《太极图说》和《通书》两部名着。
首先，他认为宇宙起源于“太极”，太极的动、静产生阴阳，阴阳再派生出金木水火土五种物质元素（即五行或五气）。它们之间的互相推移转换就形成人和物。这本来和道家思想有些类似，具有朴素的辩证法因素，但他所说的“太极”并不是物质，而是一种精神，所谓“太极本无极”，“有生于无”。可见，其宇宙观是客观唯心主义，为理学的宇宙观奠定了基础。
其次，他提出了与宇宙太极相对应的以“纯粹至善”之“诚”为核心的人极。为了保证封建伦理道德的神圣不可侵犯，他要求人们“纯心”、“慎动”、“主静”、“无欲”。这些主张开了后学“存天理，灭人欲”之先河。
宋明理学分为程朱理学和陆王心学两个派别。
一、程朱理学
程朱理学的正式形成以程颢、程颐二兄弟的学说产生为标志。程颢（1032－1085年），字伯淳，世称明道先生；程颐（1033－1107年），字正叔，世称伊川先生。河南（今河南洛阳市）人。着作合编为《河南程氏遗书》等，今有二程集流传。二程都是周敦颐的学生。他们把老师的“太极”说发展、演变成为“理”或“天理”。二程提出“天下只是一个理”的命题。认为阴阳二气、五行只是“理”创生天地万物的材料。“理”是永远存在的，是天下万事万物都要遵循的普遍准则。任何事物都是由“理”产生的，同时又是“理”的体现。“一物之理，即万物之理”。“理”正式作为哲学范畴使用。可见二程所讲的理也是一种客观唯心主义的宇宙观。
二程的这样一个囊括天地万物的“理”，其要害就在于用精神世界去支配物质世界，把宇宙的自然世界道德化、人格化。把一切封建伦理道德都说成“天理”。所谓“君道”、“臣道”、“父道”和“子道”等伦理规范，都是“天理”的体现，并且是永远存在而不变的。他们从儒学的纲常名教行将崩溃的形势出发，提出“灭私欲，则天理明”，“饿死事极小，失节事极大”等拯救封建伦理道德的命题。他们强调“知先于行”，要求人们修身养性，省悟头脑中固有的“天理”，恪守封建伦理道德，不要去危害“天理”。用所谓“天理”去屠杀人民，统治人民，为逐步走向衰落的封建社会效劳，这就是“理学”的实质。
朱熹（1130－1200年），是“理学”的集大成者。他字元晦，又字仲晦，号晦庵，祖籍徽州婺源（今属江西），生于建州尤溪县（今福建尤溪县），故其学派被称为“闽学”。受业于二程弟子杨时的门人，从小就研讨理学。他博览群书，精心钻研儒家的伦理道德及其当时有关的自然科学。他继承和发展了二程的思想并利用了北宋唯物主义思想家张载关于“气”的学说，建立了客观唯心主义的思想体系。朱熹被认为是中国古代仅次于孔、孟的儒家学者。着作被后人辑为《朱子遗书》、《朱子大全集》、《朱子语类》等多种。
朱熹认为：“天下未有无理之气，亦未有无气之理”。即“理”与“气”是同时存在、密切融合而不可分离的。但他又认为“理”是宇宙万物生成的本源，而“气”则是万物组成的材料。“理也者，形而上之道也，生物之本也。气也者，形而下之器也，生物之具也。是以人物之生，必禀此理，然后有性；必禀此气，然后有形”。“有是理便有是气，但理是本”。偷来唯物主义的概念来弥补唯心主义的漏洞。所以这种唯心主义就显得更加隐晦了。
朱熹把世界上万事万物的差异性与封建社会的等级制度联系起来，同等看待。既然世界上的万事万物都有差异，那么人世间的君臣、父子、夫妻之间当然也有其差异。他说：“三纲之要，五常之本，人伦天地之至，无所逃于天地之间”。而且还进一步指出“未有君臣已有君臣之理；未有父子已先有父子之理”。替孔、孟的“三纲五常”之说披上了客观唯心主义的哲学外衣，这就是两宋程朱理学的特征。所以，理学实际上是“天理学”。他们认为人性中的天地之性是善的，之所以气质之性中有不善的表现，是因为被欲望蒙蔽了，所以要“存天理，灭人欲”，就是要人们从思想上绝对遵守儒家的“三纲五常”，绝不允许违背。违背的就是“人欲”，“人欲”就要消灭。所以后来有人批评程朱理学是“以理杀人”之学，确实是击中了要害。