少府，掌山林池海的税收和宫廷事务，其下有尚书、符节、太医、太官、乐府、中书谒者、黄门、钩盾、尚方、御府、永巷、宦者诸令及上林十池监。
除九卿之外，诸卿中较为重要的有：
中尉，武帝时更名执金吾，掌京师卫戍部队北军，其下有中垒、屯骑、步兵、越骑、长水、胡骑、射声、虎贲等八校尉和武库、都船诸令。
将作少府，汉景帝时更名为将作大匠，掌修建宫室陵庙，其下有石库令、东园主章令以及左右前后中五校诸令。
典属国，掌民族事务，其下有九译令。
此外还有掌京师城门的城门校尉，掌皇帝御用车马的奉车都尉和驸马都尉，掌太子事务的太子太傅、太子少傅和詹事，掌皇后、皇太后事务的大长秋和长信詹事等官。
诸卿的官署称寺，寺下设台、署。台、署长官称令、长。卿、令、长的副职称丞。
中央常备军南北军平时统之于卫尉、中尉等官。战时，抽调南北军、郡国兵再加上召募人员组成出征军，由大将军、骠骑将军、车骑将军、前将军、后将军、左将军、右将军以及其他各号将军统率。将军的参谋部叫“幕府”，成员有长史、司马等。
东汉以后，国家行政事务逐渐集中到尚书台，到隋唐便形成了以尚书省六部为主体的中央行政体制。
西汉末年，尚书台设三公、常侍、二千石、民、客等五曹。东汉改西汉尚书五曹为三公、吏部、民、客、二千石、中都官等六曹。三公曹掌考核；吏部曹掌选官和祭祀；民曹掌百工盐池园苑事；客曹掌民族事务；二千石曹掌司法；中都官曹掌治安。每曹设尚书一人、侍郎六人、令史三人。曹魏时改六曹为吏部、左民、客曹、五兵、度支五尚书。西晋复改为六曹尚书，计有吏部、殿中、五兵、田曹、度支和左民。南北朝仍设六尚书，但名称和排列顺序略有不同，南朝设吏部、度支、左民、都官、五官、祠部六尚书，北朝的北齐设吏部、殿中、祠部、五兵、都官、度支六尚书。北周则仿《周礼》设天官冢宰、地官司徒、春官宗伯、夏官司马、秋官司寇、冬官司空。隋朝改天官为吏部尚书；改地官为度支尚书，后又改为民部尚书；改春官为礼部尚书；改夏官为兵部尚书；改秋官为都官尚书，后又改为刑部尚书；改冬官为工部尚书。六部尚书分统吏部、主爵等二十四司侍郎。唐朝改民部为户部，改侍郎为尚书副职，各司长官改称郎中、员外郎，司内主要官员还有主事、令史等。六部各司职掌是：
吏部，掌文官选授和文武百官的考核赏罚。其下设吏部司，掌文官选授；司封司，掌爵位、诰命的封赠；司勋司，掌勋官、散官的授予；考功司，掌文武官员的考核。
户部，掌土地、人口和财政。其下设户部司，掌户口、土地和赋役；度支司，掌财政开支；金部司，掌国库出纳和市易；仓部司，掌仓储。
礼部，掌礼仪祭祀和科举学校。其下设礼部司，掌礼乐、学校；祠部司，掌祭祀天文；膳部司，掌陵庙享祭和诸司膳食；主客司，掌礼宾。
兵部，掌武官选授、军资器械、地图、驿传、厩牧等。其下有兵部司，掌武官选授和考核；职方司，掌地图和城池堡寨等军事工程的规划；驾部司，掌驿传、厩牧；库部司，掌兵器和仪仗的保管。
刑部，掌司法。其下有刑部司，掌编纂法律、复核案件；都官司，掌狱囚刑徒；比部司，掌审查天下诸衙门的财政收支；司门司，掌京师和天下关隘门禁。
工部，掌农林水利、工程营造和工匠管理。其下有工部司，掌工程营造和工匠管理；屯田司，掌屯田、职田和公廨田；虞部司，掌山林池泽；水部司，掌水利水运。
中央行政权力集中到六部，势必引起其他行政机构的变化。首先是秦汉诸卿权力地位的下降，变成了单纯的事务官。北齐时改九卿为九寺卿，九寺名称大致依旧而权力大为削弱。以唐朝为例。太常寺，掌礼仪祭祀；光禄寺，掌宫廷饮食宴会；卫尉寺，掌兵器和起居用具的保管；宗正寺，掌宗室名籍；太仆寺，掌车马厩牧；大理寺，掌司法；鸿胪寺，掌礼宾和丧事；司农寺，掌粮食储备和皇家苑囿；太府寺，掌国库、市易。各寺正副长官称卿和少卿，寺下设署、监，署监正副长官或称令、丞，或称监、副监。秦汉时，九卿级别中二千石，高于六百石的尚书。魏晋南北朝时，九卿和尚书级别相当，均为三品。唐代，尚书正三品，寺卿从三品，尚书略高于寺卿。
其次，出现了监、省等行政机构。自魏晋设秘书监、殿中监之后，历朝陆续增设监、省，到唐代演变为五监三省。五监即掌学校的国子监，设有祭酒、司业、博士、助教等官；掌宫廷手工制作的少府监，设监、少监；掌宫廷土木工程的将作监，设大监、少监；掌兵器制作的军器监，设监、少监；掌水利的都水监，设都水使者二人。三省是秘书省、殿中省和内侍省。秘书省亦称兰台、麟台，掌经籍图书，设监、少监，下辖着作局和司天台。天宝以后，司天台脱离秘书省，成为专掌天文历法的独立机构。殿中省，掌宫廷服饰器具，设监、少监。内侍省掌内廷事务，设监、少监、内侍、内常侍、内给事等官。内侍省的独立使国家行政机构和宫廷事务机构截然分开，事权分明，标志着封建地主阶级在政权组织方面的成熟。
此外，唐代属于宫廷系统的机构还有掌太子事务的太子三师三少、詹事府詹事、左右春坊庶子、左右率府率等东宫官；掌诸王事务的傅、参军、长史、司马、王国令等王府官；掌公主事务的公主邑司令、丞等官。
在国家行政机构和宫廷事务机构分离的同时，军事指挥机构也发生了变化。魏晋时，宿卫军由中领将军和中护将军统率，其下设七军五校。七军是左卫、右卫、前军、后军、左军、右军、骁骑，每军设将军一人。五校是指屯骑、越骑、步兵、长水、射声等五校尉。七军五校负责侍卫皇帝，卫戍京师，出征讨伐。魏晋时，大将军以下诸号将军大多成为荣誉性职位，握有出征军、驻屯军兵权的是带有都督头衔的将军。
南北朝承袭魏晋而又略有改变。例如北齐设领军府和护军府，分统禁卫军和京师卫戍部队。北周实行府兵制，以六柱国十二大将军“分掌禁旅，当爪牙御侮之寄”。隋朝形成了左、右卫等十二个卫府。唐初演变为十六卫。每卫设上将军一人、大将军一人、将军二人，其下有长史、参军、都尉、中郎将、校尉、旅帅等官。各卫职掌分别是，左右卫、左右骁卫、左右武卫、左右威卫、左右领军卫等十卫“掌宫禁宿卫”；左右金吾卫“掌宫中、京城巡警”；左右监门卫“掌诸门禁卫及门籍”；左右千牛卫“掌侍卫及供御兵仗”。十六卫中前十二卫分统全国的六百多个折冲府。府设折冲都尉、果毅都尉、别将等官。府兵轮流到京师值勤，叫做“番上”，遇有战争，从各卫点将，各府点兵，组成出征军。出征军统帅称行军总管。
高宗时，府兵制日趋瓦解，造成各卫兵力不足。于是，陆续设立了禁军十军。肃宗即位时，以左右羽林军、左右龙武军和左右神武军为北衙六军。后来，又陆续增设左右神策军和左右神威军。代宗以后，神策军兵力雄厚，冠于诸军，遂取代左右羽林军而为北衙诸军之首，与左右神武军、左右龙武军合称六军。诸军各设大将军、将军、长史、录事、参军等官。唯有左右神策军分别增设护军中尉、中护军各一人，由宦官充任。神武军遂成为宦官挟制天子、专擅朝政的工具。唐中叶以后，出征军的统帅大多称都统、招讨使。如以亲王等显贵出任统帅，则称元帅或天下兵马大元帅。而以宿将出任副元帅。
宋元明清各朝均实行以六部为主体的中央行政体制，但又各有各的特点。
宋代由于实行“名与实分”的办法，“台、省、寺、监，官无定员，无专职，悉皆出入分莅庶务。故三省、六曹、二十四司，类以他官主判，虽有正官，非别敕不治本司事，事之所寄，十亡二三。”办事或仍用六部、翰林院等原有机构，或设立新的机构。新机构中较为重要的有掌传达章奏文书的通进司、银台司、进奏院和登闻检院；掌官吏选授考核的审官院、考课院、差遣院和官告院；掌刑律的审刑院；掌监修国史的国史实录院；掌宫廷事务的宣徽院、入内内侍省和内侍省等。
宋代虽设左右卫等十二卫大将军、将军，但不领兵马，统称为“环卫官”，统率禁军的是殿前“三衙”。三衙即殿前司、侍卫亲军马军司和侍卫亲军步军司。三衙互不统辖，各设都指挥使、副都指挥使、都虞侯等官。掌皇城警卫的是皇城司，设干当官七人。出征军的统帅有宣抚使、制置使、招讨使、都统制、统制、统领等名号。
辽代实行“因俗而治”，国家机构分北面官和南面官。“北面治宫帐、部族、属国之政，南面治汉人州县、租赋、军马之事。”南面官仿唐制，设三师、三公、三省、六部。北面官仿宋制，北、南二宰相府为中枢机构，重要的行政部门有：掌军事的契丹北枢密院；掌文官选授的契丹南枢密院；分掌财政民政的北、南大王院；分掌宫廷百工事务的宣徽北院和宣徽南院；掌司法的夷离毕院；掌宫廷生活事务的着帐郎君院；掌侍从护卫皇帝的侍卫司、北护卫府、南护卫府等。军事指挥机构有天下兵马大元帅府、大元帅府、都元帅府、便宜从事府、大详稳司、大将军府、护军司、卫军司以及诸路兵马统署司等。
金代基本仿宋制，但扩大了六部的权力，撤销了六部之下的司，精简了机构。元代虽废除了宋朝“名与实分”的办法，但保留了一些宋代的官署和官名。同时还新设立了一些机构，如掌驿递的通政院，掌佛教和西藏事务的宣政院。元代统率禁军的是四怯薛的怯薛长和各亲军卫指挥使，出征军则由行省、行枢密院节制。
明代对中央行政机构做了较大的调整，史称“明官制，沿汉、唐之旧而损益之”。首先，调整了六部的下属机构。吏、礼、兵、工四部之下仍设四司，但名称和唐宋略有不同。吏部设文选、验封、稽勋、考功四清吏司。礼部设仪制、祠祭、主客、精膳四清吏司。兵部设武选、职方、车驾、武库四清吏司。工部设营缮、虞衡、都水、屯田四清吏司。户、刑二部则分设浙江、江西、湖广、福建、山东、山西、河南、陕西、四川、广东、广西、云南、贵州等十三清吏司，分掌十三行省和中央各衙门的财政和司法。其次，新设了一批机构，如掌传达章奏文书的通政司；掌印信符节的尚宝司；掌出使的行人司；掌天文历法的钦天监；掌医药的太医院；掌宫廷事务的司礼监等“二十四衙门”。最后，翰林院不再负责起草机密诏令，只负责修史和礼仪性的制诰等文翰之事。翰林院设翰林学士、侍读学士、侍讲学士、侍读、侍讲、修撰、编修、检讨等官，统称为翰林官。翰林官虽无多大实权，但由于接近皇帝，再加上明代大学士大多是翰林出身，所以，翰林院仍是极受重视的“清要之地”和“储才之所”。
明代中央官制中还有大小九卿之称。大九卿指六部尚书加上都察院左都御史、大理寺卿和通政使。小九卿指太常寺卿、太仆寺卿、光禄寺卿、詹事、翰林学士、鸿胪寺卿、国子祭酒、苑马寺卿和尚宝司卿。
明代的禁卫军是锦衣卫等亲军上直卫，由带“领侍卫”头衔的勋臣掌管，其余京内外都司卫所分统于前、后、左、右、中五军都督府，每府设左右都督、同知、佥事等。都司设都指挥使、同知、佥事等。卫设指挥使、同知、佥事等。卫之下有千户、副千户、镇抚、百户等。出征军统之于将军、总兵。由于卫所士兵逃亡严重，明中叶组建京营卫戍京师。京营即五军营、三千营和神机营，合称“京师三大营”。三大营各设提督或总兵，其下有管哨、掖官、坐营、坐司、把总、把司、把牌等官。三大营之上有监军太监、“协理京营戎政”的兵部侍郎和提督京营的右都御史。
清朝入关后，“因明遗制，内自阁、部以迄庶司，损益有物。”清代亦有大小九卿之称，但用得较多的是六部九卿。六部名称、职掌依旧，各部分设满汉尚书、左右侍郎各一人，但实权往往握于管部亲王大臣之手。九卿是都察院左都御史、大理寺卿、太常寺卿、光禄寺卿、鸿胪寺卿、太仆寺卿、通政使、宗人令、銮仪卫的掌卫大臣。其中宗人府掌宗室事务，銮仪卫掌皇帝仪仗，其余职掌略同于明。清代中央的重要机构还有掌蒙藏民族事务的理藩院、掌宫廷事务的内务府。
清朝禁卫军是禁旅八旗。禁旅八旗分“郎卫”和“兵卫”。郎卫即侍卫处管辖的亲军营，负责侍从警卫。侍卫处设领侍卫内大臣、内大臣、散秩大臣和一、二、三等侍卫。兵卫负责守卫皇宫和京师，并在皇帝出巡时担任扈从。属于兵卫的有前锋、护军、步军、骁骑、火器、健锐诸营，各营分别设总统、统领、都统等官。此外，步军统领之下有少数汉人组成的绿营兵，负责京师治安。出征军则由大将军、将军、领队大臣、参赞大臣等统率，临战命将，事毕撤销。
三、监察和谏议机构
监察和谏议机构是古代国家机器的重要组成部分。监察即检查百官是否奉公守法。谏议即监督皇帝和大臣处理军国大事是否得当。监察是专门的职司，而谏议则是所有臣子的义务。两者的共同之处是只有弹劾、进谏的权力，不能自行处置违法渎职者，因而有“言官”之称。言官是皇帝的得力工具，因而又有“耳目风宪之官”的称谓。
先秦没有专职的监察机构。西周曾派出监视诸侯的诸监，朝中以史官兼掌监察。战国时，史官中分出了掌秘书和监察的御史。御史官在秦和西汉演变成御史大夫寺，亦称御史府。御史大夫之下设一名御史中丞，率十五名侍御史审议奏章，监察朝官。对地方官，秦朝在各郡设一名监御史，西汉则设十三部（州）刺史监察郡国，另外在京师设司隶校尉监察京朝官和京畿地区，有时还派出绣衣直指等特使巡回监察。东汉不设御史大夫，设立了专职的监察机构御史台。御史台设御史中丞一人，其下有治书侍御史二人，掌审核案件；侍御史十五人，掌监察。
秦汉以前没有专职的谏议机构，但是有专职的谏官侍中、给事中、谏议大夫。魏晋时在此基础上设立门下省，建立了专职的谏议机构，形成了监察和谏议机构并立的格局。经过南北朝时期的发展。到唐代形成了组织严密的监察谏议系统。
唐代皇帝十分重视御史台，唐文宗曾对御史台长官说：“御史台朝廷纲纪，台纲正则朝廷理，朝廷正则天下理。”御史台亦称“宪台”、“肃政台”，设御史大夫一人、御史中丞二人，其下设台院、殿院和察院。台院设侍御史六人，掌监察朝官，审核案件。殿院设殿中侍御史九人，掌纠察朝仪，巡察京畿。察院设监察御史十五人，掌监察京内外官员。御史监察州郡时分十道出巡，称巡按使。为了防止御史台长官作弊，规定御史可以直接向皇帝呈奏。唐代御史台除专掌监察外，还是重要的司法机关。御史台、中书省、门下省合称“三司”，亦称“三法司”，“凡冤而无告者，三司诘之。”
唐代除以门下省掌封驳谏议，还在中书省设专职谏官右散骑常侍、右谏议大夫、右补阙、右拾遗。唐太宗时，皇帝召见宰相和宰相议事时，要有言官出席，以便发现问题，及时纠正。
宋代御史台组织和唐朝差不多，但御史大夫一职是虚衔，真正主持台政的是御史中丞。资浅者出长御史台，则用右谏议大夫权中丞的头衔。台院只设一名侍御史，协助中丞处理台政。殿院设殿中侍御史二人，掌纠察朝仪。察院设监察御史六人，掌监察朝官。资浅者若出任殿院、察院御史，则用“御史里行”的头衔。对州县的监察依靠各路监司。
宋代将中书、门下两省的谏官合在一起组成谏院，由知谏院掌管，属官有左右散骑常侍、左右谏议大夫、左右司谏、左右正言等官。