1919年4月，陈嘉庚决定把在新加坡的价值数百万元的不动产全部捐作集美学校的永久基金；把海外企业交给陈敬贤经营，企业的收入除分利和扩大生产的费用外，全部汇回国内办教育。著名教育家黄炎培说：“发了财的人肯全拿出钱来办教育的，只有陈先生。”
当时，福建连一所大学也没有。他于1919年6月回国长住，把家中积存的四百万元全部拿出来，宣布要倡办厦门大学。
陈嘉庚发誓要把厦大办成中国的“南方一强”。陈嘉庚为了节省开支，就自己购料雇工，自己设计建筑，很快建成了五座气势恢宏的学校大楼。他不惜巨资购置教学设备，请留学美国的林文庆博士担任校长，高薪聘请著名学者出任教授，1921年4月，厦门大学正式开学。
厦门大学是在“五四”运动风起云涌的形势下诞生的。陈嘉庚主张，在厦门大学要贯彻科学、民主的精神，对各种新思想、新知识要采取“兼容并包”的方针。
因此，他允许师生进行各种主义的研究，允许各种流派的人物到学校进行演讲，如鲁迅、蔡元培、黄炎培、马寅初和杜威等国内外著名学者都在厦门大学作过讲演。在图书馆里，可以借到各种政治流派的书刊，包括宣传马克思主义的书籍《向导》、《中国青年》杂志等。
这就使厦门大学成了当时福建的“民主堡垒”，中国共产党、中国社会主义青年团，都是很早就在厦门大学开展活动了。