杨昌济认为“有目的、备方案，予人以意识的感化，乃谓之教育”，这一论述不仅强调了教育的三要素——教育的主体是人；教育的客体（对象）也是人；教育是有目的、备方案的意识的感化，而且包含了教育的性质、任务、对象和方法等内容，从本质上指出教育是人类社会特有的一种现象，是按照一定的社会要求，对受教育者的身心施以影响的一种有目的、有计划的活动。既然教育是人类自觉而有目的、备方案的活动，就必然对人类生活和社会发展产生积极的作用。对教育的社会作用，杨昌济既反对18世纪法国启蒙学派如爱尔维修提出的“教育万能论”，也反对18世纪末至19世纪初在欧洲、特别在德国兴起的“教育不可能论”，指出前者夸大教育的作用，后者否定教育的作用，两者“同为极端之说”。在此基础上，他提出教育与政治互为因果的观点“教育与政治有密切之关系，互相为因，互相为果”、“无善良之政治，则不能有善良之教育；亦可云无善良之教育，则不能有善良之政治”。教育对政治的影响，在于“昌民族之精神”，“救人心之陷溺”，“根本之革新”，且“通乎古今”、“伸于百世”。为此，他终身从教，以“感化青年”为己任。
杨昌济一生十分重视哲学思想的研究，认为“人不闻道，是谓虚生”，又说：“近世各种科学，各研究宇宙现象之一部，哲学则以宇宙之全体为其研究之目的物，故学问以哲学为终极。宇宙为一全体，有贯通其间之大原则，宇宙间所有一切之现象悉自此大原则而生，吾人当深思默会，洞晓此大原则，所谓贯通大原也。”这深刻地影响到青年毛泽东。在《讲堂录》中，就可以看到毛泽东记录的杨昌济介绍的某些哲学观点。1914年冬，以杨昌济为首组织了一个哲学研究小组，其成员有毛泽东、黎锦熙、蔡和森等人。杨昌济推荐给小组的读物是西洋哲学、伦理学和宋明理学。毛泽东将杨昌济翻译但尚未出版的《西洋伦理学史》译稿借来，整整抄了七个笔记本，认真地进行研究。杨昌济不仅向青年毛泽东传授了丰富的中西方哲学史知识，而且其“贯通大原”的思想也深深地影响了青年毛泽东，激励着他热烈地探讨宇宙的大本大源。当时，毛泽东宣称：“夫本源者，宇宙之真理。天下之生民，各为宇宙之一体，即宇宙之真理，各具于人人之心中，虽有偏全之不同，而总有几分之存在。今吾以大本大源为号召，天下之心其有不动者乎？……故愚以为，当今之世，宜有大气量人，从哲学、伦理学入手，改造哲学，改造伦理学，根本上变换全国之思想。”（1917年8月23日致黎锦熙信）另外，《讲堂录》及杨昌济的其他有关著作表明，他经常教导毛泽东等学生“不说大话，不好虚名，不行架空之事，不谈过高之理”。杨昌济这种注重学以致用、知行统一的思想，也曾给青年毛泽东以深刻影响。