菌丝体是食用菌的营养器官。平菇菌丝体呈白色。在马铃薯琼脂培养基上，初为匍匐生长，后气生菌丝旺盛，爬壁力很强。不分泌色素。菌丝密集，生长速度快，抗逆性强。有的品种耐高温，在32℃温度下菌丝照常生长，25℃左右每天菌丝可延伸1厘米多，6～7天可长满试管斜面。有的品种菌丝整齐地向前延伸，如凤尾菇；有的品种波浪形（受温、光影响）向前伸展，如糙皮侧耳；也有的品种在菌丝爬满试管斜面后会长出小梗，顶端形成小黑圆头状的囊状物（分生孢子），如台湾鲍鱼菇。显微镜下菌丝粗细不匀，分枝性强，锁状突出呈半圆形，大小不一。
在自然条件下平菇菌丝能使硬质树呈白色或淡黄色的片腐，在木屑培养基上菌丝会使培养料变成淡黄白色。培养在玻璃瓶或塑料袋的平菇菌丝，受光线等刺激后会扭结出菇。