第一种方法是斜面低温保藏法：将长满菌丝的试管用硫酸纸 包扎好，放在4℃～6℃的冰箱中，每隔3～4个月转管一次。 如果用石蜡封口，转管期可延迟至6个月。转管时，一般应调 换培养基配方，以补充营养，使菌丝生长健壮。
第二种方法是液体石蜡灌注保藏法：将液体石蜡倒入三角瓶 中，倒入量为三角瓶容量的1/3，塞好棉塞，在0.1兆帕的压 力下灭菌30分钟，24小时后再如此灭菌一次。然后置于40℃ 恒温箱中2周，令其水分蒸发，使石蜡由浑浊变透明。冷却后 ，在无菌箱（室）内用无菌吸管或注射器将液体石蜡注入待 藏菌种试管中（见图14），高出斜面尖端1～1.5厘米。
塞上棉塞，剪去管口以外的棉塞，用熔化的固体石蜡将管口 封住，直立地放入试管筐中，放在清洁、凉爽（4℃～15℃） 干燥处，一般可保藏5～7年。如果液体石蜡面变浅，应及时 补充无菌石蜡，切忌培养基露出液面。
转管使用时，不必倒出石蜡，只需用接种针从斜面上挑取一 小块菌丝体移植即可。刚从石蜡试管中移植的菌丝常黏有液 体石蜡，因此，菌丝生长较弱，需要再移植1 次才能恢复正 常生长。
第三种方法是化肥土法保藏法：在广口保温瓶或厚壁瓦罐中 盛一定量的水，加入普通化肥硝酸铵或硫酸铵使其溶解，加 至不再溶解为止。将试管母种用塑料袋装好，扎紧袋口，放 入保温瓶中，将保温瓶放在温度低、空气不流通的地方，并 且要经常检查瓶内温度使其始终保持0℃~5℃，否则要更换瓶 内溶液，重做保藏液。
第四种方法是粪草保藏法：把发酵好的粪草培养料晒干，除 去粪块，将秸秆剪成2厘米长的小段，在清水中浸泡4～5小时 后捞出，挤出多余的水分，装入20毫米×20毫米的试管中， 保持松紧适度。
然后清洗管壁，塞上棉塞，在0.5帕的压力下灭菌2小时，冷 却后，接入要保藏的菌种。在25℃下培养，菌丝长满后用熔 化的固体石蜡将管口封住，放在4℃冰箱中，两年转管一次。
对暂时不用的各级成品菌种，要采取一定的技术措施和方法 进行贮藏，防止污染并减缓老化。菌种贮藏的原则是避免高 湿，降低温度，阻止光照。母种的贮藏方法是：将母种置于4 ℃～6℃冰箱中，使用之前取出，在温室或培养箱中给予适宜 的温度活化24小时后，即可接种。贮藏母种的冰箱切忌与含 水量较高的食物同放，否则极易引起污染。
在1℃条件下，菌种可整箱进行贮藏2～3个月。但场所要洁净 、通风、干燥、避光，不要与农药、化肥等物资混放；贮藏 室要提前消毒灭虫；尽量减少或避免人事活动；菌种摆放要 适当分散，不可堆积，以利散热散温；贮藏期间不要中途改 变贮藏室，以减少搬运而造成的破损和污染。