（一）辅佐登基和制定法律制度
蒙古人有个习俗，就是一家之主死后，便由最小的儿子继承和管理财产；所以成吉思汗死后，暂时由成吉思汗的幼子拖雷管理国家，历史上称这段时期为拖雷监国时期。但是成吉思汗在世时，已经指定窝阔台为汗位的继承人。尽管窝阔台是第三子，由他来继承汗位并不符合蒙古长子享有优先权和幼子具有受产权的习俗，但成吉思汗还是做出了这样的决定。可是，即使有成吉思汗的决定，等到他死后，汗位继承问题仍很难解决。依照蒙古草原旧俗，大汗必须经过忽里勒台大会，由各地宗王贵族共同选举才能产生。
蒙古太宗元年（1229年）秋天，筹备已久的忽里勒台大会终于在怯绿连河的曲雕阿兰之地召开。这是一次规模盛大的聚会，该参加的诸王贵族和大臣们都参加了，耶律楚材以占卜者和前任大汗侍从的身份，也参加了这次大会。在大会上，继承问题一直讨论了四十天。讨论的详情不得而知，但长时间的讨论，本身就说明会上出现过严重的分歧。到第四十一天，事情才定下来。主要是根据成吉思汗的遗愿，同时占星家和很多珊蛮已经选定了一个“黄道吉日”——八月二十四日。而此时已经到了二十二日，却仍然没有结果。于是，耶律楚材站出来，对大会的关键人物拖雷说：“这是关系到国家的大事，如果不早定下来，恐有变故。”拖雷犹豫不决说：“再择日如何？”耶律楚材则说：“过此日皆不吉。”最后，在拖雷等人的坚持下，窝阔台终于如期登上了大汗宝位。窝阔台，蒙古人多称之为合罕皇帝。显而易见，是作为占星家的耶律楚材促成了窝阔台即位的大事。
在窝阔台即位时，耶律楚材依照中原王朝的传统，制订了册立仪礼。蒙古国里虽然有贵贱尊卑之分，但是从来没有像中原地区封建王朝那样有严格的君臣之别。耶律楚材对察合台说：“您虽然是兄长，但是论地位却是臣下，按礼制应该向大汗跪拜。你拜了，就谁也不敢不拜了。”察合台原本就是支持窝阔台的，认为耶律楚材说得有道理。到窝阔台即位那一天，察合台率领皇族及大臣们在帐下行拜礼。退下来的时候，察合台还夸赞耶律楚材礼仪制定得好。蒙元时代对汗的拜礼，就是从这时候开始的。当时，有不少应当参加登基典礼的人迟到了，按照蒙古习惯，是要处死的。耶律楚材又奏请窝阔台，在这个即位的日子里宽恕了他们。参拜礼节的制定，使大汗在蒙古贵族中至高无上的地位得到了确认和巩固，增加了大汗的威严和权力。这是耶律楚材推行自己的主张，按中央集权的方式向蒙古统治者施加影响的第一步。
蒙古国社会制度和政治制度，都是古代蒙古社会的产物。成吉思汗热衷于不断征服，但来不及考虑如何治理国家。现在，这个问题摆到窝阔台的面前。此时想起父亲对自己说过：“耶律楚材是上天送给我们家的礼物，皇天委派他来帮助我们打江山。我死之后，你主持国政，军国大小事务，你都可以放心交付给他去办理。”现在，窝阔台确实需要耶律楚材这样的人才，来辅佐自己治理国家了。
过去，蒙古人治理国家的方法很原始，成吉思汗建立蒙古国后，立即颁布了“大札撒”，大札撒就是大法典的意思，里面收录了成吉思汗颁布的所有命令。在“大札撒”里，成吉思汗对很多问题都进行了“立法”，如规定国家的最高权力集中在可汗一个人身上，如果可汗死了，则要举行忽里勒台推选新的可汗，但是新的可汗必须是成吉思汗的后代；杀人、盗窃的人都会被处以死刑，为了更好地执行命令，成吉思汗任命他的义弟为总断事官，就是“法官”的意思。成吉思汗时期并没有制定完整的法律，“大札撒”只是一种适用于草原的习惯法。随着蒙古国统治地区的扩大，社会治安、吏制等问题日益严重。成吉思汗生前定下的类似于部落联盟内部规矩的“大札撒”根本不能适应复杂的社会形势。当时州郡长官贪暴肆虐，富豪任意兼并土地，地痞流氓杀人越货的现象十分严重。耶律楚材针对社会现实，依着中原的若干法律原则向窝阔台提出了“便宜十八事”，内容大致为：“郡宜置长吏牧民，设万户总军，使势均力敌，以遏止骄横。中原之地，财用所出，宜存恤其民，州县非奉上命，敢擅行科差者罪之。贸易借贷官物者罪之。蒙古、回鹘、河西诸人，种地不纳税者死。监主自盗官物者死。应犯死罪者，具由申奏待报，然后行刑。贡献礼物，为害非轻，深宜禁断。”这些建议，除了贡献之外，大都为窝阔台汗所采纳。耶律楚材提出《便宜十八事》作为临时法律，严禁地方官吏擅自滥杀老百姓，不准商人财主贪污公物，打击地痞流氓杀人盗窃，禁止地主富豪夺取农民田地，这样，社会秩序渐渐稳定了下来。
窝阔台做可汗的时候，有个贵族向他建议说：“汉人对我们大蒙古国没有什么好处，可以把这些汉人清除掉，把汉人的地方变为牧场，那我们就有无边无际的牧场了。”放牧牛羊只能养活很少的人，适合地广人稀的蒙古大草原；而如果把整个中国的田地都改成牧场，那就会有数不尽的人饿死，而且织布的棉花也没了。幸亏耶律楚材及时劝阻，他说：“陛下行将南征，要有充足的供给。倘若在中原厘定赋税，每年可以得到税五十万两银子、八万匹绢、四十余万石粮食，这些财物足以供给军需，怎么能说没有好处呢？”窝阔台也问：“真的能这样吗？”耶律楚材说：“我计算了一下，每户课栗二石，以二十万户记；盐课以每重四百斤，价银十两，酒课按实息十取一，杂税三十取一；以户记出赋调，五户出丝一斤，正好是刚才所说的数字。”窝阔台听到这么大的数目，就采纳了这个建议。建立赋税制度的首要任务，是重新建立一套完善的国家赋税征收机构，耶律楚材于是奏准设立了十路征收课税使，来实现自己的计划。而这十路的正副课税使，他都委派了儒士担任。
这是蒙古统治集团大批任用汉人之始。为了让这些课税使确能掌握征收赋税的实权，耶律楚材后奏准这些人专掌钱谷之事，各地札鲁忽赤、都元帅、知州等官，皆不得挟制。这些儒士出身的课税使，施展治国的本领，帮助耶律楚材实现征收赋税的计划。窝阔台虽然并不认识耶律楚材所任用的这些人，但仍毫不犹豫地同意了。这是蒙古国实行赋税制度的开始，也是大批任用汉族儒生的开始。
蒙古太宗三年（1231年）春天，汗廷又颁布劝农诏书，使中原各地农村安于农业生产。当时窝阔台已开始大举伐金。秋天，窝阔台来到云中，耶律楚材让十路课税使把赋税簿册和征收到的金帛给窝阔台展示。窝阔台看到收来了这么多粮食、布匹还有银子，非常高兴，说：“耶律楚材真是神人啊！”耶律楚材说：“这些都是课税使们的功劳。”耶律楚材的财税征收初步取得了成效，他开始逐渐得到窝阔台的信任。由于征收赋税这件事做得比较好，窝阔台突然想起一件事，对耶律楚材说：“前些天你不是提议设置中书省吗？从现在起，你便是中书省的中书令！”耶律楚材故作焦急地说：“我虽然提议仿效南宋设置中书省，但中书令统驭百官，位高权重，非德才卓越之人不能胜任啊！”窝阔台说：“你不正是德才卓越的人？”于是窝阔台便下诏给各地，设立中书省，由耶律楚材任中书令，相当于南朝的丞相。镇海为中书右丞相（当时蒙古族尚右），粘合重山为中书左丞相，辅助中书令办理一应政务。窝阔台继续说：“以后，无论朝廷、地方，也不论是可卜温还是那颜，课税使也在内，有什么事要禀奏，都要以奏折先投中书省，由中书令与右丞相、左丞相商议，区别轻重缓急，轻的放弃，缓的往后延，选紧急的、重要的报于我知。便是我的至亲二阿哈可卜温，有要事见我，也得先禀告中书令，由他引见。”
在丙申分封的同时，在耶律楚材的主持下，蒙古政权的新赋税制度也开始正式确立起来。新赋税制度大致包括以下内容：首先是税粮。在当时共分为两种：即丁税与地税。丁税的交纳者，主要为普通民户。此外，还包括了官吏、商贾。成丁每年征粟二石；驱丁（被俘后服杂役的男丁）每年征粟五升。地税的数额是：“上田每亩税三升半，中田三升，下田二升，水田五升。”其交纳者，主要为工匠、僧、道等。当时实际情况是普通民户恐怕绝大部分交纳的是丁税，而不是地税。其次是科差。在当时主要为丝料，又称丝线。由于当时蒙古政权还没有正式发行货币，故丝料成为当时征收赋税的一个重要手段。实际上是“五户丝”制度。其具体内容为：“每二户出丝一斤，上缴汗廷以供国用；每五户出丝一斤，给予所赐之家。”再次是诸色课程，即商税三十分之一，盐每银一两四十斤。总的说来，这样的赋税定额是比较轻的，有利于当时已遭破坏的中原地区休养生息。新赋税制度虽然确立了，在戊戌年又曾免除天下赋税，但蒙古贵族往往在规定之外，随意征索需求，压榨百姓。蒙古太宗八年（1236年），在制定赋税制度的同时，耶律楚材还实施了两项重要的政策。蒙古建国之初，社会秩序紊乱，盗贼很多，商贾常常被盗。蒙古国是保护商贾的，规定凡是商贾失盗的地方，限一年内破获，过了年限，失盗的货物由民户代偿。这样，因失盗而需代偿的货物，前后积累起来，每每以万计数。民户代偿不起，不断发生逃亡。耶律楚材规定，失盗不获的，以官银补偿；原来由民代偿的，也宣布作罢。另一项是制止羊羔息。“斡脱”源于突厥语，蒙元时期，西域商人善于商贾，其与蒙古接触后即代理蒙古人经营商业及银钱放贷，这些人被称之为斡脱，其所经营的货币资被称为斡脱钱。斡脱钱的利率是一年一倍，如果不能偿还，第二年要将利息计入本钱，再取一倍的利息，因而被称为“羊羔利”或“羊羔息”。这是十分严重的高利贷，如果向斡脱贷一两银子，借十年，本利可达一千零二十四两。由于战乱不停，蒙古国汗廷向各地征收了大量银两和马匹、粮食等等，再加上战乱和自然灾害频繁，百姓拿不出银两，只能以房屋甚至妻子儿女作抵押。州县官员只好向斡脱贷银，上交汗廷，若连年还不上，巨债如山，就出现一些地方官挂印弃官而逃的现象。一位知州还不上债银，为了家人不受牵连，也为了引起汗廷对斡脱钱暴利危害的重视，毅然服毒自杀，并写下了遗书。这件事惊动了朝廷，引起了朝廷的重视。耶律楚材奏请窝阔台下诏，命各路将其所欠斡脱钱现状查明上报。耶律楚材说：“各地债务年年增加，何时是个尽头？最后受害的，将是蒙古国！”在耶律楚材的建议下，1240年﹐窝阔台汗不得不下诏由国库钱财支付民户和官吏欠下的斡脱钱债﹐总值达七万六千锭。根据耶律楚材的建议，蒙古国规定：从今以后，不论岁月远近，“子本相谋，更不生息”。也就是说，不管借债多久，利息只能生到债本一倍，到了一倍，便不能再增加。这两项政策，无疑也有利于减轻人民的负担。
（二）削弱地方势力与爱民、纳贤
在蒙古兴起、征伐金国的过程中，有一大批金国官将和地主武装的首领归附了蒙古，主要是汉人，也有契丹人和女真人。从13世纪20年代起，他们逐渐成为蒙古政权下新的权贵，形成了专制一方的地方势力。他们作为蒙古国的臣下，对蒙古统治者承担两项基本的义务：出兵从征和缴纳贡赋效忠可汗。在履行义务的前提下，蒙古统治者承认他们称霸一方的权力；他们一旦遇到军事威胁，蒙古国也给以武力保障。这些权贵们的献纳，是蒙古国重要的财政来源。他们的军队后来为蒙古灭金和灭宋，立下了汗马功劳。
然而，权贵独霸一方的状态，从根本上说，是不利于蒙古统治的巩固的。权贵的官职是世袭的，甚至一门数人都担任要职。他们在管辖的范围内，集军、民、财权于一身，既是军事长官，又是行政长官。他们可以自设衙署，任命官员；自定赋税，进行征收。这很像唐代的藩镇。各汉人世侯都拥有一批依附人口，这些依附人口，负担沉重的赋税和劳役，不能随意迁离，身份地位很低。汉人世侯还占有大量驱奴，多到数百上千。汉人世侯形成了一个自治的割据性很强的势力范围。针对这些地方势力，耶律楚材曾多次向窝阔台汗提出过自己的解决方案。比如十路课税所成立后，1230年，耶律楚材奏准“长吏专理民事，万户府总军政，课税所长钱谷，各不相统摄。”耶律楚材的目的，是想让地方的民权、军权、财权三者分开，互不统属，以达到削弱地方势力的目的。原来权贵们各霸一方，独掌军、民、财权，现在耶律楚材加强中央集权的这些举措，要这三权都分开，无疑是触动了权贵们的命根子。权贵们气愤极了，决心要除掉耶律楚材。由于权贵们的抵制、反对和攻击，使耶律楚材削弱他们势力的计划不能顺利实施。当时基本上做到的只是“课税所掌钱谷”，而军、民分治的方案，实际上一直没能得到贯彻执行。当时蒙古仍处在四面征伐的情况下，所以没有得到很好的实施。安抚了率领军队的权贵，也就延缓了地方上军、民分治的实施。一直到忽必烈继承汗位以后，这件加强中央集权的大事，才再次提上议事日程，并得以实现。在他死去二十多年以后，元世祖所实行的罢世侯、行迁转法的措施，实际上正是在完成耶律楚材的未竟事业。尽管如此，从这里仍可以看出耶律楚材是一位有远见的政治家。
耶律楚材实施的劝农措施和征收赋税的办法，促使中原地区经济迅速恢复、社会相对安定、财政收入充足，保证窝阔台大汗成功地发动了最后灭亡金国的战争。
蒙古太宗四年（1233年），窝阔台在南征渡过黄河以前下诏：逃难的人和来投降的人，免死。但有人说：有些人在形势不利的条件下投降了，形势缓和了又逃走，不杀他们，就是帮敌人的忙，不应该宽恕他们。耶律楚材坚决不同意这种说法。他奏请窝阔台，制作了数百面旗子，发给归顺者，让他们手拿旗子为凭证，回归故乡，这样使许多百姓免于屠戮，获生者不计取数。