水军也要进行战术训练，而最重要的还是阵法训练，“戈船列阵楚江滨”，南宋时期每年钱塘江观潮：
每岁京尹出浙江亭教阅水军，艨艟数百，分列两岸，既而尽奔腾分合五阵之势，并有乘骑弄旗标枪舞刀于水面者，如履平地。倏尔黄烟四起，人物略不相睹，水爆轰震，声如崩山。烟消波静，则一舸无迹，仅有敌船为火所焚，随波而逝。吴儿善泅者数百，皆披发文身，手持十幅大彩旗，争先鼓勇，溯迎而上，出没于鲸波万仞中，腾身百变，而旗尾略不沾湿，以此夸能。
正是“出没聚散，歘忽如神，令人汗下”。这都表明南宋水军日常训练肯定包括各种阵法训练，只是缺乏史料，难以探究其详。
实战中有不少南宋水军排阵的例子，韩世忠在黄天荡大战中，“连舻相衔为圜阵”，阻击完颜兀术。南宋末年张顺入援襄阳之役，也是“结方阵”，1279年，宋元水上决战，“大兵攻崖山，张世杰不守山门，集舟千余作一字阵御之，而大兵入山门，作长蛇阵对之。”
上述“圜阵”、“方陈”、“一字阵”等阵，笔者认为与宋陆军战术训练中采用的阵法大致相同。宋时水军虽然已经比较发达，但是受到战略思维、军事技术等方面的制约，战场上起决定性因素的还是陆军，这样陆军战术训练很可能被引入水军训练之中，所谓“五阵之势”也或许就是方、圆、锐、直、曲这五种阵法，当然不排除根据水战特点进行改进的可能性。
既然战术训练以阵法为主，水军士兵也应该熟悉战场上各种指挥号令，宋代水军如同陆军一样，战场上的行动全凭借旗鼓等来指挥，李纲诗中就写道：“习战楼船章水滨，机轮运转若无人。旌麾耀日惊飞鹭，金鼓翻波跃锦鳞。”当然每一种旗鼓代表的含义不同：
凡水战……以金鼓旗幡为进退之节……诸军视大将军之旗，旗前亚，闻鼓，进则；旗立，闻金，则止；旗偃即还。若先锋、游变等船，为贼所围，以须外援，则视大将赤旗，向贼点则进。每点，一船进；旗前亚，不举，则战船徐退；旗向内点，每点，一船退。若张疑兵，则于浦泥广设旌旗、帆樯以惑之。此其大略也。
《虎钤经》则对水战中的纪律做了严格规定：“夫水战之时，擂一通鼓，吏士皆严肃。再擂一通鼓，士伍皆就船，整持橹棹；战士各持兵器就船，各一当其所。幢幡鼓角，各随所战船。鼓三通，大小船以次发，左不得右，右不得左，前后不得易越。违令斩之。”这都需要士兵在训练中养成良好习惯，才能在战时不致混乱。
而难以应用“旗帜金鼓”时，就用传令船进行命令传递。绍兴元年（1131）章谊谈到水军船只：
臣闻古兵法，舟师有三等：其舟之大者为阵脚船，其次为战船，其小为传令船。盖置阵尚持重，故用大船；出战尚轻捷，故用其次；至于江海波涛之间，旗帜金鼓，难以麾召进退，故用小舟。由此观之，凡舟之大小，皆可以为守战之备，不必皆用大船然后济也。
“旗帜金鼓”都是在白昼需要士兵用目力辨识，而晚上则需要以灯火为号，建炎元年（1127）通州长官郭凝建议在通州建立水军，“昼以旌旗，夜以明火为号。”在南宋末年二张救援襄阳的战役中，各船“以红灯为号”，互相沟通。这些信号都需要士兵在日常训练中加以熟悉，以免在实战中发生差误，影响战斗胜利。
将旗鼓等号令与阵法结合，才是战术训练的重点所在。据北宋末年孟元老记载，东京开封城每年水军表演，就显示了许多旗语，每一种旗语代表的水军战船列阵不同：
所谓小龙船，列于水殿前，东西相向；虎头、飞鱼等船，布在其后，如两阵之势。须臾，水殿前水棚上一军校以红旗招之，龙船各鸣锣鼓出阵，划棹旋转，共为圆阵，谓之“旋罗”。水殿前又以旗招之，其船分而为二，各圆阵，谓之“海眼”。又以旗招之，两队船相交互，谓之“交头”。
这究竟是宋代水军训练经常采用的项目，还只是供达官显贵娱乐之用，资料所限，已经很难探究详细。不过乾道四年（1168）宋孝宗茅滩大阅结束后，“步人分东西引拽，马军交头于御台下，随队呈试骁锐大刀武艺，继而进呈车炮、火炮、烟枪。”此处也提到“交头”，似可证明水军战术训练与陆军联系紧密。
宋代尤其是南宋时期水军非常发达，再加上部分火器在战争中得到使用，水军训练相比前代有很大进步，同时从某些史料分析，当时水军训练也应有训练手册一类基本指导方法，但是今天已经无法得知其详。只能从一些实战材料中看到南宋水军训练比较精良，对水军建设产生非常好的促进作用，并且间接加速了元代水军（海军）发展。