明清农业与前代相比，有明显的发展，耕作进一步精细化。特别是明代中期以后，商品经济的发展导致经济作物的栽培面积大大增加，有的地区甚至出现某些经济作物集中经营的趋势。
明清时期，我国传统农业的耕作栽培技术得到了进一步的发展和完善。北方旱地耕作形成了浅—深—浅耕作法，《知本提纲》指出：“初耕宜浅，破皮掩草；次耕渐深，见泥除根（翻出湿土，犁净根茬）；转耕勿动生土，濒耖毋留纤草。”这段话是对浅—深—浅耕作法的概括。
和北方深浅搭配的耕作方法不同，南方水田耕作中深耕得到提倡，深耕的深度通常在八九寸，有的甚至达到二尺多，为此出现了套耕的耕作方法。深耕多选择在冬至之前的晴天进行，以起到冻土晒垡的作用，适应南方旱地作物的需要。针对南方许多地方地下水位高且又多雨的特点，开沟作畦，已成为一项很重要的技术措施。
明清时期，对于肥料的作用有了更加深刻的认识，肥料的种类和积制方法也得到了发展，主要的肥料有厩肥（养猪、养羊积肥）、熏土、泥肥、饼肥、磷肥、绿肥等。在肥料的加工方面，出现了煮粪和粪丹，煮粪是将粪在锅里煮熟，粪丹则是配制混合肥料。施肥的方法也有所改进，明末沈氏提出了著名的“看苗施肥”技术。清代杨双山、郑世铎则提出了“施肥三宜”，即根据时宜、土宜和物宜来施用不同的肥料。
最能代表明清时期耕作栽培技术的是亲田法。亲田法是明代耿荫楼在《国脉民天》中提出的，它综合了区田法和代田法的某些特点，即在大块土地选出小块土地进行人力和物力的倾斜投资，以获取小块土地的隐产高产，以后逐年轮换，还可以起到改良土壤的作用。
明清时期，棉花和甘薯的栽培管理技术得到了总结。棉花在宋末元初传入中原地区以后，到明代已成为主要的衣着原料。与此同时，棉花的栽培管理技术也日臻完善，徐光启总结出了棉花丰产的“十四字诀”，即“精拣核，早下种，深根短干，稀科肥壅”。甘薯从明代中期传到中国以后，人们很快就发明了甘薯的无性繁殖技术，棉花解决了甘薯藏种越冬的问题，还出现了多种育苗、扦插方式，使甘薯栽培在其传入之后，很快就趋于成熟，这也是它得以普及的原因之一。
什么是套耕？
套耕是耕地方法之一。它主要有两类：（1）在耕翻时，采用两架犁，前、后相继进行。当前犁翻转土垡、开出犁沟后，后犁随即顺着犁沟再耕，用以增加耕深。（2）机械耕作时，在两个小区内，以内翻法和外翻法为基础，交叉进行耕翻的一种方法。用以减少垄沟，缩小地头回转地带。
什么是无性繁殖？
无性繁殖是不经生殖细胞结合的受精过程，由母体的一部分直接产生子代的繁殖方法。在林业上常用树木营养器官的一部分和花芽、花药、雌配子体等材料进行无性繁殖。花药、花芽、雌配子体常用组织培养法离体繁殖。生根后的植物与母株法的基因是完全相同的。用此法繁育的苗木称“无性繁殖苗”。
大开眼界
棉花原产于热带、亚热带地区，是一种多年生、短日照作物。经过长期人工选择和培育，逐渐北移到温带，演变为一年生作物。
我国是世界上种植棉花历史悠久的国家之一。据公元前2世纪的《尚书》记载，海南岛上的居民在当时就已经种植棉花。到公元前1世纪，海南岛居民已经可以织“广幅布”。这是关于棉花生产和利用的最早的文字记载。
宋代以前，长江流域和黄河流域没有大量种植棉花。宋末元初，棉花从南北两路传入内地。元世祖用强制办法要求农民种棉花，并用棉布实物交税，棉花开始得到大规模种植。到明代，长江流域和黄河流域已经普遍种棉花，并取代丝麻成为人民衣着的主要来源。清代棉花的种植更为普遍。